THÉMATIQUE

MYCOLOGIE
À TAPER

Émergence de nouveaux champignons

pathogènes en médecine : revue générale
Dominique Chabassea,*, Marc Piheta, Jean-Philippe Boucharaa

RÉSUMÉ
SUMMARY
Au cours des 20 dernières années, l’incidence des infections fongiques,
tant superficielles que profondes, a augmenté de façon considérable.
Emergence of new fungal pathogens :
Ces pathologies surviennent le plus souvent chez des patients fragi-
general review
lisés (transplantations d’organes, greffes de moelle, chimiothérapies
The i nci d ence of f ungal i nf ect i ons has
aplasiantes, nouveaux immunosuppresseurs, …). Si les malades et les
significantly increased during the past two
traitements ont évolué, les champignons impliqués dans les pathologies
decades. These diseases mainly occur in
se sont, eux aussi, diversifiés. On observe en effet l’émergence d’espè-
susceptible patients (organ or bone marrow
ces auparavant inconnues du milieu médical, ainsi que la réémergence
transplantation, haematological malignancies,
d’espèces au pouvoir pathogène établi, mais qui sont responsables de
immunosuppressive drugs, …). Patients and
nouvelles formes cliniques, survenant sur des terrains différents. Ces
treatments have changed, as well as fungi
infections sont associées à des taux de mortalité élevés, souvent liés
which are involved in infections. Indeed, species
à un retard au diagnostic. La liste des « nouveaux champignons » iso-
that were previously unknown to the medical
lés en pathologie humaine s’allonge ainsi chaque jour. Les nouveaux
community are now emerging, likewise well
outils moléculaires ont permis d’identifier avec précision les différentes
known pathogenic species are now responsible
souches isolées.
for new clinical forms. Invasive fungal infections
Mais les infections fongiques émergent aussi chez les sujets immuno-
are associated with high mortality rates, often
compétents. Ainsi, la prévalence des mycoses à champignons « exoti-
related to delayed diagnosis. The list of “new
ques » augmente en zone d’endémie. Par ailleurs, de nombreux cham-
fungi” isolated in human is growing every
pignons filamenteux sont responsables de colonisation chronique des
day. Molecular tools allowed identifying these
voies respiratoires chez les patients atteints d’affections respiratoires
species.
chroniques comme la mucoviscidose. Les onychomycoses sont éga-
Fungal infections, however, are also emerging
lement plus fréquentes dans la population générale, et on rapporte un
in immunocompetent patients. Thus, the
nombre croissant de mycoses cutanées chez les sportifs. Le meilleur
prevalence of infections due to dimorphic
suivi des patients et la généralisation des dépistages systématiques
fungi is increasing in endemic areas. Moreover,
contribuent certainement en grande partie à cette émergence.
many filamentous fungi are responsible for
Les espèces rencontrées sont essentiellement des Ascomycètes ou
chronic colonization of the airways in patients
des formes asexuées (Deutéromycètes) apparentées à ces derniers,
suffering from chronic respiratory diseases
plus rarement des Zygomycètes (Mucorales) et des Basidiomycètes.
such as cystic fibrosis. Onychomycosis are also
Nous passerons en revue les différents groupes de champignons :
more frequent in the general population, and
levures (Candida, Cryptococcus, ...), filamenteux (Aspergillus, Fusarium,
a growing number of skin mycosis is reported
Scedosporium, Alternaria, Exophiala, …), dimorphiques (Histoplasma,
among athletes. The improved monitoring of
Coccidioides, Penicillium marneffei, ...) et les espèces assimilées d’in-
patients and the widespread use of systematic
térêt médical, en insistant sur les espèces émergentes nouvellement
screenings have probably largely contributed
décrites.
to this emergence.
The species encountered mainly belong to
Pathogènes émergents – levures – champignons filamenteux –
champignons dimorphiques – approche mycologique – revue générale. Ascomycetes or to relative Deuteromycetes, less
frequently to Zygomycetes or to Basidiomycetes.
The different groups of fungi will be reviewed:
yeasts (Candida, Cryptococcus, …), moulds
(Aspergillus, Fusarium, Scedosporium, Alternaria,
a Laboratoire de parasitologie-mycologie
Exophiala, …), dimorphic fungi (Histoplasma,
Centre hospitalier universitaire
Coccidioides, Penicillium marneffei, …) and
4, rue Larrey
relative species of medical importance, with a
49933 Angers cedex 9
special emphasis on emerging new species.
*Correspondance
Emerging pathogens – yeasts – filamentous fungi –
DoChabasse@chu-angers.fr
dimorphic fungi – mycological approach –
general review.
article reçu le 2 septembre, accepté le 14 septembre 2009.
© 2009 – Elsevier Masson SAS – Tous droits réservés.

REVUE FRANCOPHONE DES LABORATOIRES - NOVEMBRE 2009 - N°416 // 71

 1. Introduction
La notion d’émergence en microbiologie est un concept
relativement récent, qui correspond à une réalité épidé-
miologique complexe s’intégrant à la diversité du vivant.
L’augmentation de l’incidence réelle de certaines maladies
infectieuses dans une population donnée et dans une région
donnée, par rapport à une situation antérieure, fera qualifier
celles-ci d’émergentes. Cette émergence concerne tous
les types de microorganismes (prions, virus, bactéries,
protozoaires, helminthes, champignons, algues, …), pour
lesquels il convient de distinguer les espèces réellement
« nouvelles » de celles déjà décrites. Depuis plusieurs
décennies, on assiste à l’émergence de nouvelles maladies
infectieuses, mais aussi à la réémergence de certaines
espèces connues. Cette dernière situation peut être liée
à l’évolution des agents pathogènes eux-mêmes, ou à la
modification de leur environnement. En effet, les agents de
maladies transmissibles profitent de conditions qui leurs
sont favorables pour se développer.
Le nombre de champignons incriminés en pathologie
humaine est passé de moins d’une trentaine d’espèces dans
les années 50 à plus de 400 aujourd’hui [1]. Les progrès de
la médecine expliquent en grande partie cette émergence.
En effet, le recours à des protocoles thérapeutiques plus
agressifs, notamment au cours des allogreffes de cellu-
les souches hématopoïétiques (CSH) dans les services
d’onco-hématologie, ont permis de prolonger la survie
des patients atteints de maladies autrefois incurables, au
prix d’une immunodépression profonde et prolongée [2].
De nombreux patients réalisent par ailleurs des séjours
prolongés dans les services de réanimation ou les unités
de soins intensifs, au cours desquels ils reçoivent des anti-
biothérapies à large spectre et font l’objet de nombreuses
procédures invasives (cathétérisations, sondages, intuba-
tions, …). Ainsi, on décrit chez les patients immunodéprimés
de plus en plus de fongémies ou de mycoses profondes,
dues à des espèces habituelles ou à des espèces jusque
là inconnues des mycologues [3-5].
Tableau I – Les grandes étapes
de l’émergence des infections fongiques.
1950 : Antibiotiques, corticoïdes, traitement des tumeurs solides
± Candidoses, Aspergilloses et Zygomycoses
1960 : Chimiothérapies, cathéters, voies veineuses centrales
± Fusarioses, Acrémonioses, Scédosporioses
1970 : Transplantations d’organes, traitements immunosuppreseurs
± Hyalohyphomycoses, Phaeohyphomycoses, mycoses à Zygomycètes rares
1980 : VIH, greffes de moelle osseuse, hospitalisations prolongées
± émergences de nouvelles espèces telluriques, foncées (Phaeohyphomycètes)
ou hyalines (Hyalohyphomycètes)
1990-2009 :
1. Multiplication des échanges intercontinentaux
± mycoses exotiques à champignons dimorphiques
2. Nouvelles espèces issues du sol mieux connues (identification moléculaire)
± mycoses à Hyalohyphomycètes et Phaeohyphomycètes
3. Multiplication (et diversification) des activités sportives
± onychomycoses à dermatophytes, levures ou moisissures (contexte particulier
du judo : T. tonsurans)
4. Terrains particuliers (mucoviscidose : Aspergillus, Scedosporium, Exophiala, …)
72 // REVUE FRANCOPHONE DES LABORATOIRES - NOVEMBRE 2009 - N°416
Certains de ces « nouveaux » champignons peuvent cepen-
dant être isolés chez des patients immunocompétents [6]. En
effet, au cours de maladies respiratoires chroniques comme
la mucoviscidose, des espèces fongiques « nouvelles » ou
inhabituelles dans un tel contexte ont été isolées à partir de
prélèvements répétés des voies aériennes [7]. De même,
certaines activités, professionnelles ou sportives, accrois-
sent le risque de contracter certaines mycoses. Ainsi, les
onyxis sont en extension dans les pays développés [8] et
on a décrit récemment des épidémies de dermatophyties
à Trichophyton tonsurans chez des judokas [9]. Par ailleurs,
l’augmentation importante des voyages intercontinentaux
a permis la diffusion de certains « champignons exotiques »
autrefois absents de nos climats. Les principales étapes
expliquant l’émergence des mycoses au cours des 5 der-
nières décennies sont regroupées dans le tableau I.
La surveillance accrue du « risque fongique » dans les
services concernés, avec la recherche systématique de
levures et de champignons filamenteux dans les différents
prélèvements biologiques, ainsi que l’amélioration des
techniques au laboratoire de mycologie, ont également
joué un rôle important dans l’augmentation du nombre
d’espèces détectées [10]. Ainsi, les techniques de biologie
moléculaire permettent d’identifier précisément les espè-
ces isolées [11]. En contrepartie, de « nouveaux champi-
gnons » peuvent apparaître artificiellement, en raison de
redéfinitions taxinomiques engendrées par les travaux de
phylogénie moléculaire.
Nous aborderons dans un premier temps la place des
champignons émergents en mycologie médicale, puis
nous détaillerons le diagnostic mycologique, avant de
passer en revue les différents groupes de champignons
potentiellement pathogènes pour l’homme (levures,
Hyalophyphomycètes, Phaeohyphomycètes, Zygomycètes
et champignons dimorphiques).
2. Place des champignons
émergents en mycologie médicale
En mycologie médicale, il est pratique de distinguer plu-
sieurs catégories de champignons potentiellement patho-
gènes pour l’homme, en fonction de leur degré de virulence
et de leur compétence au parasitisme.
2.1. Champignons adaptés au parasitisme
par affinité pour un substrat sélectif
Le meilleur exemple est celui des espèces kératinophiles
issues du sol, dont l’avidité pour la kératine humaine et
animale est très prononcée : les dermatophytes en sont
les meilleurs exemples. Parmi les espèces réémergen-
tes, il faut signaler la place de Trichophyton tonsurans
(figure 1A), agent de teigne isolé classiquement en France
chez des patients provenant du continent américain ou
des Caraïbes (notamment d’Haïti). Depuis le début des
années 2000, ce champignon a en effet été à l’origine de
petites épidémies de tinea corporis gladiatorum (lésions
cutanées et du cuir chevelu) chez des jeunes judokas [9].
Les prélèvements réalisés à titre systématique avaient
permis d’isoler T. tonsurans chez des porteurs sains. Des
études rétrospectives japonaises ont observé le même

Tableau II – Principaux champignons pathogènes ou opportunistes d’intérêt médical en extension, isolés au laboratoire
Phaeohyphomycètes (Dématiés) Hyalohyphomycètes et mucorales
Alternaria : A. alternata, Fusarium : F. solani, F. oxysporum,
A. tenuissima, F. verticilloides
Bipolaris sp. Aspergillus : A. fumigatus, A. flavus,
Cladosporium : C. carionii A .nidulans, A. terreus, A. niger, A. versicolor,
Cladophialophora : C. bantiana A. groupe glaucus
Curvularia sp. Acremonium sp.
Exophiala : E. dermatitidis, Absidia : A. corymbifera
E. jeanselmei Mucor : M. circinelloides
Phialophora sp. Rhizopus : R. microsporus
Phoma sp. Rhizomucor : R. pusillus
Scytalidium dimidiatum Scedosporium : S. apiospernum, S. pro-
lificans
Scopulariopsis : S. brevicaulis
Scytalidium hyalinum
* Champignons essentiellement importés (non présents en France métropolitaine) et issus de patients ayant séjourné en zones d’endémies (entre parenthèses).
phénomène au Japon entre 2001 et 2003, chez des judokas
ainsi que chez d’autres pratiquants de sport de combat
(lutteurs, sumos et karatékas) ayant participé à des tour-
nois internationaux.
De façon exceptionnelle, chez des patients atteints de sida
ou soumis à des thérapeutiques immunosuppressives, les
dermatophytes peuvent adopter un comportement oppor-
tuniste et être responsables de lésions sous-cutanées.
Récemment, Trichophyton rubrum a ainsi été isolé de
lésions nodulaires et ulcérées, chez un patient diabétique
sous chimiothérapie et corticothérapie [12].
2.2. Champignons potentiellement
pathogènes
Ces espèces possèdent des facteurs de virulence et d’adap-
tation au parasitisme, d’où la fréquence de leur isolement
en situation pathologique chez l’immunodéprimé. Certains
champignons vivent en commensaux au niveau du tube
digestif ou de la peau (Candida, Malassezia, Trichosporon).
Le développement d’une mycose dépend alors d’une
colonisation préalable et de certains facteurs favorisants
(terrain sous-jacent). D’autres champignons, en revanche,
proviennent du milieu extérieur. Ils sont le plus souvent
saprophytes, parfois phytopathogènes ou parasites d’ani-
maux, avec dans ce cas un potentiel de pathogénicité
non négligeable. C’est dans ce dernier contexte que sont
décrites les levures du genre Cryptococcus, ainsi qu’un
certain nombre de champignons filamenteux cosmopo-
lites communément appelés moisissures. Il s’agit soit
de Hyalohyphomycètes (au mycélium hyalin) comme les
Aspergillus, les Fusarium ou les Scedosporium, soit de
Phaeohyphomycètes (au mycélium foncé, anciennement
dénommés dématiés) comme les Alternaria, Bipolaris,
Curvularia, Exophiala, soit de Zygomycètes (mucorales
thermophiles) : Rhizopus, Rhizomucor, … Toutes ces moi-
sissures ont une tendance marquée au parasitisme, mais
leur implantation et leur diffusion chez l’homme dépendent
essentiellement du terrain sous-jacent. Dans tous les cas,
la contamination se produit par voie aérienne ou par voie
cutanée. Elle peut être d’origine nosocomiale (cathéter vei-
neux centraux, implants, …) ou accidentelle (colonisation
de plaies ouvertes, traumatisme, …).
Dans un contexte de voyage en zone intertropicale, de
redoutables champignons exotiques appelés « dimorphi-
MYCOLOGIE
Principales levures Champignons dimorphiques*
Candida : C. albicans, C. glabrata, Blastomyces dermatitidis
C. tropicalis, C. parapsilosis, C. krusei, (Amérique du Nord)
C. dubliniensis Coccidioides : C. immitis, C. posadii
Cryptococcus : Cr. neoformans var. (Régions sèches et arides du continent
neoformans, Cr. neoformans var. gatti américain)
Malassezia : M. furfur, M. globosa Histoplasma capsulatum var. capsulatum
Trichosporon sp. (Amérique centrale et du Nord, Asie,
Rhodotorula sp. Océanie)
Saccharomyces sp. Penicillium marneffei
(Extrême-Orient : Thaïlande, Laos,
Vietnam)
Paracoccidioides brasiliensis
(Amérique du Sud)
ques » peuvent être observés (Histoplasma, Blastomyces,
Coccidioides, Paracoccidioides, …). Ils se présentent sous
deux formes, la forme levure (observée in vivo) et la forme
filamenteuse (observée in vitro ou dans le milieu naturel). Ils
sont parfois observés plusieurs années après un séjour en
zone d’endémie ; cette « réactivation » fait le plus souvent
suite à une immunodépression récente. D’autres espèces
tropicales, agents des chromomycoses, des mycétomes
et de la sporotrichose, ne se rencontrent habituellement
que chez les migrants, dans un contexte de « pathologie
d’importation ». Les espèces habituellement isolées sont
listées tableau II.
2.3. Champignons apparemment
dénués de pathogénicité
Ce sont, dans la grande majorité des cas, des saprophytes
de l’environnement ou des espèces vivant en commen-
sales, colonisant le revêtement cutané ou les muqueuses
de l’homme et/ou de l’animal. Appelés longtemps « conta-
minants de laboratoire », car isolés à partir des boîtes de
culture, ils étaient écartés du diagnostic. C’est dans cette
catégorie que l’on recrute la plupart des « nouveaux »
opportunistes émergents aujourd’hui. Leur développement
chez l’hôte nécessite un état d’immunodépression, ou
des facteurs locaux permettant l’implantation durable du
champignon, d’où l’appellation de champignons opportu-
nistes. On inclut dans cette notion de réceptivité aussi bien
des facteurs de morbidité locaux (troubles circulatoires,
ulcères, brûlures, …) que généraux (déficits immunitaires
qualitatifs ou quantitatifs).
Cependant, en dépit de leur extraordinaire diversité et de
leur remarquable adaptation (certains d’entre eux sont
des parasites de végétaux), à peine plus d’une centaine
d’espèces (sur les quelque milliers répertoriées parmi les
saprophytes ou les phytopathogènes) sont capables de
s’implanter chez l’homme. Tous les champignons de l’envi-
ronnement ne sont donc pas capables de s’implanter chez
l’homme, même en cas d’affaiblissement très important.
Il semble que les champignons qui s’adaptent le mieux
au parasitisme appartiennent aux Ascomycètes, chez les-
quels on place désormais Pneumocystis jirocecii (malgré
l’absence de forme sexuée connue). Les méthodes de
phylogénie moléculaire ont en effet permis de rattacher
aux Ascomycètes de nombreuses moisissures environ-
REVUE FRANCOPHONE DES LABORATOIRES - NOVEMBRE 2009 - N°416 // 73
 nementales ainsi que des levures, classées initialement
parmi les Deuteromycètes (Fungi imperfecti).
3. Conduite du diagnostic
mycologique
3.1. Généralités
Dans le laboratoire de mycologie, la question la plus fré-
quemment posée au biologiste est la suivante : l’espèce
isolée est-elle impliquée dans un processus pathologique ?
Tout champignon isolé en culture pure d’un prélèvement
profond (LBA, LCR, biopsies, …) ou superficiel (expectora-
tions, urines, sérosités, peau, …) doit être considéré comme
un pathogène, surtout lorsqu’il est isolé à plusieurs reprises.
La notion de contaminant ou de colonisateur commensal ne
sera ainsi retenue qu’après avoir écarté l’hypothèse d’une
mycose opportuniste. Le contexte d’isolement (infection
nosocomiale, notion de voyages, …) est par ailleurs très
important à connaître pour l’interprétation des résultats.
L’interprétation des résultats au laboratoire ne pourra donc
se faire sans une collaboration clinico-biologique.
3.2. Démarche diagnostique au laboratoire
À partir d’un prélèvement réalisé dans de bonnes condi-
tions, l’examen direct permet de visualiser les structures
fongiques (éléments lévuriformes et/ou filaments mycéliens)
au sein des produits pathologiques. L’aspect des éléments
fongiques observés est souvent évocateur d’un type de
mycose particulier (filaments de type « mucorale » ou de
type Aspergillus, blastospores avec pseudo-mycélium
évoquant un Candida…). Les données de l’examen his-
topathologique peuvent être précieuses. Celui-ci permet
en effet d’affirmer le diagnostic de mycose, par la mise
en évidence du champignon en situation parasitaire, mais
également d’apprécier la réponse cellulaire de l’hôte.
La deuxième étape de la démarche diagnostique consiste
en la mise en culture des produits biologiques sur des
milieux standard ou spécifiques. Les colonies fongiques
isolées seront dénombrées, puis identifiées. Pour les levu-
res, il existe un certain nombre de réactifs ou de milieux
permettant l’identification de l’espèce. L’utilisation des
milieux chromogéniques, ainsi que les tests d’identifica-
tion rapide basés sur l’agglutination de particules de latex
sensibilisées par des anticorps monoclonaux, permet-
tent une identification présomptive rapide des principales
espèces de Candida. Pour les autres espèces de levures,
les galeries d’identification qui reposent sur l’étude des
caractères physiologiques (Auxanogramme), permettront
l’identification. Pour les champignons filamenteux, en
revanche, l’identification repose presque uniquement sur
l’étude des caractères morphologiques (macroscopiques
et microscopiques).
Les techniques de biologie moléculaire sont plus per-
formantes que les cultures mycologiques, en terme de
sensibilité et de rapidité de rendu du résultat. Ainsi, la
PCR en temps réel permet un diagnostic dans la journée,
tandis que le séquençage des produits de PCR assure
une identification précise des espèces isolées [11, 13].
Cependant, faute de standardisation et du faible nombre
de kits commercialisés, elles ne sont actuellement utilisées
74 // REVUE FRANCOPHONE DES LABORATOIRES - NOVEMBRE 2009 - N°416
que dans les laboratoires universitaires ou de référence,
auxquels sont souvent adressés les isolats posant des
problèmes d’identification.
Lorsque les prélèvements sont difficilement réalisables et
que l’isolement du champignon ne peut être envisagé, les
examens sérologiques, ainsi que les recherches d’antigènes
circulants (actuellement limitées au diagnostic d’asper-
gillose, de candidose et de cryptococcose) s’avèrent un
complément utile au diagnostic. Ces dernières techniques
sont ainsi largement utilisées dans le cadre du suivi des
patients à risque dans les services d’onco-hématologie.
La détermination de la sensibilité aux antifongiques ne doit
pas être systématique, mais réservée aux souches isolées
d’un site profond ou pour lesquelles on redoute une résis-
tance (patients sous azolés). Pour la détermination des
CMI (qui sont également intéressantes pour la surveillance
épidémiologique), les techniques de référence suivent les
recommandations du CLSI (Clinical and Laboratory Stan-
dards Institute) aux États-Unis, ou de l’EUCAST (European
Committee on Antimicrobial Susceptibillity Testing) en
Europe. En pratique, la technique E-Test® (AB Biodisk)
est la plus utilisée au laboratoire. Pour plus de détails,
des références d’ouvrages de mycologie sont proposées
au lecteur [14, 15].
3.3. Interprétation des résultats
Elle s’appuie sur le contexte clinique et épidémiologique
et revient au biologiste. En effet, pour affirmer le caractère
pathogène d’un isolat, l’interprétation sera avantageuse-
ment facilitée par la connaissance du dossier médical du
patient. La confrontation clinico-biologique par le dialogue
avec le prescripteur prend ici toute sa valeur.
4. Champignons émergents
4.1. Levures
4.1.1. Les Candida (tableau III)
Les fongémies à Candida représentent environ 10 à 15 %
des septicémies hospitalières dans les services « à ris-
que » [16]. La mortalité des candidémies reste assez éle-
vée, liée essentiellement à un diagnostic trop tardif. La
symptomatologie est en effet peu spécifique, et se résume
le plus souvent en une fièvre qui persiste, malgré une anti-
biothérapie prolongée à large spectre. Candida albicans
est la première espèce en fréquence, suivie de C. glabrata,
espèce émergente plus souvent isolée chez des patients
ayant préalablement reçu des antifongiques azolés [17].
L’augmentation de l’incidence de C. parapsilosis dans un
secteur hospitalier incite à la plus grande vigilance en terme
de risque de transmission manuportée [18, 19]. Candida
kefyr, habituellement isolé de produits laitiers, semble
émerger en onco-hématologie [20]. C. krusei et C. glabrata
présentent respectivement une résistance naturelle et une
sensibilité intermédiaire (dose-dépendante) au
uconazole.
Des isolats de C. guillermondii résistants au
uconazole
ont été identifiés, tandis qu’on commence à observer pour
d’autres espèces non-albicans des résistances au voricona-
zole ou aux échinocandines. La résistance de C. lusitaniae
à l’amphotéricine B resterait stable [21]. Bien que ceci soit
 MYCOLOGIE

Figure 1 – Aspects macroscopique et microscopique de champignons émergents.

A : Trichophyton tonsurans ; B : Absidia corymbifera ; C : Scedosporium apiospermum ; D : Paecilomyces lilacinus ; E : Exophiala dermatitidis (culture à 37 °C).
A, C, D : grossissement x 400 ; B : x 100 ; E : x 1000.

REVUE FRANCOPHONE DES LABORATOIRES - NOVEMBRE 2009 - N°416 // 75

 sujet à controverse, la pression sélective des antifongiques Tableau III – Distribution des différentes espèces
(utilisation des azolés en prophylaxie) pourrait expliquer de Candida isolées de 2 089 épisodes septicémiques
la recrudescence de nouvelles espèces [17]. survenus en Europe (d’après [16]).
Les techniques de biologie moléculaire ont permis en 1995
Nombre d’isolements
d’individualiser C. dubliniensis de C. albicans. Cette espèce Espèces isolées
(pourcentage)
très proche de cette dernière a été isolée de candidoses C. albicans 1 178 (56,4 %)
oro-pharyngées chez des patients infectés par le VIH [22]. C. glabrata 284 (13,6 %)
Les infections profondes à C. dubliniensis restent rares,
C. parapsilosis 278 (13,3 %)
mais sont souvent de mauvais pronostic.
C. tropicalis 152 (7,2 %)
Récemment, C. bracarensis et C. nivariensis, deux espèces
C. krusei 40 (1,9 %)
proches de C. glabrata, ont été individualisées. C. braca-
rensis semble avoir été au préalable confondu avec C. gla- C. guilliermondii 30 (1,4 %)

brata. En effet, dans une étude rétrospective qui portait
sur 137 souches de C. glabrata, 3 isolats (soit 2,2 % du
total) ont été réidentifiés comme étant des C. bracaren-
sis [23]. Les premiers cas ont été retrouvés au Portugal,
d’autres en Grande-Bretagne, au Japon et en Indonésie.
Sur milieu CHROMagar Candida, la levure reste blanche.
Elle est par ailleurs résistante in vitro aux azolés. C. niva-
riensis a été isolée en 2005 chez 3 patients espagnols.
Dans une étude rétrospective, 16 isolats ont été identifiés
par biologie moléculaire. Depuis, la levure a été isolée
d’une candidose oro-pharyngée chez un patient VIH et
lors d’une septicémie sur cathéter.
Il a été récemment mis en évidence que C. parapsilosis
était en réalité un complexe d’espèces. Le groupe 1 cor-
respond à C. parapsilosis sensu stricto, le groupe 2 à
C. orthopsilosis et le groupe 3 à C. metapsilosis [24]. Une
vaste étude espagnole portant sur 345 épisodes de can-
didémies a récemment passé en revue la prévalence et la
susceptibilité aux antifongiques des Candida isolées [25].
Vingt-trois pour cent des souches isolées de ces fongémies
avaient été identifiées initialement comme des C. parap-
silosis. À partir des données moléculaires (séquençage
des régions ITS), 1,7 % (6/345) et 1,4 % (5/345) des épi-
sodes ont été respectivement attribués à C. metapsilosis
et C. orthopsilosis.
Entre 2001 et 2006, l’étude ARTEMIS a identifié par des
méthodes conventionnelles 1 929 isolats cliniques de
C. parapsilosis. Par biologie moléculaire, 117 de ces isolats
(6,1 % du total), provenant pour la plupart du continent
sud-américain, ont été réidentifiés comme des C. orthop-
silosis, tandis que 34 souches se sont avérées être des
C. metapsilosis. Comparativement à C. parapsilosis, cette
dernière espèce présenterait une plus grande sensibilité
aux antifongiques, à l’exception du
uconazole [18].
4.1.2. Les cryptocoques
Le nombre de cas de cryptococcoses en France métropo-
litaine, ainsi que dans les DOM-TOM, reste stable depuis
1997, avec moins de 100 cas déclarés chaque année. Le
profil des patients s’est modifié, les sujets séropositifs pour
le VIH devenant moins nombreux que les patients immu-
nodéprimés pour d’autres étiologies (tumeurs solides, leu-
cémies, lymphomes, maladies de système, cirrhoses, …).
Chez les transplantés d’organe en particulier, les chiffres
augmentent et la prévalence varie entre 0,26 et 5 % selon
les séries. Le rôle majeur des corticoïdes et des nouveaux
anticorps monoclonaux anti-CD52 (alemtuzumab) utilisés
au cours des traitements anti-tumoraux ou anti-rejets est
à souligner. Par ailleurs, 10 à 40 % des cryptococcoses
C. lusitaniae 15 (0,7 %)
C. kefyr 10 (0,5 %)
C. pelliculosa 9 (0,4 %)
C. famata 7 (0,3 %)
C. dubliniensis 6 (0,3 %)
C. lipolytica 6 (0,3 %)
C. norvegensis 5 (0,2 %)
C. inconspicua 4 (0.1 %)
C. utilis 2 (0,1 %)
C. sake 2 (0,1 %)
Candida sp. (non identifiée) 9 (0,6 %)
Association d’espèces 54 (2,4 %)
surviendraient chez des patients ne présentant pas de
cause évidente d’immunodépression.
Le genre Cryptococcus est apparenté aux Basidiomycètes,
l’espèce la plus pathogène est Cryptococcus neoformans,
qui existe sous 3 variétés principales : C neoformans var.
grubii (sérotype A), C. neoformans var. neoformans (séro-
type D) et C. neoformans var. gattii (sérotypes B et C).
Chaque variété diffère sur le plan génétique et épidémio-
logique, avec des hôtes et des manifestations cliniques
différentes. La variété neoformans, qui est isolée surtout en
Europe, est retrouvée dans le sol et les déjections d’oiseaux
(fientes de pigeons). La variété grubii, cosmopolite, est la
plus fréquemment isolée chez les patients atteints du sida.
Ellle est retrouvée dans les déjections d’oiseaux, mais aussi
sur les troncs d’arbres. Enfin, la variété gattii n’existe que
dans les régions tropicales et subtropicales, et son bio-
tope naturel est représenté par les arbres (eucalyptus et
amandiers). Cette dernière variété est plus souvent retrou-
vée chez les patients immunocompétents, et les lésions
évoluent habituellement sur un mode chronique (lésions
granulomateuses pulmonaires et cérébrales) [26].
Les autres espèces du genre Cryptococcus sont beau-
coup plus rarement incriminées en pathologie humaine, et
sont responsables de lésions habituellement superficielles
(Cryptococcus albidus, Cryptococcus laurentii, Cryptococ-
cus uniguttulatus).
4.1.3. Autres levures d’intérêt médical (tableau II)
r Le genre Malassezia regroupe des levures lipophiles,
qui vivent habituellement en commensales sur le revête-
ment cutané. Dans certaines circonstances, elles peuvent
exprimer un pouvoir pathogène [27]. Ces levures sont
d’aspect globuleux, ellipsoïdal ou cylindrique. Malassezia
furfur est l’agent principal du pityriasis versicolor, mais
d’autres espèces peuvent également être incriminées

76 // REVUE FRANCOPHONE DES LABORATOIRES - NOVEMBRE 2009 - N°416


(M. sympodialis, M. globasa, M. restricta, M. pachyder-
matis). Les Malassezia peuvent être retrouvés au cours
d’autres affections dermatologiques (pityriasis capitis,
folliculites du tronc, dermites séborrhéiques, …) sans
que l’on puisse toujours affirmer leur responsabilité. Des
fongémies à Malassezia, souvent associées à la présence
d’un cathéter central, sont fréquemment observées chez
des enfants prématurés recevant une alimentation paren-
térale, plus rarement chez des adultes immunodéprimés.
Des infections pulmonaires ou neuro-méningées ont
également été rapportées [28].
r Le genre Rhodotorula comprend 8 espèces, dont 3 peu-
vent être isolées chez l’homme : R. glutinis, R. minuta
et R. mucilaginosa (ex R. rubra). Elles sont facilement
reconnaissables grâce à la présence d’un pigment rose à
rouge en primo-culture sur milieu de Sabouraud. Ce sont
des levures habituellement commensales de la peau ou
des muqueuses, leur pouvoir pathogène (endocardites,
méningites, péritonites, infections oculaires, …) s’exerce
essentiellement chez l’immunodéprimé: patient séropositif
pour le VIH, insuffisants rénaux, cancers, …) [29].
r Le genre Saccharomyces comprend des levures qui sont
largement utilisées au cours des réactions de fermentation
dans l’industrie agro-alimentaire (pain, vin, bière...). Saccha-
romyces cerevisiae est le représentant du groupe le mieux
connu ; dans le milieu extérieur, on retrouve cette levure
dans les fruits et les légumes. Saccharomyces boulardii, très
proche de S. cerevisiae et utilisé comme reconstituant de
la
ore intestinale (sachets d’Ultralevure®) afin de prévenir
les risques de diarrhées sous antibiotiques, a été à l’origine
de quelques épisodes de septicémies. Outre la voie orale,
la contamination peut se faire par manuportage (souillure
des sites d’insertion des cathéters). Les infections à Sac-
charomyces restent néanmoins rares, affectant surtout les
prématurés ou les patients très affaiblis [30].
r Le genre Trichosporon regroupe des levures vivant en
commensales sur le revêtement cutané, qui se caractéri-
sent par un mycélium et un pseudo-mycélium abondant, et
produisent à la fois des arthrospores et des blastospores.
Trichosporon asahii, espèce la plus isolée en pathologie
humaine, est responsable de septicémies ou d’infections
profondes (endocardite après remplacement valvulaire,
pneumopathie d’hypersensibilité, …), notamment chez les
patients d’onco-hématologie [31]. Trichosporon inkin et
T. ovoïdes (ex T. beigelii) sont les agents de la piedra blanche,
caractérisée par la formation de petits nodules blanchâtres
au niveau des poils, siégeant respectivement au niveau du
pubis et de la tête (moustache, barbe et cuir chevelu). Tri-
chosporon asteroïdes et T. cutaneum ont été impliqués dans
des lésions d’onyxis, d’intertrigos ou d’otomycoses.
r Le genre Geotrichum regroupe des champignons fila-
menteux arthrosporés, dont l’aspect en culture ressemble
à celui des levures. D’origine alimentaire (produits laitiers),
G. candidum est un commensal habituel du tube digestif.
En cas de colonisation importante, il peut être à l’origine
d’atteintes digestives (colopathies), respiratoires (bronchi-
tes et pneumopathies) ou de rares atteintes disséminées.
Geotrichum capitatum, proche des Trichosporon, peut être
responsable de formes profondes (méningites, pneumo-
pathies, ostéomyélites, …) ou disséminées (septicémies)
chez des patients fortement immunodéprimés [32].
MYCOLOGIE
4.2. Champignons filamenteux
4.2.1. Les principaux Zygomycètes (mucorales)
L’incidence des Zygomycoses augmente de façon régu-
lière depuis une dizaine d’années, en particulier chez les
patients ayant reçu une allogreffe de CSH. En effet, l’in-
cidence est passée de 1,7/1 000 en 2001 à 6,2/1 000 en
2004, situant désormais les zygomycoses au quatrième
rang des infections fongiques après les candidoses, les
aspergilloses et les cryptococcoses. Dans une revue qui
fait état de plusieurs études multicentriques européennes
et américaines portant sur 572 mycoses invasives, les
mucormycoses représentaient une incidence annuelle
cumulée de 3,8/1 000 [33]. Les facteurs de risque sont
connus (insuffisance rénale, hémopathies, diabète) [34],
mais l’administration antérieure de voriconazole mérite
d’être soulignée [35, 36]. La porte d’entrée du champi-
gnon est surtout respiratoire (ce qui explique les locali-
sations préférentielles naso-sinusiennes ou respiratoires
basses), et à un moindre degré digestive ou cutanée.
Une zygomycose peut dans certains cas se développer
chez un patient sans déficit immunitaire patent. La porte
d’entrée est alors le plus souvent cutanée, et l’infection
survient après une plaie traumatique ou chirurgicale, une
brûlure ou une injection intraveineuse ou sous-cutanée.
En milieu hospitalier, des cas d’infection cutanée à partir
de pansements adhésifs ou d’abaisse-langues souillés
ont été rapportés.
Les principales espèces incriminées sont Rhizopus oryzae,
R. rhizopodiformis, R. microsporus, Absidia corymbifera
(figure 1B) et Rhizomucor pusillus (tableau II). Les Mucor
(M. racemosus, M. circinereus) sont en revanche moins
fréquemment impliqués. Récemment, le genre Absidia a
été révisé [37].
4.2.2. Autres Zygomycètes émergents (tableau IV)
r Apophysomyces elegans est un redoutable opportu-
niste. Il colonise les plaies (traumatismes ou brûlures) et
participe à la dégradation des tissus, générant ainsi de
grands délabrements cutanés et occasionnant parfois des
lésions profondes d’ostéomyélite.
r Cunninghamella bertholletiae est à l’origine de zygomy-
coses disséminées chez des patients fortement immuno-
déprimés (atteints de leucémie aiguë) [38]. Comme pour les
autres Zygomycètes, le rôle favorisant de la déféroxamine,
Tableau IV – Zygomycètes émergents.
Absidia : A. coerulea
Apophysomyces : A. elegans
Chlamydoabsidia : C. padenii
Cokeromyces : C. recurvatus
Cunninghamella : C. bertholletiae
Mucor : M. luteus, M. hiemalis, M. ramosissimus,
M. indicus
Rhizopus : R. microsporus var. rhizopodiformis,
R. microsporus var. microsporus, R. oryzae,
R. stolonifer
Saksenaea : S. vasiformis
Syncephalastrum : S. racemosum
REVUE FRANCOPHONE DES LABORATOIRES - NOVEMBRE 2009 - N°416 // 77
 Tableau V – Classification trouve notamment les patients allogreffés. La neutropénie
du genre Aspergillus, d’après [43]. profonde (PNN < 0,5 giga/L) et la corticothérapie prolon-
gée à fortes doses représentent les principaux facteurs
Sous-genre Section Forme sexuée
favorisants. Les anti-TNF-alpha (adalimumab, inâiximab et
Aspergillus Aspergillus Eurotium étanercep), nouveaux médicaments immunosuppresseurs
Restricti Eurotium utilisés dans le traitement des maladies inâammatoires
Fumigati Fumigati Neosartorya chroniques, sont également associés à un risque accru
Cervini
de développer une AI.
Circumdati Circumdati Neopetromyces
Aspergillus fumigatus est l’espèce la plus souvent isolée,
Nigri
Flavi Petromyces suivie par A. flavus. L’incidence d’A. terreus, qui est sou-
Cremei Chaeosartorya vent résistante à l’amphotéricine B, semble en augmen-
Terrei Terrei tation [40]. A. nidulans, A. niger et A. versicolor sont plus
Flavipedes Fennelia rarement impliqués au cours des AI. De nouvelles espèces
Nidulantes Nidulantes Emericella ont cependant été rapportées : A. ustus [41], A. lentulus [42]
Usti Emericella
Sparsi A. niveus et A. alabamensis [13].
Raperi Récemment, le genre Aspergillus a été entièrement revisité
Silvati` grâce aux données de la biologie moléculaire (séquençage
Ochrasorosei
Bispori des gènes codant pour l’actine, la calmoduline, la béta-
Ornati Ornati tubuline, …) exploitées dans des logiciels de phylogénie.
Warcupi Warcupi Scerocleista Entre le genre et l’espèce ont été créés des sous-genres
Zonati Penicilliopsis et des complexes d’espèces (ou sections) (tableau V) [43].
Candidi Candidi Une nouvelle espèce appartenant à la section Flavii,
Les sections où se trouvent les espèces impliquées en pathologie Petromyces alliaceus, a ainsi été récemment décrite. De
humaine sont soulignées. même, certains isolats, identifiés au préalable comme des
A. ustus, seraient en fait confondus avec A. calidoustus,
un agent chélateur du fer utilisé au cours des hémosidé- nouvelle espèce émergente résistante aux triazolés et aux
roses, est souvent avancé. échinocandines. On perçoit donc l’intérêt d’identifier pré-
r Saksenaea vasiformis est une espèce de connaissance cisément les espèces pour une meilleure prise en charge
récente impliquée en pathologie humaine. Issue du sol, thérapeutique des patients.
elle est associée le plus souvent à des accidents de la
voie publique. Elle est à l’origine de lésions cutanées 4.2.4. Les Fusarium
extensives et vasculaires. Le genre Fusarium comprend une quarantaine d’espèces
r Syncephalastrum racemosum, issu lui aussi du sol, cosmopolites, parmi lesquelles F. solani, F. verticillioides et
génère des atteintes cutanées et pulmonaires à l’origine F. oxysporum sont le plus souvent impliquées en patho-
de boules fongiques intra-bronchiques. Ainsi, entre sep- logie humaine. La plupart des observations de fusarioses
tembre 2005 et janvier 2006, 8 patients sans facteur d’im- ont été décrites aux États-Unis, au Brésil ou en Europe
munodépression connu, victimes des ouragans Katrina (France, Italie) [44]. Chez les patients immunocompétents,
et Rita à La Nouvelle-Orléans, ont présenté des atteintes les Fusarium sont principalement à l’origine de kératites et
broncho-pulmonaires à S. racemosum [39]. d’endophtalmies (post-traumatiques), d’onyxis des mains
r Chlamydoabsidia padenii a été isolé d’une kératite post- ou des pieds (souvent associé à un périonyxis) et plus
traumatique. rarement sous nos climats, de mycétomes. Les Fusarium
r Cokeromyces recurvatus, issu du sol, notamment de peuvent également déterminer des endocardites, des péri-
déjections de lapins, peut être à l’origine de cystites tonites, des arthrites ou des abcès cérébraux. Ils colonisent
hémorragiques ou de diarrhées sévères chez l’immuno- aussi volontiers les brûlures étendues (dépassant 50 %
déprimé. de la surface corporelle). Les fusarioses sont en exten-
sion chez les patients cancéreux. En effet, les Fusarium
4.2.3. Les Aspergillus arrivent en deuxième position des pathogènes fongiques
Les Aspergillus sont les champignons filamenteux oppor- inhabituels, après les Trichosporon. D’autres espèces plus
tunistes les plus fréquemment impliqués en pathologie rares de Fusarium sont isolées de lésions profondes, chez
humaine. Leur développement chez l’hôte nécessite l’exis- les patients neutropéniques : ce sont F. chlamydosporum,
tence de conditions locales favorables à leur implantation F. napiforme, F. proliferatum, F. dimerum et F. (Gibberella)
(sinusite, caverne tuberculeuse, cancer broncho-pulmonai- moniliforme. De nouvelles espèces sont également citées
re, broncho-pneumopathie chronique obstructive, emphy- de façon plus anecdotique : F. incarnatum, F. lichenicola
sème, dilatation des bronches, …). Ainsi, ils colonisent et F. semitectum [44].
fréquemment les voies respiratoires des patients atteints Comme pour les Aspergillus, le facteur de risque majeur
de mucoviscidose [7]. La forme clinique la plus redoutée est la neutropénie profonde et prolongée (durée moyenne
est l’aspergillose pulmonaire invasive (AI), d’évolution de 45 jours), ainsi que la corticothérapie. Les signes radio-
très rapide et malheureusement souvent fatale. Elle est logiques, en particulier les images tomodensitométriques
la hantise des services d’onco-hématologie. L’incidence (signe du halo), ne sont pas spécifiques. Les Fusarium,
de l’AI augmente en effet parallèlement au nombre de à l’inverse des Aspergillus, ont cependant une meilleu-
patients fortement immunodéprimés, dans lesquels on re diffusion sanguine, d’où la positivité fréquente des

78 // REVUE FRANCOPHONE DES LABORATOIRES - NOVEMBRE 2009 - N°416

 MYCOLOGIE

hémocultures au cours des formes disséminées. Les sep-

Tableau VI – Les autres champignons émergents
ticémies à Fusarium sont par ailleurs fréquemment asso-
agents de hyalohyphomycoses.
ciées à des lésions cutanées, se présentant sous forme de
Acremonium : A. alabamensis, A. falciforme, A. kiliense,
papules au centre nécrotique. La mauvaise sensibilité des A. potronii, A. recifei, A. roseogriseum,
Fusarium aux antifongiques fait redouter les fusarioses en A. strictum
onco-hématologie. Le voriconazole et l’amphotéricine B Aphanoascus : A. fulvescens*
Arthrobotrys : A. oligospora
sont les molécules à préconiser.
Arthrographis : A. kalrae
Arnium : A. leporinium*
4.2.5. Les Scedosporium Aspergillus : A. amstelodami, A. candidus, A. carneus,
Le genre Scedosporium arrive en troisième position après les A. clavatus, A. conicus, A. deflectus,
A. flavipes, A. niveus, A. ochraceus, A. oryzae,
Aspergillus et les Fusarium, dans les atteintes à champignons A. parasiticus, A. repens, A. restrictus,
filamenteux chez l’homme. Deux espèces sont considérées A. ruber, A. sydowii, A. ustus
comme de redoutables pathogènes émergents. Beauveria : B. alba, B. bassiana
Chrysosporium : C. tropicum
r Scedosporium apiospermum (figure 1C) est un cham- Cylindrocarpon : C. lichenicola, C. tonkinense, C. vaginae
pignon habituellement retrouvé dans les sols et les eaux Dipodascus : D. capitatus*
pollués (litières animales, boues de stations d’épura- Engyodontium : E. album
Fusarium : F. chlamydosporum, F. dimerum, F. monilifor-
tion, …). Chez l’immunocompétent, un certain nombre de me, F. nivale, F. napiforme, F. pallidoroseum,
scédosporioses ont été observées, survenant la plupart F. simiectum, F. proliferatum, F. roseum
du temps dans un contexte particulier. S. apiospermum a Leptosphaeria : L. coniothyrium*
Microascus : M. cinereus, M. cirrosus
ainsi été associé à d’authentiques infections disséminées Myceliophthora : M. thermophila
survenant après accident de noyade en eau stagnante Myriodontium : M. keratinophilum
(pneumopathies associées à des abcès cérébraux) [45]. Nodulisporium : Nodulisporium sp.
Neocosmopora : N. vasinfecta*
Kératites, ostéo-arthrites et mycétomes à grains blancs Neosartorya : N. fischeri*
se voient suite à une inoculation traumatique, tandis qu’au Onychocola : O. canadensis
cours de la mucoviscidose, de rares formes allergiques Paecilomyces : P. fumoso-roseus, P. javanicus, P. lilacinus,
P. marquandii, P. variotii, P. viridis
de type ABPA ont été décrites. Ce champignon colonise Penicillium : P. casei, P. chrysogenum, P. citrinum,
en effet fréquemment les bronches des patients atteints P. commune, P. crustaceum, P. expansum,
de mucoviscidose, le plus souvent en association avec P. glaucum, P. marneffei, P. spinulosum,
P. decumbens
A. fumigatus [7]. La grande majorité des infections dissé- Phialemonium : P. obovatum
minées à S. apiospermum s’observe cependant chez le Pseudoallescheria : P. boydii*
patient immunodéprimé, notamment chez les transplantés Scopulariopsis : S. acremonium
Sporothrix : S. schenckii, S. cyanescens
d’organe. Le tableau pulmonaire initial est difficilement Thermomyces : T. lanuginosus
différenciable, cliniquement ou radiologiquement, de l’as- Trichoderma : T. viride, T. koningii, T. pseudokoningii
pergillose invasive. Les métastases cérébrales (37 % dans Tubercularia : T. oryzae
Tilletiopsis : T. minor
certaines séries) ou cutanées (25 %) sont assez fréquentes, Tritirachium : T. vulgaeris
tandis qu’il est possible d’observer un choc infectieux. Les Volutella : V. cinerecens
hémocultures sont par ailleurs fréquemment positives. *Ascomycètes vrais (formes sexuées mises en évidence en culture).
Le taux de mortalité dépasse les 50 % et l’infection est
constamment mortelle en l’absence de traitement [46].
r Scedosporium prolificans (ex S. inflatum) est une espèce nellement impliqués en pathologie humaine. On a décrit
moins fréquemment rencontrée, mais dont le spectre cli- cependant des kératites à P. citrinum et P. expansum,
nique est très proche de celui de S. apiospermum. Elle ainsi que des atteintes profondes chez des patients immu-
présente une sensibilité moindre aux antifongiques et nodéprimés (localisation pulmonaires à P. crustaceum,
semble associée à une mortalité plus importante. P. spinulosum, P. betai et P. janthinellum, endocardites
Le traitement des scédosporioses est difficile et le vori- à P. chrysogenum et P. decumbens). Une colonisation
conazole est souvent proposé en première intention. Les chronique des voies aériennes par P. emersonii chez un
travaux récents de phylogénie moléculaire ont permis enfant atteint de mucoviscidose a été par ailleurs rappor-
d’identifier deux nouvelles espèces au sein du complexe tée, sans toutefois mettre en évidence une association
Scedosporum apiospermum/Pseudallescheria boydii, avec un retentissement clinique [48].
S. aurantiacum et S. dehoogii [47]. r Les années 80 ont vu l’émergence des Paecilomyces,
moisissures telluriques parfois parasites d’insectes. On
4.2.6. Les autres Hyalohyphomycètes (tableau VI) décrit surtout des kératites et des endophtalmies post-trau-
D’autres moisissures que les Aspergillus, Fusarium et matiques (ou liées au port de lentilles de contact), ainsi que
Scedosporium peuvent être impliquées dans des lésions des sinusites, endocardites, péritonites, abcès cérébraux
humaines. Elles sont regroupées dans les Hyalohypho- et pneumopathies chez des patients immunodéprimés [44].
mycètes et l’on parle alors de hyalohyphomycoses [44]. Le point de départ des infections profondes est souvent
Au cours de ces infections, le champignon est en effet un onyxis méconnu ou l’implantation de matériel étranger
rencontré à l’état parasitaire dans les tissus sous forme souillé (remplacement de valves cardiaques). P. lilacinus
de filaments clairs (hyalins) et cloisonnés (septés). (figure 1D) et P. variotii sont les espèces les plus souvent
r En dehors de Penicillium marneffei (cf. champignons impliquées, mais on peut également citer P. javanicus et
dimorphiques), les Penicillium ne sont qu’exception- P. viridis. La résistance des spores de Paecilomyces à de

REVUE FRANCOPHONE DES LABORATOIRES - NOVEMBRE 2009 - N°416 // 79

 nombreux procédés de stérilisation expliquerait en partie
la responsabilité de ce champignon dans des infections
nosocomiales.
r La plupart des Acremonium isolés au laboratoire sont
considérés comme des contaminants des cultures, mais
ils peuvent parfois être responsables d’onyxis, de kératites
ou de mycétomes à grains blanc (A. kiliense, A. falciforme)
[49]. Certaines espèces ont par ailleurs un comportement
opportuniste assez marqué. Ainsi, A. strictum est à l’ori-
gine de pneumopathies et de septicémies, A. alabamen-
sis d’abcès cérébraux, et A. roseogriseum d’arthrites du
genou [44].
r Les espèces du genre Beauveria sont surtout connues
comme étant des parasites d’insectes (B. bassiana,
B. alba…). Elles ne sont que très exceptionnellement incri-
minées en pathologie humaine (kératites, endocardites et
pneumopathies) [44].
r Les Chrysosporium sont, comme les dermatophytes,
des espèces kératinophiles (et souvent kératinolytiques)
issues du sol. Elles peuvent coloniser le revêtement cutané
de l’homme, comme le pelage de nombreux animaux. Leur
pathogénicité reste cependant limitée : onyxis, intertrigos
des espaces interdigitaux et atteintes de la peau glabre
simulant de véritables dermatophyties [14]. Plus rarement,
certains Chrysosporium ont été incriminés dans des attein-
tes profondes (sinusites, endocardites, ostéomyélites) chez
l’immunodéprimé [44]. Récemment, C. tropicum a été isolé
d’un abcès pulmonaire chez un patient ayant bénéficié
d’une chirurgie aortique [50].
r Les Scopulariopsis sont des moisissures telluriques
cosmopolites. S. brevicaulis est un agent classique
d’onychomycose [49]. Cependant, des kératites post-trau-
matiques ainsi que des atteintes viscérales (endocardites,
péritonites) ont été rapportées chez des patients immu-
nodéprimés [44].
r Scytalidium hyalinum est un saprophyte du sol des
régions tropicales (Antilles et Afrique le plus souvent). Cette
espèce, qui pour certains auteurs est un mutant apigmenté
de S. dimidiatum, est à l’origine d’atteintes hyperkératosi-
ques palmo-plantaires, associées souvent à des onyxis et
simulant une dermatophytie. Aucune atteinte profonde ne
semble avoir été rapportée [51].
r Saprophytes du sol, les Trichoderma (T. harzianum,
T. koningii, T. pseudokoningii, T. viride et T. atroviride) peu-
vent être responsables d’otites, de pneumopathies ou de
« truffes fongiques » pulmonaires, de péritonites chez des
patients dialysés péritonéaux, ou d’abcès cérébraux chez
l’immunodéprimé [52].
r Onychocola canadensis est un nouvel agent d’onycho-
mycose dont on ne connaît pas encore le biotope naturel.
Cette espèce est à l’origine de lésions mimant celles causées
par des dermatophytes, d’où l’appellation de « pseudo-der-
matophyte ». O. canadensis, isolée pour la première fois au
Canada en 1990, est à l’origine de d’onychopathies des pieds
survenant le plus souvent chez des femmes âgées souffrant
de troubles circulatoires des membres inférieurs [49].
4.2.7. Hyalohyphomycètes rares (tableau VI)
La liste des « nouveaux » Hyalohyphomycètes s’allongeant
chaque jour, les espèces citées ne sont que des exemples
parmi d’autres [1].
80 // REVUE FRANCOPHONE DES LABORATOIRES - NOVEMBRE 2009 - N°416
r Acrophialophora fusispora, champignon thermotolérant issu
du sol, a été isolé de kératites et de pneumopathies chez des
patients immunocompétents, ainsi que d’un abcès cérébral
chez un enfant atteint de leucémie aiguë. Il est également à
l’origine d’une colonisation chronique des voies aériennes
chez les patients atteints de mucoviscidose [53].
r Arthrobothrys oligospora, saprophyte du sol, est respon-
sable de kératites post-traumatiques.
r Engyodontium album a été isolé d’une lésion d’endo-
cardite.
r Myceliophthora thermophila a été à l’origine d’une atteinte
viscérale multiple mortelle chez une enfant de 7 ans atteinte
de leucémie myéloblastique aiguë.
r Microascus cirrosus a été isolé d’une lésion d’un genou,
probablement suite à un traumatisme ancien, chez un enfant
de 12 ans ayant reçu une greffe de moelle osseuse. M. cine-
reus, espèce proche, a été impliquée dans des sinusites
maxillaires.
r Neocosmospora vasinfecta, stade sexué d’un Acremo-
nium, a été isolé d’une lésion sous-cutanée de la jambe
d’un patient transplanté rénal.
r Nodulisporium sp. est un agent de sinusite chronique et
d’abcès cérébral.
r Thermomyces lanuginosus a été impliqué dans une endo-
cardite suite à une chirurgie de prothèse.
r Tilletiopsis minor, qui ressemble à un Fusarium, a été
récemment incriminé dans la survenue d’une kératite dans les
suites d’une intervention au laser pour correction de myopie,
chez un patient diabétique non insulinodépendant [54].
4.3. Les Phaeohyphomycètes (Ex Dématiés)
(tableaux II et VII)
Ce sont pour la plupart des champignons issus du sol,
saprophytes de végétaux en décomposition ou parasites
de plantes. On compte environ 60 genres et plus d’une
centaine d’espèces, qui appartiennent aux Deuteromy-
cètes, aux Ascomycètes ou aux Coelomycètes [3]. La
caractéristique commune de ce groupe est de produire
un pigment, la mélanine, qui confère aux champignons
une certaine résistance à la phagocytose [55]. Plusieurs
espèces sont bien adaptées au parasitisme et présentent
in vivo une morphologie parasitaire particulière, comme
les cellules fumagoïdes observées avec les agents de
chromomycose ou les grains noirs rencontrés au cours
des mycétomes fongiques. La plupart des Phaeohyphomy-
cètes se présentent cependant dans les tissus sous forme
de filaments mycéliens à paroi plus ou moins pigmentée,
parfois associés à des éléments lévuriformes. Le terme de
phaeohyphomycoses avait ainsi été proposé par Ajello pour
désigner les mycoses superficielles ou profondes causées
par ces champignons « noirs » appartenant le plus souvent
au groupe des Dématiés [3].
Beaucoup de Phaeohyphomycètes sont cosmopolites, mais
certains se rencontrent plus spécifiquement en climat chaud
et humide, avec des variations régionales. Ainsi, en Europe
prédominent les alternarioses, au Sud-Ouest des États-Unis,
on trouve surtout des phaehyphomycoses à Bipolaris sp.,
Cladosporium sp., Exophiala sp., Exserohilum sp., et Ochro-
conis gallopavum, au Japon c’est Exophiala dermatitidis qui
prédomine et au Moyen-Orient, on trouve avec une certaine
fréquence Ramichloridium obovoideum.
 MYCOLOGIE

Le spectre clinique des phaeohyphomycoses est large.

Tableau VII – Autres champignons émergents
Les formes superficielles (onychomycoses, kératites, sinu-
agents de phaeohyphomycoses.
sites allergiques) se rencontrent surtout chez les patients
immunocompétents, tandis que les lésions profondes se Acrophialophora : A. fusispora
voient chez l’immunodéprimé : nodules sous-cutanés ou Alternaria : A. chartarum, A. chlamydosporum, A. dianthicola,
A. infectoria, A. stemphyloides
kystes phaeohyphomycosiques, pneumopathies, atteintes
Anthopsis : A. deltoidea
cérébrales [56]. Arachnomyces : A. nodosetus
Arnium : A. leporinum
4.3.1. Les Alternaria Arthrinium : A. phaeospernum
Aureobasidium : A. pullulans
Les Alternaria sont des saprophytes ou des parasites de Bipolaris : B. autraliensis, B. hawaiiensis, B. spicifera
plantes très répandus. En Europe, les phaeohyphomycoses Botryomyces : B. caespitosus
à Alternaria (A. alternata, A. tenuissima, A. infectoria, …) sont Chaetomium : C. artrobruneum, C. funicolum , C. globosum*,
C. perpulchrum*, C. strumarium*, C. perlucidum
les plus fréquentes. Les atteintes cutanées (lésions verru- Chaetophora : C. dermo-unguius
queuses), sous-cutanées (plaques, nodules) et les kératites Cladorrhinum : C. bulbillosum
post-traumatiques sont les plus nombreuses ; on compte Cladosporium : C. cladosporioides, C. devriesii, C. elatum, C. oxysporum, C.
sphaerospermum
en effet plus de 150 observations bien documentées [3, 56]. Collectotrichum : C. dematium
Les atteintes profondes sont plus rares, on décrit cependant Coniothyrium : C. fuckelii**
des atteintes sinusiennes avec lyse osseuse et des formes Curvularia : C. brachyspora, C. clavata, C. geniculata, C. lunata,
C. pallescens, C. senegalensis
pulmonaires et péritonéales, rencontrées chez l’immunodé-
Cyphellophora : C. pluriseptata
primé (transplantation d’organes, insuffisance surrénalienne, Dichotomophthora : D. portulacae
corticothérapie, maladie de Cushing, …). Dichotomophthoropis : D. nymphaearum
Dicyma : D. ampullifera
Dissitimurus : D. exedrus
4.3.2. Aureobasidium pullulans Dreschslera : D. biseptata
Ce saprophyte du sol, parfois parasite de végétaux, est Exophiala : E. moniliae, E. pisciphila, E. salmonis,
capable de coloniser des substrats divers comme les E. spinifera
Exserohilum : E. longirostratum, E. meginnisii, E. rostratum
cartons d’emballage. Il peut se retrouver sur la peau et Fonsecaea : F. pedrosoi
les phanères de l’homme sans entraîner de lésions, mais Geniculosporium : Geniculosporium sp.
également causer des atteintes cutanées ou sous-cutanées Hormonema : H. dematioides
Lasiodiplodia : L. theobromae
(lésions verruqueuses), voire des kératites ou des atteintes Lecythophora : L. hoffmannii, L. mutabilis
profondes chez l’immunodéprimé [3]. Microascus : M. cinereus, M. cirrosus
Monilliella : M. suaveolens
4.3.3. Les Bipolaris Myceliophthora : M. thermophila
Mycocentrospora : M. acerina
Trois espèces, habituellement parasites de Graminées, Mycoleptodiscus : M. indicus
sont occasionnellement pathogènes pour l’homme : Nattrassia : N. mangiferae**
B. spicifera (ex Dreschlera spicifera), espèce la plus courante Nigrospora : N. sphaerica
Nodulisporium : Nodulisporium sp.
en France, B. australiensis et B. hawaiiensis. Des formes Ochroconis : O. galloparva, O. tshwytschae, O. humicola
cutanées pures, post-traumatiques, ont été décrites chez Oidiodendron : O. cerealis
des patients sous corticothérapie; les infections profon- Peyronellaea : P. glomerata
Phaeoacremonium : P. parasiticum, P. rubrigenum, P. inflatipes
des (sinusites, péritonites, méningo-encéphalites) et les Phaeoannellomyces : P. elegans, P. werneckii
formes disséminées sont presque toutes retrouvées chez Phaeosclera : P. dematioides
des patients fortement immunodéprimés [3]. Phaeotheca : Phaeotheca sp.
Phaeotrichoconis : P. crotalariae
Phialemonium : P. obovatum
4.3.4. Les Cladosporium et Cladophialophora Phialophora : P. bubakii, P. parasitica, P. repens, P. verrucosa,
Cladophialophora carrionii (ex Cladosporium carrionii) est un P. richardsiae, P. europeae
Phoma** : P. cava, P. cruris-hominis**, P. eupyrena**, P. herbarium**,
des principaux agents des chromomycoses tropicales. Son
P. hibernica**, P. minutella**, P. oculo-hominis**
caractère opportuniste est cependant limité [56]. A l’inverse, Phyllosticta** : P. citricarpa**
Cladophialophora bantiana (ex Cladosporium bantianum) Phyllostictina : Phyllostictina sp.**
s’avère un redoutable pathogène des régions tropicales. Il Pleurophoma : P. pleurospora**
Pleurophomopsis : P. lignicola**
possède en effet un neurotropisme marqué et détermine des Pseudomicrodochium : P. suttonii
abcès cérébraux et des méningo-encéphalites disséminées Pyrenochaeta* : P. unguis-hominis**
au pronostic sombre. D’autres espèces de Cladosporium Rhinocladiella : R. schulzeri, R. aquaspora
Sarcinomyces : S. phaeomuriformis
(C. herbarum, C. oxysporeum, C. sphaerospermum et C. Scopulariopsis : S. brumpti
cladosporioides) sont occasionnellement responsables Taeniolella : T. boppii, T. stillbospora
d’atteintes superficielles ou profondes [3]. Tetraploa : T. aristata
Thermomyces : T. lanuginosa
Trichomaris : T. invadens
4.3.5. Le genre Curvularia Ulocladium : U. chaerarum
Parmi les 35 espèces que compte ce genre présent essen- Veronaea : V. bothryosa
Wallemia : W. sebei
tiellement en zone tropicale, 8 (dont C. lunata, C. pallescens
Xylohypha : X. emmonsii
et C. geniculata) ont été impliquées dans des infections
humaines (sinusites, kératites, endocardites, pneumopa- * Ces espèces sont classées parmi les Ascomycètes.
thies, péritonites et atteintes cérébrales) [1]. ** Ces espèces sont classées parmi les Coelomycètes.

REVUE FRANCOPHONE DES LABORATOIRES - NOVEMBRE 2009 - N°416 // 81

 4.3.6. Le genre Exophiala
Le genre Exophiala est le plus souvent représenté en France par
l’espèce E. jeanselmei dont le spectre clinique a considérable-
ment évolué depuis 1928, date à laquelle Jeanselme l’a isolée
pour la première fois en Martinique, à partir d’un mycétome.
En 1967, Mariat et coll. l’isolèrent d’un abcès sous-cutané
bien circonscrit contenant un liquide purulent [1]. À l’époque,
les auteurs utilisèrent le terme de « phaéosporotrichose » (par
analogie à la sporotrichose) pour définir cette nouvelle entité
clinique, qui sera rebaptisée plus tard par Ajello « kyste phaéo-
hyphomycotique ». Depuis, le nombre d’observations n’a
cessé de croître dans la littérature. Les formes cutanées et
sous-cutanées, post-traumatiques, sont les plus fréquentes
et surviennent le plus souvent dans un contexte d’immuno-
dépression (corticothérapies). Des localisations profondes
sont également rapportées, avec des localisations articulaires,
endocardiques, œsophagiennes et pulmonaires.
Exophiala dermatitidis (ex Wangiella dermatitidis) (figure 1E)
est cosmopolite ; issu du sol des régions tempérées humides
ou tropicales, il est également isolé des eaux chaudes (sau-
nas et bains turcs). Ce dématié émergent, autrefois agent
classique de chromomycose, est de plus en plus souvent
incriminé dans des atteintes superficielles (post-traumatiques)
ou profondes (cérébrales, cardiaques et pulmonaires). En
Europe, ces dernières atteintes sont rares, les formes cliniques
observées sont surtout des colonisations chroniques des voies
aériennes chez des patients atteints de mucoviscidose ou
présentant des dilatations des bronches. Les pneumopathies à
E. dermatitidis sont rares dans la mucoviscidose ; cependant,
la surveillance systématique de la colonisation bronchique
avec l’utilisation de milieux semi-sélectifs (Erythritol Chloram-
phenicol Agar) et une incubation prolongée de 4 semaines
sont proposées pour augmenter les chances d’isoler ce
champignon au laboratoire [7].
D’autres espèces peuvent être impliquées : Exophiala
spinifera, agent classique de chromomycoses, est à l’origine
d’une vingtaine de cas de phaeohyphomycoses cutanées
ou systémiques, principalement chez des patients immu-
nodéprimés (transplantation d’organes). Des infections à
E. moniliae et E. pisciphila ont également été rapportées [1].
Des facteurs favorisants ne sont pas toujours retrouvés. Les
formes cutanées pures ont un pronostic favorable, à l’opposé
des atteintes profondes ou systémiques.
4.3.7. Les Exserohilum
E. rostratum et E. longirostratum ont été isolés essentiel-
lement de lésions cutanées ou sous-cutanées, parfois
dans des atteintes profondes (pulmonaires, cardiaques
ou cérébrales) [1, 57].
4.3.8. Les Phialemonium
Ce genre regroupe des espèces morphologiquement pro-
ches des Acremonium et des Phialophora. P. obovatum
a été retrouvé sur des lésions de brûlures avec diffusion
systémique, d’autres espèces ont été associées à des
infections endovasculaires ayant pour point de départ un
cathéter d’hémodialyse [58].
4.3.9. Les Phialophora
Les Phialophora sont des saprophytes habituellement isolés
du bois en décomposition. Huit espèces ont été réperto-
82 // REVUE FRANCOPHONE DES LABORATOIRES - NOVEMBRE 2009 - N°416
riées comme potentiellement pathogènes pour l’homme.
Certaines ont été isolées de lésions de chromomycose
(P. verrucosa), d’autres (P. bubaki, P. europeae, P. parasi-
tica et P. richardsiae) sont responsables de lésions sous-
cutanées, de kératites ou d’atteintes profondes [1].
4.3.10. Scytalidium dimidiatum
S. dimidiatum est un parasite de plantes et d’arbres fruitiers
absent des régions tempérées. Il est responsable d’attein-
tes superficielles simulant une dermatophytie (on le range
classiquement dans les « pseudo-dermatophytes ») et sié-
geant au niveau des pieds (espaces interdigitaux, ongles
et plantes), plus rarement au niveau des mains (hyperké-
ratose palmaire). Les patients vus en France sont pour
la plupart originaires des Antilles ou d’Afrique noire. Les
atteintes sous-cutanées et les formes invasives (sinusites,
endophtalmies, spondylodiscites) restent rares, dans un
contexte habituel d’immunodépression. Récemment, une
forme pseudo-tumorale localisée au niveau de l’avant-bras a
été rapportée chez une patiente transplantée rénale [51].
4.3.11. Les autres Phaeohyphomycètes émergents
(tableau VII)
De « nouvelles » espèces, pour lesquelles une à plusieurs
observations ont été documentées, sont régulièrement ajou-
tées à la liste des Phaeohyphomycètes émergents [1].
r Botryomyces caespitosus a été isolé de lésions cutanées
post-traumatiques.
r Les Chaetomium sont des saprophytes du sol très répan-
dus dans la nature, qui participent à la dégradation de la
cellulose. Ils sont fréquemment retrouvés comme « conta-
minants » des cultures de prélèvements cutanés. Certaines
espèces se comportent cependant comme des opportunis-
tes affirmés : C. globosum, C. cochlioïdes, C. perpulchrum
et C. funiculosum ont été impliquées dans des atteintes
sous-cutanées, unguéales, ou profondes. C. strumarium
et C. perlucidum sont des espèces neurotropiques avec
un réel pouvoir de dissémination.
r Colletotrichum crassipes a été à l’origine d’un kyste
phaeohyphomycotique post-traumatique.
r Cyphellophora pluriseptata est incriminé dans une lésion
de phaeohyphomycose sous-cutanée.
r Dactylaria gallopava (ou Ochroconis galloparvum) est un
dématié thermotolérant à l’origine de lésions sous-cutanées
et d’encéphalites mortelles [57].
r Dichotomophthoropsis nymphareum, espèce tellurique,
vient d’être reconnu comme agent de kératite fongique.
r Dreschlera biseptata est responsable de sinusites et de
lésions cérébrales.
r Lasiodiplodia theobromae, saprophyte du sol, est à
l’origine de kératites, d’abcès sous-cutanés et de lésions
pulmonaires. Une revue récente retrouvait dans la littérature
16 observations correctement documentées [59].
r Lecythophora mutabilis a été rendu responsable d’une
péritonite à la suite d’une dialyse péritonéale, et de deux
endocardites mortelles.
r Mycoleptodiscus indicus a été impliqué dans une bur-
site du genou chez un patient sous corticothérapie au
long cours.
r Phaeosclera dematioides a été isolé de lésions cutanées
simulant une chromomycose.

r Les Phoma (Coelomycètes), assimilés aux Dématiés,
regroupent de nombreux champignons issus du sol, sapro-
phytes ou pathogènes de plantes. De nombreuses espèces
(P. eupyrena, P. minutella, P. hibernica) sont impliquées
dans des abcès sous-cutanés ou des atteintes viscé-
rales, notamment pulmonaires. Une espèce voisine, du
genre Pleurophoma, a été récemment isolée d’un kyste
de l’avant-bras chez un greffé cardiaque.
r Pleurophomopsis lignicola a été décrit pour la première
fois dans un kyste sous-cutané chez un agriculteur traité par
corticothérapie au long cours. Depuis, d’autres observations
ont fait état d’atteintes localisées ou disséminées.
r Rhinocladiella artrovirens est à l’origine d’une atteinte
cérébrale chez un patient VIH-positif.
r Veronaea botryosa, saprophyte du sol, a été isolé à
plusieurs reprises dans des lésions sous-cutanées ver-
ruqueuses en France, en Libye, aux Philippines et en
Chine [56]
r Wallemia sebi, moisissure xérophile cosmopolite, a été
à l’origine de lésions sous-cutanées post-traumatiques
chez un patient immunocompétent [60].
La liste de ces champignons ne cesse de s’allonger, le
lecteur trouvera dans le tableau VII le complément des
espèces incriminées.
5. Autres champignons
(ou espèces assimilées)
d’intérêt médical
plus rarement rencontrés
5.1. Les Oomycètes
Ce sont des protistes autrefois assimilés au règne des
Fungi. Issus du milieu aquatique, ils sont parasites de
plantes (agents des mildious et des rouilles) ou d’animaux
(invertébrés et vertébrés). Peu d’espèces sont cependant
pathogènes chez les mammifères. Parmi elles, Pythium
insidiosum est l’agent des pythioses granulomateuses
des équidés et des bovidés. Chez l’homme, les rares
observations de pythioses à P. insidiosum proviennent
essentiellement de Thaïlande. Des atteintes cutanées,
sous-cutanées, vasculaires (gangrènes des extrémités
par thromboses artérielles), ainsi que des kératites post-
traumatiques (chez des patients sans facteur de risque
particulier) ont été décrites [61]. La difficulté du diagnostic
est liée au fait que dans les tissus, le micro-organisme se
développe sous forme d’hyphes ressemblant au mycé-
lium des Zygomycètes. La culture des Pythium est par
ailleurs difficile en raison de l’absence de sporulation sur
les milieux habituels, qui nécessite le recours à un labo-
ratoire de référence (repiquage sur milieux spéciaux de
type Corn Meal-Agar).
5.2. Les Basidiomycètes macromycètes
(tableau VIII)
En dehors de Filobasidiella neoformans (forme sexuée
de Cryptococcus neoformans), peu de Basidiomycètes
sont impliqués en pathologie humaine. Deux espèces
cosmopolites de macromycètes (mycètes produisant des
carpophores visibles à l’œil nu) sont cependant à connaî-
MYCOLOGIE
Tableau VIII – Les autres Basidiomycètes émergents.
Coprinus : C. cinereus
Schizophyllum : S. commune
Ustilago : U. maydis, U. zeae
tre : Coprinus cinereus (Coprin cendré) et Schizophyllum
commune (Schizophylle commun).
C. cinereus (forme sexuée de Hormographiella aspergillata)
est habituellement retrouvé dans les prairies pâturées. Des
atteintes pulmonaires, ainsi que des lésions d’endocardite,
ont été décrites [62].
S. commune est un champignon qui pousse sur le bois
en décomposition. En 50 ans, environ 37 cas humains ont
été rapportés dans la littérature [63]. S. commune a été
isolé essentiellement à partir de prélèvements de sinusites
chroniques ou de lésions broncho-pulmonaires, mais des
atteintes profondes ont également été décrites (méningite
et abcès cérébral). Cependant, en l’absence de preuve his-
tologique, la responsabilité de ce macromycète ne peut être
formellement établie et son isolement devra faire discuter
une colonisation. Néanmoins, le caractère pathogène de
S. commune sur un terrain immunodéprimé est indiscuta-
ble [64]. Les cultures sur milieu de Sabouraud ne montrent
le plus souvent que du mycélium stérile et, en l’absence
d’observation d’un carpophore et/ou de boucles de conju-
gaison, l’identification moléculaire s’impose [63].
5.3. Les Prototheca
Les Prototheca sont des algues microscopiques aérobies
proches des Chlorella, à multiplication asexuée (endospo-
rulation), qui sont très répandues dans l’environnement
(eaux usées, sol, déjections d’animaux) et parfois iso-
lées de produits alimentaires. Prototheca zopfii, ainsi que
P. wickerhamii, peuvent être à l’origine de lésions simulant
une mycose chez les mammifères. Chez l’homme, les
protothécoses restent très rares (environ 100 cas humains
bien documentés), avec des atteintes localisées à la peau
(nodules, papules, plaques érythémateuses) ou articulai-
res. Les atteintes systémiques sont plus rares, survenant
habituellement chez des patients immunodéprimés (sida,
corticothérapie prolongée, lupus, …). En culture à 25 °C
sur milieu de Sabouraud sans cycloheximide, les proto-
thèques se développent sous forme de colonies lisses de
couleur blanc-crème, pouvant passer pour des levures.
Le diagnostic est assuré par l’examen microscopique
montrant des sporanges caractéristiques contenant de
nombreuses endospores. Une revue récente fait le point
sur les protothécoses [65].
5.4. Pneumocystis jirovecii
S’il n’est plus besoin de rappeler que Pneumocystis jirovecii,
opportuniste responsable de pneumopathies hypoxémian-
tes, est rattaché au règne des Fungi, il reste cependant un
« champignon atypique » dont on ne connaît pas le biotope
naturel ni le mode exact de contamination, bien que la voie
aérienne semble la plus probable. Il ne pousse pas sur les
milieux habituellement utilisés en mycologie. Seuls l’exa-
men direct (après coloration ou par immuno
uorescence)
et la PCR sont contributives au diagnostic. La pneumo-
cystose humaine, bien connue chez les patients atteints
REVUE FRANCOPHONE DES LABORATOIRES - NOVEMBRE 2009 - N°416 // 83
 de sida, est toujours possible malgré une prophylaxie par
le cotrimoxazole. Elle émerge actuellement, comme pour
l’aspergillose, chez les patients neutropéniques ou soumis
à des traitements immunosuppresseurs.
6. Les dimorphiques exotiques
(tableau II)
6.1. Histoplasma capsulatum
var. capsulatum
Le réservoir de ce champignon est tellurique. On le trouve
en effet essentiellement dans les sols acides enrichis par
des fientes d’oiseaux ou du guano de chauve-souris. La
contamination humaine se fait par voie aérienne, le plus
souvent dans des endroits confinés (grottes et cavités
souterraines) visités pour des loisirs (tourisme, spéléologie)
ou à titre professionnel (archéologues). Les principales
zones d’endémie de l’histoplasmose se situent sur le
continent américain : sud-est des États-Unis (vallées de
l’Ohio et du Mississipi), Amérique latine, Antilles, Guyane.
On peut cependant rencontrer également cette mycose
en Afrique ainsi qu’en Asie du Sud-est. Un foyer d’histo-
plasmose a par ailleurs été récemment décrit dans le nord
de l’Italie. La primo-infection peut passer inaperçue, et
l’infection se réactiver après une période de latence plus
ou moins longue. Les signes cliniques de la forme aiguë
associent fièvre, altération de l’état général, pneumopathie
interstitielle diffuse, signes cutanéo-muqueux (ulcérations
linguales), pancytopénie, … Les atteintes profondes, en
particulier neuro-méningées, sont surtout rencontrées
chez les sujets immunodéprimés. Le diagnostic repose
sur la mise en évidence de petites levures à paroi épaisse
(pseudo-capsule) en situation intracellulaire, au sein de
lésions superficielles ou profondes. La sérologie n’est
contributive que pour les formes profondes ou dissé-
minées. Le caractère émergent de l’histoplasmose à H.
capsulatum s’est affirmé depuis la pandémie de sida.
Ainsi, aux États-Unis, cette infection est devenue la 3e
mycose opportuniste chez le patient sidéen, après la can-
didose et la cryptococcose [66]. De même, le nombre de
cas d’histoplasmoses d’importation déclarés en France
métropolitaine semble en progression [67].
6.2. Coccidioides (C. posadii et C. immitis)
Les spores de ces champignons telluriques se rencontrent
sur le sol alcalin de zones arides. Elles sont véhiculées
par la poussière, notamment à l’occasion de tempêtes de
sable ou de tremblements de terre. Ainsi, la coccidioïdo-
mycose ne sévit que dans les régions semi-désertiques
du continent américain. L’ouest des États-Unis (Califor-
nie, Arizona, …) est le principal foyer d’endémie. Les cas
importés en France restent rares [68, 69].
La primo-infection qui suit l’inhalation des spores est à
l’origine d’un syndrome grippal qui peut s’accompagner
d’arthralgies et parfois d’érythèmes noueux (« rhumatisme
du désert »). L’infection peut également passer inaperçue
chez l’immunocompétent. En zone non endémique, des
signes pulmonaires atypiques simulant une tuberculose,
ou des lésions cutanées isolées peuvent faire égarer le
diagnostic. C’est la notion d’un séjour récent dans une
84 // REVUE FRANCOPHONE DES LABORATOIRES - NOVEMBRE 2009 - N°416
zone d’endémie qui fera évoquer le diagnostic de cocci-
dioïdomycose, devant un tableau d’infection pulmonaire
sévère [68-70].
Les formes sévères, qui s’accompagnent de lésions extra-
thoraciques par dissémination sanguine (méningite basi-
laire, ulcérations cutanées, lyses osseuses), s’observent
surtout chez les patients VIH, les transplantés d’organes,
les diabétiques, ou les femmes enceintes. Le diagnostic
repose sur la mise en évidence de sphérules caractéristi-
ques contenant des endospores. La culture, dangereuse
à manipuler en raison du risque de contamination par les
spores aéroportées, ne doit être pratiquée que dans des
laboratoires possédant un équipement de type P3. Le dia-
gnostic indirect est possible, mais les tests sérologiques et
antigéniques ne sont commercialisés qu’en zone d’endémie.
La distinction entre les 2 espèces de Coccidioides nécessite
par ailleurs le recours à la biologie moléculaire.
6.3. Penicillium marneffei
Bien qu’il ait été décrit par la première fois par G. Segre-
tin en 1959, Penicillium marneffei n’a été reconnu comme
responsable de mycose qu’en 1973, chez un mission-
naire de 61 ans vivant en Asie et atteint d’une maladie
de Hodgkin. Le nombre d’observations, toutes issues du
sud-est asiatique, restait limité jusque 1978. Depuis, ce
champignon y émerge au sein de la population sidéenne
(autochtones et touristes) [71]. On doit à Edouard Drouhet
une mise au point remarquable sur cette espèce dont le
réservoir naturel est le rat de bambou, et qui se cantonne
pour l’instant à l’Asie [72]. Le tableau clinique ressemble
à celui de l’histoplasmose et le diagnostic repose lui aussi
sur l’examen direct et l’anatomopathologie. La culture
de P. marneffei, dangereuse, est réservée également aux
laboratoires spécialisés.
6.4. Autres champignons
dimorphiques « exotiques »
6.4.1. Blastomyces dermatitidis
Cette mycose sévit principalement sur le continent nord-
américain (régions des grands lacs) ; quelques cas spo-
radiques ont été décrits en Amérique latine, ainsi qu’en
Afrique du Nord. La contamination est aérienne et se pro-
duit fréquemment à l’occasion de séjours en forêt humide.
Les signes cliniques, essentiellement respiratoires, sont
plus marqués chez l’immunodéprimé, avec dissémination
à la peau (lésions hyperkératosiques ou ulcérées), à l’os
(ostéomyélites) et au système nerveux central. Le diagnostic
mycologique est assuré par la mise en évidence, à l’examen
direct des prélèvements, de levures de grande taille avec
un bourgeonnement à base large. Les cas d’importation
restent cependant limités.
6.4.2. Paracoccidioides brasiliensis
Cette mycose n’est présente qu’en Amérique latine (Brésil,
Colombie, Venezuela) et sévit surtout dans les populations
rurales (zones humides boisées) à bas niveau socio-éco-
nomique. Elle est responsable de pneumopathies chroni-
ques associées à des lésions granulomateuses ulcérées.
Les cas d’importation, essentiellement liés à l’immigration
de populations latino-américaines en Europe (Allemagne,

Autriche, Espagne), sont en augmentation ; des cas sont
décrits en Guyane, mais restent limités [73].
7. Conclusion
Depuis les vingt à trente dernières années, la patholo-
gie fongique s’est considérablement développée, avec
notamment l’accroissement des populations à risque
(patients immunodéprimés). L’augmentation des voyages
intercontinentaux a en outre permis la diffusion de certains
pathogènes tropicaux. Par ailleurs, le nombre d’espèces
de champignons impliqués dans des lésions humaines ne
cesse d’augmenter. Les espèces incriminées, aussi bien
des levures que des champignons filamenteux (moisissures)
clairs (Hyalohyphomycétes) ou foncés (Phaeohyphomycé-
tes), sont pour beaucoup issues du sol ; la contamination
se produit généralement par voie aérienne ou cutanée
(inoculation post-traumatique).
L’implication réelle dans un processus pathologique des
champignons isolés doit être distinguée d’une simple
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MYCOLOGIE
colonisation des téguments ainsi que d’une contamination
extérieure du prélèvement. Beaucoup d’espèces étaient
récemment considérées comme de banaux « contami-
nants de laboratoire »; d’autres auparavant inconnues
des mycologues émergent sans que l’on connaisse leur
biotope naturel. Si le caractère opportuniste de ces espè-
ces est souvent souligné, des atteintes superficielles sont
cependant possibles chez l’immunocompétent.
Le laboratoire joue ici un rôle essentiel. C’est en effet
l’identification précise (facilitée par les apports de la biolo-
gie moléculaire) du champignon responsable, ainsi que la
confirmation de son développement tissulaire (à l’examen
direct et/ou histopathologique du prélèvement) qui per-
mettront de poser le diagnostic. Il sera alors possible de
mettre en place un traitement approprié. Cette démarche
permet par ailleurs de déceler les espèces émergentes,
témoins de la biodiversité des espèces fongiques poten-
tiellement pathogènes pour l’homme.
Conflit d’intérêt : aucun
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