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Los detalles de la conformación de una proteína determinan

sus propiedades químicas.


cadenas laterales
de los aa

proteína desplegada
Plegamiento

sitio de unión

proteína plegada 1

Figure 3-37a Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)


Todas las proteínas se unen a otras moléculas → LIGANDOS

interacciones no covalentes

Ligando

Sitio de
unión

no se unen a cualquier ligando


Proteína → UNIÓN SELECTIVA
DE UNA PROTEÍNA A UN LIGANDO

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Figure 3-36 Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
La comparación de la secuencia
La. de las proteínas revela
regiones conservadas (motivos conservados)
que son cruciales para la actividad y/o interacción
con diferentes ligandos

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Regiones conservadas implicadas en la unión de ATP

ATP

4
Proteína
con dominio
de unión a …

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CELL
Volume 85, Issue 4, 17 May 1996, Pages 607–615

Motivos conservados
entre la ADN-ligasa y
otras enzimas de
función similar
(nucleotidil transferasa)

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ADN ligasa

Esta proteína además de


interaccionar con el ADN
interacciona con el ATP.

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Domino SH2:
Interacciona con ciertas tirosinas fosforiladas

Dominio
Dominio
quinasa
quinasa
Proteínas
Dominio
de la familia quinasa
de las
quinasas Dominio
quinasa

Enzima que fosforila


ciertos residuos de tirosina.

Proteínas
de otra familia
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Estos sitios conservados se encuentran en lugares específicos
en la estructura global de la proteína.

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Figure 3-39 Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
Las proteínas interaccionan con sus ligandos a través de diferentes tipos de
interfaces.

SUPERFICIE-CUERDA HELICE-HELICE SUPERFICIE-SUPERFICIE

¿Qué ejemplos podrían darme?

Figure 3-40 Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)


ENZIMAS

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La fuerza de unión de la proteína a su ligando se puede evaluar
determinando la constante de equilibrio

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Figure 3-43a Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
RELACIÓN ENTRE LAS DIFERENCIAS
DE ENERGÍA LIBRE (AG)
Y LAS CONSTANTES DE EQUILIBRIO

• El AG NO da información sobre la
velocidad de la reacción

• Un AG negativo nos dice que la


reacción puede ocurrir
espontáneamente pero no
significa que sucederá a una
velocidad perceptible.

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Figure 3-43b Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
Las enzimas son catalizadores biológicos

• EXISTEN ENZIMAS QUE NO SON PROTEÍNAS


→ MOLÉCULAS DE ARN CON ACTIVIDAD CATALÍTICA

Las enzimas aumentan la velocidad de la reacción más de un millón de veces

La Anhidrasa carbónica hidrata 10 exp6 moléculas de CO2 por segundo

10 millones DE VECES MÁS RÁPIDO QUE UNA REACCIÓN NO CATALIZADA

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TIEMPO MEDIO DE LA REACCIÓN

NO CATALIZADA CATALIZADA 15
Figure 3-48 Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
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• LAS ENZIMAS AUMENTAN LA VELOCIDAD DE LA REACCIÓN
• NO ALTERAN EL EQUILIBRIO DE LA REACCIÓN

¿Cómo lo logran?

CATÁLISIS QUÍMICA S ST P

CATÁLISIS ENZIMÁTICA E+S EST E + P

ESTADO DE TRANSICIÓN

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AG‡ ENERGÍA LIBRE DE ACTIVACIÓN
S ST P

E+S EST E + P

• SON CAPACES DE
ESTABILIZAR LOS ESTADOS DE
TRANSICIÓN DE LA REACCIÓN
(ST)

DISMINUYENDO DE ESTA
MANERA LA ENERGÍA DE
ACTIVACIÓN REQUERIDA PARA
LLEGAR A DICHO ESTADO

• LO HACEN GRACIAS A LA
FORMACIÓN DE COMPLEJOS
DE TRANSICIÓN
ENZIMA-SUSTRATO
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Figure 3-46 Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
REACCIÓN CATALIZADA POR LA LISOZIMA: estados de transición

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Figure 3-50a Molecular Biology
of the Cell (© Garland Science
2008)
REACCIONES EN EL SITIO ACTIVO DE LA LISOZIMA

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Figure 3-51 Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
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Un aminoácido catalítico es un aminoácido que participa de la reacción catalítica
y forma parte del sitio activo de la enzima

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Figure 3-38 Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
CARACTERÍSTICAS DE LOS SITIOS ACTIVOS

• TRIDIMENSIONAL, FORMADO POR AA DE DIFERENTES PARTES DE LA


SECUENCIA POLIPEPTÍDICA

• OCUPAN UN PEQUEÑA PARTE DEL VOLUMEN TOTAL DE LA ENZIMA

• GENERALMENTE SON HENDIDURAS

• EN LA UNIÓN DEL SUSTRATO A LA ENZIMA PARTICIPAN


INTERACCIONES DÉBILES (NO COVALENTES). En algunos casos hay
interacciones covalentes transitorias.
• Constantes de equilibrio de los complejos ES (10-2M, 10-8 M).

• LA ESPECIFICIDAD DE LA UNIÓN DEPENDE DE LA DISPOSICIÓN


DEFINIDA Y PRECISA DE LOS ÁTOMOS DEL SITIO ACTIVO

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EJEMPLO DE SITIO ACTIVO

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Figure 3-37b Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
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• LAS ENZIMAS SE ENCUENTRAN
A CONCENTRACIONES DEL ORDEN DE 10-10 a 10-8 M

Su concentración, localización así como la presencia de


ligandos (sustratos y otras moléculas) determinará
si la reacción tendrá lugar o no.

Figure 3-42 Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)


LAS ENZIMAS catalizan una amplia diversidad de reacciones químicas gracias a
su capacidad de unir un amplio rango de moléculas diferentes

Se clasifican en base al tipo de reacción que catalizan

CONVENCIÓN DE 1964
INTERNATIONAL UNION OF BIOCHEMISTRY
NOMENCLATURA-ENZIMAS

• Hay varias formas mediante las cuales se asigna un


nombre a un enzima:
• nombres particulares
• nombre sistemático
• código de la comisión enzimática (enzyme
comission)

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NOMBRE SISTEMÁTICO
• 3 partes:

• el sustrato preferente
• el tipo de reacción catalizada
• terminación "asa“

• Un ejemplo sería la glucosa fosfato isomerasa que


cataliza la isomerización de la glucosa-6-fosfato en
fructosa-6-fosfato.

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• En función de su acción catalítica específica,
los enzimas se clasifican en 6 grandes grupos o
clases:
• Clase 1: OXIDORREDUCTASAS
• Clase 2: TRANSFERASAS
• Clase 3: HIDROLASAS
• Clase 4: LIASAS
• Clase 5: ISOMERASAS
• Clase 6: LIGASAS

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MUCHAS VITAMINAS PROPORCIONAN DE COFACTORES ORGÁNICOS
-LLAMADOS COENZIMAS-
QUE SON CRUCIALES PARA LAS CÉLULAS HUMANAS

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Table 3-2 Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
NOMENCLATURA DE LA COMISIÓN ENZIMÁTICA

• El nombre de cada enzima puede ser


identificado por un código numérico,
encabezado por las letras EC (enzyme
commission), seguidas de cuatro
números separados por puntos.

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• El primer número indica a cual de las seis clases
pertenece el enzima

• El segundo se refiere a distintas subclases dentro de


cada grupo

• El tercero y el cuarto se refieren a los grupos químicos


específicos que intervienen en la reacción.

• Así, la ATP:glucosa fosfotransferasa


(glucoquinasa) se define como EC 2.7.1.2.
• El número 2 indica que es una transferasa, el 7 que es
una fosfotransferasa, el 1 indica que el aceptor es un
grupo OH, y el último 2 indica que es un OH de la D-
glucosa el que acepta el grupo fosfato.

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Especificidad por sustrato.

Dos enzimas de la familia proteasas que actúan sobre sustratos


diferentes.

TRIPSINA

TROMBINA

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Muchas enzimas requieren de cofactores para poder realizar su actividad

COFACTORES:
»METALES
»PEQUEÑAS MOLÉCULAS
ORGÁNICAS LLAMADAS COENZIMAS
»- GRUPOS PROSTÉTICOS
»- CO-SUSTRATOS

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CATÁLISIS ÁCIDA Y CATÁLISIS BÁSICA

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Figure 3-49 Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)