MINIMAL GENOME

En busca del
GENOMA MÍNIMO

Dra. Rosario Gil

RVGP, octubre 2004
 El concepto de genoma mínimo

Genoma mínimo (Koonin, 2000):

grupo más pequeño de genes que debe ser suficiente
para mantener en funcionamiento una forma de vida en
las condiciones más favorables imaginables
¾ en presencia de todos los nutrientes esenciales
¾ en ausencia de estrés ambiental

Funciones esenciales:
¾ mantenimiento estructuras celulares
¾ reproducción
¾ evolución
 El poder de la genómica comparativa
• Mushegian y Koonin, 1996
¾ Haemophilus influenzae (G-, 1703 genes codificantes de proteínas)
Mycoplasma genitalium (G+, 470 genes codificantes de proteínas)

¾ Conjunto mínimo de genes: 256 genes

Pero...
• Hutchison et al., 1999
Mutagénesis global (Tn) sobre M. genitalium y M. pneumoniae

¾ Muchos genes presentes en el “conjunto mínimo” pueden ser interrumpidos

Si aumentamos el número de genomas utilizados en la comparación

podemos disminuir significativamente
el número de genes considerados como esenciales
 Los reducidos genomas de los
endosimbiontes de insectos

hormiga carpintero mosca tse-tse pulgón

99
70 Blochmannia
Blochmanniafloridanus
floridanus0,7
0,7 Mb

99 Wigglesworthia
Wigglesworthiaglossinidia
glossinidia0,7
0,7 Mb
100
100 bacteriocito
93 Buchneraaphidicola
Buchnera aphidicola 0,6 Mb
100 Yersinia pestis 4,4 Mb
Escherichia coli 4,6-5,4 Mb núcleo
Salmonella enterica 4,8 Mb
99
Vibriocholerae 2,9 + 1,1,Mb
Pseudomonasaeruginosa 6,3 Mb
Análisis funcional comparativo
• Basado en las categorías COG

SHARED

277
 Comparación con M. genitalium

Cinco endosimbiontes

281 genes codificantes de proteínas comunes

Mycoplasma genitalium

96 genes de endosimbiosis 185 genes “housekeeping”

120

100
Endosymbiotic set
Housekeeping set
Number of genes

80

60

40

20

0
C D E F G H I J K L M N O P R S T

COG functional category

 Las aproximaciones experimentales

• Tres formas de identificar genes esenciales bajo

unas determinadas condiciones de cultivo:
¾ Mutagénesis masiva con transposones
¾ genes no esenciales que reducen el crecimiento
¾ genes esenciales que toleran inserciones

¾ RNA antisentido
¾ sólo válido si hay una expresión adecuada del RNA antisentido

¾ Inactivación sistemática de cada gen individual

¾ genes esenciales redundantes
¾ genes no dispensables simultaneamente
 ¿Y si las juntamos?

1. Nuestra comparación de genomas reducidos

¾ además el genoma de Phytoplasma asteris

2. Datos experimentales
a) M. genitalium y M. pneumoniae (mutagénesis masiva, Hutchison III et al., 1999)
b) Bacillus subtilis (inactivación sistemática, Kobayashi et al., 2003)
b) Escherichia coli (mutagénesis masiva, Gerdes et al., 2003)
c) Staphylococcus aureus (RNA antisentido, Forsyth et al., 2002)

3. Revisar el sistema metabólico

¾ Rutas alternativas
¾ Rutas incompletas
¾ Homeostasis metabólica
 “Nuestro” genoma mínimo
CELL DIVISION
206 genes
FtsZ

phosphate
INFORMATION
STORAGE AND
PROCESSING
ANABOLISM
DNA replication
non-oxidative (and repair) ENERGETIC
free bases pentose pathway
METABOLISM

transcription glycolisis PTS glucose

fatty acids nucleotides

phospolipids translation
cell ATP
envelope
cofactors H+
protein folding
transmembrane
vitamins electric potential
generation

amino acids Sec

FtsZ
system protein
translocation
machinery
Reproducción
Homeostasis metabólica
Evolución
 glucose
fatty
amino
acids
acids PTS
aa-tRNA biosynthesis PEP
CoA ATP

aa-tRNA Glycolysis
ATP G6P
acyl-CoA

ATP Phospholipid ATP

Non-oxidative ATP 3
biosynthesis
pentose
phosphate
PRPP 6 Gd3P DHAP G3P
pathway H+

NADH
_ +
NADH 3
A 5 CTP
G Transmembrane
U ATP electric potential
AMP GMP UMP CDP-DAG generation
pyruvate
2 2
ADP GDP UTP NADH
phosphatidyl-
lactate ethanolamine membrane bilayer
2 2
ATP GTP CTP

3
Met, Ser PRPP ATP NADH
dATP dGTP dCTP

6 Cofactor metabolism
Nucleotide biosynthesis
(salvage pathways) TTP SAM Pyridoxal-phosphate CoA

FAD NAD+ THF Thiamine-diphosphate

NADH, FAD ATP

Riboflavin Nicotinamide Folate Pyridoxal Thiamine Pantothenate

 Mycoplasma genitalium, “el pequeño de la casa”

• Fraser et al., 1995

secuenciación del genoma completo de M. genitalium
(el más pequeño hasta el momento)

¾ 580 Kb

¾ sólo 470 genes codificantes de proteínas

• Modelo para conocer el mínimo número de genes y proteínas

necesarios para mantener una forma de vida ¿libre?

Primer paso esencial para “crear” microorganismos para una

ámplia variedad de aplicaciones
Este trabajo ha sido posible gracias a ...
GRUPO DE GENÉTICA EVOLUTIVA
http://www.uv.es/cavanilles/genevol

Rosario Gil
Francisco J. Silva
Juli Peretó
François Delmotte
Fernando González-Candelas
Amparo Latorre
Andrés Moya