Galaxy9 - (Taller S1 P1 Breve Manual Galaxy - PDF)

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Entrenamiento Galaxy!
Visión general
preguntas
Cómo empezar en Galaxy
objetivos
Aprende a subir un archivo.
Aprende a usar una herramienta.
Aprende a ver resultados
Aprende a ver las historias.
Tiempo Estimación de tiempo: 30 minutos.
Esta es una breve introducción a la interfaz de usuario de Galaxy, la página web con la que
interactúa.
Cubriremos tareas clave en Galaxy: cargar archivos, usar herramientas y ver historiales.
Agenda
1. ¿Qué aspecto tiene Galaxy?

2. Acciones clave de Galaxy
1. Nombra tu historia actual
2. Cargar un archivo
3. Usa una herramienta
4. Ver resultados
5. Ejecuta otra herramienta
6. Vuelva a ejecutar esa herramienta con la configuración cambiada
7. Crear una nueva historia
8. Mira todas tus historias
1 of 17 10/18/2018, 7:59 PM
1. Abra su navegador favorito (Chrome, Safari o Firefox como su navegador, ¡no Internet
Explorer!)
2. Navega a tu instancia de Galaxy
3. Inicia sesión o regístrate
diferentes servidores Galaxy
Esta es una imagen de Galaxy Australia, ubicada en www.usegalaxy.org.au

El servidor Galaxy particular que está utilizando puede verse ligeramente diferente y tener una
dirección web diferente:
El servidor principal de Galaxy es www.usegalaxy.org
El servidor de European Galaxy es www.usegalaxy.eu
También puede encontrar más servidores Galaxy posibles en la parte superior de este tutorial
en las instancias de Galaxy
La página de Galaxy se divide en tres paneles:
Herramientas a la izquierda
Panel de visualización en el medio.
Historial de análisis y archivos a la derecha.
2 of 17 10/18/2018, 7:59 PM
La primera vez que use Galaxy, no habrá archivos en su panel de historial.
Su "Historia" está en el panel de la derecha.
3 of 17 10/18/2018, 7:59 PM
1. Ir al panel Historial (a la derecha)

2. Haga clic en el nombre del historial ("Historial sin nombre")
3. Escriba un nuevo nombre, por ejemplo, "Mi análisis"

4. Presiona enter
Sus "Herramientas" están en el panel de la izquierda.
4 of 17 10/18/2018, 7:59 PM
1. Ir al panel de herramientas (a la izquierda)

2. Haga clic en Obtener datos (en la parte superior de la lista)
3. Haga clic en Cargar archivo
Esto trae una caja:
4. Haga clic en Pegar / Obtener datos

5. Pega la dirección de un archivo:
https://zenodo.org/record/582600/files/mutant_R1.fastq
6. Haga clic en Inicio

7. Haga clic en cerrar
Su archivo cargado está ahora en su historial actual. Cuando el archivo se haya cargado en Galaxy, se
volverá verde.
comentar
Después de esto, verá su primer elemento de historial en el panel derecho de Galaxy. Pasará por los
estados gris (preparación / puesta en cola) y amarillo (en ejecución) para volverse verde (éxito)
¿Qué es este archivo?
5 of 17 10/18/2018, 7:59 PM
1. Haga clic en el icono de (ojo) junto al nombre del archivo, para ver el contenido del
archivo
El contenido del archivo se mostrará en el panel central del Galaxy.
Este archivo contiene lecturas de secuenciación de ADN de una bacteria, en formato FASTQ:
Veamos la calidad de las lecturas en este archivo.
6 of 17 10/18/2018, 7:59 PM
1. Escriba FastQC en el cuadro de búsqueda del panel de herramientas (arriba)

2. Haga clic en la herramienta FastQC
Esto abre una ventana en el centro de la pantalla.
3. Seleccione los siguientes parámetros:
“ Lectura corta de datos de su historial actual” : el archivo FASTQ que cargamos
Ningún cambio en los otros parámetros.
4. Haga clic en Ejecutar
Esta herramienta se ejecutará y los dos archivos de salida aparecerán en la parte superior de su panel de
historial.
Veremos el archivo de salida llamado FastQC en los datos 1: Página web .
comentar
Tenga en cuenta que Galaxy le ha dado a este archivo un nombre de acuerdo con la
herramienta (FastQC) y el archivo de datos ("datos 1") que usó.
El nombre "datos 1" significa el archivo de datos (nuestro archivo FASTQ) que fue el número
1 en el historial actual de Galaxy.
7 of 17 10/18/2018, 7:59 PM
Haga clic en el Icono de (ojo) junto al archivo de salida.

La información se muestra en el panel central.
Esta herramienta tiene información resumida sobre todas las lecturas en nuestro archivo FASTQ.
preguntas
1. ¿Cuál fue la longitud de las lecturas en el archivo de entrada FASTQ?

2. ¿Estas lecturas tienen puntuaciones de calidad más altas en el centro o en los extremos?
Soluciones
8 of 17 10/18/2018, 7:59 PM
Ejecutemos una herramienta para filtrar las lecturas de menor calidad de nuestro archivo FASTQ.
Hands-on: Ejecutar otra herramienta
1. Tipo Filtrar por calidad

2. Haga clic en la herramienta Filtrar por calidad.
3. Establecer los siguientes parámetros:
“Biblioteca a filtrar” : el archivo de entrada FASTQ
“Valor de corte de calidad” : 35
“Porcentaje de bases en secuencia que deben tener una calidad igual o superior al valor
de corte” : 80
Una vez que se haya ejecutado la herramienta, el archivo de salida aparecerá en la parte superior del
panel Historial.
Este archivo se llamará "Filtrar por calidad en los datos 1".

Recuerde que Galaxy ha nombrado este archivo de acuerdo con la herramienta que utilizó ("Filtrar
por calidad") y el archivo de datos ("datos 1").
Los números reales frente a los archivos en el historial no son importantes.
¿Cuáles son los resultados de esta herramienta de filtrado?
Podríamos hacer clic en el icono del ojo para ver el contenido de este archivo de salida, pero no será
muy informativo; solo veremos una lista de lecturas.
9 of 17 10/18/2018, 7:59 PM
1. Haga clic en el nombre del archivo de salida en el panel Historial

Esto expande la información sobre el archivo.
preguntas
Cuántos leídos han sido descartados
Soluciones
10 of 17 10/18/2018, 7:59 PM
Ahora hemos decidido que nuestras lecturas de entrada deben ser filtradas a un estándar aún más alto.
Cambiaremos la configuración del filtro y volveremos a ejecutar la herramienta.
Hands-on: Vuelva a ejecutar la herramienta
1. Haga clic en el Icono de (actualizar) ( Ejecutar este trabajo nuevamente ) de la salida del
filtro
Esto muestra la interfaz de la herramienta en el panel central.

2. Cambia la configuración a algo aún más estricto
Por ejemplo, podría decidir que desea que el 80 por ciento de las bases tenga una calidad de
36 o superior, en lugar de 35.
4. Ver los resultados: haga clic en el nombre del archivo de salida para expandir la información. (
Nota : no la icono de (ojo).
preguntas
¿Cuántas lecturas se descartaron bajo estas nuevas condiciones de filtrado?
11 of 17 10/18/2018, 7:59 PM
Puede volver a ejecutar una herramienta muchas veces con diferentes configuraciones. Cada vez que
vuelva a ejecutar la herramienta, el nuevo archivo de salida aparecerá en la parte superior de su historial
actual.
Vamos a crear una nueva historia.
Hands-on: Nueva historia
1. Haga clic en el Icono de (gear) ( opciones de Historial ) en el panel Historial
2. Seleccione Crear Nuevo

3. Nombra tu historial, por ejemplo , "Análisis siguiente"
4. Presiona enter
Esta nueva historia no tiene ningún archivo todavía.
¿Dónde está tu primera historia, llamada "mi análisis"?
12 of 17 10/18/2018, 7:59 PM
1. Haga clic en Ver todas las historias ( icono de ) en la parte superior derecha de tu historia
Una nueva página aparecerá con todas sus historias mostradas aquí.
2. Arrastra un archivo a tu nuevo historial
1. Haga clic en el archivo FASTQ en el historial de "mi análisis"
2. Arrástrelo al historial de "Análisis siguiente"
Esto hace una copia del archivo en la nueva historia.
3. Haga clic en Analizar datos en el panel superior para volver a su ventana de análisis
13 of 17 10/18/2018, 7:59 PM
Su ventana principal de Galaxy ahora mostrará el historial actual como "Análisis siguiente", y tendrá un
archivo en él.
Puede volver a la página "Ver todos los historiales" y "Cambiar a" un historial diferente.
bien hecho! Ha completado la breve introducción a Galaxy, donde nombró el historial, cargó un
archivo, usó una herramienta y vio los resultados. Hay tutoriales adicionales disponibles para una
introducción más detallada de las características de Galaxy.
14 of 17 10/18/2018, 7:59 PM
La interfaz de Galaxy tiene herramientas a la izquierda, panel de visualización en el medio y

un historial de su análisis de datos a la derecha.
Puedes crear un nuevo historial para cada análisis. Todas tus historias están guardadas.
Para obtener datos en Galaxy, puede cargar un archivo pegando en una dirección web. Hay
otras formas de obtener datos en Galaxy (no se tratan en este tutorial): puede cargar un
archivo desde su computadora y puede importar un historial completo.
Elija una herramienta y cambie cualquier configuración para su análisis.
Ejecutar la herramienta. Los archivos de salida se guardarán en la parte superior de su
historial.
Ver los archivos de salida haciendo clic en el icono del ojo.
Ver todas sus historias y mover archivos entre ellos. Cambiar a una historia diferente.
Cierre sesión en su servidor Galaxy. Cuando vuelva a iniciar sesión (en el mismo servidor),
todas sus historias estarán allí.
15 of 17 10/18/2018, 7:59 PM
16 of 17 10/18/2018, 7:59 PM
Para brindarnos comentarios más detallados sobre estos materiales, tómese un momento para
completar el Formulario de comentarios ampliado.
Este material es el resultado de un trabajo colaborativo. ¡Gracias a la Red de Capacitación Galaxy ya todos los
colaboradores (Anna Syme)!
¿Encontraste un error tipográfico? ¿Algo está mal en este tutorial? Edítalo en GitHub .
17 of 17 10/18/2018, 7:59 PM

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1. ¿Qué aspecto tiene Galaxy?

diferentes servidores Galaxy

Esta es una imagen de Galaxy Australia, ubicada en www.usegalaxy.org.au

La página de Galaxy se divide en tres paneles:

La primera vez que use Galaxy, no habrá archivos en su panel de historial.

Su "Historia" está en el panel de la derecha.

1. Ir al panel Historial (a la derecha)

3. Escriba un nuevo nombre, por ejemplo, "Mi análisis"

Sus "Herramientas" están en el panel de la izquierda.

1. Ir al panel de herramientas (a la izquierda)

4. Haga clic en Pegar / Obtener datos

6. Haga clic en Inicio

¿Qué es este archivo?

El contenido del archivo se mostrará en el panel central del Galaxy.

Veamos la calidad de las lecturas en este archivo.

1. Escriba FastQC en el cuadro de búsqueda del panel de herramientas (arriba)

Veremos el archivo de salida llamado FastQC en los datos 1: Página web .

Haga clic en el Icono de (ojo) junto al archivo de salida.

1. ¿Cuál fue la longitud de las lecturas en el archivo de entrada FASTQ?

Hands-on: Ejecutar otra herramienta

1. Tipo Filtrar por calidad

Este archivo se llamará "Filtrar por calidad en los datos 1".

¿Cuáles son los resultados de esta herramienta de filtrado?

1. Haga clic en el nombre del archivo de salida en el panel Historial

Cuántos leídos han sido descartados

Hands-on: Vuelva a ejecutar la herramienta

Esto muestra la interfaz de la herramienta en el panel central.

¿Cuántas lecturas se descartaron bajo estas nuevas condiciones de filtrado?

Vamos a crear una nueva historia.

Hands-on: Nueva historia

1. Haga clic en el Icono de (gear) ( opciones de Historial ) en el panel Historial

2. Seleccione Crear Nuevo

Esta nueva historia no tiene ningún archivo todavía.

¿Dónde está tu primera historia, llamada "mi análisis"?

La interfaz de Galaxy tiene herramientas a la izquierda, panel de visualización en el medio y

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