Cuando hacemos el análisis de los primers presentados por los autores del artículo “Simultaneous

detection of Escherichia coli O157:H7, Staphylococcus aureus and Salmonella by multiplex PCR
in milk”, de los autores Caijiao Wei, Junliang Zhong, Ting Hu1 y Xihong Zhao publicado el 2 de enero
del 2018; encontramos una seria de inconsistencia que no nos permiten explicar cómo realizaron la
selección de esa secuencia como primers de los microorganismos estudiados, ya que se encuentra
que no se cumplen con las ……………… estudiadas. Además cuando se hace el análisis de esos primers
en gene runner los datos reportados en cuanto a temperatura de meltin y porcentaje de GC por
ellos en la tabla no concuerdan.

Por un lado, las secuencias que ellos escogen tienen temperaturas de menos de 50° como
temperatura de meltin, pero, si vemos el porcentaje de GC si se ajusta al necesarios para ser unos
buenos primers. De la misma manera la cantidad o el tamaño de bases esta entre el rango adecuado
indicado que es de 18 a 26 nucleótidos. Pero esto no es todo, estas secuencias presentan muchas
repeticiones de un mismo nucleótido lo que tampoco es conveniente al momento de hacer una
correcta selección de un primer. También podemos observar que la finalización de las secuencias
no cumple con el parámetro de terminar en G, C y GC para poder garantizar un anclaje al final por
la fuerza de la unión de enlaces. Igualmente si miramos entre ellos la diferencia de los amplicones
varía desde 284 hasta 601 siendo esto también importante de tener en cuenta.

Igualmente, hay unos primer que presentan dímeros siendo esto inadecuado en el momento de
elegir el primer indicado ya que se disminuye la eficiencia de anillamiento de los primers. Además
se encontraron algunos hairpin loops, que aunque hay unos que presentan 0°, encontramos en un
primer que la temperatura es de -6°C, lo cual es más grave ya que se podría generar esta
complicación mencionada.

Pero lamentablemente estos errores no son los únicos encontrados, se observa que cuando
llevamos esas secuencias al análisis en el nulceotide BLAST para conocer la especificidad de los
primers, se hallaron una serie de cosas que no se esperaban.

Se observa que el análisis de los primers forward en el parámetro human no encontró similitudes y
está entre el rango de normalidad y aceptación según el análisis realizado. Pero, cuando hacemos
el análisis con otros, se hayan varias cosas interesantes que lo dejan a uno pensando que pasó al
momento de realizar la presentación de los primers de ellos, ya que el primer de S. aureus encontró
que habían similitudes con E. coli y Shiguella y el primer de Salmonella presento similitudes con S:
aureus. El análisis de E. coli dio similitudes con otra serie más de microorganismos. Mostrando la
baja especificidad de estos primers seleccionados por los autores para el estudio realizado.