1.

Gen yang mengandung tiga intron,

a. Gambar gen mengandung tiga intron,

b. Peta Retriksi untuk plasmid yg sejajar adalah

2. Metode sekensing dapat berupa metode maxam – gilbert, metode sanger, dan automated
sequencing. Metode maxam gilbert atau metode degradasi kimia (chemical degradation
method) dikembangkan oleh Maxam dan Gilbert pada tahun 1977. Sekuen molekul DNA
untai ganda ditentukan dengan perlakuan menggunakan bahan kimia yang memotong molekul
DNA pada posisi nukleotida tertentu. Fragmen DNA yang akan disekuens dilabeli
menggunakan zat radioaktif pada ujung 5’. Molekul DNA terlebih dahulu dipotong-potong
secara parsial menggunakan piperidin. Ikatan antara fosfat dan gula dipotong dengan
piperidin (modifikasi waktu pemotongan dan konsentrasi piperidin akan menghasilkan
potongan dengan berbagai ukuran). Basa dimodifikasi secara spesifik. Pengaturan masa
inkubasi atau konsentrasi piperidin akan menghasilkan fragmen-fragmen DNA yang
bermacam-macam ukurannya. Selanjutnya, basa dimodifikasi menggunakan bahan-bahan
kimia tertentu. Dimetilsulfat (DMS) akan memetilasi basa G, asam format menyerang A dan
G, hidrazin akan menghidrolisis C dan T, tetapi garam yang tinggi akan menghalangi reaksi T
sehingga hanya bekerja pada C. Dengan demikian, akan dihasilkan empat macam fragmen,
masing-masing dengan ujung G, ujung A atau G, ujung C atau T, dan ujung C (Pierce 2002 :
260).
3. Editing genom adalah cara terbaru untuk melakukan rekayasa
genetika.CRISPR/CAS9 adalah salah satu teknik yang paling banyak digunakan saat
ini.
a. Tujuan dari metode ini adalah untu mengedit susunan sekuens DNA pada
genom sehingga merubah asam amino yang dikode dan pada akhirnya
merubah sifat organisme (Prihartini, 2015). Tujuan dari metode ini tak lain
adalah mengedit susunan basa DNA pada genom sehingga ketika
diterjemahkan dalam bahasa asam amino bisa merubah sifat dari organisme
tersebut. Teknologi genome editing tergolong baru karena baru resmi untuk
beberapa genome editing yang telah digunakan diantaranya Zinc Finger
Nucleses (ZFNs) dan Transcription Activator-Like Efefctor Nudeases.
b. ketika ditemukan sebuah teknologi CRISPR-Cas9 yang mampu membuat
teknik editing gen yang lebih simpel dan memungkinkan untuk diaplikasikan
pada manusia. Bisa untuk mengatasi berbagai penyakit genetik, bahkan
memodifikasi sifat-sifat yang sebelumnya hanya ada di cerita fiksi ilmiah,
seperti manusia super hero dengan tulang yang kuat, warna kulit berbeda,
memperlambat penuaan dini, dan lainnya
c. Jawabannya tidak. Karena sekitar aTahun 2013 muncul sebuah publikasi
ilmiah dari para ilmuwan dunia mengenai Clustered Regularly Interspaced
 Short Palindromic Repeats (CRISPR)[1]. CRISPR merupakan sebuah metode
gene editing yang digunakan untuk memodifikasi gen, tidak hanya pada Sel
Somatik (sel tubuh selain sel telur dan sperma), namun juga pada Sel
Germinal (sel telur dan sperma) sehingga mampu bersifat diturunkan dari
generasi ke generasi. CRISPR diciptakan oleh Jennifer Doudna bersama
rekannya Emmanuelle Charpentier untuk mengedit genom (set lengkap DNA
organisme) yang diberi nama CRISPR-Cas9. CRISPR juga disebut sebagai
suatu sistem vaksinasi yang dirancang oleh tubuh bakteri saat menerima
infeksi dari Bacteriophage (jenis virus yang menginfeksi bakteri)[6]. Ketika
tubuh bakteri terjangkit virus, maka CRISPR akan menyimpan bagian dari
virus tersebut untuk dikenali jika suatu saat virus yang sama menyerang
kembali dan juga untuk pertahanan diri. Dalam pertahanan diri, kinerja
CRISPR dibantu oleh Cas (CRISPR-associated proteins) yang berupa enzim
untuk memotong DNA virus[4]. Jenis enzim yang paling dikenal adalah Cas9.
Penemuan ini digadang-gadang menjadi cara paling efektif, efisien, dan tidak
memakan biaya yang besar dalam mengobati penyakit genetik, bahkan untuk
menambahkan gen tertentu dalam memodifikasi fisik maupun intelijensi
manusia. Lantas, bagaimana sebenarnya cara kerja CRISPR ini? Ketika virus
Bacteriophage menginfeksi bakteri, virus ini akan menyuntikkan DNA.
Sistem CRISPR akan memetik DNA virus dan dimasukkan ke dalam
kromosom DNA bakteri. Ketika bakteria mendeteksi adanya kehadiran dari
DNA virus, bakteri memproduksi dua RNA pendek yang merupakan ulangan
atau replika dari DNA virus. RNA ini kemudian mengikat protein atau enzim
Cas9 dan membentuk suatu kompleks (ikatan) yang berfungsi sebagai
pelindung dalam sel. Kompleks (ikatan) yang terbentuk ini kemudian
memungkinkan Cas9 untuk memotong DNA virus dengan sangat tepat. Para
pencipta CRISPR-Cas9 ini meyakinkan bahwa kompleks (ikatan) ini
diprogram untuk mengenali urutan DNA tertentu, sehingga tidak terjadi salah
pemotongan[5]
4. Metabarcoding
a. identifikasi berdasarkan DNA dianggap lebih obyektif daripada berdasarkan
morfologi dan anatomi, karena DNA atau Deoxyribo Nucleic Acid merupakan
asam nukleat yang menyimpan semua informasi tentang genetik, dan informasi
tersebut tidak akan berubah walaupun berubah habitat, di banding dengan
 Penggunaan karakter morfologi yang sering menghasilkan taksonomi yang kurang
akurat sehingg dibutuhkan karakter yang tidak mudah berubah walaupun terjadi
perubahan habitat.
b. Karena Prinsip kerja dari teknik metabarcoding ini memanfaatkan jejak DNA
yang ditinggalkan hewan di dalam air. Jejak DNA memungkinkan kita untuk
menganalisis berbagai jenis hewan yang meninggal jejak DNA di air dalam satu
kali proses sampel sehingga waktu relatif lebih singkat dan perolehan data yang
jauh lebih banyak dan beragam. Jadi dapat dipastiakn spesies yang terdapat di
dalam kantong semar tersebut berjumlah 7 spesies.
c. Gen cytochrome oxidase subunit I (CO 1) telah dipilih menjadi salah satu gen
yang sekuennya digunakan dalam barcoding (penanda),karena gen ini mempunyai
sifat-sifat yang memenuhi persyaratan untuk digunakan dalam menentukan
identitas spesies pada hampir semua binatang tingkat tinggi. Gen CO 1 memiliki
banyak kelebihan untuk mempelajari karakteristik genetik karena sedikit sekali
mengalami delesi dan insersi pada sekuennya, serta banyak bagian yang bersifat
conserve (lestari) sehingga dapat digunakan sebagai DNA barcoding pada
sebagian besar spesies (Hebert et al. 2003). Gen CO 1 juga dapat digunakan untuk
merekonstruksi filogenetik pada cabang evolusi tingkat spesies (Palumbi 1996).
Selain itu susunan asam amino dari protein yang disandi gen CO 1 jarang
mengalami substitusi sehingga gen CO 1 bersifat stabil dan dapat digunakan
sebagai penanda analisis filogeni, namun basa-basa pada triple kodonnya masih
berubah dan bersifat silent yaitu perubahan basa yang tidak merubah jenis asam
amino.
5. Terapi gen:
a. Terapi gen bertujuan untuk terapi yang digunakan dalam memperbaiki gen-gen
mutan(abnormal/cacat) yang bertanggung jawab terhadap terjadinya
suatupenyakit. Terapi gen diciptakan untuk mengobati penyakit keturunan
(genetik) yang terjadi karenamutasi pada satu gen, seperti penyakit fibrosis sistik.
b. Prinsip aplikasi terapi gen
Prinsip-prinsip terapi gen adalah gen yang akan dipindahkan itu harus diletakkan
ke dalam sel yang akan berfungsi normal dan efektif. Untuk hemofilia gen harus
diletakkan ke dalam sel yang akan menghantarkan protein faktor VIII atau faktor
IX ke dalam peredaran darah. Saat ditransfer, gen tersebut harus berfungsi dalam
sel dalam jangka waktu yang lama, demikian pula sel baru yang disebut
 transduced cell, harus pula bertahan lama. Program terapi gen terbagi dalam dua
jenis. Pertama, pemindahan gen dilakukan di dalam tubuh pasien (in vivo
transfer). Kedua, pemindahan gen dilakukan di luar tubuh pasien (ex vivo
transfer). Terapi gen in vivo transfer bersandarkan pada kemampuan sel-sel untuk
menyerap DNA. Peneliti berharap dapat memetakan gen yang berfungsi normal
sehingga memungkinkan sel-sel menerimanya sesegera mungkin, misalnya
melalui penyuntikan. Sedangkan ex vivo transfer, gen yang berfungsi normal
disisipkan ke dalam sel di dalam laboratorium. Kemudian sel yang telah
ditransferkan ke gen baru tadi di letakkan ke dalam tubuh pasien.
c. Contoh Vektor yang digunakan dalam terapi gen : Retrovirus
Kelebihan
- Retrovirus dapat menginfeksi sel yang sedang membelah karena virus
inimemiliki kemampuan untuk menembus porinukleus saat siklus mitosis
- Provirusmemiliki kemampuan untuk ditranskripsi danditranslasi seperti gen
lainnya. Hasil ekspresiprovirus telah mengandung gen target yangakan
digunakan untuk terapi serta gen dariretrovirus itu sendiri.
Kekurangan
- Materi genetik retrovirus cenderung kurang stabil karenaberupa RNA. Untuk
dapat disisipi gen targetyang akan ditransfer ke sel target, RNAretrovirus
harus ditranskripsi balik terlebihdahulu membentu cDNA
(complementaryDNA) sebelum disisipi gen target.
- Adanyakemungkinan penyisipan gen virus di fragmengenom manapun pada
sel inang dimana haltersebut dapat mengakibatkan terjadinyamutasi apabila
penyisipan gen virus terjadi pada bagian tengah dari genom sel inang.
- penyisipan yang tidak terkontrolletaknya dapat mengakibatkan tidak
terkontrolnya pembelahan sel yang terjadisehingga dapat mengakibatkan
kanker.