You are on page 1of 8

ISOLASI DNA SEDERHANA

A. Dasar Teori
DNA merupakan persenyawaan kimia yang paling penting pada makhluk
hidup, yang membawa keterangan genetik dari sel khususnya atau dari makhluk
dalam keseluruhannya dari satu generasi ke generasi berikutnya. Molekul DNA
terdapat pada nukleus, mitokondria, plastida dan sentriol. Molekul DNA pada
nucleus memiliki bentuk sebagai benang lurus dan tidak bercabang, sedangkan
DNA yang terletak pada mitokondria dan plastida berbentuk lingkaran (Suryo,
2012 : 59).

DNA pada makhluk hidup dapat diisolasi secara sederhana. Pengisolasian


DNA secara sederhana dapat dilakukan dengan memecahkan dinding sel,
membran plasma dan membran inti baik secara mekanik maupun secara kimiawi.
Isolasi DNA merupakan suatu teknik yang digunakan untuk memperoleh DNA
murni, yaitu tanpa protein dan RNA dari suatu sel dalam jaringan. Pemecahan
dinding sel secara mekanik dapat dilakukan dengan pemblenderan atau penggerus
menggunakan mortar dan pistil. Sedangkan secara kimiawi dapat dilakukan
dengan pemberian detergen. Penambahan sabun cair dan garam dapur adalah
untuk melisiskan membran inti untuk mengeluarkan isi inti sel yang berisi DNA.
Ekstraksi DNA merupakan serangkaian proses untuk memisahkan DNA
dari komponen sel lainnya. DNA atau asam deoksiribosa merupakan tempat
penyimpanan informasi genetik. Sebuah sel memiliki DNA yang merupakan
materi genetik dan bersifat herediter pada seluruh sistem kehidupan. Genom
adalah set lengkap materi genetik (DNA total) yang dimiliki suatu organisme dan
terorganisasi menjadi kromosom. DNA pada organisme tingkat tinggi seperti
manusia, hewan dan tumbuhan terdapat didalam inti sel, dan dibeberapa organel
didalam sel, seperti mitokondria dan kloroplas. DNA inti (genom inti) berasal dari
inti sel, sedangkan DNA mitokondria (genom mitokondria) berasal dari
mitokondria, dan DNA kloroplas berasal dari kloroplas. Pada organisme tingkat
rendah, DNA penyusun kromosom dan plasmid dibungkus oleh dinding sel (pada
bakteri) atau dibungkus oleh protein tertentu pada virus.
DNA pada tumbuhan dan hewan dapat diisolasi dengan mudah. Terdapat
dua cara isolasi DNA, yaitu cara sederhana/konvensional dan cara mutakhir.
Namun pada dasarnya, kedua cara tersebut melalui tahap yang sama. Secara garis
besar, isolasi DNA melalui tahap-tahap isolasi jaringan; melisis dinding dan
membran sel untuk mengeluarkan isi sel; melisis protein membran, protein
sitoplasmik, maupun protein nukleolar;pencucian DNA danterakhir presipitasi
DNA untuk pengikatan DNA. Metode sederhana akan menghasilkan DNA
“kotor” dan dapat dengan mudah dilihat dengan mata telanjang, sedangkan
metode mutakhir akan menghasilkan DNA murni yang terlarut di dalam
pelarutnya. Berikut ini adalah deskripsi prinsip-prinsip isolasi DNA dengan
metode sederhana dan dengan memakai ”Kit” reagen-reagen untuk isolasi DNA
yang murni.
A. Tujuan Praktikum
1. Untuk mengetahui metode yang benar dalam melakukan percobaan isolasi
DNA
2. Untuk mengetahui kefektifan buah dan deterjen yang digunakan dalam
praktikum isolasi DNA
B. Waktu dan Tempat
Waktu : Sabtu,18 April 2015
Pukul : 11.00 – 14.00 WIB
Tempat : Laboratorium dasar FPIK Universitas Borneo Tarakan
C. Alat dan Bahan
a) Alat yang digunakan
Adapun alat-alat yang digunakan dalam melakukan praktikum ini antara lain.
1. Mortal
2. Pistil
3. Tabung reaksi
4. Rak tabung reaksi
5. Gelas ukur
6. Beaker glass
7. Sendok kecil
8. Kain saring
9. Pipet
10. Pengaduk
b) Bahan yang digunakan
Adapun bahan yang digunakan dalam praktikum ini antara lain.
1. Berbagai macam buah-buahan
2. NaCl
3. Berbagai macam merk detergen
4. Alkohol 95% dingin
5. Akuadest
D. Cara Kerja
Adapun cara kerja yang kami lakukan dalampraktikum ini antara lain.
1. Kuliti buah yang tersedia, dalam praktikum ini kami menggunakan buah
pepaya dan semangka. Buatlah menjadi bubur dengan menggunakan mortal
dan pistil. Kemudian pindahkan bubur buah kedalam beaker glass 250 ml.
2. Bahan ditambahkan dengan 3g NaCl, 10 ml detergent dan membuat volume
100 ml dengan menambahkan akuadest.
3. Campuran antara bubur sel dengan detergen, garam dan aquadest diaduk
perlahan agar tidak timbul buih. Pengadukan larutan bertujuan untuk
memperbesar pergerakan partikel sel dan detergen agar reaksi berlangsung
lebih cepat, tetapi jika proses pengadukan terlalu cepat dan menimbulkan
buih, hal tersebut akan menyebabkan terganggunya proses isolasi DNA.
4. Campuran yang telah dihasilkan disaring dengan menggunakan kain saring
dan di tampung hasil saringan tersebut pada beaker gelas 50 ml.
5. Hasil saringan dibiarkan selama 5 menit, kemudian diambil 6 ml dan
dimasukkan pada tabung reaksi.
6. Kemudian 9 ml alcohol dialirkan pada sisi tabung dan tunggu beberapa detik
untuk terjadi presipitasi DNA , kemudian akan muncul pada permukaan
alcohol seperti warna putih berupa benang-benang halus.
E. Hasil Pengamatan
Berdasarkan hasil pengamatan yang kami lakukan pada praktikum isolasi
DNA sederhana ini dapat diperoleh hasil dari 6 perlakuan dan menggunakan 2
jenis buah maka dapat dibandingkan seperti pada tabel di bawah ini.
Tabel pengamatan isolasi DNA sederhana.

No Jenis Perlakuan Hasil pengamatan


Buah Warna Bentuk Waktu Jumlah
1. pepaya Daia Kuning Gumpalan 180 +
muda serabut detik

Attack Putih serabut 127


detik ++

Sunlight Putih Gumpalan 100


berwarna detik +++
putih
seperti
kabut dan
gelembung
kecil.
2. Semangka Rinso cair Merah Gumpalan 170 +++
terang serabut detik

Daia Merah Serabut 92 detik ++++

Mama Merah Gumpalan 69 detik +++++


lemon terang serabut

Isolasi DNA pada dasarnya dapat dilakukan dengan menggunakan berbagai


macam sumber DNA yang dapat diperoleh dari hewan maupun tumbuhan. Upaya
untuk mengeluarkan DNA dari sel dilakukan dengan merusak dinding dan
membran sel dan juga membran inti. Cara yang digunakan untuk merusak
membran-membran tersebut sangat beraneka ragam, misalnya dengan
pemblenderan atau penggerusan dengan mortal dan pistil. Selain perusakan secara
fisik, membran dan dinding sel dapat pula dirusak dengan menggunakan
senyawa-senyawa kimia seperti penggunaan detergent. Perusakan dinding sel dan
membran sel pada praktikum isolasi DNA kali ini dilakukan dengan cara
menggunakan berbgai merek detergent DNA yang didapatkan dalam pengamatan
kali ini adalah DNA yang berupa gumpalan serabut tebal dan halus.

Pada Pengisolasian DNA menggunakan garam dapur (NaCl) dengan tujuan


untuk memekatkan DNA. Hal ini dapat terjadi karena ion Na+ yang dikandung
oleh garam mampu membentuk ikatan dengan kutub negatif pada ikatan fosfat
DNA. Saat ion Na+ garam berikatan dengan fosfat, pada saat itulah DNA akan
berkumpul. Sedangkan penambahan alkohol pada permukaan larutan betujuan
untuk melakukan presipitasi sehingga DNA yang telah terkumpul tadi mampu
memisah dari larutan dan terbentuklah lapisan-lapisan yang dapat diidentifikasi
unsur penyusunnya.

Praktikum ini dilakukan untuk mengetahui pengaruh jenis buah dan jenis
deterjen terhadap kualitas DNA yang dihasilkan dalam proses isolasi. Buah yang
digunakan dalam proses isolasi DNA ini adalah buah pepaya dan buah semangka.
Sedangkan jenis deterjen yang dipakai adalah deterjen bubuk Attack, deterjen
bubuk daia, sunlight, mama lemon dan Rinso cair. Hal yang pertama kami
lakukan yaitu, menyiapkan buah-buahan yang akan ditumbuk menggunakan
mortal. Sumber DNA ini ditumbuk atau dihancurkan bertujuan untuk merusak
membran sel, dinding sel dan membran inti sehingga DNA bisa keluar dari sel
dan masuk ke larutan. Setelah dihancurkan, ekstrak buah ditambah NaCl dan
kemudian diaduk lalu didiamkan selama 5 menit. Kemudian disaring serta
ditambah alkohol dingin. Penambahan NaCl bertujuan untuk memudahkan
pemisahan benang-benang DNA dari larutan sehingga benang-benang DNA
tersebut akan mudah diamati.

Berdasarkan tabel diatas untuk buah pepaya, DNA yang paling banyak
ditemukan pada filtrate yang berisi larutan sunlight yang juga mempunyai waktu
100 detik pembentukan benang-benang DNA relatif paling cepat diantara yang
lainnya. Untuk rata-rata waktu yang dibutuhkan untuk pembentukan benang-
benang pada larutan Attack ini adalah 127 detik. Sedangkan yang banyak
terbentuk setelah pada larutan Attack adalah pada larutan Daia yang mempunyai
rata-rata waktu pembentukan benang-benang DNA yaitu 180 detik.

Adapun pada buah semangka, DNA yang paling banyak ditemukan pada
filtrate yang berisi larutan mama lemon mempunyai waktu pembentukan benang-
benang DNA relatif cepat diantara yang lainnya yaitu dengan rata-rata waktu
adalah 69 detik. Untuk rata-rata waktu yang dibutuhkan untuk pembentukan
benang-benang pada larutan daia ini adalah 92 detik. Sedangkan pada larutan
rinso cair mempunyai rata-rata waktu pembentukan benang-benang DNA 170
detik.

Dari analisis di atas maka dapat disimpulkan bahwa masing-masing sumber


DNA menghasilkan DNA yang berbeda-beda. Selain itu, memiliki waktu
pembentukan benang-benang DNA yang berbeda pula berdasarkan larutan
deterjennya. Bentuk DNA yang dihasilkan pada pengamatan ini adalah berupa
benang-benang DNA yang memiliki warna yang berbeda-beda. Perbedaan waktu
ini dapat dipengruhi oleh beberapa faktor selain perbedaan deterjen dan sumber
DNA, juga dapat dipengaruhi kekurang ketelitiannya praktikan dalam mengamati
DNA yang terbentuk.

Jadi dapat kita lihat dari 6 perlakuan dan menggunakan 2 jenis buah yang
berbeda dapat kita bandingkan. Dilihat dari segi perlakuan bahwa larutan yang
berbentuk cair seperti mama lemon dan sunlight telah berpengaruh terhadap cepat
dan banyaknya terbentuknya DNA. Sedangkan pada perlakuan menggunakan
deterjen DNA yang terbentuk membutuhkan waktu yang relatif lama. Meskipun
dengan menggunakan jenis buah yang berbeda, dapat kita lihat bahwa pada
perlakuan dengan menggunakan mama lemon dan sunlight telah membentuk
DNA paling cepat dibandigkan deterjen.
F. Kesimpulan
Berdasarkan dari hasil pengamatan yang kami lakukan dapat diambil
kesimpulan bahwa, dari percobaan isolasi DNA yang telah dilakukan dapat
diketahui metode atau cara bagaimana mengisolasi DNA dari buah yang dijadikan
sebagai sampel. Yaitu melalui cara penghancuran (lisis), ekstraksi, serta
pemurnian. Penggunaan detergen yang berbeda dalam percobaan dilakukan untuk
mengetahui detergen dalam bentuk apa yang paling aktif dalam menghancurkan
membran sel pada setiap sampel buah.
Menurut hasil isolasi DNA yang dilakukan, diketahui bahwa jenis detergen
berpengaruh terhadap hasil isolasi DNA dan jenis detergen tertentu memberikan
pengaruh paling baik terhadap jenis buah tertentu pula dengan kadar air berbeda.
Dari hasil data pengamatan yang dilakukan dapat diketahui bahwa pada perlakuan
dengan menggunakan larutan cair (sunlight) memberikan pengaruh paling baik
pada buah pepaya dan juga pada buah semangka, sedangkan pada larutan
detergen memberikan pengaruh kurang baik pada buah pepaya dan semangka
juga. Jadi yang berpengaruh besar dalam isolasi DNA yaitu penggunaan
perlakuan terhadap jenis buah yang akan diisolasi. Dilihat dari tabel diatas bahwa,
buah tidak terlalu berpengaruh, adapun yang berpengaruh terhadap isolasi DNA
yaitu perlakuan baik menggunakan deterjen bubuk maupun cair.
DAFTAR PUSTAKA

Fatchiyah., Arumingtyas, E, Laras., Widyarti, S., Rahayu, S. 2011. Biologi


Molekular: Prinsip Dasar Analisis. Jakarta: Erlangga.

Snustad, D. Peter., dan Michael J. Simmons. 2012. Principles of Genetics 6th Edition.
Minnesota: John Wiley and Sons, Inc.

http://anieez87.blogspot.com/2008/04/isolasi-dna.html. Diakses 19 april 2015.

Arhan“Isolasi DNA”,BlogArhan, http://endikdenibiotransmitther.blogspot.com.

http://wahyusae.blogspot.com/2012/12/laporan-praktikum-isolasi-dna.html. Diakses
19 April 2015.