Mecanismos Enzimaticos

Planta Piloto de Fermentaciones
Departamento de Biotecnología
Mecanismo de la actividad enzimática
Sergio Huerta Ochoa

UAM-Iztapalapa
Clasificación de las enzimas

1. Oxidoreductasas: Oxidación – Reducción
2. Transferasas: Transferencia de grupos C, N, o P
3. Hidrolasas: Desdoblamiento de enlaces por agua
4. Liasas: Separación de enlaces C-C, C-S, y ciertos enlaces
C-N
5. Isomerasas: Racemización de isómeros geométricos
(re-arreglos intra-moleculares)
6. Ligasas: Formación de enlaces entre carbono y O, S, N
acoplados a la hidrólisis de enlaces fosfato de alta
energía
1. Óxido - reductasas (deshidrogenasas)

Catalizan la oxidación o reducción de sustratos
Glucosa oxidasa
Peroxidasas
Lactato deshidrogenasa Ciclohexanona monooxigenasa
El mayor número de oxidorreductasas llevan a cabo la

reacción:
AH2 + B ↔ A + BH2
Donde: B es el aceptor de elctrones: NAD+, NADP+, ferricitocromo, etc.

Nota: Esta reacción ocurre bajo condiciones aeróbicas o anaeróbicas
Lactato deshidrogenasa
Lactato deshidrogenasa [(S)-L-Lactato:NAD+ oxidoreductasa, EC 1.1.1.27]
Contiene cuatro sitios activos por molécula; esto es, cada subunidad polipeptídica
contiene el equivalente a un sitio activo. No hay efecto cooperativo entre los 4
sitios activos.
Mecanismo: Bi Bi secuencial ordenado
NAD+ Lactato Piruvato NADH
E-NAD+•L
E E-NAD+ E-NADH••P E-NADH E
2. Transferasas
Catalizan la transferencia de un grupo de un compuesto a otro, los grupos que son
transferidos son C, residuos aldehídicos y cetónicos, acil, glicosil, alkil, nitrogenados,
fósforo y grupos que contienen azufre.
Most transaminases share a common substrate and product (glutamate and oxoglutarate) with glutamate dehydrogenase, and
this permits a combined nitrogen excretion pathway for individual amino acids that is commonly described as "trans-deamination".
Mecanismo: Bi Bi Ping-Pong
Alanine transaminase
(EC 2.6.1.2)
A P B Q
E EA-FP F FB-EQ E
3. Hidrolasas
Catalizan las reacciones de hidrólisis donde el agua es el aceptor del grupo
transferido
Ejemplos: Amilasas, celulasas, β-galactosidasas, lipasas, Proteasas

Mediante gráficas de Lineweaver-Burk
Enzima libre:
Vmax = 26.2 mol mg-1 min-1
kcat = 29 s-1
KM = 1.35 mol dm-3
Enzima inmovilizada:
Vmax = 5.2 mol mg-1 min-1
kcat = 5.7 s-1
KM = 0.2 mol dm-3
Ho-Shing Wu, Ming-Ju Tsai . 2004. Kinetics of tributyrin hydrolysis by lipase. Enzyme and Microbial Technology, 35 : 488–493
4. Liasas
Catalizan la lisis de un substrato, generando un doble enlace en una eliminación
no-hidrolítica, no-oxidativa (Sintetasas catalizan la adición a un doble enlace, la
reacción inversa de una liasa)
Pyruvate decarboxylase
(EC 4.1.1.1)
Active site of pyruvate decarboxylase with

selected amino acids: Glu-51, Glu-477, Asp-444,
and Asp-28. Also displayed are cofactors TPP and
Mg2+.
Susane Lowe and J. Gregorzye Ikus. 1992. Purification and

characterization of pyruvate decarboxylase from Sarcina
ventriculi. Journal of General Microbiology , 138: 803-807
5. Isomerasas
Catalizan las reacciones de isomerización
6. Ligasas (sintetasas)
Catalizan la formación de enlaces entre dos compuestos usando la energía derivada
del desdoblamiento de un enlace pirofosfato tal como se encuentra en el ATP
Características de las Enzimas

• Tasas catalíticas extremadamente altas
• Condiciones de reacción suaves
• Especificidad de reacción
• Regulación
Las enzimas (catalizadores biológicos) son efectivas en

pequeñas cantidades
Permanecen sin cambios después de la reacción
No afectan el equilibrio de una reacción reversible,
simplemente incrementan la velocidad a la cual el equilibrio
se alcanza
Especificidad de las enzimas

Especificidad de substrato
El resultado del reconocimiento molecular
• El substrato (pequeño) se enlaza a la enzima

(grande) vía fuerzas débiles: Enlaces-H, van der
Waals, iónicas (algunas veces interacciones
hidrofóbicas)
• El sitio de enlace de un sustrato es generalmente
una hendidura sobre la superficie de la enzima que es
complementaria para el substrato
- en forma (geométricamente complementarios)
- en características químicas
(complementariedad electrónica) al substrato
Especificidad de las enzimas
• Especificidad absoluta:
• Especificidad relativa:
Quimoselectividad
Regioselectividad
•Estereoespecificidad:
•Inespecificidad
Especificidad absoluta
Cataliza la reacción de un substrato único a un producto particular
Existen enzimas que sólo aceptan una molécula como sustrato, ejemplos:
a) Uricasa, la cual actúa solamente sobre ácido úrico

b) Arginasa, la cual actúa solamente sobre arginina
c) Carbonic anhidrasa, la cual actúa solamente sobre ácido carbónico
d) Lactasa, la cual actúa solamente sobre lactosa
e) Sucrasa, la cual actúa solamente sobre sucrosa
f) Maltasa, la cual actúa sobre maltosa
g) acetilcolinesterasa que actúa solamente sobre los ésteres de colina
Especificidad relativa
Ciertas enzimas muestran especificidad relativa, ya que actúan sobre muchos
compuestos que poseen un rasgo estructural común. Por ejemplo, la fosfatasa del
riñón cataliza la hidrólisis de ésteres fosfato del ácido fosfórico a diferentes
velocidades, la amilasa hidroliza el almidón independiente de su origen. Las
proteasas y lipasas hidrolizan proteinas y lípidos.
Es decir, catalizan el mismo tipo de reacción con varios sustratos; pero que tienen en
común un mismo grupo químico (amino, fosfato, metil), el cual es el directamente
modificado en la reacción, ejemplo esterasa que actúa sobre los grupos éster.
Quimoselectividad
Es la capacidad de catalizar reacciones con otros grupos funcionales como por
ejemplo hidrólisis o síntesis de un enlace amida (aminólisis).
Regioselectividad
Es la capacidad para discriminar entre las posiciones externas sn-1,3 ó la posición
interna sn-2.
Lipasa sn-2
selectiva
Lipasa sn-1,3
selectiva
Estereoespecificidad
Es la capacidad de diferenciar entre moléculas
de sustrato que posean enantioisómeros
cuando se trata de sustratos quirales.
H H O
O
Ciclohexanona O
Monooxigenasa
O + O
H H
O2 ,NADPH, H+ H2O, NADP+
A Stereo Specificity
sp3
D
B D C
Enzyme surface C B B
The tetrahedral structure C D
of carbon orbital has rigid
steric strain which makes
the basic building unit of These two triangles are
protein conformation not identical Juang RH (2004) BCbasics
Amplia especificidad
(La excepción a la regla)
Catalizando un amplio rango de compuestos y reacciones
Chymotrypsin Has A Site for Specificity
O O
N–C–C–N–C–C N–C–C–N–C–C
R H R’
O-
C
Ser
Specificity
Site Catalytic Site
Active Site
Juang RH (2004) BCbasics
Specificity ofFermentaciones
Planta Piloto de Ser-Protease Family
Trypsin Chymotrypsin Elastase
cut at Lys, Arg cut at Trp, Phe, Tyr cut at Ala, Gly
O O
O O O O
–C–N–C–C–N–
–C–N–C–C–N– –C–N–C–C–N–
C
C
C CH3
C
Deep and negatively
charged pocket
C Shallow and
NH3 non-polar
+ pocket
Juang RH (2004) BCbasics

COO- Non-polar
C pocket
Asp
Active Site
Algunos otros términos importantes
• Cofactores
– Iones metálicos
– Móleculas orgánicas (coenzimas)—usualmente derivados de
vitaminas
• FAD
• NAD/H
• Grupos Prostéticos—Cofactores enlazados covalentemente
• Apoenzima/holoenzima
Cofactores y Coenzimas
Son pequeñas moléculas que se asocian con enzimas para facilitar

las reacciones que amino ácidos no pueden hacer solos
Ejemplo: oxidación – reducción
• Iones metálicos que actúan como cofactores - Cu2+, Fe3+, y Zn2+
• Cofactores orgánicos son generalmente referidos como coenzimas
- NAD+ y CoA
• Cosubstratos - cofactores que están solamente asociados
transientemente con la enzima
• Grupos prostéticos - cofactores que están permanentemente
asociados con la enzima
Con y sin Cofactor/Coenzima

• Haloenzima – Una enzima catalíticamente activa con su cofactor
• Apoenzima - enzima sin el cofactor
Apoenzima + cofactor ↔ haloenzima
(inactive) (active)
Regeneración de Coenzimas
• Las coenzimas son cambiadas químicamente en la reacción en la cual

participan
• Las coenzimas deben ser regeneradas para poder completar el ciclo
catalítico
• En las reacciones catalizadas por NADH, NAD+ es reducido a NADH. El
NADH debe ser nuevamente oxidado NAD+ para permitir que ocurran
múltiples ciclos de la reacciones
• Para los cofactores unidos transientemente, algunas veces la
regeneración es realizada por otra enzima
• En el caso de grupos prostéticos, la regeneración ocurre en una fase
separada de la misma secuencia de reacciones enzimáticas
Coenzimas
Adenosine Triphosphate (ATP)
Nicotinamide Adenine
Dinucleotide (NAD+) Nicotinamide Adenine Dinucleotide
Phosphate (NADP+) Flavin Adenine Dinucleotide (FAD)
Metales y oligoelementos importantes como

cofactores enzimáticos
Metal Ejemplo de enzima Función del metal
Fe Citocromo oxidasa Oxidación reducción
Cu Ácido ascórbico oxidasa Oxidación-reducción
Zn Alcohol deshidrogenasa Facilita la unión de NAD+

Mn Histidina amoniaco liasa Facilita la catálisis mediante la
extracción de electrones
Co Glutamato mutasa El Co forma parte de la coenzima
cobalamina
Ni Ureasa Lugar catalítico
Mo Xantina oxidasa Oxidación-reducción

V Nitrato reductasa Oxidación-reducción
Se Glutatión peroxidasa Sustituye al S en una cisteína del

lugar activo

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Mecanismo de la actividad enzimática

Sergio Huerta Ochoa

Clasificación de las enzimas

1. Óxido - reductasas (deshidrogenasas)

El mayor número de oxidorreductasas llevan a cabo la

Donde: B es el aceptor de elctrones: NAD+, NADP+, ferricitocromo, etc.

Lactato deshidrogenasa [(S)-L-Lactato:NAD+ oxidoreductasa, EC 1.1.1.27]

Mecanismo: Bi Bi secuencial ordenado

NAD+ Lactato Piruvato NADH

Ejemplos: Amilasas, celulasas, β-galactosidasas, lipasas, Proteasas

Mediante gráficas de Lineweaver-Burk

Active site of pyruvate decarboxylase with

Susane Lowe and J. Gregorzye Ikus. 1992. Purification and

Características de las Enzimas

Las enzimas (catalizadores biológicos) son efectivas en

Especificidad de las enzimas

• El substrato (pequeño) se enlaza a la enzima

Especificidad de las enzimas

Cataliza la reacción de un substrato único a un producto particular

a) Uricasa, la cual actúa solamente sobre ácido úrico

Juang RH (2004) BCbasics

Algunos otros términos importantes

Son pequeñas moléculas que se asocian con enzimas para facilitar

Con y sin Cofactor/Coenzima

• Las coenzimas son cambiadas químicamente en la reacción en la cual

Adenosine Triphosphate (ATP)

Metales y oligoelementos importantes como

Cu Ácido ascórbico oxidasa Oxidación-reducción

Zn Alcohol deshidrogenasa Facilita la unión de NAD+

Mo Xantina oxidasa Oxidación-reducción

Se Glutatión peroxidasa Sustituye al S en una cisteína del

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