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Chapitre 2 :
Enzymologie
I. Enzymes
1) Définitions
Les enzymes sont des catalyseurs de réactions chimiques : elles les accélèrent.
Caractéristiques principales :
Augmentent vitesses de réaction sans modifier l'état d'équilibre (n'agit que sur la
vitesse de réaction sans modifier l'état final)
Spécificité d'action : une enzyme catalyse une réaction : un substrat donné ⟶ produit
sous l'action d'une enzyme spécifique à cette réaction, à un substrat donné.)
Structure intacte après la réaction (se retrouvent sous leur forme de départ)
2) Structure
Constituent la Structure
Protéines de Masse molaire
majorité des complexe
forme globulaire élevée
protéines globulaires en 3D
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Biochimie
Structure secondaire :
Structure tertiaire :
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Acide gras des protéines
Biochimie
(S) = substrat dans le site de fixation
3) Site actif
A.N : site catalytique à proximité du site de fixation. Si le site actif de l'enzyme est
endommagé la catalyse ne peut se faire. Si dégradation de l'enzyme, elle ne va pas garder
sa structure en 3D ≫ peut s'ouvrirr et retrouver sa structure primaire ≫ site de fixation et
site catalytique vont être éloignés ≫ l'activité catalytique ne peut se faire (perte)
D'où l'importance de la forme et de l'environnement ≫ fixation substrat...
- Le substrat de l'enzyme se fixe sur le site actif (après reconnaissance, puis subit la catalyse)
- Liaison à l'enzyme par des liaisons faibles non covalentes (permettant la libération du produit)
- Relation structure – activité
- Spécificité de la liaison, déterminée par le site actif (permise par ce site actif qui reconnait une partie
complémentaire au niveau du substrat)
S ⇄ P (sous l'action d'une enzyme, qui catalyse la réaction dans les deux sens)
= réaction réversible = réaction catalytique
Substrat : molécule qui entre dans une réaction pour y être transformée grâce à l'action catalytique d'une enzyme.
4) Cofacteurs
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Biochimie
a) Modèle clé-serrure
C'est l'organisation dans l'espace (structure) de l'enzyme qui détermine la zone où va se fixer le substrat. Cette organisation
est indispensable pour avoir/présenter le site actif, comme dit précédemment, si dénaturation de l'enzyme (perte de son
organisation) il y a, s'ensuit une perte d'activité de l'enzyme ⟹ longue chaîne d'acides aminés mais pas les groupements
nécessaires à la fixation du substrat (groupements que le substrat doit reconnaitre).
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• Les protéines peuvent changer de conformation (forme) = arrangement dans l'espace de façon à s'adapter au substrat :
• Quand un substrat se combine à l'enzyme, il induit un changement de conformation de l'enzyme :
• Permet l'orientation optimale des groupes catalytiques
• Le site actif est alors ajusté au substrat au moment du besoin les groupements du site catalytique vont pouvoir
• Crée un environnement chimique favorable à la réaction venir complétement s'adapter au substrat, ce qui
• Cette théorie explique qu'une enzyme puisse réagir avec une gamme de crée un environnement chimique favorisant la
substrats similaires réaction = s'adapte une fois le substrat fixé
6) Catégories d’enzymes (le nom d'une enzyme se termine toujours par -ase)
Transférase
• assure un simple transfert (ex : transaminase : transfert de groupement
chimiques, amine ici)
Hydrolase
• assure une hydrolyse (ex: dans la digestion, hydrolyse enzymatique du
métabolisme des glucides)
Lyase • assure une addition sur une double liaison → rupture
• assure une isomérisation (réarrangement) (entre deux formes
Isomérase
différentes)
Ligase
• lie les molécules (groupes d'enzymes qui va catalyser l'ajout de
groupements pour synthétiser de nouvelles molécules)
Protéase • coupe des molécules
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Biochimie
L'enzyme catalyse (accélère) la réaction d'un point de vue énergétique. Il faut fournir une certaine qté d'énergie à la molécule
(qu'elle doit absorber) de façon à ce que les liaisons soient plus fragiles pour être rompues = nécessite énergie (apport
énergétique) => mettre la substance dans un état favorable à une transformation = énergie d'activation
Fournir énergie d'activation => état transitoire instable. Le produit se trouve dans un niveau énergétique plus bas que le substrat
au départ (car stable).
L'enzyme accélère la réaction (elle ↘ l'énergie d'activation ⇒ ↘ vitesse ) mais ne change pas l'état (énergétique) final.
Ce qui fait que le substrat peut modifier ses liaisons, donc son arrangement et créer un produit.
2. Activité enzymatique
• Capacité d'activité catalytique de l'enzyme dans des conditions expérimentales données
• Détermine la vitesse de réaction (détermination de l'activité catalytique)
• Phases de la réaction :
Activité de l'enzyme ⇒ vitesse à laquelle elle va transformer le substrat en produit (jusqu'à l'état d'équilibre)
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𝑑[𝑃]
𝑣=
𝑑𝑡
[P] concentration de P = variation de la conc. du
produit au cours du temps
Vi = phase stationnaire car linéaire (vitesse
linéaire)
•E = AS2/AS1
Enrichissement (E) ou
degré de purification • Rapport de l'activité spécifique après purification AS2 à
l'activité spécifique avant purification AS1
Une fois le milieu purifié, pour n'avoir que le produit qui ns intéresse, intervient l'enrichissement. Le rendement permet au final,
de calculer (déduire) la perte (%) : le rendement doit être au plus proche de 100%
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Modèle simplifié :
Conditions
1- Concentration d'enzymes très faibles [E]<<<[S]
2- La forme libre de l'enzyme et celle liée au substrat sont en équilibre (pré-équilibre rapide)
3- Pas de réaction de retour
Courbe de Michaelis :
Représentation de la vitesse de réaction en fonction de la concentration en substrat
= importants pour
caractériser une enzyme
Vmax
Km = concentration en substrat (pour laquelle la vitesse est égale à )
2
Si [S] ≫ Km ⇔ V = Vmax
(au moins 10 fois le Km) Vmax
Si [S] = Km ⇔ V =
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Vmax
- Vitesse initiale maximale
- Valeur théorique maximale que peut atteindre la vi lorsque la concentration en substrat est
saturante (Concentration > 10 . Km)
- Représente le nombre de moles de produit qu'une mole d'enzyme peut faire apparaître par unité de
temps
Km : constante de Michaelis
- Concentration en substrat pour laquelle la vitesse initiale d'une réaction enzymatique atteint la
moitié de sa vitesse maximale
- 1/Km ≈ affinité (plus le Km est petit, plus l'affinité sera grande)
ce qui est normal parce que si le Km (conc en substrat) est petit , la conc en substrat pour atteindre la moitié de la vitesse
maximale est rapide
2. La représentation de Lineweaver-Burk
• Utilisation d'une expression inverse de la vitesse pour exprimer Vmax et Km :
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T° optimale de fonctionnement
= compromis entre Q10 et T° dénaturation.
2. pH
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3. Effecteur chimique
Effecteur
= substance chimique qui par sa liaison à l'enzyme modifie la vitesse de réaction
Activateurs Inhibiteurs
Inhibiteurs irréversibles
Cofacteurs et coenzymes - Liaison covalente forte ,
- Perte activité par modification de
conformation ou par blocage du site actif
OU
*Ex: métaux lourds (polluants) ⇒ intoxication dans l'organisme, responsable de paralysie, asphyxie… Ils bloquent (par
inhibition) des réactions au niv respiratoire et cérébral) entrainant des pathologies graves. Idem les pesticides
bloquent les enzymes des insectes, à forte inhalation ⇒ blocage respiratoire voire neurologique.
Inhibiteurs réversibles : se dissocient facilement, il faut augmenter la concentration en substrat pour y remédier,
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Sommaire
I. Enzymes ............................................................................................................................. 1
1) Définitions .............................................................................................................................................. 1
2) Structures ............................................................................................................................................... 1
3) Site actif................................................................................................................................................. 3
4) Cofacteurs ............................................................................................................................................ 3
5) Conformation du site actif .............................................................................................................. 4
a) Modèle clé-serrure......................................................................................................................... 4
b) Théorie de l’ajustement induit .................................................................................................... 5
6) Catégories d’enzymes (le nom d'une enzyme se termine toujours par -ase).............. 5
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