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Química Biológica

Prof. Anabela Vogrig

INTRODUCCIÓNINTRODUCCIÓNINTRODUCCIÓNINTRODUCCIÓN ALALALAL METABOLISMOMETABOLISMOMETABOLISMOMETABOLISMO

Antes de comenzar el estudio del metabolismo celular, es necesario explicar brevemente algunos conceptos de termodinámica, cinética química y bioenergética ya que la relación que existe entre los mismos facilitará su comprensión.

ElElElEl metabolismometabolismometabolismometabolismo eseseses lalalala totalidadtotalidadtotalidadtotalidad dededede laslaslaslas reaccionesreaccionesreaccionesreacciones ququququímicasímicasímicasímicas quequequeque ocurrenocurrenocurrenocurren dentrodentrodentrodentro dededede unaunaunauna célula.célula.célula.célula.

La energía es la capacidad de realizar trabajo. Existen diversas formas de energía como la energía química, térmica (o calórica), mecánica, eléctrica, etc. Como tal, la misma puede transformarse de una en otra y esto es lo que ocurre en los procesos biológicos. En la mayoría de los casos, existe una liberación de energía en forma de calor que no puede ser aprovechada para realizar ningún trabajo y es liberada al medio u entorno.

La bioenergéticabioenergéticabioenergéticabioenergética es un área de la termodinámica que estudia los fenómenos por los cuales la materia y la energía se transforman en los seres vivos y se intercambia con el entorno.

Gracias a la información proporcionada por la termodinámica y la cinética química es posible predecir si una reacción química puede ocurrir o no espontáneamente. Es necesario aclarar que en el análisis y desarrollo que se realizará sobre estos temas se considerará que la presión, el volumen y la temperatura permanecen constantes ya que su estudio será aplicado a los procesos que ocurren en los sistemas biológicos (en donde estas condiciones

prácticamente no se modifican).

Existen diversos factores que permiten predecir la espontaneidad de la reacción. Uno de ellos es la entalpía y otro la entropía. Ambos factores están definidos en las leyesleyesleyesleyes dededede lalalala termodinámicatermodinámicatermodinámicatermodinámica.

LaLaLaLa primeraprimeraprimeraprimera leyleyleyley sostienesostienesostienesostiene quequequeque lalalala cantidadcantidadcantidadcantidad dededede energíaenergíaenergíaenergía deldeldeldel universouniversouniversouniverso permanecepermanecepermanecepermanece constanteconstanteconstanteconstante. Enunciado de este

modo, la primera ley es otra manera de formular la llelleeyeyyy

dededede conservaciónconservaciónconservaciónconservación dededede lalalala energía:energía:energía:energía: lalalala energíaenergíaenergíaenergía nononono sesesese crecrecrecreaaaa nininini sesesese destruyedestruyedestruyedestruye enenenen laslaslaslas reaccionesreaccionesreaccionesreacciones químicasquímicasquímicasquímicas oooo enenenen loslosloslos cambiocambiocambiocambiossss físicosfísicosfísicosfísicos.

LaLaLaLa segundasegundasegundasegunda leyleyleyley postulapostulapostulapostula quequequeque enenenen todotodotodotodo cambiocambiocambiocambio espontáneespontáneespontáneespontáneo,o,o,o, elelelel universouniversouniversouniverso tiendetiendetiendetiende haciahaciahaciahacia elelelel estadoestadoestadoestado dededede mayormayormayormayor desordendesordendesordendesorden.

En todas reacciones químicas espontáneas, el contenido de energía de los productos es inferior al de los reactivos, dado que los productos son más estables que los reactivos. Esto favorece la espontaneidad pero no es un requisito necesario para que la reacción ocurra. Si una reacción química libera energía en forma de calor, se la denomina reacción exotérmica. En cambio, si consume energía, la reacción es endotérmica. LaLaLaLa energíaenergíaenergíaenergía calóricacalóricacalóricacalórica consumidaconsumidaconsumidaconsumida oooo liberadaliberadaliberadaliberada durantedurantedurantedurante unaunaunauna reacciónreacciónreacciónreacción químicaquímicaquímicaquímica sssseeee lalalala conoceconoceconoceconoce comocomocomocomo entalpíaentalpíaentalpíaentalpía (∆(((∆∆H)∆H)H).H) Si la reacción es exotérmica, ∆H es menor a 0. De manera contraria, si la reacción es endotérmica, ∆H es mayor a 0.

Otro requisito importante es el aumento del desorden en el universo, favorecido por un aumento del desorden en el sistema y en el entorno. El desorden no es más que energía

Definiendo algunos conceptos de la termodinámica…

El universo está constituido por el sistema y su entorno (o alrededores). El sistema es la porción del universo que es sometida a estudio. El entorno es lo que limita al sistema y con el cual interactúa.

UNIVERSO

=

SISTEMA

+

ENTORNO

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que ha ganado el universo y que no será útil para realizar ningún trabajo posterior. Por lo tanto, es energíaenergíaenergíaenergía irrecuperableirrecuperableirrecuperableirrecuperable yyyy sesesese lalalala conoceconoceconoceconoce comocomocomocomo entropíaentropíaentropíaentropía (∆S)(((∆S)∆S)∆S) 1111 .

De esta manera, para que una reacción ocurra espontáneamente es necesario que se libere energía (∆H < 0), parte de la cual será utilizada para realizar algún trabajo útil y otra porción se liberará hacia el entorno y no será posible aprovecharla, pero favorecerá el aumento del desorden del universo (∆S > 0).

Cabe destacar que en aquellas reacciones en donde la concentración molar de los productos sea mayor que la de los reactivos, tenderá al desorden y por lo tanto será muy factible que ésta suceda.

Existe otro factor que permite indicar si una reacción ocurrirá espontáneamente y es la energíaenergíaenergíaenergía librelibrelibrelibre dededede GibbsGibbsGibbsGibbs ((∆G)((∆G)∆G).∆G) Si la variación de energía libre de Gibbs para una reacción química es menor a 0 entonces la energía obtenida en ella es la máxima cantidad de energía útil, posible de obtener y por lo tanto, la reacción tiene grandes probabilidades de ocurrir espontáneamente. Una forma de calcularlo es mediante la siguiente fórmula:

∆∆G∆∆GGG ==== ∆∆H∆∆HHH –––– T.T.∆T.T.∆∆S∆SSS

De la ecuación se deduce que ∆G es más negativo (y por lo tanto, el proceso ocurre espontáneamente) cuanto más negativo sea ∆H (proceso exotérmico) y más positivo sea ∆S (aumento del desorden). Cuanto más positivo es ∆G, la reacción es, sin duda, no espontánea. En cambio, si ∆G es igual a 0, la reacción se encuentra en equilibrio.

Con frecuencia se utiliza la variación de energía libre estándar (∆G°) que tiene en cuenta las concentraciones molares de los reactivos al comienzo de la reacción medidos a 1 atmósfera de presión y a 25°C de temperatura. Estos valores son muy precisos y permiten realizar cálculos más complejos.

Resumiendo….

Los factores que favorecen la espontaneidad de la reacción son:

la liberación de energía al entorno (∆H < 0),factores que favorecen la espontaneidad de la reacción son: el aumento de desorden del universo (∆S

el aumento de desorden del universo (∆S > 0),son: la liberación de energía al entorno (∆H < 0), la disminución de la energía libre

la disminución de la energía libre de Gibbs (∆G < 0)reacción son: la liberación de energía al entorno (∆H < 0), el aumento de desorden del

Es importante analizar ahora cuáles son las causas que determinan la velocidad de una reacción. Para ello, es necesario recurrir a la cinética química, que centra su estudio en las velocidades de las reacciones químicas y en los mecanismos por los cuales se producen.

1 Tanto la entalpía como la entropía no pueden ser medidas en su valor absoluto, pero si se puede medirse su variación o cambio, por eso se antepone la letra griega ∆.

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Los factores que afectan la velocidad de una reacción son:

la naturaleza de los reactivos,Los factores que afectan la velocidad de una reacción son: la concentración de los reactivos, la

la concentración de los reactivos,de una reacción son: la naturaleza de los reactivos, la temperatura y los catalizadores. La composición

la temperatura yde los reactivos, la concentración de los reactivos, los catalizadores. La composición química y los tipos

los catalizadores.la concentración de los reactivos, la temperatura y La composición química y los tipos de uniones

La composición química y los tipos de uniones químicas de las sustancias condicionan la velocidad de una reacción, inclusive también los estados físicos de estos reactivos. Muchos compuestos químicos no necesitan estar presentes en grandes cantidades para que se desarrolle un proceso, pero en la mayoría de las reacciones, es fundamental que dichas concentraciones sean elevadas ya que garantiza el encuentro y los choques entre las moléculas, debiendo ser éstos efectivos.

Si bien la temperatura es un factor a tener en cuenta en la cinética química, en los sistemas biológicos, la temperatura permanece constante y como tal no modifica la velocidad de una reacción. Sin embargo, es importante el accionar de los catalizadores: sustancias que son capaces de disminuir el umbral de energía de activación, que toda reacción química tiene que vencer para que ésta suceda. Los catalizadores biológicos por excelencia son las enzimas, estructuras de origen proteico altamente específicas.

estructuras de origen proteico altamente específicas. Energía libre en reacciones catalizadas por enzimas. Luego

Energía libre en reacciones catalizadas por enzimas.

Luego de analizar todas las variables a tener en cuenta para predecir la espontaneidad y la velocidad de una reacción, es oportuno ampliar los conocimientos acerca del metabolismo.

Dentro de las células, la transferencia de energía se realiza mediante un compuesto químico que almacena en sus enlaces un alto contenido energético: el adenosintrifosfato (ATP). El ATP es un nucleótido trifosfatado. La ruptura de las uniones entre los grupos fosfato libera una cantidad de energía considerable que es de suma utilidad para los procesos que se llevan a cabo en las células.

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La conversión del ATP en ADP implica la ruptura de un enlace de alta energía, la cual es una reacción termodinámicamente favorecida por diversas causas. Como producto de dicha hidrólisis, se obtiene un fostato inorgánico (Pi) que es un compuesto muy estable debido al efecto de resonancia 2 que se evidencia sobre su estructura.

de resonancia 2 que se evidencia sobre su estructura. Por otra parte, el ADP se obtiene

Por otra parte, el ADP se obtiene de la ionización de la especie ADPH, influencia por el pH fisiológico, lo que desplaza el equilibrio hacia la formación del ADP, una forma más estable. Ambos compuestos (el ADP y el Pi) son solvatados con mayor facilidad que el ATP, por lo cual resultan ser especies más estables que la anterior.

lo cual resultan ser especies más estables que la anterior. 2 El efecto de resonancia es

2 El efecto de resonancia es la deslocalización de electrones sobre un doble o triple enlace mediante el cual se evidencia que los electrones no se ubican en una zona específica del enlace químico sino que se distribuyen de manera homogénea por la molécula brindándole mayor estabilidad.

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Reacciones que pueden expresarse en una reacción general

ATP -4 + H2O

ADP 3- + H +

+ Pi 2-

En general, lo que suele escribirse en los textos de manera muy simplificada es:

ATP

+ H2O

ADP + Pi 2- ∆Gº´ (de hidrólisis) = -7, 3 kcal/mol

El ATP es la moneda de intercambio energético por excelencia de todos los seres vivos. Si se compara la capacidad que tiene el ATP en transferir su grupo fosfato con otros compuestos que tengan la misma característica (ver Tabla 1), se puede apreciar que la energía que libera no es suficientemente baja ni alta, sino media, lo que explica por qué es el intermediario energético más utilizado.

CompuestoCompuestoCompuestoCompuesto

∆G°∆G°´de∆G°∆G°´de´de´de hidrólisishidrólisishidrólisishidrólisis XX-XX--P-PPP ++++ HHHH2222 OOOO XXXX ++++ PiPiPiPi

Fosfoenolpiruvato

-14,80 Kcal / mol

1,3- difosfoglicerato

-11,80 Kcal / mol

Fosfocreatina

-10,30 Kcal / mol

ATP

-7,30 Kcal / mol

Gluocosa 6- fosfato

-3,30 Kcal / mol

Glicerol 1- fosfato

-2,20 Kcal / mol

Tabla 1. Potenciales de transferencia del grupo fosfato.

Si bien la energía que libera no es excesivamente alta, es suficiente para llevar a cabo distintos procesos celulares como la fosforilación de la glucosa. Dicha reacción ocurre simultáneamente a la reacción de hidrólisis del ATP y es catalizada por una enzima llamada hexoquinasa. A este mecanismo se lo conoce como acoplamiento en paralelo. Si bien las reacciones se llevan a cabo al mismo tiempo, es posible realizar un cálculo teórico de la variación de energía libre estándar de cada una de ellas, cuya suma arrojará la variación de energía libre de la reacción total.

1) ATP + H2O

2) G

+ Pi

ADP + Pi G~Pi

∆Gº´(de hidrólisis) = - 7,3 kcal/mol ∆Gº´(de hidrólisis) = +3 kcal/mol

3) ATP + G

G~Pi+ADP

∆G°´(reacción total) = -4,3 Kcal/mol

El ATP puede hidrolizarse liberando un grupo fosfato más obteniéndose adenosin-mono- fosfato (AMP) y un grupo pirofosfato (PPi).

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ATP + H

O

AMP + PPi

∆Gº´(de hidrólisis) = -7, 7 kcal/mol

Ligeramente más exergónica que la anterior

En muchas reacciones es necesario activar una molécula para que el proceso continúe, por ejemplo, en la etapa previa a la degradación de ácidos grasos. La escisión del ATP a AMP y PPi ocurre en estas ocasiones, proporcionando la energía para lograr la activación. Rápidamente, el PPi se hidroliza de manera muy exergónica y permite la fosforilación de ADP.

PPi + H2O 2 Pi

∆G°´=-33,4 kJ/mol

De la suma de estas dos reacciones se puede plantear la siguiente reacción general:

reacciones se puede plantear la siguiente reacción general: La obtención de AMP a partir de ATP

La obtención de AMP a partir de ATP implica la ruptura de dos enlaces de alta energía, lo cual debe considerarse como un gasto de 2 ATP cada vez que se realice un balance energético de una vía que contenga ese tipo de activación.

Del mismo modo que el ATP, se comportan otras moléculas análogas que están formados por nucléotidos trifosforilados como el GTP, UTP y CTP. La hidrólisis de sus enlaces entre los grupos fosfatos también libera energía útil (con ∆G°´ similares a los del ATP) para ser empleada en alguna reacción metabólica celular.

VíasVíasVíasVías metabólicasmetabólicasmetabólicasmetabólicas

La importancia del ATP radica en su función: ser un intermediario energético. En las reacciones químicas que ocurren en una célula continuamente se está degradando y formando ATP según el tipo de reacción considerada.

Se llama víavíavíavía metabólicametabólicametabólicametabólica al conjunto de reacciones que suceden consecutivamente con una misma finalidad. Así la degradación de la glucosa o de un ácido graso no es proceso que ocurre en un solo paso sino que es el resultado de una determinada cantidad de reacciones que permiten alcanzar dicho objetivo.

Existen víasvíasvíasvías metabólicasmetabólicasmetabólicasmetabólicas catabólicascatabólicascatabólicascatabólicas (en donde la finalidad es la degradación del o los reactivos) y víasvíasvíasvías metabólicasmetabólicasmetabólicasmetabólicas anabólicasanabólicasanabólicasanabólicas (cuya meta es la biosíntesis de uno o más

compuestos).

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VíasVíasVíasVías metabólicasmetabólicasmetabólicasmetabólicas

CatabólicasCatabólicasCatabólicasCatabólicas (degradativas)(degradativas)(degradativas)(degradativas)

AnabólicasAnabólicasAnabólicasAnabólicas (biosintéticas)(biosintéticas)(biosintéticas)(biosintéticas)

Partiendo de moléculas grandes se obtienen moléculas más pequeñas.

De moléculas pequeñas se obtienen otras de mayor tamaño (que pueden formar parte de un tejido estructural o de reserva).

Generalmente comprenden reacciones oxidativas. Es por eso que requieren coenzimas oxidantes tales como: NAD + , NADP + , FAD.

Generalmente comprenden reacciones de reducción. Es por eso que requieren coenzimas reductoras tales como: NADH, NADPH, FADH 2 .

Comprenden, en la mayoría de los casos, reacciones exergónicas y la energía producida por éstas promueve la formación de ATP a partir de ADP y Pi.

Comprenden, en la mayoría de los casos, reacciones endergónicas y la energía requerida por éstas proviene de la hidrólisis de ATP.

Desde la degradación de nutrientes esenciales se convergen a metabolitos comunes.

Divergen desde metabolitos comunes hacia metabolitos de diferente naturaleza.

Tabla 2. Características generales de las vías metabólicas.

Es importante aclarar que las vías anabólicas no son las reacciones inversas de las vías catabólicas. Generalmente una o más de una reacción de una ruta anabólica difiere de las correspondientes a la misma vía recorrida en sentido catabólico, son catalizadas por otras enzimas y, con frecuencia, ocurren en organelas diferentes, lo cual aporta eficiencia y control de esas rutas.

En una primera etapa, las biomoléculas incorporadas con la ingesta de nutrientes en los animales son degradadas a los monómeros que las constituyen. Posteriormente, éstos continúan siendo hidrolizados mediante reacciones oxidativas exergónicas, generando ATP hasta piruvato y luego hasta acetil-CoA. Las finalidades de estos productos son las siguientes:

Se utilizan, acopladamente a la hidrólisis de ATP, en nueva síntesis de monómeros esenciales que serán utilizados para generar estructuras celulares o reservas,Las finalidades de estos productos son las siguientes: bien, en presencia de oxígeno, el acetil-CoA puede

bien, en presencia de oxígeno, el acetil-CoA puede oxidarse totalmente hasta CO 2 2

O

y

H 2 O, a través del ciclo de Krebs y la fosforilación oxidativa en las mitocondrias

celulares.

El destino de todo el ATP generado no solamente es proveer la energía necesaria para la síntesis de estructuras o de reservas, sino también para realizar trabajo mecánico (como la contracción muscular) o transportar metabolitos en contra de su gradiente de concentración (transporte activo a través de la membrana) generando en algunos casos un potencial de membrana (o potencial electroquímico) si es que los metabolitos poseen carga eléctrica.

Para que las vías metabólicas funcionen armónicamente, es necesario el control de las mismas. Los mecanismos de control de las vías anabólicas y catabólicas son enzimáticos y

hormonales. Se llaman enzimasenzimasenzimasenzimas alostéricasalostéricasalostéricasalostéricas a aquellas proteínas que cumplen un rol

importante en el funcionamiento de la vía. Estas enzimas pueden ser inhibidas o activadas por la concentración aumentada o disminuida de uno o varios metabolitos. Las hormonas tienen otros mecanismos de regulación como el segundo mensajero. La regulación enzimática suele darse en puntos claves de una vía metabólica y es muy común que la inhibición de una ruta degradativa ocurra en una reacción irreversible y por lo tanto diferente a la del camino anabólico. Esto es una gran ventaja para la célula dado que pueden regularse independientemente una vía catabólica y la contraria anabólica. La compartimentalización de vías en diferentes organelas tiene el mismo objetivo: hacer más

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eficiente su regulación. Los sistemas enzimáticos se encuentran en compartimientos separados y pueden actuar sin interferirse. Un ejemplo representativo es la β-oxidación de los ácidos grasos (vía catabólica) que se lleva a cabo en las mitocondrias; en cambio, la biosíntesis de los mismos se produce en el citoplasma.

Se puede concluir, entonces, que los mecanismos (enzimáticos y hormonales) que autorregulan las vías que se desarrollan en el interior de las células contribuyen a establecer y mantener la homeostasis.

A continuación se presenta el siguiente gráfico a modo de ejemplo de las principales vías metabólicas:

A continuación se presenta el siguiente gráfico a modo de ejemplo de las principales vías metabólicas:

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BibliografíaBibliografíaBibliografíaBibliografía

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