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Descripción[editar]

La estructura molecular puede ser descrita de diferentes formas. La fórmula


molecular es útil para moléculas sencillas, como H2O para el agua o NH3 para
el amoníaco. Contiene los símbolos de los elementos presentes en la molécula,
así como su proporción indicada por los subíndices.
Para moléculas más complejas, como las que se encuentran comúnmente
en química orgánica, la fórmula química no es suficiente, y vale la pena usar
una fórmula estructural o una fórmula esqueletal, las que indican gráficamente la
disposición espacial de los distintos grupos funcionales.
Cuando se quieren mostrar variadas propiedades moleculares, o se trata de
sistemas muy complejos como proteínas, ADN o polímeros, se utilizan
representaciones especiales, como los modelos tridimensionales (físicos o
representados por ordenador). En proteínas, por ejemplo, cabe distinguir entre
estructura primaria (orden de los aminoácidos), secundaria (primer plegamiento en
hélices, hojas, giros…), terciaria (plegamiento de las estructuras tipo
hélice/hoja/giro para dar glóbulos) y cuaternaria (organización espacial entre los
diferentes glóbulos).
La mecánica clásica y el electromagnetismo clásico no podían explicar la
existencia y estabilidad de las moléculas ya que de acuerdo con sus ecuaciones
una carga eléctrica acelerada emitiría radiación por lo que los electrones
necesariamente perderían energía cinética por radiación hasta caer sobre
el núcleo atómico. La mecánica cuántica proveyó el primer modelo
cualitativamente correcto que además predecía la existencia de átomos estables y
proporcionaba explicación cuantitativa muy aproximada para fenómenos empíricos
como los espectros de emisión característicos de cada elemento químico.
En mecánica cuántica una molécula o un ion poliatómico se describe como un

sistema formado por electrones de masa y núcleos de masas .


En mecánica cuántica las interacciones físicas de estos elementos se presentan
por un hamiltoniano cuántico, cuyos autovalores serán las energías permitidas del
sistema y cuyas autofunciones describiránlos orbitales moleculares de la molécula,
y de esos objetos se podrán deducir las propiedades químicas de la molécula. En
lo que sigue se designará mediante e, la carga de cada electrón, mientras que la

de cada núcleo, con protones, será . Para estudiar este sistema es


necesario analizar el siguiente hamiltoniano cuántico