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Las células han creado varias estrategias para aislar y organizar sus reacciones químicas: una es
agregar diferentes enzimas en grandes complejos de múltiples componentes. Otra es confinar
diferentes procesos metabólicos en compartimientos cerrados. Los organelos bordeados por
membranas están rodeados por el citosol, el cual se rodea de la membrana plasmática.
Muchos de estos organelos se mantienen en su locación celular por uniones con el
citoesqueleto. El retículo endoplasmático, aparato de Golgi, peroxisomas, endosomas y
lisosomas son todos parte del llamado sistema endomembranal. El destino de cualquier
proteína sintetizada en el citosol depende de su secuencia de aminoácidos, la cual contiene
una señal que la dirige al organelo en el que es requerida.
La cubierta del núcleo en eucariotas está perforada por poros que forman puertas a través de
las cuales moléculas entran y salen del núcleo. Las mitocondrias y los cloroplastos estas
rodeadas por dos membranas y son sitios de la fosforilación oxidativa y la fotosíntesis,
respectivamente. Y aunque ambos poseen su propio genoma, la mayoría de sus proteínas se
codifican en el núcleo.
Los peroxisomas están presentes en todas las células eucariotas, donde degradan una variedad
de moléculas. El retículo endoplasmático es el sistema de membranas más extenso de las
células eucariotas, aquí se sintetizan muchos lípidos y proteínas. Las vesículas de transporte
que se desprenden de un compartimiento deben llevar las moléculas adecuadas para su
destino y se deben fusionar con la membrana objetivo adecuada. El aparato de Golgi consiste
de una colección de sacos aplanados encerrados en membranas, en los cuales las proteínas
son modificadas. Las células continuamente toman fluidos y moléculas por el proceso de
endocitosis. Los materiales ingeridos son entregados a los endosomas. Los lisosomas son sacos
membranosos de enzimas hidrolíticas que llevan a cabo la digestión intracelular de materiales
extracelulares u organelos desgastados.