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Plegamiento de proteínas

La síntesis de proteínas ocurre en las células

El plegamiento ocurre en las células

El plegamiento determina la función de la proteína... o no


In vivo, in vitro, in silico
In vitro
Hipótesis termodinámica (Anfinsen, 1973)
Hipótesis termodinámica (Anfinsen, 1973)
Hipótesis termodinámica (Anfinsen, 1973)

La estructura del estado nativo está determinada sólo por la


secuencia de aminoácidos bajo estas condiciones:

Unicidad: la secuencia no debe tener otra conformación con


una energía libre similar.

Estabilidad: cambios razonablemente pequeños no deben


perturbar la conformación de energía mínima.

Accesibilidad cinética: la ruta para llegar del estado desplegado


al estado nativo debe ser relativamente “suave” (no pasar por
estados complejos de alta energía).
Si esto es cierto,
estamos frente a una
reacción reversible
Y se puede estudiar
por métodos
fisicoquímicos
D N

Keq [N]
___
=
[D]

ΔG = -RT ln Keq
Condiciones no fisiológicas

Condiciones fisiológicas
Consideraciones cinéticas

La paradoja de Levinthal
¿Cómo se pliegan las proteínas?

-Cada residuo puede estar en 10 conformaciones diferentes,

para una cadena de 100 residuos tenemos

10100 conformaciones diferentes.

-La velocidad de interconversión de estas conformaciones

es de 10-13 segundos.

-Si el plegamiento es un proceso probabilístico, se requerirían

10100 conf x 10-13 seg/conf= 1087 segundos para visitar


todas las conformaciones posibles

= 3.17x1079 años. Tiempo mayor a la edad del universo (13.7x109).


Consideraciones cinéticas

Por lo tanto, las proteínas no se pliegan al azar, esto es,


existen rutas preferenciales de plegamiento

D I1 I2.... In N
Consideraciones cinéticas
kplegamiento

kdesplegamiento

D N

Keq kplegamiento
__________
=
kdesplegamiento


kBT ‡ kBT ⎛ ΔG ⎞
k= K = exp ⎜ − ⎟
h h ⎝ RT ⎠
kplegamiento

kdesplegamiento

D N
kplegamiento

kdesplegamiento

D N
Paisajes de energía y embudos de plegamiento

Búsqueda al azar
Paisajes de energía y embudos de plegamiento

Ruta de plegamiento
Paisajes de energía y embudos de plegamiento
Rutas vs Paisajes

Unidireccional Movimientos por difusión browniana


Estructuras específicas Ensambles
Plegamiento a través de un intermediario
Técnicas espectroscópicas para
estudiar cambios conformacionales

25 °C
45000

40000

35000

30000

25000
IF
(u.a.) 20000

15000

10000

5000

0
320 340 360 380 400
Longitud de onda (nm)
Técnicas espectroscópicas para
estudiar cambios conformacionales

FU 2h
FU 2h renat

1.0

Fu = Y(n)-Y(X) 0.8

Y(n)-Y(u) 0.6

Fu
0.4

0.2

0.0

0 1 2 3 4 5 6
Urea (M)
Técnicas espectroscópicas para
estudiar cambios conformacionales
Kunf = [D] / [N] = Fd/(1-Fd)

ΔG0 = -RT ln Kunf


24
ΔG = ΔGH2O + m [desnaturalizante] Desnaturalizacion
22
20
18 Data: Data5_B,Data5_C,Data5_D
Model: linealmultiple
16 Equation: y=m*x+b
Chi^2/DoF = 0.09768
14 R^2 = 0.99692
-RT lnKeq 12 m_3 -6.89748 ±0.1614
b_3 21.79979 ±0.49527
10
8
6
4
2
0
-2 -2 0 2 4 6
-4 Urea (M)
-6
-8
-10
Técnicas espectroscópicas para
estudiar cambios conformacionales

1.0

0.8 Replegamiento ▲
0.6
Fu( FI352nm)

0.4

0.2

0.0
Desplegamiento ●
-0.2
0 1 2 3 4 5 6
Urea [M]
Técnicas espectroscópicas para
estudiar cambios conformacionales

0.8
Actividad
0.6 CD
XN

0.4 Fluorescencia
0.2

0 0.5 1 1.5 2 2.5


GuHCl (M)
Técnicas espectroscópicas para
estudiar cambios conformacionales

-30

-35

-40
EhTIM

-45
Elipticidad a 220 nm

-50

-55

-60

-65

-70

-75
20 30 40 50 60 70 80
0
Temperatura ( C)
Técnicas espectroscópicas para
estudiar cambios conformacionales

ΔG = –RT ln Keq
ΔG = ΔH – TΔ S
Técnicas espectroscópicas para
estudiar cambios conformacionales
Técnicas espectroscópicas para
estudiar cambios conformacionales

150

100

50

-50
DG (kcal/mol)

-100 Δ Cp=1

-150
Δ Cp=3
o

-200

-250
Δ Cp=6.87
-300

-350 Δ Cp=15
-400
100 150 200 250 300 350 400 450 500
Temperatura (°K)
Técnicas espectroscópicas para
estudiar cambios conformacionales
In silico
Termodinámica Molecular

En teoría, todas las propiedades de las macromoléculas, incluyendo


la estructura tridimensional y las diferencias en energía debidas a
cambios conformacionales pueden predecirse a partir de una
descripción total del estado termodinámico del sistema a nivel
atómico.

Átomos - Mecánica cuántica (no es aplicable a macromléculas).


Proteínas - Mecánica clásica. (sigue siendo un problema complejo).
Termodinámica Molecular

Asumimos que:
El estado nativo está representado por la conformación de
mínima energía.

Simplificaciones:
-Hipótesis ergódica:
El comportamiento de un conjunto de moléculas en un
instante dado puede representarse mediante el
comportamiento de una sola molécula seguida en el tiempo.

-Solvente.
Energía Total (E) contiene contribuciones de la energía cinética
(K) y de la energía potencial (V)

E = K +V

La energía potencial es inversamente proporcional a la


distancia
Energía Total (E) contiene contribuciones de la energía cinética
(K) y de la energía potencial (V)

E = K +V

La energía potencial es inversamente proporcional a la


distancia

∂V
Fi = − n - iterations using
∂ri "descent" methods

El equilibro F = 0
Local stable
conformation
Este es el principio básico de
∂V
0=− la “minimización de energía”
∂ri
La energía potencial (V) depende de las interacciones
Intramoleculares covalentes y no covalentes

The first term represents a a Lennard-Jones (LJ) potential. It approximates the interaction between a pair of neutral atoms or
molecules. The second term is a coulomb potential between a pair of atoms i and j. The last terms describe bonds and angles
potentials. Due to experimental data and quantum chemical calculations the force-field parameters can be identified. In
biochemistry a force field is a collection of mathematical functions and parameters which describe the potential energy of
particles (atoms and molecules) in a defined system.
Gracias a esto, mediante el uso de simulaciones, basadas en campos de fuerza
(Física Newtoniana), es posible predecir (simular) el plegamiento de una
proteína.

Also Sprach Zarathustra. R. Strauss


In vivo
El ribosoma participa

• Ribosome profiling broadly enables quantitative analysis of translation in bacteria


• Selective ribosome profiling reveals cotranslational chaperone action of trigger factor
• Trigger factor engages nascent chains only after ∼100 residues have been translated
• Outer-membrane porins are highly enriched among trigger factor substrates

Cell 147, 1295–1308, December 9, 2011


El ribosoma participa

• Nascent polypeptide folding is constrained by ribosome proximity or Trigger Factor


• The influence of Trigger Factor varies for different segments of nascent chains
• Trigger Factor unfolds prefolded domains and rescues folding intermediates
• Unfolding activity is Trigger Factor specific and not shared by other chaperones

Molecular Cell 48, 63–74, October 12, 2012


Plegopatías