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Ustedes tiene iones y los iones viajan a un detector dependiendo de su carga y de su masa.

La gracia
que tiene esta metodología es que puede tener pequeñas diferencias, en las ….. es que es muy
pequeñas digamos incluso fracción, ¿”péptidos fracción”?, coma sesenta y algo,…. ahora más
adelante lo vamos a ver, esta es una cuestión fantástica porque ustedes pueden tener una proteína
y romperla en péptidos, y poner esos péptidos ahí y determinar el peso molecular, entonces el
sistema le puede detectar el peso molecular de cada uno de los péptidos, pero quizás hay una sola
proteína que dé ese número de péptidos, con esos pesos moleculares. Entonces ustedes pueden,
de esos maravillosos geles que les mostré yo, pueden sacar una muestra, romperla en sus péptidos,
con una enzima proteolítica, analizar eso y saber que proteína es. ¿Por qué? ¡Porque hay una base
de datos de todas proteínas que existen ¿analizadas? con esta metodología! ¡Y toda una base de
datos de todas las proteínas que usteDES SE PUEDAN IMAGINAR, donde ustedes pueden poner lo
que quieran. Es una maravilla que se puede hacer con los computadores. Entonces tienen aquí la
intensidad de lo que el detector al le llega y la relación es masa/carga, y ahí tienen los valores
“18.364”, o sea, en una metodología como la exclusión molecular, o “…” como las llamamos
nosotros, el +/- puede ser 5%, la detección del peso molecular, del valor real, y aquí les dice oiga es
tanto. Entonces cuando la gente habla de proteomica; ustedes pueden tener una mezcla de
proteínas, pueden separarla en un gel de 2 o 3 dimensiones, pueden tener una proteína individual,
porque la sacan de ahí, de los cientos de proteínas, sacan la manchita que les interesa, la digieren
con tripsina, van a tener peptidos, la tripsina rompe donde hay glicina o arginina. Si ustedes saben
la composición de aminoácidos, podrían decir cuántos péptidos van a obtener, si tiene una glicina y
rompen, dos péptidos; si tiene dos glicinas, tres péptidos. O sea siempre la cantidad de lugares de
ruptura más 1. Y si le hacen la espectrometría de masa, ustedes tienen la masa de los peptidos, y si
ustedes van a la base de datos puede confirmar lo que le dije.

Hay otra metodología que aparece en el trabajo que tiene que ver con plasmon resonance. La gracia
de esta metodología es más o menos grande, permite detectar unión de ciertas moléculas en un
film, la radiación que toca este film es reflectada y esto se ve como una manchita que se ve a
distintas intensidades, que se puede transformar en una curva. Entonces va a depender de si está
unido el ligando o no, la curva se desplaza hacia un lado u otro y uno puede determinar uniones…

(Explica la estrutura del paper 1 y cómo funciona el seminario)

Proteínas estructurales:

Las proteínas estrcuturales, son mayoritariamente alargadas o planas en el caso de presentar


estructura Beta, y varía fundamentalmente dependiendo del tejido de que se trate, de la piel, de las
uñas, del pelo, etc. Aquí se muestra el caso del pelo, donde se ve aquí la estructura helicoidal, pero
que se trensa con otra estructura helicoidal, que a su vez se acompleja formando un protofilamento,
que forma una protofibrila, que forma un filamento intermedio, y está es toda la célula del pelo. La
estructura helicoidal forma parte de el “..”, y esto es un corte transversal, . La primera ingeniería
genética de proteína es lo que se llamaba la permanente, la gracia de este sistema es que entre las
cadenas helicoidales hay enlaces disulfuro, entontes la peluquera les pone un agente reductor, que
rompe los enlaces disulfuro, entonces después enrosca el pelo y lo oxida de nuevo entonces los
grupos que estaban dispuesto paralelos, al enroscarse se corren, y forman enlaces disulfuro con
otros grupos y el pelo queda enroscado. Lo que sucede después es que con el aire,…., etc. esos
enlaces se van rompiendo y a uno le va creciendo el pelo. Ahora cuando son estructuras beta, los
grupos glicina, alanina y otros están dispuestos hacia arriba o hacia abajo o entretandos entonces
se forman estas sabanas betas, donde hay varias hebras betas que están interactuando como lo
vimos en las clases. Aquí se muestra el caso del colágeno que es una triple hélice, una verdadera
prensa de estructura helicoidal y ahí se muestra de costado y de frente, se ve como las cadenas
polipeptidicas de los tres colores están interactuando para formar, y en el caso de la seda y las
telarañas son hojas beta pero son hojas beta que están puestas una encima de otra, porque hay
cadena laterales como alanina que están hacia arriba y hacia abajo, entonces cuando una placa se
pone con otras estas alanina interactúan entre ellas, y el carácter apolar les ofrece cierta estabilidad
a estas estructuras.

(Ahora empieza a explicar los problemas de “AyudantiaEjercicios2015”)

Usando la ecuación, cuando el pH es una unidad superior al pK, que es lo que hago yo, el pH lo
reemplazo por (pK +1), obtengo pK ambos lados lo puedo eliminar porque me va a dar cuociente
igual a 1, entonces 10 elevado a 1, 10 entonces el cuociente va a ser 10, si el cuociente es 10 cuanto
hay del numerador que es lo que se desprotonó, 10 es igual a 10 partido por 1, entonces el
numerador es 10 y el total cuanto es, es el numerador más el denominador, 11, entones 10 partido
por 11, entonces cual es el porcentaje del denominador, el denominador es 1, dividido por el total
cuanto es, 1 partido por 11, y eso va a dar que el numerador es 90 y tantos por ciento y el
denominador el 1 por ciento. Ahora si yo le digo que el pH es igual a la pKa + 2, entonces ahora le
va a dar el cuociente es igual a 10 elevado a 2, 100, cuanto es el numerador, 100 partido por el total,
cuanto es eso, 100 partido 100+1, cuanto es eso, 99 o algo así y el denominador cuanto es, 1 cuanto
es 1 partido 101, casi nada. Y si ustedes siguen le va a dar 3 que es mil, le va a dar 4 que es 10000 y
cada vez va a ser menor. Cuál es la importancia de esto? Que ustedes saben que al tener un pH por
sobre 1 unidad sobre el pK, vamos a estar en más o menos 90 y 10%, 2 y ya vamos a estar casi al
100%. Entonces si yo le doy el pK entonces ustedes inmediatamente saben que a dos unidades va a
estar en un estado u otro estado. Entonces si yo les doy, Y LO VOY A HACER, le vamos a decir los
aminoácidos de un péptido y le voy a decir a tal pH se va a detener en una columna de ¿DAB? o no?
Entonces que van a hacer ustedes, ah aquí tengo una arginina, el ph esta 2 unidades por sobre, la
carga de este péptido es tanto, si se va a retener, si se van a tener que saber eso y yo no le voy a dar
la fórmula de la arginina pero les voy a dar el pK, o incluso podría no darles el pK, porque ustedes
saben que la arginina es alto y el carboxilo es bajo, una alrededor de 10 la otra alrededor de 3,
entonces si yo digo 6, o digo 12 o digo 1 ustedes debería saber la carga.

Esto que esta acá (grafico diapo 3) es como el ejercicio que viene después, tengo dos grupos aquí,
un grupo carboxilo y un grupo amino, entonces hay una curva de titulación, que es titular yo tomó
una base que conozco su concentración y trata de neutralizar todos los protones de una solución, y
como sé que los neutralizo, bueno tengo todo unos indicadores que viran de color cuando cambian
de estado. Entones aquí tiene pH, medido con un pHmetro y yo voy agregando gotitas de base, pero
aquí dice equivalente, entonces no me preocupo de la concentración, Entonces aquí hay un abrupto
cambio [36 min.]

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