Las especies comunes y cultivadas de chile son:

 Capsicum annuum, que incluye muchas cultivares comunes como la cayena, el chile de
árbol, el chiltepín, el húngaro de cera, el jalapeño y el morrón;
 Capsicum baccatum, que incluye el chile escabeche o amarillo sudamericano;
 Capsicum chinense, que incluye los chiles más picantes, como el bonete escocés, el dátil,
el habanero y el naga jolokia;
 Capsicum frutescens, que incluye la malagueta, el ojo de pájaro y el tabasco, especie que
es actualmente considerada un sinónimo, o sea un simple cultivar de C. annuum10
 Capsicum pubescens, que incluye los ajíes locotos o rocotos sudamericanos y el chile
manzano cultivado en México.
Aunque solamente hay unas pocas especies usadas comúnmente, existen muchos otros
cultivares y métodos de preparación de chiles con una multitud de nombres locales diferentes
según sus usos culinarios, sus formas, colores, grados de picante, etc. Por ejemplo, los
morrones verdes y rojos son el mismo cultivar de C. annuum, siendo la variedad verde los
frutos inmaduros. En la misma especie están el Anheim, el colorado (o de Nuevo México), el
jalapeño, el poblano (que después del secado da lugar a chiles anchos o mulatos,
dependiendo de su carga genética), el serrano y otros innumerables cultivares.
El fruto de la mayoría de las variedades de chiles picantes contiene altos porcentajes
de capsaicina (8-metil-N-vanillil-6-nonenamida, C18H27NO3) y otros compuestos similares,
colectivamente llamados capsaicinoides,1112 mientras que las variedades no picantes carecen
de ellos. Cuando se consumen, los capsaicinoides se unen a los receptores de dolor de la
boca y la garganta que son responsables de la sensación de calor. Una vez han sido
activados, estos receptores envían al cerebro el mensaje de que se está consumiendo algo
caliente. El cerebro responde a esta sensación de calor elevando el pulso cardíaco,
incrementando la sudoración y liberando endorfinas. Un estudio del 2008 halló que la
capsaicina altera la forma en que las células del cuerpo usan la energía producida por la
hidrólisis del ATP.13 En la hidrólisis normal la proteína SERCA utiliza esta energía para mover
iones de calcio dentro del retículo sarcoplásmico. Cuando la capsaicina está presente, altera
la conformación de la SERCA y reduce así el movimiento iónico. Como resultado, la energía
del ATP (que habría sido usada para bombear iones) se libera como calor.