You are on page 1of 8

Fitur dasar transkripsi adalah sama di baik prokariota dan eukariota, tetapi banyak dari

detail — seperti urutan promotor — berbeda. RNA polimerase dari E. coli telah dipelajari
secara terperinci dan akan dibahas di sini. Ini mengkatalisasi semua sintesis RNA dalam
spesies ini. RNA polimerase Archaea memiliki struktur yang sangat berbeda; mereka
tidak akan dibahas di sini. Segmen DNA yang ditranskripsi untuk menghasilkan satu
molekul RNA disebut a unit transkripsi. Unit transkripsi mungkin setara dengan gen
individu, atau mereka mungkin termasuk beberapa gen yang berdekatan. Transkrip besar
yang membawa urutan pengkodean beberapa gen umum ditemukan pada bakteri. Proses
transkripsi dapat dibagi menjadi tiga tahap: (1) inisiasi rantai RNA baru, (2) perpanjangan
rantai, dan (3) pemutusan transkripsi dan pelepasan molekul RNA yang baru lahir
(Gambar 11.7). Ketika membahas transkripsi, ahli biologi sering menggunakan istilah hulu
dan hilir untuk merujuk ke daerah yang terletak di ujung 5 dan 3, masing-masing, dari
transkrip dari beberapa situs dalam molekul mRNA. Istilah-istilah ini didasarkan pada
fakta bahwa sintesis RNA selalu terjadi dalam arah 5 sampai 3. Daerah hulu dan hilir gen
adalah urutan DNA yang menentukan segmen 5 dan 3 yang sesuai transkrip mereka
relatif terhadap titik referensi tertentu.

POLYMERASES RNA: ENZIM KOMPLEKS

RNA polimerase yang mengkatalisis transkripsi kompleks, protein multimerik. E. coli RNA
polimerase memiliki molekul berat sekitar 480.000 dan terdiri dari lima polipeptida. Dua
dari ini identik; dengan demikian, enzim tersebut mengandung empat polipeptida yang
berbeda. Molekul RNA polimerase lengkap, holoenzyme, memiliki komposisi 2. Subunit
terlibat dalam perakitan inti tetramerik (2) RNA polimerase. itu subunit mengandung situs
pengikatan ribonukleosida trifosfat, dan subunit memiliki daerah pengikatan templat DNA.
Satu subunit, faktor sigma (), hanya terlibat dalam inisiasi transkripsi; tidak memainkan
peran dalam perpanjangan rantai. Setelah rantai RNA inisiasi telah terjadi, faktor
dilepaskan, dan perpanjangan rantai (lihat Gambar 11.5) dikatalisis oleh enzim inti (2). Itu
Fungsi sigma adalah untuk mengenali dan mengikat RNA polimerase ke situs inisiasi
transkripsi atau promotor dalam DNA. Enzim inti (tanpa) akan mengkatalisasi sintesis
RNA dari templat DNA secara in vitro, tetapi, dengan melakukan itu, itu akan memulai
rantai RNA di situs acak pada keduanya untaian DNA. Sebaliknya, holoenzyme
(sekarang) dimulai Rantai RNA in vitro hanya di situs yang digunakan in vivo.

INISIASI RANTAI RNA Inisiasi rantai RNA melibatkan tiga langkah: (1) mengikat RNA
holoenzim polimerase ke daerah promotor dalam DNA; (2) yang dilokalkan penguraian
dua untai DNA oleh RNA polimerase, memberikan a cetakan untai bebas untuk
dipasangkan dengan ribonukleotida yang masuk; dan (3) pembentukan ikatan fosfodiester
antara beberapa ribonukleotida pertama di Indonesia rantai RNA yang baru lahir.
Holoenzyme tetap terikat pada promotor wilayah selama sintesis delapan atau sembilan
ikatan pertama; lalu sigma faktor dilepaskan, dan enzim inti memulai fase pemanjangan
RNA perpaduan. Selama inisiasi, rantai pendek dua hingga sembilan ribonukleotida
adalah disintesis dan dirilis. Sintesis yang gagal ini berhenti satu kali rantai 10 atau lebih
ribonukleotida telah disintesis dan RNA polimerase telah mulai bergerak hilir dari
promotor. Dengan konvensi, nukleotida berpasangan atau nukleotida di dalam dan
berdekatan untuk unit transkripsi diberi nomor relatif terhadap situs inisiasi transkrip
(ditunjuk 1) —pasangan nukleotida yang sesuai dengan (5) nukleotida pertama dari
transkrip RNA. Pasangan basa sebelum situs inisiasi diberikan minus () awalan; yang
mengikuti (relatif terhadap arah transkripsi) situs inisiasi diberikan plus () awalan. Urutan
nukleotida sebelum situs inisiasi disebut sebagai urutan hulu; mereka yang mengikuti
situs inisiasi disebut urutan hilir. Seperti disebutkan sebelumnya, subunit sigma RNA
polimerase memediasi pengikatannya untuk promotor dalam DNA. Ratusan promotor E.
coli telah diurutkan dan ditemukan secara mengejutkan memiliki sedikit kesamaan. Dua
urutan pendek dalam promotor ini adalah cukup konservasi untuk diakui, tetapi bahkan ini
jarang identik dalam dua promotor yang berbeda. Titik tengah dari dua urutan yang
dikonservasi terjadi pada sekitar 10 dan 35 pasangan nukleotida, masing-masing,
sebelum transkripsi- situs inisiasi (Gambar 11.8). Jadi mereka disebut urutan 10 dan
urutan 35, masing-masing. Meskipun urutan ini sedikit berbeda dari gen ke gen, beberapa
nukleotida sangat terkonservasi. Nukleotida sekuens yang hadir dalam elemen genetika
yang dilestarikan seperti itu paling sering adalah disebut urutan konsensus. 10 urutan
konsensus dalam nontemplate strand adalah TATAAT; 35 urutan konsensus adalah
TTGACA. Subunit sigma awalnya mengakui dan mengikat ke urutan 35; dengan
demikian, urutan ini kadang-kadang disebut urutan pengakuan. Urutan 10 AT-rich
memfasilitasi pelepasan DNA yang terlokalisasi, yang merupakan prasyarat penting untuk
sintesis rantai RNA baru. Jarak antara 35 dan 10 urutan sangat dilestarikan di promotor E.
coli, tidak pernah kurang dari 15 atau lebih dari 20 pasang nukleotida. Selain itu, basis
pertama atau 5 dalam E. coli RNA biasanya (90 persen) purin.

PEMULIHAN RANTAI RNA Perpanjangan rantai RNA dikatalisis oleh inti RNA polimerase
enzim, setelah pelepasan subunit. Perpanjangan kovalen dari Rantai RNA (lihat Gambar
11.5) terjadi di dalam gelembung transkripsi, segmen DNA yang tidak terurai secara lokal.
Molekul RNA polimerase mengandung aktivitas pengikatan DNA dan penggulung DNA.
RNA polimerase terus-menerus melepaskan heliks ganda DNA di depan polimerisasi
situs dan memundurkan untai DNA komplementer di belakang situs polimerisasi saat
bergerak sepanjang heliks ganda (Gambar 11.9). Di E. coli, panjang rata-rata gelembung
transkripsi adalah 18 pasang nukleotida, dan sekitar 40 ribonukleotida dimasukkan ke
dalam RNA yang tumbuh rantai per detik. Rantai RNA yang baru lahir dipindahkan dari
DNA untai cetakan saat RNA polimerase bergerak di sepanjang molekul DNA. Itu wilayah
pasangan basa sementara antara rantai tumbuh dan DNA untai templat sangat pendek,
mungkin panjangnya hanya tiga pasang basa. Stabilitas kompleks transkripsi adalah
dikelola terutama oleh pengikatan DNA dan rantai RNA yang berkembang ke RNA
polimerase, bukan oleh basepairing antara untai templat DNA dan RNA yang baru lahir.

PENGHENTIAN RNA RANTAI Pemutusan rantai RNA terjadi ketika RNA polimerase
mengalami penghentian sinyal. Ketika itu terjadi, transkripsi kompleks memisahkan,
melepaskan yang baru lahir Molekul RNA. Ada dua jenis terminator transkripsi di E. coli.
Satu ketik hasil dalam penghentian hanya di hadapan dari protein yang disebut rho ();
karena itu, urutan pemutusan seperti itu disebut rhodependent terminator. Jenis hasil
lainnya dalam penghentian transkripsi tanpa keterlibatan rho; urutan seperti itu disebut
terminator independen rho. Terminator Rho-independent berisi a Wilayah kaya GC diikuti
oleh enam AT atau lebih pasangan basa, dengan huruf A ada di templat strand (Gambar
11.10, atas). Nukleotida urutan wilayah kaya GC mengandung pengulangan terbalik —
urutan nukleotida dalam setiap untai DNA yang terbalik dan saling melengkapi. Saat
ditranskripsi, ini dibalik daerah yang berulang menghasilkan RNA untai tunggal urutan
yang dapat mendasarkan-pasangan dan membentuk jepit rambut struktur (Gambar 11.10,
bawah). RNA struktur jepit rambut terbentuk segera setelah sintesis daerah yang
berpartisipasi dalam Rantai RNA dan memperlambat pergerakan Molekul RNA
polimerase di sepanjang DNA, menyebabkan jeda dalam ekstensi berantai. Sejak AU
pasangan-pasangan lemah, membutuhkan lebih sedikit energi untuk memisahkan basis
daripada pasangan basis standar lainnya, proses U setelah wilayah jepit rambut
memfasilitasi pelepasan rantai RNA yang baru disintesis dari Templat DNA ketika struktur
jepit rambut menyebabkan RNA polimerase berhenti di situs ini. Mekanisme dimana
penghentian transkripsi tergantung-ketergantungan terjadi adalah mirip dengan
pemutusan rho-independen karena keduanya melibatkan pembentukan a Struktur jepit
rambut berikat hidrogen di bagian hulu dari lokasi penghentian. Dalam kedua kasus
tersebut, jepit rambut ini menghambat pergerakan RNA polimerase, menyebabkannya
berhenti. Namun, terminator yang bergantung pada rho mengandung dua sekuens
tambahan: pasangan nukleotida 50-90 urutan hulu dari urutan berulang terbalik yang
menghasilkan untai RNA dengan banyak C tetapi beberapa G, yang karenanya tidak
membentuk jepit rambut atau struktur sekunder lainnya, dan urutan yang menentukan
situs pengikatan protein rho yang disebut rut (untuk pemanfaatan rho) di dekat 3 akhir
transkrip. Protein Rho mengikat urutan usus dalam transkrip dan bergerak 5 sampai 3
mengikuti RNA polimerase. Ketika polimerase bertemu jepit rambut, jeda, memungkinkan
rho untuk mengejar ketinggalan, melewati jepit rambut, dan menggunakan aktivitas
helicase untuk bersantai pasangan DNA / RNA di terminal dan melepaskan transkrip
RNA.

TRANSCRIPTION CONCURRENT, TRANSLATION, DAN DEGRADASI mRNA Pada


prokariota, penerjemahan dan degradasi molekul mRNA sering dimulai sebelum
sintesisnya (transkripsi) selesai. Karena molekul mRNA disintesis, diterjemahkan, dan
terdegradasi ke arah 5 ke 3, ketiga proses bisa terjadi secara bersamaan pada molekul
RNA yang sama. Pada prokariota, polipeptida mensintesis mesin tidak dipisahkan oleh
amplop nuklir dari situs mRNA perpaduan. Oleh karena itu, sekali ujung 5 mRNA telah
disintesis, itu bisa segera digunakan sebagai templat untuk sintesis polipeptida. Memang,
transkripsi dan terjemahan sering sangat erat dalam prokariota. Oscar Miller, Barbara
Hamkalo, dan rekan mengembangkan teknik yang memungkinkan mereka untuk
memvisualisasikan kopling ini antara transkripsi dan terjemahan pada bakteri dengan
mikroskop elektron. Salah satunya foto-foto yang menunjukkan transkripsi gen dan
terjemahan mRNA-nya produk dalam E. coli direproduksi dalam Gambar 11.11.

Pemrosesan Transkripsi dan RNA dalam Eukariota Meskipun keseluruhan proses sintesis
RNA serupa di prokariota dan eukariota, prosesnya jauh lebih kompleks pada eukariota.
Dalam eukariota, RNA disintesis dalam nukleus, dan sebagian besar RNA yang
mengkode protein harus diangkut ke sitoplasma untuk terjemahan pada ribosom. Ada
bukti yang menunjukkan bahwa beberapa terjemahan terjadi dalam nukleus; Namun,
sebagian besar jelas terjadi di sitoplasma. MRNA prokariotik sering mengandung daerah
pengkodean dua atau lebih gen; mRNA seperti itu dikatakan multigenik. Sebaliknya,
banyak transkrip eukariotik yang telah ditandai mengandung wilayah pengkodean gen
tunggal (are monogenik). Namun demikian, hingga seperempat dari unit transkripsi di
kecil cacing Caenorhabditis elegans mungkin multigenik. Jelas, mRNA eukariotik mungkin
baik monogenik atau multigenik. Lima polimerase RNA yang berbeda ada pada eukariota,
dan masing-masing enzim mengkatalisasi transkripsi kelas gen tertentu. Apalagi dalam
eukariota, mayoritas dari transkrip utama gen yang menyandikan polipeptida menjalani
tiga modifikasi utama sebelum diangkut ke sitoplasma untuk diterjemahkan (Gambar
11.12). 1. Tutup 7-Metil guanosin ditambahkan ke 5 ujung transkrip primer. 2. Ekor poli
(A) ditambahkan ke 3 ujung transkrip, yang dihasilkan oleh pembelahan bukan dengan
pemutusan perpanjangan rantai. 3. Saat ini, urutan intron disambungkan keluar dari
transkrip. 5 tutup pada sebagian besar mRNA eukariotik adalah residu 7-metil guanosin
yang tergabung ke dalam nukleosida awal transkrip dengan hubungan 5 -5 fosfat. 3 poli
(A) ekor adalah a saluran polyadenosine 20 hingga 200 nukleotida panjang. Pada
eukariota, populasi transkrip primer dalam nukleus disebut heterogen nuklir RNA (hnRNA)
karena variasi besar dalam ukuran molekul RNA menyajikan. Bagian utama dari hnRNA
ini adalah urutan intron nonkoding, yang dikeluarkan dari transkrip primer dan
terdegradasi dalam nukleus. Jadi, sebagian besar hnRNA sebenarnya terdiri dari molekul
pra-mRNA yang mengalami berbagai peristiwa pemrosesan sebelum meninggalkan
nukleus. Juga, dalam eukariota, transkrip RNA dilapisi dengan RNAbinding protein
selama atau segera setelah sintesisnya. Protein ini melindungi gen transkrip dari
degradasi oleh ribonucleases, enzim yang mendegradasi molekul RNA, selama
pemrosesan dan transportasi ke sitoplasma. Waktu paruh rata-rata transkrip gen dalam
eukariota adalah sekitar lima jam, berbeda dengan waktu paruh rata-rata kurang dari lima
menit dalam E. coli. Stabilitas transkrip gen yang ditingkatkan ini dalam eukariota
disediakan, setidaknya sebagian, oleh interaksinya dengan protein pengikat RNA.

LIMA POLIMERAS RNA / LIMA SET GEN Sedangkan RNA polimerase tunggal
mengkatalisasi semua transkripsi dalam E. coli, eukariota mulai dari kompleksitas ragi sel
tunggal hingga manusia mengandung dari tiga ke lima polimerase RNA yang berbeda.
Tiga enzim, yang ditunjuk RNA polimerase I, II, dan III, diketahui hadir di sebagian besar,
jika tidak semua, eukariota. Ketiganya lebih kompleks, dengan 10 subunit atau lebih,
daripada E. coli RNA polimerase. Apalagi tidak seperti itu enzim E. coli, semua RNA
eukariotik polimerase membutuhkan bantuan dari yang lain protein yang disebut faktor
transkripsi dalam urutan untuk memulai sintesis rantai RNA. Fitur utama dari lima
eukariotik RNA polimerase diringkas dalam Tabel 11.1. RNA polimerase I terletak di
nukleolus, daerah berbeda dari nukleus di mana rRNA disintesis dan dikombinasikan
dengan protein ribosom. RNA polimerase I mengkatalisasi sintesis semua RNA ribosom
kecuali rRNA 5S kecil. RNA polimerase II menyalin gen nuklir yang menyandikan protein
dan mungkin gen lain yang menentukan hnRNA. RNA polimerase III mengkatalisasi
sintesis molekul RNA transfer, molekul 5S rRNA, dan nuklir kecil RNA. Sampai saat ini,
RNA polimerase IV dan V telah diidentifikasi hanya pada tanaman; namun, ada petunjuk
bahwa mereka mungkin ada di lainnya eukariota, terutama jamur. RNA polimerase IV dan
V play peran penting dalam mematikan transkripsi gen dengan memodifikasi struktur
kromosom, proses yang disebut renovasi chromatin (lihat Memotong Edge: Renovasi
Chromatin dan Gen Ekspresi dan Bab 19). Chromatin renovasi terjadi ketika histone ekor
masuk nukleosom (lihat Gambar 9.18) secara kimiawi dimodifikasi dan protein
berinteraksi dengan kelompok-kelompok yang dimodifikasi ini, menyebabkan kromatin
menjadi lebih atau kurang kental. RNA polimerase IV mensintesis transkrip yang diproses
menjadi RNA pendek yang disebut RNA interfering kecil (siRNAs) pengatur penting
ekspresi gen (lihat Bab 19). Satu mekanisme aksi melibatkan interaksi dengan protein lain
untuk memodifikasi (menyingkat atau bersantai) kromatin struktur. RNA polimerase V
mensintesis subset siRNA dan noncoding (antisense) transkrip gen yang diatur oleh
siRNA. Meski detail dari proses masih sedang dikerjakan, nampaknya siRNA berinteraksi
dengan ini transkrip tanpa kode dan protein terkait nukleosom — beberapa dikarakterisasi
dengan baik, yang lain tidak dikenal — untuk memadatkan kromatin ke dalam struktur
yang tidak dapat ditranskripsi.

INISIASI RANTAI RNA Tidak seperti rekan prokariotik mereka, RNA polimerase eukariotik tidak
dapat dimulai transkripsi sendiri. Kelima polimerase RNA eukariotik memerlukan bantuan faktor
transkripsi protein untuk memulai sintesis rantai RNA. Memang, faktor-faktor transkripsi ini harus
mengikat ke daerah promotor dalam DNA dan membentuk suatu kompleks inisiasi yang sesuai
sebelum RNA polimerase akan mengikat dan memulai transkripsi. Faktor promotor dan transkripsi
yang berbeda digunakan oleh RNA polimerase. Pada bagian ini, kami fokus pada inisiasi sintesis
pra-mRNA oleh RNA polimerase II, yang mentranskripsikan sebagian besar gen eukariotik. Dalam
semua kasus, inisiasi transkripsi melibatkan pembentukan lokal membuka segmen DNA,
menyediakan untai DNA yang bebas berfungsi sebagai a template untuk sintesis untaian RNA
komplementer (lihat Gambar 11.6). Itu pembentukan segmen DNA yang tidak terurai secara lokal
yang diperlukan untuk memulai transkripsi melibatkan interaksi beberapa faktor transkripsi dengan
urutan spesifik dalam promotor untuk unit transkripsi. Promotor diakui oleh RNA polimerase II
terdiri dari elemen yang dikonservasi pendek, atau modul, yang terletak di hulu dari transkripsi titik
awal. Komponen promotor dari gen timidin kinase tikus ditunjukkan pada Gambar 11.13. Promotor
lain yang diakui oleh RNA polimerase II mengandung beberapa, tetapi tidak semua, komponen ini.
Unsur terpelihara yang paling dekat dengan situs awal transkripsi (posisi 1) disebut kotak TATA; ia
memiliki konsensus urutan TATAAAA (membaca 5 hingga 3 pada untai nontemplate) dan berpusat
di tentang posisi 30. Kotak TATA memainkan peran penting dalam memposisikan transkripsi titik
awal. Elemen kedua yang dilestarikan disebut kotak CAAT; itu biasanya terjadi di dekat posisi 80
dan memiliki urutan konsensus GGCCAATCT. Dua elemen yang dilestarikan lainnya, kotak GC,
konsensus GGGCGG, dan kotak oktamer, konsensus ATTTGCAT, sering hadir dalam promotor
RNA polimerase II; mereka mempengaruhi efisiensi promotor dalam memulai transkripsi. Coba
Selesaikan: Inisiasi Transkripsi oleh RNA Polymerase II dalam Eukaryotes untuk melihat
bagaimana urutan promotor yang dilestarikan ini bekerja dalam HBB manusia (-globin) gen. Inisiasi
transkripsi oleh RNA polimerase II membutuhkan bantuan beberapa faktor transkripsi basal. Masih
transkripsi lainnya faktor dan urutan peraturan yang disebut perangkat tambahan dan peredam
memodulasi efisiensi inisiasi (Bab 19). Faktor-faktor transkripsi basal harus berinteraksi dengan
promotor dalam urutan yang benar untuk memulai transkripsi efektif (Gambar 11.14). Setiap faktor
transkripsi basal dilambangkan TFIIX (Faktor Transkripsi X untuk RNA polimerase II, di mana X
adalah huruf mengidentifikasi faktor individu). TFIID adalah faktor transkripsi basal pertama yang
berinteraksi dengan promotor; itu mengandung protein pengikat TATA (TBP) dan beberapa TBP
kecil yang terkait protein (Gambar 11.14). Selanjutnya, TFIIA bergabung dengan kompleks, diikuti
oleh TFIIB. TFIIF pertama kali berasosiasi dengan RNA polimerase II, dan kemudian TFIIF dan
RNA polimerase II bergabung bersama kompleks inisiasi transkripsi bersama. TFIIF berisi dua
subunit, salah satunya memiliki aktivitas DNA-unwinding. Dengan demikian, TFIIF mungkin
mengkatalisasi pelepasan DNA yang terlokalisasi
diperlukan double helix untuk memulai transkripsi. TFIIE kemudian bergabung dengan inisiasi
kompleks, mengikat ke DNA hilir dari transkripsi titik awal. Dua faktor lain, TFIIH dan TFIIJ,
bergabung dengan kompleks setelahnya TFIIE, tetapi lokasi mereka di kompleks tidak diketahui.
TFIIH memiliki helicase aktivitas dan perjalanan dengan RNA polimerase II selama pemanjangan,
terlepas untaian di wilayah transkripsi ("gelembung transkripsi"). RNA polimerase I dan III memulai
transkripsi dengan proses itu mirip, tapi agak lebih sederhana, daripada yang digunakan oleh
polimerase II, sedangkan proses yang digunakan oleh RNA polimerase IV dan V saat ini sedang
dalam investigasi. Promotor gen yang ditranskripsi oleh polimerase I dan III sangat berbeda dari
yang digunakan oleh polimerase II, bahkan meskipun terkadang mengandung beberapa elemen
regulasi yang sama. Promotor RNA polimerase I adalah bipartit, dengan urutan inti yang
memanjang dari sekitar 45 hingga 20, dan elemen kontrol hulu memanjang dari 180 menjadi
sekitar 105. Kedua daerah memiliki urutan yang sama, dan keduanya kaya akan GC. Urutan inti
cukup untuk inisiasi; namun, efisiensi inisiasi sangat ditingkatkan dengan kehadiran elemen kontrol
hulu. Menariknya, promotor sebagian besar gen ditranskripsi oleh RNA polimerase III terletak di
dalam unit transkripsi, hilir
dari titik awal transkripsi, bukan dari hulu seperti dalam unit yang ditranskripsi oleh RNA
polimerase I dan II. Promotor gen lain ditranskripsi oleh polimerase III terletak di hulu dari awal
transkripsi situs, seperti untuk polimerase I dan II. Sebenarnya, promotor polimerase III dapat
dibagi menjadi tiga kelas, dua di antaranya memiliki lokasi promotor dalam unit transkripsi.

PEMULIHAN RANTAI RNA DAN PENAMBAHAN DARI 5 METHYL GUANOSINE CAPS


Setelah RNA polimerase eukariotik telah dilepaskan dari inisiasinya kompleks, mereka
mengkatalisasi perpanjangan rantai RNA dengan cara yang sama mekanisme sebagai
RNA polimerase prokariota (lihat Gambar 11.5 dan 11.6). Studi tentang struktur kristal
berbagai RNA polimerase miliki memberikan gambaran yang baik tentang fitur utama dari
enzim penting ini. Meskipun RNA polimerase bakteri, archaea, dan eukariota memiliki
substruktur yang berbeda, fitur kunci dan mekanisme aksi mereka sangat mirip. Struktur
kristal RNA polimerase II (resolusi 0,28 nm) dari S. cerevisiae ditunjukkan pada Gambar
11.15a. Skematis Diagram menunjukkan fitur struktural dari RNA polimerase dan
interaksinya dengan DNA dan transkrip RNA yang tumbuh ditunjukkan pada Gambar
11.15b. Pada awal proses perpanjangan, 5 ujung pre-mRNA eukariotik dimodifikasi
dengan penambahan tutup 7-metil guanosin (7-MG). Tutup 7-MG ini ditambahkan ketika
rantai RNA tumbuh hanya sekitar 30 nukleotida panjang (Gambar 11.16). Tutup 7-MG
mengandung 5 -5 trifosfat yang tidak biasa hubungan (lihat Gambar 11.12) dan dua atau
lebih kelompok metil. Ini 5 topi ditambahkan secara transkripsi oleh jalur biosintesis yang
ditunjukkan pada Gambar 11.16. Tutup 7-MG dikenali oleh faktor protein terlibat dalam
inisiasi terjemahan (Bab 12) dan juga membantu melindungi rantai RNA yang tumbuh dari
degradasi oleh nukleasi. Ingat bahwa gen eukariotik hadir dalam kromatin terorganisir ke
dalam nukleosom (Bab 9). Bagaimana RNA polimerase mentranskripsikan DNA dikemas
dalam nukleosom? Apakah nukleosom harus dibongkar sebelum DNA di dalamnya dapat
ditranskripsikan? Heran, RNA polimerase II mampu bergerak melewati nukleosom
dengan bantuan a protein kompleks yang disebut FACT (memfasilitasi transkripsi
chromatin), yang menghilangkan dimer histone H2A / H2B dari nukleosom meninggalkan
histone "Hexasomes." Setelah polimerase II bergerak melewati nukleosom, FACT dan
protein aksesori lainnya membantu mengatur kembali dimer histone, memulihkan struktur
nukleosom. Juga, kita harus perhatikan bahwa kromatin yang mengandung gen yang aktif
ditranskripsi memiliki struktur yang kurang kompak daripada kromatin yang mengandung
gen tidak aktif. Chromatin di mana gen aktif berada dikemas cenderung mengandung
histones dengan banyak kelompok asetil (Bab 9), sedangkan kromatin dengan gen tidak
aktif mengandung histones dengan asetil lebih sedikit kelompok. Perbedaan-perbedaan
ini dibahas lebih lanjut dalam Bab 19.

PENGAKHIRAN OLEH CHAIN CLEAVAGE AND THE PENAMBAHAN 3 POLY (A) TAILS
3 ujung transkrip RNA disintesis oleh RNA polimerase II diproduksi oleh pembelahan
endonukleolitik dari transkrip primer bukan dengan penghentian transkripsi (Gambar
11.17). Itu peristiwa pemutusan transkripsi yang sebenarnya sering terjadi di beberapa
situs yang terletak 1000 hingga 2000 nukleotida di hilir dari situs itu akan menjadi 3 akhir
transkrip dewasa. Yaitu, transkripsi hasil di luar situs yang akan menjadi 3 ujung, dan
segmen distal dihilangkan dengan pembelahan endonukleolitik. Belahan dada peristiwa
yang menghasilkan 3 akhir transkrip biasanya terjadi di suatu situs 11 hingga 30
nukleotida di bagian hilir dari polyadenylation yang dikonservasi sinyal, konsensus
AAUAAA, dan hulu dari urutan kaya GU terletak di dekat akhir transkrip. Setelah
pembelahan, enzim poli (A) polimerase menambahkan poli (A) ekor, saluran adenosin
monofosfat residu sekitar 200 nukleotida panjang, ke 3 ujung transkrip (Gambar 11.17).
Penambahan ekor poli (A) ke mRNA eukariotik adalah disebut polyadenylation. Untuk
memeriksa sinyal polyadenylation dari gen HBB manusia (-globin), periksa Selesaikan:
Formasi 3 -Terminus Transkrip RNA Polymerase II. Pembentukan ekor poli (A) pada
transkrip membutuhkan kekhususan komponen yang mengenali dan mengikat urutan
AAUAAA, a faktor stimulasi yang mengikat urutan kaya GU, endonuklease, dan poli (A)
polimerase. Protein ini membentuk kompleks multimerik yang melakukan keduanya
pembelahan dan polyadenylation dalam reaksi berpasangan. Ekor poli (A) mRNA
eukariotik meningkatkan stabilitas mereka dan memainkan peran penting dalam mereka
transportasi dari nukleus ke sitoplasma. Berbeda dengan RNA polimerase II, RNA
polimerase I dan III merespons sinyal terminasi diskrit. RNA polimerase I menghentikan
transkripsi sebagai respons ke urutan 18-nukleotida-panjang yang diakui oleh terminator
terkait protein. RNA polimerase III merespons sinyal terminasi yang mirip dengan
terminator independen-rho dalam E. coli (lihat Gambar 11.10).

EDITING RNA: MENGUBAH INFORMASI ISI MOLEKUL mRNA Menurut dogma sentral
biologi molekuler, informasi genetik mengalir dari DNA ke RNA menjadi protein selama
ekspresi gen. Biasanya, informasi genetik tidak diubah dalam perantara mRNA. Namun,
penemuan pengeditan RNA telah menunjukkan bahwa pengecualian memang terjadi.
Proses pengeditan RNA mengubah konten informasi transkrip gen dalam dua cara: (1)
dengan mengubah struktur basis individu dan (2) dengan memasukkan atau menghapus
residu uridin monofosfat. Jenis pengeditan RNA pertama, yang menghasilkan substitusi
dari satu basis untuk pangkalan lain, jarang. Jenis pengeditan ini ditemukan dalam studi
apolipoprotein-B (apo-B) gen dan mRNA pada kelinci dan manusia. Apolipoprotein adalah
protein darah yang mengangkut beberapa jenis molekul lemak tertentu dalam sistem
peredaran darah. Di hati, mRNA apo-B mengkodekan protein besar dengan panjang 4563
asam amino. Di usus, itu apo-B mRNA mengarahkan sintesis protein dengan panjang
hanya 2153 asam amino. Di sini, sebuah C residu dalam pre-mRNA dikonversi menjadi U,
menghasilkan terjemahan UAA internal– terminasi kodon, yang menghasilkan
apolipoprotein terpotong (Gambar 11.18). UAA adalah salah satu dari tiga kodon yang
mengakhiri rantai polipeptida selama penerjemahan. Jika sebuah kodon UAA diproduksi
di dalam wilayah pengkodean mRNA, itu akan terjadi sebelum waktunya menghentikan
polipeptida selama penerjemahan, menghasilkan produk gen yang tidak lengkap.
Konversi C → U dikatalisis oleh protein pengikat RNA dengan urutan tertentu suatu
kegiatan yang menghilangkan gugus amino dari residu sitosin. Contoh serupa dari
Pengeditan RNA telah didokumentasikan untuk mRNA menentukan protein (glutamat
reseptor) hadir dalam sel otak tikus. Pengeditan mRNA yang lebih luas dari tipe C → U
terjadi pada mitokondria tanaman, tempat sebagian besar transkrip gen diedit beberapa
derajat. Mitokondria memiliki genom DNA dan mesin sintesis protein sendiri (Bab 15).
Dalam beberapa transkrip hadir dalam mitokondria tanaman, sebagian besar C dikonversi
menjadi residu U.

Tipe kedua, pengeditan RNA yang lebih kompleks terjadi di mitokondria dari
trypanosomes (sekelompok protozoa flagellated yang menyebabkan penyakit tidur pada
manusia). Dalam hal ini, uridine monophosphate residu dimasukkan ke dalam (kadang-
kadang dihapus dari) transkrip gen, menyebabkan perubahan besar pada polipeptida
yang ditentukan oleh mRNA molekul. Proses pengeditan RNA ini dimediasi oleh panduan
RNA yang ditranskripsi dari gen mitokondria yang berbeda. Panduan berisi RNA urutan
yang sebagian komplementer terhadap pra-mRNA yang akan terjadi diedit.
Memasangkan antara RNA panduan dan hasil pra-mRNA dalam celah dengan residu A
yang tidak berpasangan dalam RNA panduan. Panduan RNA berfungsi sebagai templat
untuk diedit, karena U dimasukkan ke dalam celah di premRNA molekul yang berlawanan
dengan A dalam RNA panduan. Mengapa proses pengeditan RNA ini terjadi? Mengapa
final? urutan nukleotida mRNA ini tidak ditentukan oleh urutan gen mitokondria seperti
pada kebanyakan gen nuklir? Sampai sekarang, jawabannya pertanyaan-pertanyaan
menarik ini murni spekulatif. Tripanosom adalah eukariota bersel tunggal primitif yang
menyimpang dari eukariota lainnya di awal evolusi. Beberapa evolusionis berspekulasi
bahwa pengeditan RNA adalah umum pada sel purba, di mana banyak reaksi dianggap
memiliki telah dikatalisasi oleh molekul RNA bukan protein. Pandangan lain adalah bahwa
penyuntingan RNA adalah mekanisme primitif untuk mengubah pola gen ekspresi. Untuk
alasan apa pun, pengeditan RNA memainkan peran utama dalam ekspresi gen dalam
mitokondria trypanosomes dan tanaman.