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Unité de Bactériologie – Virologie – Faculté de Pharmacie

Examen cytobactériologique des urines : E C B U

J0
Prélèvement d’urine (milieu du jet)

Examen Cytologique Examen Bactériologique

- Numération des cellules : - Examen direct (coloration de Gram)


Leucocyturie / ml
Hématurie / ml - Ensemencements des milieux de culture
Autres éléments (cellules épithéliales
cristaux, cylindres, levures,…)

J1
- Numération des bactéries = bactériurie /ml

- A partir des colonies isolées :


- Identification : réalisation d’une galerie API®
- Réalisation d’un antibiogramme

J2
- Lecture de la galerie API® : identification de la bactérie

- Lecture de l’antibiogramme
Examen cytobactériologique des urines : E C B U

PREMIÈRE SÉANCE (J0)

1- EXAMEN CYTOLOGIQUE

Détermination de la leucocyturie (nombre de leucocytes / ml)


Détermination de l’hématurie (nombre hématies / ml)
Recherche d’autres éléments : cellules épithéliales, cristaux, cylindres, levures, …

Technique :
Observation et numération des cellules à l’état frais dans une cellule de numération (Kova
Slide®, équivalente à une cellule de Malassez)
1 - Homogénéiser l’urine
2 - Déposer une goutte pour remplir la cellule de numération par capillarité
3 - Observer à l’objectif 40 après mise au point à l’objectif 10

Observation :
1- Leucocytes : aspect granuleux et réfringent, contour irrégulier
2- Hématies : circulaires, brillantes et de plus petite taille
3- Cristaux, cylindres, levures et cellules épithéliales (voir fiches de paillasse)

Numération :
Compter les éléments contenus dans les surfaces suivantes :
Petit carreau = 0,01 mm3
Grand carreau = 0,1 mm3
Cellule entière = 1 mm3 = 1µl
Choisir la surface de comptage en fonction du nombre d’éléments par unité de surface

Exprimer les résultats en nombre de leucocytes et nombre d’hématies / ml

Cytologie normale (seuils) : Leucocytes < 10 000 / ml


Hématies : absence de détection (< seuil de détection)
Autres éléments à signaler avec une appréciation semi-quantitative de leur quantité (très
rares, rares, quelques, nombreux, très nombreux, …) : cristaux, cylindres, cellules
épithéliales, autres.
2- EXAMEN DIRECT BACTÉRIOLOGIQUE

1 - Réaliser une coloration de Gram sur les urines (déposer une goutte sur un puits de lame
« IF », laisser sécher sous la hotte et réaliser la coloration de Gram selon le protocole)
2 - Observer et décrire la (les) bactérie(s) présente(s)
3 - Estimer le nombre de bactéries de manière semi-quantitative (très rares, rares, quelques,
nombreuses, très nombreuses, …)
4 - Noter la présence éventuelle de bactéries considérées comme contaminantes, exemples :
- bactéries du microbiote fécal (plusieurs types de bactéries d’aspects différents, …)
- bactéries du microbiote vaginal (bacilles à Gram positif de Döderlein = lactobacilles)

La présence de bactéries à l’examen direct doit être interprétée en association avec la


leucocyturie et la bactériurie (voir ci-après).
Résultats partiels de l’examen direct à communiquer au médecin pour mise en place
éventuelle d’un traitement probabiliste.

3- ENSEMENCEMENT DES MILIEUX DE CULTURE


L’ensemencement a 2 objectifs :
- Dénombrer les bactéries (bactériurie quantitative = nombre de bactéries / ml)
- Isoler la ou les bactéries en vue de l’identification et de l’antibiogramme

Sur milieu TS (Trypticase-Soja) (non sélectif) et Drigalski (sélectif) réaliser l’isolement selon
le schéma suivant :

Les milieux sont incubés à 37 °C, pendant 24 h.


DEUXIÈME SÉANCE (J1)

1- INTERPRETATION DE LA BACTÉRIURIE QUANTITATIVE


Lecture des boîtes :

Seuils de bactériurie significative (recommandations 2014) :

Espèce bactérienne Seuil de Sexe


significativité
Escherichia coli, Staphylococcus saprophyticus 103 UFC/ml Homme ou femme
Entérobactéries autres qu’E.coli, 103 UFC/ml Homme
entérocoques, Corynebacterium urealyticum,
Pseudomonas aeruginosa, 104 UFC/ml Femme
Staphylococcus aureus
Autres 105 UFC/ml Homme ou femme
UFC = unité formant colonie

Si cytologie et bactériurie sont toutes les deux significatives, faire l’identification de la


bactérie en cause et réaliser en parallèle un antibiogramme.

2- IDENTIFICATION DE L’ESPÈCE BACTÉRIENNE

Tests d’orientation : Test de l’oxydase


Choix et ensemencement de la galerie d’identification :
- si la bactérie ne possède pas d’oxydase : API® 20E
- si la bactérie possède une oxydase : API® 20NE
3- ANTIBIOGRAMME : Détermination de la sensibilité aux antibiotiques : technique
par diffusion en milieu gélosé ou méthode des disques

A partir de la suspension bactérienne préparée pour l’ensemencement de la galerie API,


(correspondant à environ 108 UFC/ml (suspension légèrement trouble, turbidité équivalence
à l’étalon 0,5 de la gamme de McFarland), ensemencer à l’écouvillon une boîte de milieu
gélosé Mueller-Hinton (MH) :
Plonger l’écouvillon dans la suspension bactérienne et éliminer l’excès de liquide en
tournant l’écouvillon sur les parois du tube
Ecouvillonner sur la totalité de la surface de la gélose dans trois directions (sans
recharger l’écouvillon : stries horizontales, verticales et en biais) :

Appliquer stérilement les disques à l’aide d’une pince, selon le schéma vous paraissant le
plus pertinent puis appuyer légèrement sur chacun des disques avec la pince pour qu’il
adhère à la gélose.

Incuber 18h à 37 °C, couvercle vers le bas.


TROISIÈME SÉANCE (J2)

1- LECTURE ET INTERPRETATION DE LA GALERIE API®

- Révélation pour les caractères : Indole, TDA (Tryptophane désaminase), VP (réaction de


Voges-Proskauer = production d’acétoïne)
- Codage
- Recherche du genre et de l’espèce dans les abaques.

2- LECTURE ET INTERPRETATION DE L’ANTIBIOGRAMME


Mesurer le diamètre des zones d’inhibition en millimètres et reporter ces valeurs sur l’échelle
de concordance établie pour chaque antibiotique (relation existant entre le diamètre de la
zone d’inhibition et la CMI (Concentration Minimale Inhibitrice).

La comparaison de la CMI aux 2 concentrations critiques ou seuils permet de déterminer la


catégorie thérapeutique de la souche (S, I ou R pour Sensible, Intermédiaire ou Résistant).

3- COMPLETER LA FEUILLE DE RESULTAT


Nom : Prénom : Série :
Laboratoire de Bactériologie de la Salle Hollande

EXAMEN CYTOBACTÉRIOLOGIQUE DES URINES

Date du prélèvement : Prescripteur :


Nom, âge, sexe du malade :

Cytologie : Leucocyturie : / ml
Hématurie : / ml

Cellules épithéliales :
Cristaux :
Cylindres :
Autres éléments :

Coloration de Gram :

Culture : Bactériurie :
Espèce :

Antibiogramme :
Antibiotique Sigle Diamètre Interprétation
(mm) (R, I ou S)
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