BAB 10

Beberapa Hal Spesifik Tentang Rekombinasi

Rekombinasi Spesifik Tapak

Rekombinasi spesifik tapak adalah rekombinasi yang selalu terjadi pada tapak-tapak
khusus atau pada urutan-urutan molekul DNA tertentu. Mekanismenya tidak sama dengan
rekombinasi umumnya. Pada E. coli tidak membutuhkan protein recA, recB, dan recC. Contoh
rekombinasi spesifik tapak adalah integrasi DNA fag ke genom E. coli. Diketahui attP, attB pada
genom E. coli merupakan evolusi sangat spesifik terhadap enzim rekombinasi khusus yang
dikode oleh gen int dan gen xis pada genom fag.

Rekombinasi Spesfik Tapak Menjamin Penataan Kembali DNA yang Teliti

Pada umumnya peristiwa pindah silang tetap mempertahankan sususnan urut-urutan DNA
pada kromosom-kromosom homolog, tetapi pada kasus tertentu sel-sel juga memanfaatkan
semacam proses rekominasi yang tertata secara teliti untuk menata kembali urut-urutan DNA.
Segmen DNA dapat dipindah dengan bantuan rekombinasi tapak spesifik yang berakibat
timbulnya beragam gen atau perangkat gen yang diekspresikan. Contohnya adalah pembentukan
gen antibody yang sangat banyak sebagai hasil penataan kembai DNA spesifik tapak yang terjadi
atas suatu perangkat urut-urutan precursor

Rekominasi Spesifik Tapak Mengatur Ekspresi Gen

Rekombinasi yang melibatkan dua tapak pada molekul DNA yang sama akan berakibat
terlepasnya segmen anatara atau terjadinya inverse segmen anaratersebut(Watson,1987). Sel
memamng kadang memnfaatkan inverse hasil rekombinasi tersebut dalam rangka memilih anatar
dua susunan DNA yangmemungkinkan dua protein atau perangkat protein untuk diekspresikan.
Mekanisme ini sering mengatur protein yang tampak pada bagian luar akhluk hidup. Contohnya
antara lain protein ekor dari Mu (mtator)fag, yang diatur olehsegmen gin yang tidak dapat
dibalik,serta antigen flagel dari bakteri Salmonella.
Variasi fase Salmonella merupakan akibat dari ekspresi dua protein flagel yaituH1 dan
H2, yang terjadi bergantian (Watson,1987). suatu sel mengekspresikansalah satu protein flagel
itu,tidak pernah kedua proten flagel itu diekspresikansekaligus
Promotor untuk gen H2 terletak pada suatu segmen DNA yang dapat
mengalami pembalikan di dekatnya, ukurannya kurang lebih 970 pasang nukleotida, dan diikat
oleh urutan berulang seukuran 14 pasang nukleotida dalam arah berlawanan. Apabila segmen
DNA yang mengandung promoter itu mengarah dalam arah yang sama, maka letak promoter
adalah di samping gen H2. Dalm kondisi semacam ini gen H2 ditranskripsikan dan demikian
pula suatu gen lain didekatnya yang mengkode suatu protein repressor dari gen pengkode proten
flagel H1 yang letaknya jauh. Kerja gen H1 dihalangi sedangkan kerja gen H2 justru
ditranskripsikan. Jika segmen tadi mengalami pembalikan, maka gen H2 tidak ditranskripsikan
lagi dan gen untuk pengkode protein untuk repressor untuk gen H1 juga tidak ditranskripsikan.

Rekombinasi Memperbaiki Molekul DNA yang Rusak

Rekombinasi berwala dari upaya penutupan suatu celah pada mlekulDNA. Dalam halini
celah diisi oleh DNA yang berasal dari salah satu untingpasangan homolog. Perbaikan tetpa
terjadi tidak bergantung pada apakah perantara itu dipotong untuk menukar lengan samping ari
kedua helix.sekalipunsuatu celah sederhana dapat diisi oleh polymerase DNAsuatu persoalan
yang lebihserius diperlihatkan oleh celah.

Rekombinasi memperbaiki molekul DNA yang rusak

Rekombinasi berwala dari upaya penutupan suatu celah pada mlekulDNA. Dalam halini
celah diisi oleh DNA yang berasal dari salah satu untingpasangan homolog. Perbaikan tetpa
terjadi tidak bergantung pada apakah perantara itu dipotong untuk menukar lengan samping ari
kedua helix.sekalipunsuatu celah sederhana dapat diisi oleh polymerase DNAsuatu persoalan
yang lebihserius diperlihatkan oleh celah.

Rekombinasi Tidak Selalu Bersifat Resiprok pada Tapak PindahSilang: Konversi Gen
Kajian-kajian awal tentang pindah silang yang terjadi antara gen-gen yang berbeda
menunjukkan bahwa tampaknya peristiwa itu bersifat resiprok. Namundemikian kemudian
diketahui bahwa jika rekombinasi terjadi antara tapak-tapak berdekatan pada gen yang sama,
maka dapat ditemukan perkecualian. Perkembangan lebih lanjut kemudian menunjukkan bahwa
rekombinasi yang tidak resiprok seriirg ditemukan. Rekombinasi tidak resiprok yang terjadi
antaradua tapak berdekatan dalam satu gen yang sama, dewasa ini lazim disebut sebagai konversi
gen atau gen conversion(Gardner, dkk., 1991). Dikatakan pula bahwatampaknya konversi gen
tersebut merupakan akibat pemotongan DNA dan sintesis perbaikan DNA yang terjadi pada
daerah heterodupleks selama proses pemutusandan penyambungan. Fenomena konversi gen ini
paling baik dikaji misalnya pada khamir atau pada Neurospora. Dalam hal ini misalnva
dilakukan persilangan antara dua mutan khamir Saccharomyces cerevisiae(jarak tapak kedua
mutan itu sangat dekat dalam satugen yang sama). Lebih lanjut jika askus-askus yang
mengandung spora dianalisis,seringkali askus-askus tersebut tidak mengandung rekornbinasi
mutan ganda yangresiprok sebagaimana yang diharapkan. Sebagai contoh dilakukan persilangan
dengan penauda mutan m1 dan m2. Jika persilangan tersebut adalah m1m2+><m1+m2, maka
askus-askus yang sering kali dijumpai adalah yang mengandungpasangan spora:
m1+m2, m1+m2+, serta m1m2+.Dalam halini spora-spora mutan ganda m1m2 yang merupakan
hasil rekombinasi resiprok tidak ada dalam askus. Oleh karena itu rasio m2+ : rn2= 3 : 1
dan.bukan 2 : 2 seperti yang diharapkan. Kenyataan seperti tersebut merupakan
akibatrekombinasi yang tidak resiprok.

Rekombinasi Illegitimate
Rekombinasi illegitimate adalah rekombinasi yang terjadi antara molekul-molekui DNA
yang non homolog. Seperti halnya rekombinasi spesifik tapak, mekanisme rekombinasi
illegitimate juga tidak samadengan mekanisme rekonbinasi umum (lazim). Lebih lanjut pada E.
coli. Macam rekombinasi itu juga tidak membutuhkan fungsi protein recA, recB, dan recC.
Contoh rekombinasi illegitimate antara lain yang berkenaandengan insersi elemen transposabel
(misalnya elemen Is) ke dalam sesuatu lokusgen (Strickberger, 1985). Pada peristiwa tersebut
memang urut-urutan DNA lokustersebut tidak sama dengan urut-urutan DNA elemen Is
Sebagaimana diketahuiakibat rekombinasi illegitimate yang melibatkan insersi elemen
tersebut, fungsigen akan terganggu atau hilang. Sebagai contoh misalnya insersi yang dilakukan
oleh elemen Is ke dalam berbagai lokus (gen gal, E, K dan T) pada genom E. coli, yang terbukti
menimbulkan mutasi-mutasi sehingga mengganggu metabolisme galaktose.

Rekombinasi Independen terhadap Replikasi DNA

Kajian saat ini menunjukkan kejadian rekombinasi independen atau tidak terkait dengan
peristiwa replikasi DNA. Dalam hal ini bilamana dua genotip fag, rnisalnya a+ dan b+, dalam
jumlah besar secara serempak menginfeksi suatu sel inang yang tumbuhpada medium ringan,
pengamatan terhadap genotif partikel fag-fag yang tidak bereplikasi rnenunjukkan bahwa
beberapa diantaranya bergenotip ++; danmemang inilah bukti bahwa rekombinasi genotip-
genotip induk dapat berlangsungsecara independen terhadap replikasi DNA