El ADN Repetitivo

Como hemos visto al principio de este Capítulo, hasta un 50% del Genoma
Humano está constituido por ADN repetitivo, antiguamente conocido como "ADN
basura". Por su importancia, a continuación estudiamos con mayor detalle su
composición y los distintos tipos de secuencias que lo forman. Ya se ha
mencionado que podemos encontrar ADN repetitivo tanto en el ADN codificante
(en los genes y secuencias relacionadas) como en el ADN no-codificante, pero
la mayor parte se encuentra en el ADN no-codificante. Quizás el único ejemplo
de ADN repetitivo codificante que merece la pena reseñar es el correspondiente
al ADN ribosomal, que se concentra en los brazos cortos de los cromosomas
acrocéntricos (13, 14, 15, 21 y 22) y está formado por tres genes que dan lugar
a los tres ARN ribosomales de 5,8S, de 18S y de 28S. Los tres genes están
juntos formando un bloque que mide unas 13 kilobases. Estos bloques se
encuentran repetidos unas 50 veces, separados entre sí por un espaciador
intergénico que mide unas 30 kilobases. En conjunto, el ADN ribosomal ocupa
un tamaño de unas 2 Megabases.

En el ADN no-codificante, tanto intragénico (es decir, intrones y otras regiones

no-codificantes relacionadas con genes) como extragénico, podemos encontrar
diversos tipos de elementos repetidos. En general, se trata de una secuencia de
ADN que se repite en el genoma cientos o miles de veces. Estas repeticiones
pueden encontrarse en tándem (es decir, seguidas una detrás de otra)
o dispersas.

El ADN repetido en tandem se divide en varios grupos según el tamaño total que
origina la repetición:

 El genoma humano contiene en total unas 250 Mb de ADN

satélite (llamado así porque al separar el ADN genómico en gradientes de
densidad aparece como 3 bandas "satélites" de la banda principal). El
ADN satélite está formado por la repetición de una secuencia de ADN
miles de veces en tandem, es decir unas copias pegadas a otras. Esto da
lugar a regiones repetidas con tamaños que van desde 100 kb hasta
 varias megabases. Por ejemplo, el ADN Satélite 1 es una secuencia de
42 nucleótidos, mientras que en el Satélite 2 la secuencia repetida es
(ATTCCATTCG) y en el Satélite 3 se repite el pentámero (ATTCC). Un
tipo de ADN satélite muy importante es el ADN alfoide ó Satélite alfa, en
el que la secuencia repetida tiene un tamaño de 171 nucleótidos, y que
forma parte del ADN de los centrómeros de los cromosomas humanos.
Otros tipos de ADN satélite son el Satélite beta (repetición de 68
nucleótidos) y el Satélite gamma (repetición de 220 nucleótidos), que
también se encuentran en la cromatina centromérica de varios
cromosomas.

 El ADN de tipo Minisatélite está formado por secuencias de 6 - 25

nucleótidos que se repiten en tándem hasta dar un tamaño total entre 100
nucleótidos y 20 kb. Un ejemplo de ADN Minisatélite es la repetición que
forma los telómeros de los cromosomas humanos, en los que el
hexanucleótido (TTAGGG) se repite miles de veces en tándem dando
lugar a bloques de 5 - 20 kb de tamaño. Algunas repeticiones de este tipo
son polimórficas, y dan lugar a los marcadores de tipo VNTR que hemos
mencionado en un apartado anterior.

 El ADN de tipo Microsatélite está formado por secuencias de 2, 3 ó 4

nucleótidos que se repiten hasta dar bloques con un tamaño total
habitualmente no superior a 150 nucleótidos. Hay repeticiones de este
tipo por todo el genoma humano, y muchas de ellas son muy útiles como
marcadores genéticos porque el número de repeticiones varía entre
individuos. Ejemplos de ADN microsatélite son los dinucleótidos (CA), ó
las repeticiones de trinucleótidos (CAG).

El ADN repetido disperso está formado por secuencias que se repiten miles de
veces en el genoma humano, pero no en tándem sino de manera dispersa. Este
tipo de repeticiones constituyen un 45% de todo el genoma humano, y se
clasifican en función del tamaño de la unidad repetida:

 Los SINE (Short Interspersed Nuclear Elements, elementos nucleares

dispersos cortos) suponen un 13% del genoma humano. Son secuencias
 cortas repetidas miles de veces en el genoma humano de forma dispersa.
El principal SINE es la familia de elementosAlu, que es específica de
primates y constituye un 10% de nuestro genoma. Un elemento Alu está
formado por una secuencia de 250 - 280 nucleótidos, con unas 1.500.000
copias por genoma y una repetición cada 4 kb como promedio. Es un
elemento relativamente rico en guaninas+citosinas (56% de contenido en
CG, mientras que el contenido promedio del genoma humano es del 41%).
Se localiza predominantemente en la bandas R de los cromosomas
humanos. Está flanqueado por pequeñas repeticiones directas (en la
misma orientación). Su estructura es la de un dímero no idéntico, ya que
el segundo monómero es 30 nucleótidos mayor que el primero. Contiene
colas poli-A al final de cada monómero, y se transcribe por la ARN
polimerasa III a partir de un promotor interno, pero no codifica ninguna
proteína. Actúa como un retrotransposón, ya que puede copiarse e
insertarse en otras regiones del genoma.

 Los LINE (Long Interspersed Nuclear Elements, o elementos nucleares

dispersos largos) constituyen un 20% del genoma humano. Son
secuencias con un tamaño de varias kilobases, agrupados en distintas
familias. El principal LINE es el llamado LINE-1 ó L1, formado por una
secuencia de unas 6 kb repetida unas 800,000 veces en el genoma
(aunque muchos de estos elementos no están completos, sino truncados
y les falta la parte 5’), llegando a constituir alrededor de un 15% del
genoma. Estos elementos, al contrario que los SINE, no son ricos en
guaninas+citosinas (tienen un 42% de citosinas+guaninas, que es
cercano al contenido promedio del genoma humano) y se localizan
predominantemente en las bandas G de los cromosomas. Un elemento
L1 codifica dos proteínas: una ARN-binding protein en el marco de lectura
ORF1 y una proteína con actividad endonucleasa y retrotranscriptasa en
el marco de lectura ORF2. Está flanqueado por unas pequeñas
repeticiones directas (en la misma orientación) y termina en una cola poli-
A. Los elementos LINE son retrotransposones, puesto que pueden
copiarse a sí mismos a través de un intermediario ARN y transponerse a
otras localizaciones genómicas. Según el modelo más aceptado, el
elemento se transcribe por la ARN polimerasa II a partir de un promotor
interno, sus productos proteicos se unen a la cola poli-A de su propio ARN
mensajero y el complejo se inserta en el ADN genómico por la acción
combinada de la endonucleasa (que corta dentro de regiones ricas en AT
que llevan la secuencia TTTT?A) y de la retrotranscriptasa. Las proteínas
codificadas por los LINE son utilizadas también para la retrotransposición
de elementos SINE y de pseudogenes procesados, por lo que pueden
jugar un importante papel como elemento modificador del genoma. De
hecho se ha visto que la secuencia propia de los L1 tiene la propiedad de
inhibir la transcripción, de ahí que los niveles de ARNm y proteínas
codificadas por los L1 en las células sea muy bajo. Lo más interesante es
que también pueden modificar la transcripción de los genes en cuyos
intrones hay abundancia de estos elementos: un 80% de los genes
humanos tienen L1 en sus intrones, y la densidad en L1 correlaciona
negativamente con los niveles de expresión de estos genes. Por tanto, su
papel tanto en la evolución de genomas como en la regulación génica le
confieren una gran importancia. Se acabó el mito del "ADN basura