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SEDE
MONJAS 094
INGENIERIA AGRONOMICA
La definición más acertada es la que expresa que es una rama de la ciencia (fusiona
química y biología) encargada del estudio de las sustancias que se encuentran
presentes en los organismos vivos y de las reacciones químicas fundamentales para
los procesos vitales.
Las proteínas, los lípidos, los carbohidratos y los ácidos son algunos de los
componentes que se analizan desde la bioquímica, disciplina para la cual todo ser
viviente posee carbono. Por lo general, se suele indicar que la bioquímica hace foco
en el estudio de las bases de la vida, ya que su objeto de estudio son las moléculas
que forman parte tanto de células como de tejidos propios de los seres vivos.
El estudio de los bioquímicos consiste en saber cuánta energía aporta cada uno de
estos nutrientes y gracias a ello es posible saber que 1 gramo de proteína o de
hidrato de carbono puro produce 4 calorías mientras que 1 gr de grasa pura produce
9.
Cabe aclarar que cada nutriente cumple con una función particular:
* Las proteínas son las encargadas de producir tejido corporal y de sintetizar las
enzimas, y la cantidad de proteína recomendada para una persona adulta es de 0,8
gramos por kilo de peso;
* Los minerales se encargan de la reconstrucción estructural de los tejidos
corporales y colaboran con la acción de los sistemas enzimáticos
(contracción muscular, reacciones nerviosas y coagulación de la sangre). Los
minerales fundamentales son el calcio, el fósforo, el magnesio, el hierro, el sodio y
el potasio;
* Las vitaminas son las que ayudan a mejorar la forma de absorción de las
proteínas, los hidratos de carbono y las grasas. Existen muchos tipos de vitaminas,
siendo las más importantes aquéllas que participan en la formación de las células
de la sangre, de las hormonas y del hígado;
* Los hidratos de carbono son los principales nutrientes para el aporte de energía
ya que se encuentran en la mayor cantidad de alimentos, así como también en
bebidas alcohólicas. Durante el proceso de metabolismo los hidratos de carbono se
queman con el fin de obtener energía;
* Las grasas aportan al organismo más del 50% de la energía, y son un combustible
de tipo compacto que se almacena perfectamente para ser utilizado cuando sea
necesario. Si bien en un ambiente natural son nutrientes indispensables (permiten
crear reservas durante los períodos de comida abundante para consumir al
momento de la escasez), en nuestras sociedades modernas donde siempre hay
alimentos a nuestras disposición, se han convertido en una causa fundamental de
los problemas de salud.
Estructura
Más del 90% de las enzimas son proteínas globulares o escleroproteínas y el resto
se encuentran conjugadas a un grupo prostético. Los estudios recientes y otras
técnicas han permitido un mejor conocimiento sobre la estructura de las enzimas y
han proporcionado cierta evidencia de las hipótesis de la llave y la cerradura y del
ajuste inducido. Una enzima puede estar asociada a otras sustancias no proteicas
para ejercer su actividad en condiciones óptimas, estas sustancias se denominan
cofactores y pueden ser compuestos inorgánicos, iones metálicos o compuestos
orgánicos unidos fuerte o débilmente a la fracción proteica.
Cuando el cofactor es un compuesto orgánico se denomina coenzima y suele
pertenecer en muchas ocasiones al grupo de las vitaminas.
Cuando se dan las condiciones adecuadas en las que la enzima debe actuar, se
segrega un segundo compuesto que activa la enzima. Por ejemplo: el tripsinógeno
segregado por el páncreas activa a la tripsina en el intestino delgado, el
pepsinógeno activa a la pepsina en el estomago, etc. Las enzimas actúan
generalmente sobre un sustrato específico, como la ureasa, o bien sobre un
conjunto de compuestos con un grupo funcional específico, como la lipasa o las
transaminasas. La parte de la enzima que "encaja" con el sustrato para activarlo es
denominada centro activo, y es el responsable de la especificidad de la enzima. En
algunos casos, compuestos diferentes actúan sobre el mismo sustrato provocando
una misma reacción, por lo que se les llama isoenzimas una molécula similar
llamada GTP\text{GTP}GTPG, T, Pluego se reduce el acarreador de electrones
FAD\text{FAD}FADF, A, D en FADH2\text{FADH}_2FADH2F, A, D, H, start
subscript, 2, end subscript y, por último, se genera otra molécula de
NADH\text{NADH}NADHN, A, D, H. Este conjunto de reacciones regenera la
molécula inicial, oxalacetato, con lo que el ciclo puede repetirse. En general, una
vuelta del ciclo del ácido cítrico libera dos moléculas de dióxido de carbono y
produce tres NADH\text{NADH}NADHN, A, D, H, un FADH2\text{FADH}_2FADH2F,
A, D, H, start subscript, 2, end subscript y un ATP\text{ATP}ATPA, T, P o
GTP\text{GTP}GTPG, T, P. El ciclo del ácido cítrico ocurre dos veces por cada
molécula de glucosa que entra en la respiración celular, porque se obtienen dos
piruvatos (y, por lo tanto, dos acetil-CoA\text{CoA}CoAC, o, A) por glucosa.
Pasos del ciclo del ácido cítrico
Ya tienes una idea de las moléculas que se producen durante el ciclo del ácido
cítrico. Pero exactamente, ¿cómo se producen estas moléculas? Vamos a analizar
el ciclo paso por paso y veremos cómo se producen NADH\text{NADH}NADHN, A,
D, H, FADH2\text{FADH}_2FADH2F, A, D, H, start subscript, 2, end subscript y
ATP\text{ATP}ATPA, T, P/GTP\text{GTP}GTPG, T, P y dónde se liberan las
moléculas de dióxido de carbono. En el primer paso del ciclo del ácido cítrico, el
acetil-CoA\text{CoA}CoAC, o, A se une con una molécula de cuatro carbonos,
oxalacetato, y libera el grupo CoA\text{CoA}CoAC, o, A a la vez que forma una
molécula de seis carbonos llamada citrato. En el segundo paso, el citrato se
convierte en su isómero isocitrato. En realidad, este es un proceso de dos pasos en
el que primero se retira una molécula de agua que luego se vuelve a añadir; por
eso, a veces describen al ciclo del ácido cítrico como una vía de nueve pasos en
lugar de los ocho que aquí enlistamos3^33start superscript, 3, end superscript. En
el tercer paso, el isocitrato se oxida y libera una molécula de dióxido de carbono,
con lo que queda una molécula de cinco carbonos (el α
El ciclo de Krebs (ciclo del ácido cítrico o ciclo de los ácidos tricarboxílicos) es una
ruta metabólica, es decir, una sucesión de reacciones químicas, que forma parte de
la respiración celular en todas las células aeróbicas, donde es liberada energía
almacenada a través de la oxidación del acetil-CoA derivado de carbohidratos,
grasas y proteínas en dióxido de carbono y energía química en forma de trifosfato
de adenosina (ATP). En células eucariotas se realiza en la matriz mitocondrial. En
las procariotas, el ciclo de Krebs se realiza en el citoplasma. Además, el ciclo
proporciona precursores de ciertos aminoácidos, así como el agente reductor NADH
que se utiliza en numerosas reacciones bioquímicas. Su importancia central para
muchas vías bioquímicas sugiere que fue uno de los primeros componentes
establecidos del metabolismo celular y señala un origen abiogénico. En organismos
aeróbicos, el ciclo de Krebs es parte de la vía anabólica que realiza la oxidación de
glúcidos, ácidos grasos y aminoácidos hasta producir CO, liberando energía en
forma utilizable: poder reductor y GTP (en algunos microorganismos se producen
ATP). El metabolismo oxidativo de glúcidos, lípidos y proteínas frecuentemente se
divide en tres etapas, de las cuales el ciclo de Krebs supone la segunda. En la
primera etapa, los carbonos de estas macromoléculas dan lugar a acetil-CoA, e
incluye las vías catabólicas de aminoácidos (p. ej. desaminación oxidativa), la beta
oxidación de ácidos grasos y la glucólisis. La tercera etapa es la fosforilación
oxidativa, en la cual el poder reductor (NADH y FADH) generado se emplea para la
síntesis de ATP según la teoría del acomplamiento quimiosmótico. El ciclo de Krebs
también proporciona precursores para muchas biomoléculas, como ciertos
aminoácidos. Por ello se considera una vía anfibólica, es decir, catabólica y
anabólica al mismo tiempo. El nombre de esta vía metabólica se deriva del ácido
cítrico (un tipo de ácido tricarboxílico) que se consume y luego se regenera por esta
secuencia de reacciones para completar el ciclo, o también conocido como ciclo de
Krebs ya que fue descubierto por el alemán Hans Adolf Krebs, quien obtuvo el
Premio Nobel de Fisiología o Medicina en 1953, junto con Fritz Lipmann.
La oxidación completa de la glucosa a bioxido de Carbono y agua por la glucólisis,
el ciclo del ácido cítrico y la cadena de transporte de electrones ocurre con un
cambio en la energía libre estándar de
FUNCIONAMIENTO DE LA ENZIMAS
NOMENCLATURA
3.Las enzimas se dividen en grupos según el tipo de reacción catalizada, que, junto
al nombre de su sustrato enzimático, se usa para formar el nombre completo de
cada enzima.
5. Cada enzima dispone de una clave formada por la sigla EC (de Enzyme
Commission) seguida de cuatro números separados por puntos. El primero de estos
números indica a cuál de las seis “clases” o divisiones principales de la clasificación
6. Con idéntica categoría oficial, coexisten dos nomenclaturas para las enzimas:
cada enzima dispone, en efecto, al menos de un recommended name o trivial name
(nombre recomendado o nombre común: breve y sencillo, que suele utilizarse.
Las ramas de la bioquímica son muy amplias y diversas, y han ido variando con el
tiempo y los avances de la biología, la química y la física.
Bioquímica estructural: es un área de la bioquímica que pretende comprender la
arquitectura química de las macromoléculas biológicas, especialmente de las
proteínas y de los ácidos nucleicos (DNA y RNA). Así se intenta conocer las
secuencias peptídicas, su estructura y conformación tridimensional, y las
interacciones físico-químicas atómicas que posibilitan a dichas estructuras. Uno
de sus máximos retos es determinar la estructura de una proteína conociendo
solo la secuencia de aminoácidos, que supondría la base esencial para el diseño
racional de proteínas (ingeniería de proteínas).
Química bioorgánica: es un área de la química que se encarga del estudio de
los compuestos orgánicos (es decir, aquellos que tienen enlaces covalentes
carbono-carbono o carbono-hidrógeno) que provienen específicamente de seres
vivos. Se trata de una ciencia íntimamente relacionada con la bioquímica clásica,
ya que en la mayoría de los compuestos biológicos participa el carbono.
Mientras que la bioquímica clásica ayuda a comprender los procesos biológicos
con base en conocimientos de estructura, enlace químico, interacciones
moleculares y reactividad de las moléculas orgánicas, la química bioorgánica
intenta integrar los conocimientos de síntesis orgánica, mecanismos de
reacción, análisis estructural y métodos analíticos con las reacciones
metabólicas primarias y secundarias, la biosíntesis, el reconocimiento celular y
la diversidad química de los organismos vivos. De allí surge la Química de
Productos Naturales (V. Metabolismo secundario).4
Enzimología: estudia el comportamiento de los catalizadores biológicos o
enzimas, como son algunas proteínas y ciertos RNA catalíticos, así como
las coenzimas y cofactores como metales y vitaminas. Así se cuestiona los
mecanismos de catálisis, los procesos de interacción de las enzimas-sustrato,
los estados de transición catalíticos, las actividades enzimáticas, la cinética de
la reacción y los mecanismos de regulación y expresión enzimáticas, todo ello
desde un punto de vista bioquímico. Estudia y trata de comprender los
elementos esenciales del centro activo y de aquellos que no participan, así como
los efectos catalíticos que ocurren en la modificación de dichos elementos; en
este sentido, utilizan frecuentemente técnicas como la mutagénesis dirigida.
Bioquímica metabólica: es un área de la bioquímica que pretende conocer los
diferentes tipos de rutas metabólicas a nivel celular, y su contexto orgánico. De
esta forma son esenciales conocimientos de enzimología y biología celular.
Estudia todas las reacciones bioquímicas celulares que posibilitan la vida, y así
como los índices bioquímicos orgánicos saludables, las bases moleculares de
las enfermedades metabólicas o los flujos de intermediarios metabólicos a nivel
global. De aquí surgen disciplinas académicas como la Bioenergética (estudio
del flujo de energía en los organismos vivos), la Bioquímica nutricional (estudio
de los procesos de nutrición asociados a rutas metabólicas)5 y la bioquímica
clínica (estudio de las alteraciones bioquímicas en estado de enfermedad o
traumatismo). La metabolómica es el conjunto de ciencias y técnicas dedicadas
al estudio completo del sistema constituido por el conjunto de moléculas que
constituyen los intermediarios metabólicos, metabolitos primarios y secundarios,
que se pueden encontrar en un sistema biológico.
Xenobioquímica: es la disciplina que estudia el comportamiento metabólico de
los compuestos cuya estructura química no es propia en el metabolismo regular
de un organismo determinado. Pueden ser metabolitos secundarios de otros
organismos (P. ejemplo las micotoxinas, los venenos de serpientes y los
fitoquímicos cuando ingresan al organismo humano) o compuestos poco
frecuentes o inexistentes en la naturaleza.6 La Farmacología es una disciplina
que estudia a los xenobióticos que benefician al funcionamiento celular en el
organismo debido a sus efectos terapéuticos o preventivos (Fármacos). La
farmacología tiene aplicaciones clínicas cuando las sustancias son utilizadas en
el diagnóstico, prevención, tratamiento y alivio de síntomas de una enfermedad
así como el desarrollo racional de sustancias menos invasivas y más eficaces
contra dianas biomoleculares concretas. Por otro lado, la Toxicología es el
estudio que identifica, estudia y describe, la dosis, la naturaleza, la incidencia,
la severidad, la reversibilidad y, generalmente, los mecanismos de los efectos
adversos (efectos tóxicos) que producen los xenobióticos. Actualmente la
toxicología también estudia el mecanismo de los componentes endógenos,
como los radicales libres de oxígeno y otros intermediarios reactivos, generados
por xenobióticos y endobióticos.
Inmunología: área de la biología, la cual se interesa por la reacción del
organismo frente a otros organismos como las bacterias y virus. Todo esto
tomando en cuenta la reacción y funcionamiento del sistema inmune de los
seres vivos. Es esencial en esta área el desarrollo de los estudios de producción
y comportamiento de los anticuerpos.
Endocrinología: es el estudio de las secreciones internas llamadas hormonas,
las cuales son sustancias producidas por células especializadas cuyo fin es de
afectar la función de otras células. La endocrinología trata la biosíntesis, el
almacenamiento y la función de las hormonas, las células y los tejidos que las
secretan, así como los mecanismos de señalización hormonal. Existen
subdisciplinas como la endocrinología médica, la endocrinología vegetal y la
endocrinología animal.
Neuroquímica: es el estudio de las moléculas orgánicas que participan en la
actividad neuronal. Este término es empleado con frecuencia para referir a
los neurotransmisores y otras moléculas como las drogas neuro-activas que
influencian la función neuronal.
Quimiotaxonomía: es el estudio de la clasificación e identificación de organismos
de acuerdo a sus diferencias y similitudes demostrables en su composición
química. Los compuestos estudiados pueden ser fosfolípidos, proteínas,
péptidos, heterósidos, alcaloides y terpenos. John Griffith Vaughan fue uno de
los pioneros de la quimiotaxonomía. Entre los ejemplos de las aplicaciones de
la quimiotaxonomía pueden citarse la diferenciación de las
familias Asclepiadaceae y Apocynaceae según el criterio de la presencia de
látex; la presencia de agarofuranos en la familia Celastraceae;
las sesquiterpenlactonas con esqueleto de germacrano que son características
de la familia Asteraceae o la presencia de abietanos en las partes aéreas de
plantas del género Salvia del viejo Mundo a diferencia de las del Nuevo Mundo
que presentan principalmente neo-clerodanos.7
Ecología química: es el estudio de los compuestos químicos de origen biológico
implicados en las interacciones de organismos vivos. Se centra en la producción
y respuesta de moléculas señalizadoras (semioquímicos), así como los
compuestos que influyen en el crecimiento, supervivencia y reproducción de
otros organismos (aleloquímicos).
Virología: área de la biología, que se dedica al estudio de los biosistemas más
elementales: los virus. Tanto en su clasificación y reconocimiento, como en su
funcionamiento y estructura molecular. Pretende reconocer dianas para la
actuación de posibles de fármacos y vacunas que eviten su directa o
preventivamente su expansión. También se analizan y predicen, en términos
evolutivos, la variación y la combinación de los genomas víricos, que podrían
hacerlos eventualmente, más peligrosos. Finalmente suponen una herramienta
con mucha proyección como vectores recombinantes, y han sido ya utilizados
en terapia génica.
Genética molecular e ingeniería genética: es un área de la bioquímica y la
biología molecular que estudia los genes, su herencia y su expresión.
Molecularmente, se dedica al estudio del DNA y del RNA principalmente, y utiliza
herramientas y técnicas potentes en su estudio, tales como la PCR y sus
variantes, los secuenciadores masivos, los kits comerciales de extracción de
DNA y RNA, procesos de transcripción-traducción in vitro e in vivo, enzimas de
restricción, DNA ligasas… Es esencial conocer como el DNA se replica, se
transcribe y se traduce a proteínas (Dogma Central de la Biología Molecular),
así como los mecanismos de expresión basal e inducible de genes en el
genoma. También estudia la inserción de genes, el silenciamiento génico y la
expresión diferencial de genes y sus efectos. Superando así las barreras y
fronteras entre especies en el sentido que el genoma de una especie podemos
insertarlo en otro y generar nuevas especies. Uno de sus máximos objetivos
actuales es conocer los mecanismos de regulación y expresión genética, es
decir, obtener un código epigenético. Constituye un pilar esencial en todas las
disciplinas biocientíficas, especialmente en biotecnología.
Biología Molecular: es la disciplina científica que tiene como objetivo el estudio
de los procesos que se desarrollan en los seres vivos desde un punto de vista
molecular. Así como la bioquímica clásica investiga detalladamente los ciclos
metabólicos y la integración y desintegración de las moléculas que componen
los seres vivos, la Biología molecular pretende fijarse con preferencia en el
comportamiento biológico de las macromoléculas (ADN, ARN, enzimas,
hormonas, etc.) dentro de la célula y explicar las funciones biológicas del ser
vivo por estas propiedades a nivel molecular.
Biología celular: (antiguamente citología, de citos=célula y logos=Estudio o
Tratado ) es un área de la biología que se dedica al estudio de la morfología y
fisiología de las células procariotas y eucariotas. Trata de conocer sus
propiedades, estructura, composición bioquímica, funciones, orgánulos que
contienen, su interacción con el ambiente y su ciclo vital. Es esencial en esta
área conocer los procesos intrínsecos a la vida celular durante el ciclo celular,
como la nutrición, la respiración, la síntesis de componentes, los mecanismos
de defensa, la división celular y la muerte celular. También se deben conocer
los mecanismos de comunicación de células (especialmente en organismos
pluricelulares) o las uniones intercelulares. Es un área esencialmente de
observación y experimentación en cultivos celulares, que, frecuentemente,
tienen como objetivo la identificación y separación de poblaciones celulares y el
reconocimiento de orgánulos celulares. Algunas técnicas utilizadas en biología
celular tienen que ver con el empleo de técnicas de citoquímica, siembra de
cultivos celulares, observación por microscopía óptica y electrónica,
inmunocitoquímica, inmunohistoquímica, ELISA o citometría de flujo. Está
íntimamente ligada a disciplinas como histología, microbiología o fisiología.
Introducción