Tema 12: Genómica

Griffiths AJ et al., (2000)

Klug WS y Cummings MR (2006)
Links to Animal Genomic Research web site
and Database Resources
http://www.genome.iastate.edu/resources/other.html

Inma Martín-Burriel: minma@unizar.es

 Contenidos
• Introducción
• Genómica estructural
– Polimorfismos del DNA: tipos, metodología de
estudio
– Aplicaciones de los polimorfismos
• Genómica funcional
 Definiciones

• Genómica es el conjunto de ciencias y técnicas dedicadas al

estudio integral del funcionamiento, el contenido, la evolución y
el origen de los genomas. Es una de las áreas más
vanguardistas de la Biología. La genómica usa conocimientos
derivados de distintas ciencias como son: biología molecular,
bioquímica, informática, estadística, matemáticas, física, etc.

• Genomics is a discipline in genetics concerning the study of the

genomes of organisms. The field includes intensive efforts to
determine the entire DNA sequence of organisms and fine-scale
genetic mapping efforts. The field also includes studies of
intragenomic phenomena such as heterosis, epistasis,
pleiotropy and other interactions between loci and alleles within
the genome.
 Historia de la Genómica
• 1977: Secuenciación completa del
genoma de 5.400 nt del virus ØX174
(Sanger et al.)
• Desarrollo de métodos de
secuenciación: secuencia de
genomas eucarióticos.
1976-1977, Allan Maxam y Walter Gilbert
Métodos de terminación de la cadena o
método de Sanger

Pirosecuenciación

Secuenciación a gran
escala (NGS)
 GENÓMICA
Estructural Funcional
Secuencia Función de los
descubrimiento genes
genes, localización Regulación

Comparativa

Compara genomas de diversas especies para elucidar las

relaciones funcionales y evolutivas.
Desarrollo de organismos modelo de enfermedades
 Genómica
Caracterización molecular de genomas completos

• ESTRUCTURAL: • FUNCIONAL:
– Caracterización de la – Caracterización del
naturaleza física de proteoma y de los
genomas completos patrones globales de
expresión génica
 Genómica estructural
Caracterización de la naturaleza física de genomas:
- Polimorfismos del DNA
- Cartografía

Clasificación del DNA eucariota

DNA eucariótico

Genes funcionales DNA de secuencia

DNA separador
de copia única repetida

Secuencias sin función

Secuencias funcionales
conocida

Secuencias funcionales Repeticiones heterocromatina

No codificantes Del centrómero

Familias de genes codificantes

VNTR
(y pseudogenes asociados)

Familias de genes dispersos Secuencias derivadas

De transposiciones
Familias de genes en tándem
Transposones

Retrotransposones
 Polimorfismo genético
Polimorfismo: Variante genética que aparece en la
población con una frecuencia > 1%

• Polimorfismo bioquímico:
– Detección de variación al nivel del
producto del gen: proteínas, enzimas
• Polimorfismos del DNA: http://users.rcn.com/jkimball.ma.ultranet/BiologyPages/P/Poly

– Variaciones presentes en la secuencia de

morphisms.html

bases
• Polimorfismos producidos por
mutaciones puntuales
• Polimorfismos del número de
repeticiones en tándem http://www.chinaphar.com/1671-4083/25/986.htm

http://www.systemsbiology.org/technology/data_generation/Microsatellite
Polimorfismos debidos a variaciones en el
número de repeticiones de DNA en tándem

VNTR Tamaño Unidad Método detección

(Kb) repetición

Satélites 100-500 20 kb Centrifugación ClCs

Elec. campos
pulsados
Minisatélites 0,1-20 20-40 pb Elec. Agarosa
Southern

Microsatélites pb 1-4pb Elec. Acrilamida

Secuenciación
Polimorfismos debidos a variaciones en el
número de repeticiones de DNA en tándem

• DNA microsatélite (STR):

– Short Tandem Repeat
– Pequeñas formaciones (generalmente < 150pb) de
repeticiones en tándem de secuencias muy simples
(de 1 a 4 nucleótidos)
– Repartidas por todo el genoma, normalmente en
intrones. Frecuentes y altamente polimóficos (número
medio de alelos 10)
– Herencia mendeliana codominante

Alelo 1 CA CA CA CA CA CA

Alelo 2 CA CA CA CA CA CA CA CA CA CA
• Visualización de los microsatélites

Genotipado: Secuenciación:
ACGT
• Implicaciones de las secuencias microsatélites en
patologías:
– Expansión de microsatélites de trinucleótidos:
• Síndrome de X frágil (FMR-1) (CCG)n
• Distrofia miotónica (DM) (CTG)n
• Enfermedad de Huntington (HD) (CAG)n
• Ataxia de Friedreich (FA)
• Nueve formas de ataxia espinocerebelar
(SCA)
– Expansión de tetranucleótidos: DM2
– Expansión de pentanucleótidos: SCA10

Enfermedades humanas se han creado animales modelo

Secuencias de DNA dispersas

¿DNA basura? ¿DNA egoista?

- ¿Regulación de la expresión?
- ¿Puntos de recombinación?
- Control de la segregación de
cromosomas (centrómeros)
- Estabilización de los cromosomas
en la replicación (telómeros)
ENCODE: Encyclopedia of
DNA Elements:
- Protein or non-coding RNA
- Protein binding
- Specific chromosome
structure
Polimorfismos debidos a mutaciones puntuales
• Variación de un nucleótido en una posición determinada.
• Frecuencia:1/1000pb
• También conocidos como SNP (Single Nucleotide Polymorphisms)

1. Cambios de bases: Alelo 1 TACGAGCTA

Alelo 2 TACGGGCTA
a. Transiciones:
i. Purina Purina:
ii. Pirimidina Pirimidina: A G Purinas
b. Transversiones
i. PurinaPirimidina: T C Pirimidinas
ii. Pirimidina Purina
• SNP: Single Nucleotide Polymorphisms:
– Polimorfismo muy frecuente (1/300 pb)
– 10 a 30 millones de SNP en el genoma
humano
– Dos posibles alternativas en cada individuo
– Herencia es muy estable (baja tasa de
mutación 10-6 vs 10-3 de los microsatélites)
– Fácil estandarización
– Aplicaciones en la determinación de
enfermedades y en farmacogenética
 RFLPs-SNP
• Origen: mutaciones puntuales
• Variabilidad: 2 alelos
• Localización: exones, intrones, regiones reguladoras,
DNA espaciador

• RFLPs • Detección de los SNP:

– RFLP:
– Detección mediante • Southern Blot
enzimas de • PCR + RFLP
restricción: – Secuenciación
• Southern Blot – Minisecuenciación
– Sondas específicas
• PCR+RFLP
– SSCPs
– Normalmente – PCR en tiempo real…
determinados en
exones
 Detección de mutaciones puntuales

RFLP: Aat II
Alelo 1 TGGACGTCT
Alelo 2 TGGATGTCT

Sonda
Alelo 1 Alelo 2

MCL1
 Detección de mutaciones puntuales

Minisequencing
Marcador del DNA (genético)
• Gen o secuencia de DNA cuya
localización en el genoma se conoce.
• Características:
– Tienen que ser polimórficos (en la población).
– Si es un gen no interesa la función sino las
variaciones en el DNA (que pueden reflejarse
en diferencias funcionales) (ej. Grupo
sanguíneo). HAY POCOS GENES MARCADORES.
– Las variaciones en un segmento de DNA se
transmiten según las reglas Mendelianas de
codominancia. HAY MUCHAS SECUENCIAS
MARCADORES.
 Tipos de marcadores
• SNP (or Single nucleotide polymorphism)
• RFLP (or Restriction fragment length polymorphism)
• RAD markers (or Restriction site associated DNA markers)
• AFLP (or Amplified fragment length polymorphism)
• VNTR (or Variable number tandem repeat)
• Microsatellite polymorphism, SSR (or Simple sequence repeat)
• STR (or Short tandem repeat)
• SSLP (or Simple sequence length polymorphism)
• RAPD (or Random amplification of polymorphic DNA)
• SFP (or Single feature polymorphism)
• DArT (or Diversity Arrays Technology)
• Aplicaciones de los polimorfismos
del DNA:
– Diagnóstico genético
– Identificación individual
– Construcción de los mapas génicos
– Ligamiento con fenotipos
Diagnóstico genético indirecto:
Análisis de marcadores genéticos

X
Gen alterado
Mutación puntual
Microsatélite
Marcador polimórfico RFLP
Deleción
Inserción

Genotipo del marcador  Genotipo del gen dañado

Identificación individual:
•Marcadores fenotípicos (HLA, Gr. Sanguíneos)
•Análisis de marcadores microsatélites
•PCR, secuenciación
• Fingerprinting (minisat.)

Microsatélites Minisatélites

Control de filiación
Control de libros genalógicos
Detección mediante RFLP + Southern
• Mapas del genoma:
– Mapa genético
• Posiciones relativas de los genes entre si,
sin anclaje físico
• Distancia entre marcadores determinada por
la frecuencia de recombinación en la meiosis
– Mapa físico
• Posición exacta de un gen
• Distancia entre marcadores determinada por
nº de pb
 Secuenciación de genomas
Construcción de librerías PCR en puente

Secuenciación por síntesis

 Análisis bioinformático (NGS)

- Preprocesado de las secuencias

- Control de calidad
- Alineamiento de secuencias: formación de contigs
- Alineamiento con las referencias
- Búsqueda de variantes
 • Asociación:
Ligamiento con fenotipos
• Ligamiento:
– Identificación de regiones
del genoma con un nº de
alelos compartidos en
individuos afectados > al
esperado (en familias)
– Análisis de 500 pols
– Regiones candidatas y
acotamiento de la región
– Alelos raros de alto riesgo
– Análisis de individuos
afectados no
emparentados e
identificación de alelos
compartidos
– Facilidad para la
obtención de muestras
– Necesidad de analizar
miles de marcadores
– Alelos de acción
modesta en
enfermedades
comunes
 Secuenciación del Exoma

- Alineamiento con secuencias de referencia

- Eliminación de variantes comunes (dbSNP, HapMap8)
- Secuenciando 3 o 4 individuos mutación causante
- Riesgo de falsos negativos
- Estudio de ligamiento + NGS (secuenciando familia e identificando los
fragmentos cromosómicos heredados de los padres)
- Confirmación con pruebas bioquímicas y funcionales
 Genómica funcional
• Los datos de la secuenciación a
gran escala son el punto de partida
de la genómica funcional
• Búsqueda de ORF en secuencias de
DNA desconocidas
• Identificación de su función
• Empleo de chips (microarrays) de
DNA para estudio de regulación
génica
 Chips de DNA
• Muestras de DNA ordenadas, unidas a
un chip de cristal del tamaño de un
cubreobjetos
• En un chip puede haber miles de
muestras (cDNA de genes conocidos)
• Los chips se exponen a muestras de
mRNA marcados procedentes de
distintos tejidos (distinta fase de
desarrollo, tumoral vs normal, etc.)
• Se miden variaciones en la expresión de
los tejidos
 RNAseq Algorithm overview, for paired-end RNA-Seq.

Lee S et al. Nucl. Acids Res. 2010;nar.gkq1015

© The Author(s) 2010. Published by Oxford University Press.

 Aplicaciones de la Genómica
• Conocimiento y comprensión de procesos
patológicos
• Precisión de diagnóstico:
– Clasificación más fina (cáncer de colon, piel)
– “Farmacogenómica”  respuesta individual a
tratamientos, elección de quimioterapia
• Evaluación correcta del riesgo genético:
– Predicción de la agresividad tumoral
• Prevención conocido el riesgo genético
– Comenzar planes de vigilancia en riesgo de
cáncer, hipercolesterolemia, hemocromatosis,..
Implicaciones del conocimiento del genoma
• Análisis de recién nacidos
• Detección de portadores
• Desarrollo de terapias:
– Terapia génica: reemplazar un gen alterado
por el gen funcional
– Terapia basada en la genética:
• Diseño de nuevas drogas
• Tratamientos basados en las bases moleculares
• Elección del tratamiento
• Identificación de genes con interés
en producción.
 Videos de genómica
Microarray:
http://www.youtube.com/watch?v=VNsThMNjKhM
http://www.youtube.com/watch?v=ePFE7yg7LvM&
feature=related
http://www.youtube.com/watch?v=AhnTT6-
Jgcg&feature=related
Exon Sequencing
http://www.youtube.com/watch?v=ZY_vPbpPnrc&s
ns=em