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Introducción.
Las bacterias grampositivas y negativas son patógenos peligrosos que pueden causar
enfermedades de infección humana, especialmente en vista de la resistencia a los
antibióticos, que se está convirtiendo en un problema clínico alarmante [1, 2]. Para
encontrar nuevos compuestos antimicrobianos, se han explorado múltiples fuentes de
antibióticos en la naturaleza. Entre ellos, los venenos de los animales constituyen una de
las fuentes más ricas de sustancias farmacológicamente activas, ya que estos compuestos
pueden producirse por autodefensa, siendo útiles para el desarrollo de fármacos inusuales
[1].
Por otro lado, no solo se han obtenido propiedades perjudiciales del veneno. Esta
secreción puede utilizarse como una herramienta farmacológica, y representa un enorme
campo potencial para el descubrimiento de nuevas moléculas que pueden curar
enfermedades, incluso aquellas que no responden a las terapias actuales [4]. Con este fin,
esta revisión se centrará en los compuestos antimicrobianos aislados de venenos de
serpiente que pueden utilizarse como nuevos fármacos contra enfermedades infecciosas
y como herramientas biotecnológicas que podrían ayudar a resolver problemas de salud.
Fosfolipasas A2
Las fosfolipasas A2 (PLA2) son miembros de una superfamilia de enzimas que se ha
dividido en 11 grupos de acuerdo con la fuente, tamaños moleculares, efectos patológicos,
similitudes de secuencias de aminoácidos, homología estructural y patrón de puente
disulfuro [5]. Debido a estas características, los PLA2 también se han clasificado como
enzimas que hidrolizan los fosfolípidos en la posición sn-2 de una manera dependiente
del calcio, liberando ácidos grasos y lisofosfolípidos [6].
Las PLA2 de veneno de serpiente son proteínas con una longitud de 120- 130 residuos de
aminoácidos que están reticulados por siete enlaces disulfuro. Pueden clasificarse en el
grupo IA, representado por serpientes elapid, y el grupo IIA, caracterizado por serpientes
viperida y Crotalid [7, 8]. El último grupo (IIA) también se puede subdividir en dos
subgrupos principales. El primero presenta un ácido aspártico en la posición de
aminoácido 49 (Asp49), que tiene una carga negativa que potencia la unión de Ca2 + y
contribuye a la hidrofobicidad de Asp49 y, en consecuencia, a su actividad catalítica. El
otro subgrupo es Lys49, que tiene una lisina en la posición 49 y muestra una carga positiva
que impide la unión de Ca2 +, que muestra baja o nula hidrofobicidad, pero también
presenta actividad catalítica [8]. Además de su actividad catalítica, los PLA2 IIA también
pueden poseer actividades biológicas adicionales, como hemolítica [9], anticoagulante
[10], agregación plaquetaria [11], neurotoxicidad [12] y miotoxicidad [13]. Además,
algunos estudios han demostrado que los múltiples efectos farmacológicos, como las
actividades antitumorales [14] y antimicrobianas, también pueden correlacionarse con las
actividades de veneno de serpiente de PLA2.
Además de los subgrupos Lys49 y Asp49, algunos estudios han sugerido que otros
subgrupos de IIA PLA2 se pueden encontrar en la naturaleza. Wei et al. [7] estudiaron un
nuevo subgrupo conocido como promutoxina, que contiene un Arg en la posición 49 (R49
PLA2) (Fig. 2a, b). Esta enzima se purificó en primer lugar a partir del veneno de
serpiente Protobothrops mucrosquamatus mediante el uso de métodos de cromatografía
líquida seguida de la determinación de la masa molecular SDSPAGe y MALDI-TOF. La
enzima se desafió adicionalmente contra bacterias Gram-positivas y negativas [7]. El
análisis de masa molecular mostró una banda única de 15 kDa en condiciones reductoras
y dos bandas de 15 y 24 kDa en condiciones no reductoras. El análisis MALDI-TOF
mostró un solo pico con una masa molecular de 13.656 kDa. Por otra parte, los estudios
estructurales que involucraron una combinación de diferentes tecnologías como MALDI-
TOF, edman secuenciación N-terminal y la clonación molecular también se realizaron
para determinar la estructura primaria de la promutoxina [7]. Se realizaron ensayos
antimicrobianos contra bacterias Gram-positivas y negativas que muestran que R49
PLA2, a 250 μg mL-1, pudo controlar Bacillus subtilis, Pseudomonas aeruginosa y
Salmonella typhimurium (Tabla 1) [7]. En estudios realizados con una fosfolipasa A2
homodimérica del veneno de serpiente Bungarus faciatus (BFPA), Chunhua Xu et al. [15]
purificado y caracterizado s-PLA2-I (BFPA), mostrando 15 medias-cisteínas [15].
También desafiaron a BFPA contra Staphylococcus aureus y Escherichia coli, mostrando
una actividad más fuerte contra bacterias Gram-positivas que Gram-negativas [15]. Estos
resultados pueden explicarse por las propiedades catiónicas generales de BFPA, que
facilita la penetración de la pared celular bacteriana Gram-positiva aniónica [16]. Parece
que la actividad reducida hacia bacterias Gram-negativas podría estar relacionada con la
ausencia de proteína bactericida / de penetración creciente (BPI), una proteína capaz de
unirse y penetrar lipopolisacáridos producidos por bacterias Gram-negativas [17, 18].
Metaloproteinasas.
Aunque las SvMP son conocidas por sus capacidades de adhesión proteolítica, de matriz
celular y célula-célula, solo unos pocos estudios han relacionado estas enzimas para
dirigir las actividades antimicrobianas. Samy et al. [26] informó el aislamiento y la
caracterización de una metaloproteinasa de Agkistrodon halys (AHM), con el objetivo de
comprender cómo la permeabilidad de la membrana y las funciones antimicrobianas
podrían estar relacionadas con dichas proteinasas [26]. Se aplicaron métodos de
aislamiento y purificación basados en filtración en gel seguidos por HPLC de fase inversa,
MALDITOF y SDS-PAGe, dando como resultado una purificación de AHM que mostró
una masa molecular de 23 kDa. AHM mostró actividades inhibitorias contra Bacillus
pseudomallei, Proteus vulgaris y S. aureus (Tabla 1) [26]. De lo contrario, AHM no
mostró ninguna actividad perjudicial contra E. coli, P. aeruginosa o Enterobacter
aerogenis (Tabla 1) [26]. Además, se realizaron estudios de ultraestructura, utilizando
microscopía electrónica de barrido (SeM) y microscopía electrónica de transmisión
(TeM), para demostrar los daños celulares ocasionados por AHM, como perforación
celular y rugosidad de la pared celular sobre bacterias Gram positivas y negativas.
Para clasificar esta enzima, Samy et al. [26] también realizó un estudio comparativo de la
estructura primaria de AHM frente a otros SvMP como contortrostatin, bothrostatin y
elegantin-2a, que reveló altos niveles de similitud debido a un dominio conservado
constituido por dominios disintegrina / cisteína que son típico de la clase P-III SvMP.
Esta clase parece mostrar una acción bactericida mediante el reconocimiento de sitios
aniónicos bacterianos y también la degradación enzimática de las membranas de
fosfolípidos, por su perforación seguida de procesos de disrupción de la membrana,
eventos que se producen preferentemente en bacterias Gram-positivas [26].
L-Amino oxidasas
Okubo et al. [29] demostraron que los LAAO del veneno de Bothrops mattogrosensis
(Bm-LAAO) (figura 2c, d) presentaban actividad antimicrobiana contra múltiples
bacterias, mostrando una probable función protectora inusual. Con el objetivo de
identificar y aislar Bm-LAAO, se utilizó la cromatografía de filtración en gel, que dio
como resultado tres fracciones con actividades antimicrobianas. La fracción con la
actividad más alta se aplicó sobre un cromatógrafo de HPLC de fase inversa, produciendo
una especie de enzima Bm-LAAO purificada. Bm-LAAO mostró la mayor actividad
antimicrobiana, con CMI entre 2 y 8 μg mL-1 cuando se enfrentaba a bacterias
Gramnegativas como Klebsiella pneumoniae, E. coli y P. aeruginosa y MIC entre 8-32
μg mL-1 cuando era desafiado Gram-positivas bacterias tales como S. aureus y
Streptococcus pyogenes (Tabla 1] [29].
Otros estudios han demostrado que LAAO es una enzima que es capaz de catalizar la
oxidación de una gran cantidad de aminoácidos [29], generando aminoácidos y peróxido
de hidrógeno, H2O2. Esta habilidad parece estar esencialmente involucrada en la
actividad antibacteriana. Con el objetivo de comprender el mecanismo de acción
bactericida H2O2, Zhang et al. [33] demostraron que LAAO del veneno de serpiente de
A. halys (AHP-LAAO) fue capaz de inhibir el crecimiento bacteriano tanto Gram-
positive como-negative debido a la producción mejorada de H2O2 [33]. Para relacionar
la presencia de H2O2 y la actividad antimicrobiana, AHP-LAAO fue desafiado contra S.
aureus y E. coli, en presencia y ausencia de catalasa, una enzima que cataliza la
descomposición del peróxido de hidrógeno en agua y oxígeno. Curiosamente, los efectos
inhibidores cesaron tras la adición de catalasa. La catalasa fue capaz de destruir el H2O2
producido durante las reacciones enzimáticas AHP-LAAO, lo que sugiere que la
actividad antimicrobiana de AHP-LAAO podría atribuirse directamente al H2O2
producido [33].
Péptidos antimicrobianos.
Los péptidos antimicrobianos se definen como moléculas que tienen una defensa crítica
contra todo tipo de microorganismos, protegiendo al huésped de la invasión de bacterias,
hongos y virus [34]. Además, los péptidos antimicrobianos se han enfocado como un
nuevo enfoque para el desarrollo de fármacos contra infecciones [35]. Son parte del
sistema inmunitario innato y juegan un papel en la defensa contra la infección por
microorganismos. También son capaces de inactivar agentes infecciosos y son un fuerte
candidato para combatir la resistencia a los medicamentos [36]. Desafortunadamente,
solo un número seleccionado de AMP se ha descrito como adecuado para aplicaciones
farmacológicas [37]. Una de las mayores dificultades en el diseño de AMP útiles es la
comprensión poco clara de sus determinantes estructurales para el reconocimiento de
compuestos de membrana [38]. La estructura, la hidrofobicidad, el plegamiento, las
cargas y los ángulos de enlace dinámico y AMP parecen ser factores cruciales que pueden
influir en su selectividad y actividades [39, 40]. En este contexto, una amplia variedad de
estudios bioquímicos y biofísicos han reportado mecanismos de biodisponibilidad,
alteración de la membrana y actividades sinérgicas de estas moléculas [41].
En otro estudio, Porcelli et al. [63] mostró que la pardaxina sintética, llamada P4a,
demuestra una curva-hélice-hélice en presencia de dodecilfosfocolina sódica. P4a podría
inducir un trastorno en DMPC y en un núcleo bicapa hidrofóbico. Además, la pardaxina
C-terminal hélice adopta una conformación transmembrana en DMPC bicapa. De lo
contrario, en las bicapas de POPC, la pardaxina mostró una orientación de la superficie
lipídica y no una orientación transmembrana. Estos datos sugieren que P4a altera la
dinámica del grupo principal. Bhunia et al. [39] desarrollaron un estudio que explica un
P4a formador de poros en micelas de LPS, demostrando su eficacia en la
permeabilización del exterior además de la membrana interna. Este estudio también
demuestra que P4a asume conformaciones aleatorias en el tampón acuoso, pero esta
conformación se modificó a estructuras helicoidales en presencia de una micela de LPS.
La RMN y la espectroscopía infrarroja confirmaron que P4a muestra la presencia de
hélices y lazos / vueltas y conformaciones extendidas en los extremos en un entorno de
micelas de LPS. Ramamoorthy et al. [38] mostró que la dinámica de la pardaxina se
volvió desordenada en presencia de colesterol. Este mismo estudio también mostró que
una reducción en la temperatura podría reducir la movilidad de la hélice pardaxina.
Además, la presencia de colesterol disminuye el trastorno de hélice C-terminal, ya que el
colesterol aumenta el orden de las cadenas de acilo en bicapas; en consecuencia, el
aumento de las cadenas de acilo es una de las causas de la reducción de la motilidad de la
hélice C-terminal de pardaxina. Estos resultados implican que el colesterol puede influir
en la formación de barriel-stave realizada por pardaxina.
Un trabajo previo desarrollado por wang et al. [36] aislaron y caracterizaron un péptido
antimicrobiano catelicidina del veneno de B. fasciatus. La familia de catelicidina se
caracteriza por sus dominios de catelinina, que son un dominio conservado aniónico con
una secuencia N-terminal conservada para aproximadamente 100 residuos [64, 65]. El
precursor de catelicidina muestra un dominio de catelin altamente conservado compuesto
de 100 residuos de aminoácidos, que está flanqueado por un fragmento de péptido señal
con aproximadamente 30 residuos en el extremo N y también un péptido antimicrobiano
en el péptido antimicrobiano catiónico C-terminal [65]. La catelicidina aislada por wang
et al. [36] se denominó catelicidina-BF con una masa molecular de 3,637.5 Da y punto
isoeléctrico a 11.79. Esta catelicidina está compuesta de 30 residuos de aminoácidos,
incluidos 12 residuos básicos (9 lisinas y 2 argininas), 5 fenilalaninas y un solo residuo
ácido (16 ácido glutámico) [36]. Los elementos de la estructura secundaria se predijeron
mediante espectroscopia de CD, lo que indica una conformación altamente α-helicoidal,
aunque no se elucidó una estructura tridimensional [36]. Sin embargo, los datos de CD
indicaron que la porción N-terminal de catelicidina-BF adopta una conformación
anfipática α-helicoidal como la de cualquier otra catelicidina [36]. El péptido
antimicrobiano catelicidina-BF demostró fuertes actividades antimicrobianas contra
varios microorganismos, siendo más eficiente frente a bacterias Gram-negativas, y
también contra bacterias resistentes a fármacos clínicamente aisladas, incluyendo K.
pneumoniae, E. coli y aislados clínicos de Salmonella typhi (Tabla 1). ) Cathelicidin-BF
también fue efectivo contra los patógenos fúngicos Candida albicans ATCC2002 y Pichia
pastoris (Tabla 2). Además, algunos hongos saprófitos también se vieron afectados por
este péptido, incluidos Aspergillus terreus, A. niculans y Haetomium globosum (Tabla 2)
[36].
Por otra parte, Gomes et al. [69] informó el aislamiento y la caracterización de un nuevo
péptido (PepBj) de Bothropos jararaca veneno de serpiente. PeBj fue desafiado aún más
contra diferentes hongos. Los métodos de purificación se basaron, en primer lugar, en la
cromatografía de filtración en gel, que dio como resultado la separación del veneno crudo
en ocho fracciones. Se analizaron varias fracciones contra Colletotrichum
lindemuthianum, Fusarium oxysporum, Saccharomyces cerevisiae y C. albicans, pero
solo una fracción mostró actividad antifúngica significativa (Tabla 2) [69]. Esta fracción
se aplicó además en un cromatógrafo de fase inversa, produciendo el PepBj purificado.
El análisis de espectrometría de masas mostró un pico principal con una masa molecular
de 1.370 Da. Además de los ensayos antifúngicos, Gomes et al. [69] realizó microscopía
óptica y de barrido electrónico, que muestra que PepBj indujo varias alteraciones
morfológicas de las hifas junto con la formación de pseudohifas en hongos evaluados.
Además, utilizando el ensayo verde SYTOX, se observó que PepBj también podía inducir
la permeabilidad de la membrana hifal, mostrando una fuerte fluorescencia verde SYTOX
en el citosol y el núcleo [69], sugiriendo que las acciones del péptido se basan en daños
intercelulares.
También se ha demostrado que los fragmentos peptídicos de las proteínas del veneno
superior son eficaces para controlar los microorganismos. Okudo et al. [29] demostraron
que los fragmentos de Bm-LAAO también podrían mostrar actividad antimicrobiana
contra múltiples bacterias. Se identificaron tres fragmentos, llamados Bm-LAOf1 (Fig.
2g), Bm-LAOf2 (Fig. 2h) y Bm-LAOf3 (Fig. 2i), y se sintetizaron y evaluaron
adicionalmente contra bacterias grampositivas y negativas, contra las cuales mostró
actividad (Tabla 1). Los análisis de modelado molecular sugirieron que Bm-LAOf1
presentó una región de hélice α con una carga neta de +3 así como una conformación de
la bobina con secuencias C-terminales hidrófobas y catiónicas (Fig. 2g) [29]. Bm-LAOf2
estructuralmente presentó una conformación hélice hidrofóbica con una carga negativa
de -1 y una definición de una hélice dipolo (Fig. 2h) [29]. Además, Bm-LAOf3 presentó
estructuralmente una conformación de la bobina debido a la presencia de dos residuos de
prolina, que dificultan la formación de la hélice (figura 2i) [29]. También se observaron
residuos hidrófobos en el N-terminal y el C-terminal, lo que podría contribuir a la
interacción péptido-lípido en los tres péptidos evaluados aquí. Sin embargo, cuando se
comparó con la proteína natural BmLAAO (figura 2c, d), los tres fragmentos peptídicos
mostraron inhibiciones de desarrollo microbiano más bajas [29], a pesar de los claros
beneficios de las masas moleculares inferiores.
Con el fin de completar las lagunas en el conocimiento sobre proteínas y péptidos donde
no existe una estructura derivada experimental, las metodologías que se centran en la
predicción de la estructura tridimensional impulsada por el cálculo se han utilizado con
éxito. Sin embargo, cuando existe una estructura determinada experimentalmente, los
métodos in silico también pueden ser útiles para predecir las superficies de unión de otras
moléculas, estimar la energía de unión y predecir los movimientos y la flexibilidad que
se requieren para algunos eventos, incluido el mecanismo de acción [95]. ] Muchas
estrategias de modelado han usado ab initio para predecir algunas estructuras de proteínas.
Ab initio consiste en caracterizar una estructura de proteína 3D utilizando solo la
secuencia primaria de la proteína como entrada [95]. De lo contrario, además de ab initio,
se ha realizado un modelo de homología, utilizando similitudes estructurales y evolutivas
por medio de una plantilla, que es una estructura de proteína, previamente elucidada, con
identidad para el objetivo de proteína. En contraste, los métodos de enhebrado pueden ser
utilizados por modelos que no están evolutivamente relacionados porque usan proteínas
que tienen el mismo pliegue, pero no necesariamente tienen proteínas homólogas [95].
La construcción de modelos implica en primer lugar identificar la mejor plantilla para la
alineación. Las plantillas se eligen según la mayor identidad / homología entre el objetivo
y la plantilla [95]. Algunos enfoques para la conservación de secuencias también se
pueden utilizar, y para un refinamiento, las estructuras de bucle y las cadenas laterales se
pueden refinar mediante la dinámica molecular [20, 95]. En resumen, a pesar de algunas
limitaciones, como un costo computacional elevado para cachear el espacio energético y
también la complicación de seleccionar con precisión la estructura nativa de una amplia
gama de conformaciones alternativas, estos análisis in silico también son prometedores
para predicciones de proteínas y péptidos derivados de los venenos de serpiente.
Con el fin de examinar cómo los AMP interactúan con LPS, Bhunia et al. [48] utilizaron
RMN para evaluar cómo el péptido MSI-594 interactúa con las micelas de LPS. El estudio
determinó la estructura tridimensional MSI-594 en un complejo con LPS y también en
una forma libre. En primer lugar, MSI-594 en solución gratuita está completamente
desestructurado. Sin embargo, en presencia de E. coli y S. typhimurium, los LPS de los
espectros tridimensionales Tr-NOeSY mostraron una gran cantidad de conectividad NOe,
lo que indica una estructura de plegado de péptidos. Sorprendentemente, el MSI-594 LPS
indujo estructuras de hélice corta (I2-K10) y largas hélice C-termini (I13-L24) que
estaban conectadas por un circuito corto (K11-G12). Esta nueva estructura parece ayudar
al MSI-594 a cruzar la barrera LPS de la membrana externa [48]. Al usar una estrategia
similar, Bhunia et al. [39] elucidado las interacciones de LPS y pardaxin (Pa4). Este
estudio se utilizó para la elucidación de la estructura tridimensional de Pa4 en el complejo
con LPS, que muestra la capacidad de Pa4 para romper la membrana externa. Durante
este proceso, Pa4 adopta una conformación helicoidal clara. La estructura proporcionada
en las micelas de LPS mostró dos residuos catiónicos (Lys8 y Lys16) en el medio de la
hélice N-terminal y al comienzo del extremo C, que puede interactuar con el grupo de
bisfosfato de lípido A en LPS. Estas interacciones facilitan que los residuos hidrofóbicos
entren en contacto con las cadenas de acil LPS, lo que facilita la alteración de la
membrana [39]. Además, con el objetivo de evaluar la selectividad de AMP, un péptido
sintético llamado MSI367 [(KFAKKFA) 3-NH2], que se formuló en silico, fue
sintetizado por Thennarasu et al. [96]. MSI-367 tiene ~ 48% de propensión helicoidal que
pliega un máximo de cinco vueltas helicoidales en condiciones favorables. Además,
MSI367 tiene nueve lisinas cargadas positivamente que posiblemente se unen a lípidos
cargados negativamente en las membranas bacterianas. Los datos de 31P NMR indicaron
modificaciones en la orientación de los lípidos y bicapas causadas por la unión del péptido
MSI-367. Los datos de RMN, también obtenidos en presencia de lípidos de E. coli,
mostraron la presencia de interacciones electrostáticas de lípidos-péptidos, que abarcaban
el péptido en la interfaz lípido-agua y proporcionaban la base para la selectividad de las
células bacterianas [96].
En resumen, la técnica de RMN podría arrojar algo de luz sobre cómo se comportan los
péptidos en las membranas bacterianas y eucariotas, mostrando qué tipo de interacciones
pueden desarrollar los AMP con estas bicapas lipídicas. Mediante el uso de prototipos de
veneno animal, los estudios con RMN han demostrado una mejora real en la
caracterización de los AMP derivados de los venenos de serpiente. Esta tecnología
también podría demostrar los tipos de modificaciones que los péptidos de veneno de
serpiente pueden causar en las membranas celulares de mamíferos, proporcionando
nuevos conocimientos sobre la especificidad de los péptidos. Sin embargo, por el
momento, los péptidos derivados de los venenos de serpiente no han sido ampliamente
evaluados por RMN en fase sólida, lo que también hace que esta técnica sea prometedora
para estudios de péptidos ofidios.
Parece cada vez más probable que muchos problemas de infección bacteriana se puedan
resolver con el uso de propiedades terapéuticas que pueden proporcionarnos los
compuestos proteínicos de serpiente, y la producción puede resolverse usando nuevas
tecnologías de síntesis química y expresión heteróloga. Por lo tanto, se deben realizar más
estudios para comprender mejor los mecanismos de acción de estos componentes y cómo
actúan realmente en el cuerpo humano, de modo que puedan mejorarse como nuevos
fármacos para combatir las infecciones resistentes a los microorganismos.
Como se describió previamente en esta revisión, los compuestos de veneno de serpiente
proteináceos podrían ser extremadamente valiosos para resolver los problemas de
infecciones hospitalarias, debido a su increíble versatilidad y modos de acción que
proporcionan un amplio espectro de actividades, funciones y bajas concentraciones para
ser activos.