Capítulo 12 Alberts: Compartimentos intracelulares y clasificación de

proteínas.

Las células eucariotas tienen un volumen mucho mayor a las procariotas y la relación entre este gran volumen con su
superficie les crea la necesidad de incorporar membranas internas para aumentar esta área y poder sustentar así su
tamaño (factor de escala física).

La generación de membranas internas también es paralela a la especialización de partes de la membrana plasmática. En

la mayoría de las células eucariotas, la membrana plasmática es sólo una membrana minoritaria.

Todos los orgánulos ocupan casi la mitad del volumen celular y no pueden construir de nuevo sus orgánulos rodeados
de membrana, necesitan información del propio orgánulo, para esto los agrandan incorporando nuevas moléculas y
luego los dividen. Posteriormente los orgánulos hijos se distribuyen a las células hijas.

Según su origen evolutivo, los compartimentos intracelulares se dividen en 5 grupos: 1) núcleo y citosol, 2) orgánulos
que interactúan en rutas de secreción y endocitosis, 3) mitocondrias, 4) plastos, 5) peroxisomas.

Los orgánulos que se originaron de invaginaciones de membrana plasmática tienen un interior topológicamente
equivalente al exterior de la célula como ER, Golgi, Endosoma, Lisosoma y vesículas de transporte.

El núcleo presenta una doble envoltura, por lo que su origen sería por una invaginación profunda de la membrana
plasmática y el espacio intermembrana es topológicamente equivalente al exterior celular, mientras que el interior del
núcleo es equivalente al interior celular. Esto explica que se pueda romper su membrana durante la mitosis.

Golgi recibe proteínas y lípidos y los distribuye hacia diferentes destinos intracelulares modificándolos covalentemente
durante el viaje.

Los lisosomas tienen enzimas digestivas que degradan orgánulos muertos, macromoléculas y partículas endocitadas.
Estas últimas antes de llegar a los lisosomas pasan primero por endosomas.

Proteínas y destinos celulares:

Todas las proteínas comienzan a ser sintetizadas en el citosol (menos las mitocondriales), si sus aminoácidos presentan
señales de clasificación son derivadas ya sea al ER, núcleo, o peroxisomas, pero si no presenta señal se queda en citosol.

3 tipos de transporte:

1) El tráfico de proteínas entre el citosol y el núcleo se llama transporte regulado, ya que el complejo del poro
nuclear actúa como puertas selectivas que pueden transportar activamente macromoléculas específicas y
ensamblajes macromoleculares, aunque también permiten difusión libre de partículas pequeñas.
2) El transporte transmembrana va desde el citosol a un espacio tipológicamente distinto, usa traslocadores de
membrana. En este paso las proteínas generalmente deben desplegarse como pasa para ingresar a las
mitocondrias y al ER.
3) Transporte vesicular, que van de un compartimento a otro topológicamente equivalente.

Hay dos tipos de señales de clasificación de las proteínas:

1) Péptido señal: en una región continua en la secuencia de aminoácidos. Se elimina por una enzima peptidasa de
señal especializada una vez que ya se clasificó la proteína. Se usan en proteínas que van al ER, a mitocondrias,
peroxisomas y núcleo.
 Los péptido señal que van a ER, son 5 a 10 residuos de aminoácidos hidrofóbicos.
Los péptido señal que van a mitocondrias alternan aminoácidos positivos con hidrofóbicos
Los péptido señal que van a peroxisomas tienen habitualmente una secuencia de 3 aminoácidos en su extremo
carboxilo.
Las proteínas que van al núcleo tienen aminoácidos positivos que están habitualmente en lugares internos de la
cadena polipeptídica y no se eliminan, ya que entran y salen del núcleo en cada mitosis.
2) Región señal: es una disposición tridimensional característica de los átomos de la superficie de la proteína. Se
forma cuando la proteína se pliega y se mantiene en la proteína madura. Identifican enzimas que se marcan con
residuos de azúcar específicos que luego dirigen a las proteínas desde Golgi a los lisosomas.

Transporte hacia dentro y fuera del núcleo:

El núcleo presenta dos membranas, una interna y otra externa. La interna tiene medios de unión a la lámina nuclear. La
externa se parece a la membrana de ER al presentar ribosomas adheridos a su cara citosólica. Las proteínas fabricadas
aquí, se dirigen al espacio entre la membrana externa y la interna que es el espacio perinuclear que es continuo con el
interior del ER.

El tráfico de proteínas hacia y fuera del núcleo es selectivo y está mediado por el complejo del poro.

El complejo del poro corresponde a una estructura discoidal, de peso molecular de unos 125 millones de Dalton, y se
cree que está compuesto por más de 100 proteínas diferentes ordenadas según una simetría ortogonal. Cada uno
presenta uno o más canales acuosos abiertos de aproximadamente 9 nm de diámetro y 15 nm de largo que ocupan sólo
una pequeña fracción del volumen total del poro. Las moléculas más grandes se unen a proteínas citosólicas en su
péptido señal y las dirigen hacia el complejo siendo luego transportadas activamente (con gasto de ATP), para esto el
diámetro del poro se puede ampliar hasta 26 nm.

Como el transporte de proteínas desde y hacia el núcleo se realiza a través de un gran poro, las proteínas no necesitan
desplegarse a diferencia de lo que pasa en otros orgánulos.

La regulación del ingreso de proteínas se debe al bloqueo del péptido señal por fosforilación o a la unión de proteínas
citosólicas inhibidoras que pueden dejarlas retenidas en el citosol o enmascarar sus señales de localización. Para liberar
las proteínas la célula debe ser estimulada.

Las proteínas que salen del núcleo también necesitan una señal para llegar al citosol. Por ejemplo las moléculas de
RNAm necesita una estructura de caperuza (cap) en el extremo 5’ del RNA. Sin embargo estas señales no son bien
conocidas.

La envoltura nuclear:
La lámina nuclear es una red de subunidades proteicas (un tipo especial de filamentos intermedios) interconectadas que
se llaman lamininas nucleares. Forman una red bidimensional que se encuentra adherida a la membrana interna y da
forma y estabilidad al núcleo. Proporciona una unión estructural entre el ADN y la envoltura nuclear.

Cuando el núcleo se desorganiza durante la mitosis, la lámina nuclear se despolimeriza parcialmente ya que se fosforilan
y los poros se desorganizan en sus diversos componentes, esto es prerrequisito para que la membrana se rompa y libere
los cromosomas. La membrana nuclear al romperse forma pequeñas vesículas que se dispersan por todo el citosol. Para
la reconstrucción de la membrana, las lamininas se desfosforilan, uniéndose nuevamente asociadas a la superficie de los
cromosomas, lo que impulsa la reorganización de la membrana en cada grupo de cromosomas formando los dos
núcleos, uno para cada célula hija. Al hacerlo unido a los cromosomas, dejan de lado las proteínas, tanto citosólicas
como nucleares, por lo que deben iniciar el proceso de importación de proteínas nucleares.

Transporte de proteínas a la mitocondria:

Las mitocondrias generan la mayor parte del ATP y presentan su propio genoma. Debido a la teoría de endosimbiosis, la
membrana interna de ellas corresponde a la membrana plasmática de las bacterias originales, y el espacio
intermembrana sería topológicamente equivalente al exterior celular, permaneciendo aislado del tráfico de vesículas.

En las mitocondrias existen dos subcompartimentos: el espacio de la matriz (definido por la membrana interna) y el
espacio intermembrana (entre la membrana externa y la interna).

Las proteínas codificadas por el genoma de las mitocondrias están localizadas principalmente en la membrana interna.
Generalmente las proteínas que codifica forman subunidades de complejos proteicos que requieren de otras
subunidades codificadas por genes nucleares, por lo que la mayoría de las proteínas que utilizan las mitocondrias son
importadas desde el citosol.

Las proteínas precursoras mitocondriales provenientes del citosol, requieren péptido señal en su extremo amino que es
eliminado posteriormente a la traslocación. Esta última, requiere que la proteína esté desplegada y de un gradiente
electroquímico a través de la membrana unterna y de la hidrólisis de ATP. El gradiente se mantiene por el bombeo de
H+ desde la matriz al espacio intermembrana durante el transporte electrónico. No se conoce bien la participación de
este gradiente, pero sin él no hay traslocación. El proceso se realiza en dos etapas:

1) Las proteínas deben estar desplagadas, para lo cual requieren la ayuda de chaperonas hsp70 citosólicas que las
mantienen en este estado, luego se unen a proteínas receptoras que se encuentran en la membrana
mitocondrial externa lo que implica la inserción del péptido señal y de las secuencias adyacentes en el interior
de las membranas lo que se ve impulsado por el gradiente electroquímico. Las chaperonas no atraviesan la
membrana y requieren de ATP para que se separen de la proteína.
2) Proceso de traslocación, las proteínas pasan ambas membranas a la vez. Se cree que este proceso está mediado
por proteínas transportadoras, una en la membrana externa y otra en la membrana interna que funcionan de
manera conjunta para que pasen al mismo tiempo. Estas proteínas transportadoras estarían ubicadas cerca de
puntos de contacto en el cual las membranas interna y externa parece que se unen. Una vez que llega a la
matriz se le unen chaperonas hsp70 mitocondriales para evitar que se pliegue hasta que haya pasado
completamente. Esta etapa se bloquea a temperaturas bajas y depende de ATP ya que las chaperonas requieren
de él para separarse de la proteína. Luego, las proteínas pueden requerir de hps60 mitocondriales para que se
vuelvan a plegar.

Las mitocondrias también requieren de proteínas para el espacio intermembrana, en este caso, las proteínas utilizan los
mismos péptido señal que se usan para que vayan a la matriz, pero estas proteínas presentan una secuencia de
aminoácidos muy hidrofóbica, situada después del péptido señal donde una vez que este ha sido eliminado por la
proteasa, esta secuencia hidrofóbica actúa como señal para volver a a traslocar la proteína desde la matriz hacia el
espacio intermembrana. Otra forma de llegar a este espacio propone que el transportador se une a la secuencia
hodrofóbica impidiendo que se vuelva a translocar, luego los transportadores de las membranas interna y externa se
desacoplan provocando que la proteína termine de ingresar. Después una enzima intermembrana libera la proteína de
la membrana dejándola como una proteína soluble o puede quedar en la membrana.

Peroxisomas:
Los peroxisomas, o microcuerpos, son pequeños compartimentos vesiculares que contienen enzimas que participan en
reacciones oxidativas, son orgánulos autoreplicantes, delimitados por membrana unitaria y existen sin genoma propio.
Se encuentran en todas las células eucariotas y presentan enzimas oxidativas como las catalasas y la urato oxidasa. Son
los principales lugares de utilización del oxígeno junto con la mitocondria. Se cree que anteriormente este orgánulo se
encargaba de eliminar el oxígeno de las células cuando éste era considerado tóxico. Hoy utilizan tanto el oxígeno como
el peróxido de hidrógeno para realizar reacciones oxidativas. La catalasa utiliza el peróxido de hidrógeno para oxidar
moléculas como el etanol (que pasa a acetaldehído) y así detoxifican las moléculas que entran en circulación. Cuando se
acumula el peróxido de hidrógeno la catalasa lo transforma a agua.

Otra de sus funciones es la hidrólisis de ácidos grasos donde se acortan secuencialmente sus cadenas de aquilo hasta
dos átomos de carbono que son convertidos a acetil coA que luego se utiliza en reacciones biosintéticas (b oxidación).

Una señal corta de aminoácidos cerca del extremo carboxilo dirige proteínas hacia los peroxisomas, éstas son
reconocidas por proteínas receptoras que se encuentran en la cara citisólica de la membrana del peroxisoma.

Retículo Endoplasmático:
Las bacterias tienen ribosomas adheridos a la parte citosólica de su membrana, por lo que el ER, se habría originado por
invaginación. El ER cumple funciones de síntesis de proteínas, síntesis de lípidos y almacén de calcio y está organizado
en forma de una red laberíntica de túbulos ramificados y de sáculos aplanados interconectados que se extiende por
todo el citoplasma. El lumen del ER o espacio de las vesículas del ER, ocupa a menudo el 10% del volumen calular.

Aproximadamente la mitad del área total de membrana de una célula se utiliza para englobar los espacios laberínticos
del retículo endoplasmático ER siendo el lugar de producción de todas las proteínas de membrana y lípidos de la
mayoría de los orgánulos celulares. Las proteínas traslocadas al ER, son llevadas a él durante su síntesis (transporte
cotraduccional) y terminan de producirse en la membrana de él (lo que define el ER rugoso), en cambio las proteínas
que van a otros orgánulos se dirigen a ellos cuando su síntesis ya concluyó (transporte post-traduccional), esto se debe
al péptido señal que poseen que se inserta en la membrana durante la síntesis de la proteína, impidiendo así que se
libere al citoplasma y que se pliegue antes de ser translocada (no necesita chaperonas).

Los ribosomas tienen un receptor ribosómico, que los ayuda a mantenerse en la membrana durante la síntesis de la
proteína, una vez sintetizada pueden volver al citosol, y puede haber más de uno por molécula de ARNm formando
polirribosomas.

Por lo tanto sintetiza dos tipos de proteínas:

1) Proteínas transmembrana: que son parcialmente translocadas a través de la membrana del ER manteniéndose
incluídas en ella.
2) Proteínas solubles en agua: que son completamente translocadas y liberadas en el lumen del ER, que
posteriormente serán derivadas al lumen de otro orgánulo o serán secretadas.

Las regines de ER que no tienen ribosomas forman el ER liso, que en la gran mayoría de las células son escasos a
excepción de aquellas especializadas en el metabolismo lipídico como las hepáticas que además de secretar partículas
lipídicas detoxifican drogas liposolubles y compuestos producidos por el metabolismo que resultan perjudiciales, todo
gracias al ER liso, que en caso necesario puede aumentar su área superficial. Existe una zona parcialmente rugosa que se
denomina elementos transicionales que corresponde al lugar donde emergen las vesículas que se dirigen a Golgi.

La función de almacenamiento de calcio permite mediar respuestas rápidas a señales extracelulares, donde su
liberación actuaría como segundo mensajero de ellas. Por ejemplo, las células musculares, la región del ER especializada
en su almacenamiento se denomina Retículo sarcoplasmático, que presenta ATPasa de Ca2+ que bombea calcio y media
la contracción y relajación de la célula muscular.

Mecanismo de traslocación:
Los péptidos señal fueron descubiertos en proteínas transportadas al ER a principios de los años 70. Se descubrió que
una vez que la proteína llega a la membrana del ER y antes que se termine de sintetizar, el péptido señal es hidrolizado
por una peptidasa de señal de la misma membrana.
El péptido señal es dirigido por una partícula de reconocimiento de la señal SRP que se une al péptido señal y lo lleva
hasta la membrana del ER donde se encuentra un receptor de SRP o proteína desembarcadero y luego la SRP vuelve al
citosol en busca de otra proteína. El SRP, es una partícula compleja formada por seis cadenas polipeptídicas unidas a
una pequeña molécula de RNA, que se une al péptido señal apenas se sintetiza y genera una pausa en la formación de la
proteína hasta que el ribosoma se une a la membrana. Tanto el SRP como el receptor contienen sitios de unión a GTP,
por lo que dependerían de su hidrólisis para funcionar. La cadena polipeptídica pasa por un poro acuoso que se
encuentra en el aparato de translocación, que se cierra cuando el ribosoma se aleja de la membrana.

Péptido señal para proteínas solubles: El péptido amino terminal señal para este tipo de proteína, además de cumplir la
función de dirigir la proteína hacia el ER, actúa de inicio de transferencia permaneciendo unido al aparato translocador
mientras el resto de la proteína atraviesa la membrana. Una vez que pasa el extremo carboxilo el péptido señal se libera
del poro y se hidrolisa por la peptidasa de señal y se degrada a aminoácidos por otras proteasas del ER y la proteína es
liberada al lumen. Para que esta hidrólisis se produzca se requiere de un punto de hidrólisis adyacente que es
reconocido por la peptidasa.

Péptido señal para proteínas de membrana de un solo paso: Existen tres vías distintas a través de las cuales estas
proteínas son incertadas en ER.

1) El péptido señal se halla en el extremo amino terminal al igual que en la proteína soluble, pero la cadena
polipeptídica presenta un segmento adicional hidrofóbico (péptido de paro de transferencia) que frena el
proceso de transferencia antes que toda la proteína se haya translocado. El péptido de paro de transferencia es
forma un segmento alfa helicoidal con el extermo amino en el lumen y el carboxilo en el citosol. Luego el
péptido señal es hidrolizado.

2) El péptido señal se encuentra en el medio de la cadena polipeptídica y es hidrofóbico que permanecerá en la

membrana. Antes de este núcleo hidrofóbico hay aminoácidos cargados positivamente y después del nucleo
hidrofóbico se encuentran aminoácidos cargados negativamente, por lo que la cadena quedará orientada con su
extremo amino hacia el citosol y el carboxilo hacia el lumen del ER.

3) Es similar al anterior pero al revés, el negativo está antes del núcleo hidrofóbico y el positivo después, por lo que
el extremo carboxilo queda hacia afuera y el amino hacia adentro.

Translocación de proteínas de membrana multipaso: estas proteínas van a presentar un péptido señal que inicia la
translocación y más adelante una secuencia hidrofóbica de paro que se quedará retenida en la membrana. Después hay
otro péptido de inicio seguido de otro de paro y así sucesivamente dependiendo de la cantidad de pasos que tenga.
Estas secuencias ambas hidrofóbicas pueden actuar tanto de iniciador como de paro dependiendo de la posición en que
se encuentre. Se cree que la SRP comienza a unirse desde la primera secuencia del extremo amino avanzando hacia el
carboxilo.

Proteínas residentes del ER: presentan en su extremo carboxilo terminal una señal de retención del ER de 4
aminoácidos. Ejemplo de proteínas:

- Proteína Disulfuro Isomerasa PDI, cataliza la oxidación de los grupos sulfhidrilos libres (SH) formando enlaces
disulfuro (no se forman en el citosol por su ambiente reductor).

- Proteína de unión BIP, chaperona relacionada con las hps70. Reconoce proteínas plegadas incorrectamente,
evita la agregación de proteínas, ayuda a mantener las proteínas en el ER, ayuda a que las proteínas se plieguen
correctamente, y puede ayudar a estirar las proteínas que están siendo translocadas al interior del ER. Necesita
de la hidrólisis de ATP para plegar proteínas.
En la translocación cotraduccional el ribosoma unido al ER rugoso puede utilizar la energía de la síntesis proteica para
forzar a la cadena polipeptídica en crecimiento a través del canal formado por el translocador en la membrana del ER.
Sin embargo, una pequeña minoría de determinados precursores proteicos pueden ser importados al interior de
manera post-traduccional utilizando proteínas chaperonas al igual como en las mitocondrias.

Glicosilación de proteínas en ER
Las proteínas en ER son la mayoría glicosiladas a diferencia de las proteínas del citosol que las pocas que tienen un
grupo glucosídico corresponden a un grupo N-acetilglucosamina unido a un residuo de serina o treonina de la proteína.

El grupo glucosídico de las proteínsa del ER, se añade al grupo amino de una Asparagina apenas aparece en la
translocación, y como esta es mayoritariamente cotraduccional, se añade durante la síntesis de la proteína. El grupo
corresponde a un N-oligosacárido, que se sintetiza previo a su unión a la proteína. Consiste en 14 residuos de azúcar, 2
N-acetilglucosamina, 9 manosas y 3 glucosas. Este oligosacárido preformado se mantiene en la membrana unido a una
molécula lipídica Dolicol por un enlace fosfato de alta energía, y se va formando sobre éste. Una vez terminado es
agregado a la Asparagina de la proteína mediante una enzima transferasa de oligosacárido. Luego, a este oligosacárido
base se le puede agregar o quitar azúcares.

Proteínas con destino a la membrana plasmática

En el ER, algunas proteínas que tienen como destino la membrana plasmática son soltadas de su segmento
transmembrana para unirse a un anclaje de glucosilfosfatidilinositol que contiene dos ácidos grasos y una porción
glucosídica a la que se une la proteína. De esta forma queda unida a la membrana por dos ácidos grasos.

Síntesis de Fosfolípidos
El principal fosfolípido que se produce es la fosfatidilcolina (o lecitina) que puede formarse a en tres pasos a partir de
dos ácidos grasos, glicerofosfatos y colina. Esto se realiza en la parte citosólica de la membrana. En la primera las
aciltransferasas añaden consecutivamente dos ácidos grasos al glicerofosfato produciendo ácido fosfatídico insoluble en
agua por lo que permanece en la membrana haciéndola crecer. Las otras determinan el grupo de la cabeza de la
molécula pero no implican crecimiento de membrana. Una vez sintetizado debe ser pasado a la cara del lumen por
movimiento Flip-Flop mediado por translocadores de fosfolípidos específicos de cabezas, por ejemplo el ER tiene
translocadores que pasan del citosol al lumen fosfolípidops que contienen colina, serina o inositol, pero no etanolamina.

El ER también produce colesterol y ceramida que es fabricada por condensación del aminoácido serina con un ácido
graso hasta formar esfingosina, luego se añade otro ácido graso y pasa a ser ceramida.

Paso de fosfolípidos a mitocondrias y peroxisomas

Las mitocondrias y peroxisomas para ampliar sus membranas requieren adquirir fosfolípidos desde el ER. Para esto
utilizan proteínas de intercambio de fosfolípidos que reconoce determinados tipos específicos de fosfolípidos, los extrae
y luego difunde por la célula con el lípido en su lugar de unión para entregarlo al organelo que lo requiera.