SCD3 GTDE–Stat (P. Gloagen, R. Narci, S.

Ouadah) 2018–2019

TP : Modèles linéaires généralisés

Nous nous intéressons aux trois thématiques suivantes : la présence des oiseaux dans les prairies,
le développement de plantes dans différents lieux et le bilan énergétique chez les lézards. Au vu
des trois jeux de données mis à disposition, nous identifierons les problématiques pour ensuite
y répondre à l’issue de la démarche statistique générale présentée ci-après.

1 Démarche
1. Problématique Identifier la question biologique.

2. Etude descriptive Après avoir importé les données dans R (read.table), on pourra
découvrir les données et leur caractéristiques (str, summary), faire des représentations
graphiques (plot, boxplot, hist) et commenter.

3. Modèle Choisir un modèle qui permet de répondre à la question que l’on se pose. Avant
d’écrire la commande R (glm) associée au modèle choisi, ce dernier doit être rigoureusement
écrit sous forme mathématique.

4. Interprétation des sorties Soit glm.theme le modèle sous R. Les fonctions R permettant
d’obtenir les paramètres estimés et les tables d’analyse de déviance sont summary(glm.theme),
anova(glm.theme,test="Chisq") et Anova(glm.theme).

5. Conclusion Répondre à la question biologique au vu des résultats statistiques.

2 Présence des oiseaux dans les prairies

2.1 Présentation du problème
Certaines espèces d’oiseaux constituent des indicateurs de biodiversité. Leur présence peut
également présenter un atout touristique important. C’est pourquoi, nous nous intéressons à
leur présence/absence.
La présence ou l’absence d’oiseaux dans les prairies est déterminée par plusieurs facteurs, notam-
ment par les caractéristiques de leur habitat comme l’intensité du pâturage ou la surface en eau
(voir e.g. Makowski et al. (2009) [1]). Nous nous intéressons ici à la modélisation de l’influence
d’une variable caractérisant la prairie qui est la hauteur d’herbe, sur la présence d’une espèce
d’oiseau dans les prairies du Marais Poitevin. L’espèce d’oiseau considérée ici est le chevalier
gambette (Tringatotanus), un échassier vivant dans les prairies humides et les marais.
La question que l’on se pose est la suivante. Quelle est la nature du lien entre la hauteur d’herbe
et la présence de ces oiseaux ?

2.2 Descriptif des données

Les données (oiseaux.txt) sont établies pour 424 sites-années correspondant à des prairies lo-
calisées en France dans le Marais Poitevin. Une mesure moyenne de hauteur d’herbe (Hau-
teurHerbe), en cm, correspond à la moyenne de 50 mesures par prairie, soit environ 20 mesures
par hectare. Les mesures de présence/absence (Presence) de chevalier gambette, sur chaque
site-année, ont été réalisées au stade d’incubation de l’oiseau; on observe chaque prairie à la
jumelle binoculaire ou au télescope tous les 10 jours à une distance généralement supérieure à
150 m.

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3 Développement de plantes dans différents lieux

3.1 Présentation du problème
On souhaite expliquer le nombre d’espèces de plantes qui se développent dans différents lieux
en fonction de la biomasse de ces lieux et du pH du sol. Plus précisément, on se demande si la
pente de la relation entre le nombre d’espèces et la biomasse dépend du pH.
Les questions que l’on se pose sont les suivantes. Quelle est la nature du lien entre biomasse,
pH et le nombre d’espèces de plantes ? Est-ce que l’éventuel lien entre biomasse et nombre
d’espèces de plantes varie selon le pH ?
Dans l’étape de modélisation, il est important de prendre en compte le fait que les lieux considérés
peuvent avoir des surfaces différentes. L’offset dû à la surface sera indiqué en tant qu’option
dans la commande glm.

3.2 Descriptif des données

Les données sont prélevées sur 90 lieux qui ont des surfaces (Area) différentes. On dispose du
nombre d’espèces d’arbres (Species), d’un indicateur du pH du sol (pH) qui a trois modalités
qui sont fort, moyen et faible (high,mid,low), et de la valeur de la biomasse (Biomass).

4 Bilan énergétique chez les lézards

4.1 Présentation du problème
On s’intéresse aux facteurs jouant sur la balance énergétique des lézards qui peut-être évaluée
en mesurant la proportion de lézards d’une espèce chassant le ventre vide (voir e.g. Huey et al.
(2001) [2]).
La question que l’on se pose est la suivante. Quelle est la nature du lien entre stratégie de
recherche de nourriture, période d’activité et le nombre de lézards ?

4.2 Descriptif des données

Pour 125 espèces de lézards à travers le monde, les chercheurs ont prélevé un certain nombre
d’individus (Noguts) et mesuré le nombre de ceux qui avaient le ventre vide (Noempty). Pour
chaque espèce, on a noté, sa stratégie de recherche de nourriture (Foraging = SW pour sit-and-
wait ou WF pour wide-foraging) et sa période d’activité (Timeofactivity = D pour diurne et N
pour nocturne).

References
[1] Makowski D., Tichit M., Guichard L., van Keulen H., Beaudoin N. (2009). Measuring the
accuracy of agro-environmental indicators. Journal of Environmental Management 90, 139–
S146.

[2] Huey, R. B., Pianka, E. R., Vitt, L. J. (2001). How often do lizards "run on empty"?. Ecology,
82, 1–7.

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