La historia del alfajor en lo que hoy es territorio
peruano se remonta a la época virreinal, aunque la referencia más antigua que se conoce la brinda Manuel Atanasio Fuentes, quien en 1860 afirma que las dulceras ambulantes limeñas, llamadas alfajoreras, vendían sus productos, con el siguiente pregón:
¡Alfajoreee!... ¡Que se va la alfajoreee! ¡buenos alfajoooo...!
Por otro lado, Ricardo Palma menciona los alfajores en sus Tradiciones Peruanas, concretamente en ¡Beba, padre, que le da la vida!...: Después de consumir, como postres, una muy competente ración de alfajores, pastas y dulces de las monjas, no pudo el comensal dejar de sentir imperiosa necesidad de beber; que seca garganta, ni gruñe ni canta. La presentación característica es de dos discos de masa de harina horneada unidos por una capa de manjarblanco y espolvoreados con azúcar impalpable. Los hay también de maicena. Antiguamente en Lima lo alfajores eran de tres capas. Existen múltiples ejemplares de este postre, siendo el más destacado, al menos por su tamaño, el King Kong de manjarblanco de Lambayeque, típico del norte del Perú,1920 donde también se suelen rellenar los alfajores con natillas. Otra variedad de la costa norte es el alfajor de algarrobina.
Hay variedades regionales como:
Alfajor de Cajamarca. Alfajor arequipeño: También denominado alfajor de miel o alfajor de la curva, por su forma sinuosa.19 Su origen se encuentra en el Valle del Tambo en Arequipa. Las galletas son elaboradas con harina de maíz y trigo, y se rellena con miel. Alfajor moqueguano: Similar al arequipeño. A inicios del siglo XX se vendían en Lima. Aún existen unos alfajores llamados "moquehua" en Yapatera. Se rellena de miel o manjarblanco. Alfajor de penco: Llamado antiguamente alfajor de yemas, también es típico de Moquegua. Es mucho más grande que un alfajor común, asemejándose a una torta, con tres capas de masa. La superficie superior es cuertada, mientras que el interior es esponjoso. La masa está elaborada con yemas, anisado moqueguano, bicarbonato y harina, mientras que el relleno es manjarblanco casero, al que se le añade coco, maní, castañas y miel. Posiblemente deba su nombre a que la miel de caña que se utilizaba provenía de la localidad chilena de Penco.