Trabajo de Microbiologia - Jessica Suancha P

UNIVERSIDAD NACIONAL ABIERTA Y A DISTANCIA – UNAD
ESCUELA DE CIENCIAS AGRÍCOLAS PECUARIAS Y DEL MEDIO AMBIENTE

Curso: Microbiología del Suelo l
Unidad 3
Análisis estadístico de la
actividad microbiana del suelo
Trabajo Individual
Grupo 303019_35
Realizado por:
Jessica Alexandra Suancha Peña
Código: 1.006.874.665
Presentado a la L.C.D:
Libia Esperanza Nieto Gómez
Tutora virtual
Universidad Nacional Abierta y a Distancia Aunad

Escuela de ciencias pecuarias y de medio ambiente
Facultad: de agronomía
Abril 12 de 2019
1
Descripción del trabajo:
Fase 4 – Análisis estadísticos para analizar actividad microbiana del suelo
El ejercicio propuesto para esta Fase 4, trata del análisis estadístico de datos proveniente de un
experimento,
en el cual se adiciona a un suelo de una mina de piedra caliza, lodo proveniente de la depuración de
aguas
residuales en 6 ciudades de la comunidad autónoma de Catalunya (España), con el fin de mejorar su
fertilidad
e implementar una cobertura vegetal que restaure el ecosistema perdido por las actividades mineras.
Los lodos, en algunos casos fueron compostados (ciudades: Blanes, Manresa, Vilaseca).
Y en otros casos, los lodos fueron secados térmicamente (ciudades: Besós, Mataró,
Sabadell).
El secado térmico y el comportado necesariamente cambian las propiedades físicas, químicas y
biológicas
de los lodos de depuradora, modificando la actividad microbiana natural en el suelo control sin lodo.
El propósito del experimento fue el de establecer sí los lodos de depuradora modifican la actividad
microbiana de los suelos a restaurar. Analizaremos aquí diferentes propiedades del suelo, 1 año
después
de la aplicación superficial de los lodos. Estos datos fueron parte del siguiente artículo:
Ojeda, G., Mattana, S., Alcañiz, J.M., Marando, G., Bonmatí, M., Woche, S.K., Bachmann, J.
(2010).
Wetting process and soil water retention of a minesoil amended with composted and thermally
dried sludges. Geoderma 156, 399
409.
Los tratamientos, cada uno con 3 réplicas, son:
Tratamientos 1 año después de la adición de diferentes tipos de lodo de depuradora de aguas

residuales
EOO Tratamiento control, suelo sin ningún tipo de lodo
ECBL Suelo + lodo compostados de la depuradora de aguas llamada Blanes
ECMR Suelo + lodo compostados de la depuradora de aguas llamada Manresa
ECV Suelo + lodo compostados de la depuradora de aguas llamada Vilaseca
ETBE Suelo + lodo térmico de la depuradora de aguas llamada Besos
ETMT Suelo + lodo térmico de la depuradora de aguas llamada Mataró
ETS Suelo + lodo térmico de la depuradora de aguas llamada Sabadell
EMEAN Valores promedio de todas las depuradoras
2
Las propiedades relacionadas con la actividad microbiana del suelo son:
Abreviatura Descripción Unidades
Miligramos de carbono de CO2 por cada

mg C-CO2 / (kg-suelo *
BR Respiración del suelo kg de suelo y hora transcurrida durante la
horas)
medición de la respiración del suelo
Porcentaje de carbono orgánico presente

C Carbono orgánico total %
en el suelo
Carbono de biomasa Miligramos de carbono de biomasa

MBC mg C-MBC / kg-suelo
microbiana microbiana por cada kilogramo de suelo
Coeficiente de
(10^-4) * mg C-CO2 / mg C-
CMC mineralización del Relación entre BR y C
suelo
carbono
Relación entre biomasa

(10^-1) * mg C-MBC / g C-
CmicCorg microbiana y carbono Relación entre MBC y C
suelo
orgánico
(10^3) * mg C-CO2 /(mg C-

qCO2 Coeficiente metabólico Relación entre BR y MBC
MBC * hr)
Tiempo de residencia Relación entre C y BR correspondiente al

MRT media del carbono en el (4.182 * años) * C / BR tiempo requerido para descomponer todo
suelo el C del suelo
Datos
Estos son los datos con los que trabajaremos a lo largo del ejercicio:
Muestreo Tratamiento Replica BR C MBC CMC CmicCorg qCO2 MRT

1año EOO 1 0,52 0,57 206,5 0,91 36,2 2,52 4,58
1año EOO 2 0,47 0,64 230,9 0,74 36,1 2,04 5,68
1año EOO 3 0,58 0,65 223,5 0,88 34,4 2,57 4,73
1año ECBL 1 0,92 0,91 233,4 1,01 25,6 3,93 4,15
1año ECBL 2 1,10 1,13 227,2 0,97 20,1 4,84 4,30
1año ECBL 3 0,65 1 232,8 0,65 23,3 2,79 6,43
1año ECMR 1 1,13 1,26 193,8 0,90 15,4 5,85 4,65
1año ECMR 2 0,71 1,01 212,7 0,71 21,1 3,35 5,93
1año ECMR 3 1,98 0,92 253,6 2,16 27,6 7,82 1,94
3
1año ECV 1 0,90 1,61 317,7 0,56 19,7 2,82 7,52

1año ECV 2 0,81 1,17 207,4 0,69 17,7 3,92 6,02
1año ECV 3 1,24 1,1 301,9 1,13 27,4 4,10 3,72
1año ETBE 1 0,84 1,09 286,1 0,77 26,2 2,93 5,44
1año ETBE 2 0,91 1,04 192,9 0,88 18,5 4,73 4,77
1año ETBE 3 1,1 1,36 294 0,81 21,6 3,74 5,17
1año ETMT 1 0,8 0,85 207,7 0,94 24,4 3,85 4,44
1año ETMT 2 0,7 1,04 284,5 0,67 27,4 2,46 6,21
1año ETMT 3 0,9 0,98 277,1 0,92 28,3 3,25 4,55
1año ETS 1 0,5 0,68 221,6 0,74 32,6 2,26 5,69
1año ETS 2 0,3 0,73 183,6 0,41 25,2 1,63 10,18
1año ETS 3 0,5 0,68 211,8 0,74 31,1 2,36 5,69
1año EMEAN 1 0,80 1,00 238,11 0,83 25,75 3,45 5,21
1año EMEAN 2 0,72 0,97 219,89 0,72 23,72 3,28 6,16
1año EMEAN 3 0,99 0,96 256,39 1,04 27,67 3,80 4,60
La primera prueba estadística a desarrollar es el test de Shapiro-Wilks, para determinar sí

nuestros datos siguen una distribución normal. Esta información es clave para decidir sí
usamos posteriormente, un análisis de variancia (cuando los datos siguen una distribución
normal) o un test de Kruskal-Wallis (cuando no la siguen).
PASO 1
Ir a la página web:
http://www.statskingdom.com/320ShapiroWilk.html
Paso 2. Vamos mirando la página, moviéndonos hacia abajo, hasta encontrar la sección
"Enter sample data"
Es aquí donde vamos a analizar nuestros datos.
4
Muestra–(Shapiro-Wilks)
“Br” Respiración del Suelo
5
Teniendo en cuenta los datos que nos arroja este análisis que es (0.0112622) fue menor a
0.05. Esto quiere decir que los datos de NO tienen una distribución del tipo NORMAL.
Muestra “C” -Shapiro-Wilks

Carbono Orgánico Total
6
Vemos aquí que el valor p-value o valor de probabilidad (0.321446) fue mayor a 0.05. Esto
quiere decir que los datos de "C" o carbono orgánico SI tienen una distribución del tipo
normal.
Muestra -Shapiro-Wilks
“MBC” Carbono de biomasa Microbiana
7
quiere decir que los datos de "MBC" SI tienen una distribución del tipo NORMAL
“CMC” Coeficiente de mineralización del carbono
8
Vemos aquí que el valor p-value o valor de probabilidad (0.0000121683) fue menor a 0.05. Esto
quiere decir que los datos de "CMC” NO tienen una distribución del tipo NORMAL.
“CmicCorg” Relación entre MBC y C
9
quiere decir que los datos de " CmicCorg” Relación entre MBC y C “ si tienen una
distribución del tipo NORMAL. Donde combinación de Relación entre biomasa
microbiana y carbono orgánico es una muy buena
“qCO2” Relación entre BR y MBC
10
quiere decir que los datos de “qCO2” Relación entre BR y MBC “NO tienen una distribución del
tipo NORMAL
“MRT” Relación entre C y BR correspondiente al tiempo requerido para descomponer todo el

C del suelo
11
quiere decir que los datos de “MRT” Relación entre C y BR “NO tienen una distribución del tipo
NORMAL
Anova de un factor.
Paso 1.
La matriz de datos debe ser colocada de esta manera, para que podamos analizar los datos
12
Análisis de varianza
RESUMEN
Grupos Cuenta Suma Promedio Varianza
Columna 1 3 1,86 0,62 0,0019
Columna 2 3 3,04 1,01333333 0,01223333
Columna 3 3 3,19 1,06333333 0,03103333
Columna 4 3 3,88 1,29333333 0,07643333
Columna 5 3 3,49 1,16333333 0,02963333
Columna 6 3 2,87 0,95666667 0,00943333
Columna 7 3 2,09 0,69666667 0,00083333
Columna 8 3 2,91714286 0,97238095 0,00043333
ANÁLISIS DE VARIANZA
Origen de Grados
las de Promedio Valor
variacione Suma de liberta de los Probabilida crítico
s cuadrados d cuadrados F d para F
Entre
grupos 1,04958095 7 0,14994014 7,40749952 0,00047227 2,6571966
Dentro de
los grupos 0,32386667 16 0,02024167
Total 1,37344762 23
Vemos aquí que el valor de probabilidad marcado aquí en amarillo (0.00047227) fue menor a
0.05. Esto quiere decir que existen diferencias significativas de los contenidos de carbono
orgánico del suelo (C) entre los diferentes tratamientos: EOO, ECBL, ECMR, ECV, ETBE,
ETMT, ETS, EMEAN, un año después de la aplicación de lodo al suelo.
Conclusiones:
Los valores medios de carbono orgánico del suelo correspondientes a la letra (C), son
significativamente diferentes entre los diferentes tratamientos. Es todo lo que podemos decir, por
medio del Análisis de Variancia (ANOVA) No podemos saber cuáles son esas diferencias
significativas. Solo sabemos que esas diferencias existen
13
Kruskal-Wallis
La tercera prueba estadística a desarrollar es el test de Kruskal-Wallis, para determinar sí

la aplicación de lodos al suelo, modifican de manera significativa (estadísticamente
hablando) o no, la respiración del suelo o lo que es lo mismo, la emisión de CO2 desde el
suelo. Es decir, analizaremos los datos de la columna llamada "BR".
Paso 1: Tomamos solo los datos que vamos a analizar:
Tratamiento replica BR
EOO 1 0,52
EOO 2 0,47
EOO 3 0,58
ECBL 1 0,92
ECBL 2 1,10
ECBL 3 0,65
ECMR 1 1,13
ECMR 2 0,71
ECMR 3 1,98
ECV 1 0,90
ECV 2 0,81
ECV 3 1,24
ETBE 1 0,84
ETBE 2 0,91
ETBE 3 1,1
ETMT 1 0,8
ETMT 2 0,7
ETMT 3 0,9
ETS 1 0,5
ETS 2 0,3
ETS 3 0,5
EMEAN 1 0,80
EMEAN 2 0,72
EMEAN 3 0,99
Paso 2: Calculamos dos columnas nuevas. La primera columna nueva se llama "Jerarquías".
14
Usamos la función "JERARQUIA.MEDIA"
Tratamiento replica BR Jerarquias

EOO 1 0,52 5
EOO 2 0,47 2
EOO 3 0,58 4
ECBL 1 0,92 15
ECBL 2 1,10 16
ECBL 3 0,65 4
ECMR 1 1,13 16
ECMR 2 0,71 5
ECMR 3 1,98 16
ECV 1 0,90 10
ECV 2 0,81 8
ECV 3 1,24 13
ETBE 1 0,84 8
ETBE 2 0,91 9
ETBE 3 1,1 10
ETMT 1 0,8 6
ETMT 2 0,7 4
ETMT 3 0,9 6
ETS 1 0,5 2
ETS 2 0,3 1
ETS 3 0,5 1
EMEAN 1 0,80 2
EMEAN 2 0,72 1
EMEAN 3 0,99 1
Paso 3: Se calcula el promedio de toda la columna Jerarquías, usando la función llamada

"PROMEDIO"
15
Paso 4: Calculamos la columna llamada "RESTA". Simplemente, restamos a cada valor de la

columna "Jerarquias" su promedio total
16
Paso 5. Hay que hacer 3 operaciones:
Determinar el número de casos en cada categoría (es decir en cada tratamiento): réplicasen
nuestro caso, el número de casos "n" es igual a 3 porque cada tratamiento tiene 3. (b) Determinar
la jerarquía promedio por cada categoría (es decir en cada tratamiento) En este caso podemos ver,
como ejemplo, que el valor 3,67 corresponde al valor medio de (5+2+4) dividido por 3:
Categoria n Promedio n*(Promedio-Promedio total)^2

EOO 3 3,67 30,9
ECBL 3 11,67 68,9
ECMR 3 12,33 89,4
ECV 3 10,33 35,9
ETBE 3 9,00 13,5
ETMT 3 5,33 7,1
ETS 3 1,33 92,1
EMEAN 3 1,33 92,1
8 24 Total
En general tenemos 8 categorias diferentes (8 tratamientos diferentes). Tenemos 24 casos (24

muestras) en total
Paso 6. Sumar la última columna llamada n*(Promedio-Promedio total)^2 , por medio de la

función "SUMA"
Categoria n Promedio n*(Promedio-Promedio total)^2

EOO 3 3,67 30,9
ECBL 3 11,67 68,9
ECMR 3 12,33 89,4
ECV 3 10,33 35,9
ETBE 3 9,00 13,5
ETMT 3 5,33 7,1
ETS 3 1,33 92,1
EMEAN 3 1,33 92,1
8 24 Total 429,96
17
Paso 7. Sumar la columna Resta, por medio de la función "SUMA":
Paso 8. Determinar el valor H de jerarquía con la siguiente operación = (n total - 1)*

(429,96/622,63).
n total 24
Suma
n*(Promedio-
Promedio
total)^2 429,958
Suma resta 622,625
H 15,88
PASO 9. Determinar los grados de libertad
PASO 9. Determinar los

grados de libertad
Gl = número de
categorías (Tratamientos
- 1) = 8-1
18
Gl 7
PASO 10. Usar la distribución Chi2 para determinar sí existen diferencias significativas entre
tratamientos usando la función DISTR.CHI la cual requiere un valor X (en nuestro caso, el valor
H = 15,88) y el número de grados de libertad = 7:
Podemos decir que los puntos de vista de screencast nuestros datos de respiración del suelo no
son de distribución normal ya que presenta una diferencia significativa en los tratamientos los
cuales no se saben cuáles son específicamente, solo se saben que existen.
Tukey
Paso 1: ponerle nombre a cada una de las columnas
RESUMEN
Grupos Cuenta Suma Promedio Varianza
EOO 3 1,86 0,62 0,0019
ECBL 3 3,04 1,01333333 0,01223333
ECMR 3 3,19 1,06333333 0,03103333
ECV 3 3,88 1,29333333 0,07643333
ETBE 3 3,49 1,16333333 0,02963333
ETMT 3 2,87 0,95666667 0,00943333
ETS 3 2,09 0,69666667 0,00083333
19
EMEAN 3 2,91714286 0,97238095 0,00043333
Paso 3. El test de Tukey se basa en comparaciones entre tratamientos. Aquí, lo que vamos a hacer
es construir 2 columnas para desarrollar estas comparaciones. Compararemos el tratamiento
control EOO con los demás tratamientos:
grupo1 grupo2
EOO ECBL EOO ECBL
EOO ECMR EOO ECMR
EOO ECV EOO ECV
EOO ETBE EOO ETBE
EOO ETMT EOO ETMT
EOO ETS EOO ETS
EOO EMEAN EOO EMEAN
Paso 4. Comparamos todos los tratamientos con lodo entre sí, sin repetir comparaciones:
EOO ECBL
EOO ECMR
EOO ECV
EOO ETBE
EOO ETMT
EOO ETS
EOO EMEAN
ECBL ECMR
ECBL ECV
ECBL ETBE
ECBL ETMT
ECBL ETS
ECBL EMEAN
ECMR ECV
ECMR ETBE
ECMR ETMT
ECMR ETS
ECMR EMEAN
ECV ETBE
ECV ETMT
ECV ETS
20
ECV EMEAN
ETBE ETMT
ETBE ETS
ETBE EMEAN
ETMT ETS
ETMT EMEAN
ETS EMEAN
Paso 5. Calculamos la diferencia absoluta entre los valores promedio de las columnas grupo1 y
grupo 2, por medio de la función "ABS"
Paso 6. Calculamos la diferencia entre los valores promedio de las columnas grupo1 y grupo 2
21
22

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UNIVERSIDAD NACIONAL ABIERTA Y A DISTANCIA – UNAD

ESCUELA DE CIENCIAS AGRÍCOLAS PECUARIAS Y DEL MEDIO AMBIENTE

Universidad Nacional Abierta y a Distancia Aunad

Descripción del trabajo:

Fase 4 – Análisis estadísticos para analizar actividad microbiana del suelo

Los tratamientos, cada uno con 3 réplicas, son:

Tratamientos 1 año después de la adición de diferentes tipos de lodo de depuradora de aguas

Las propiedades relacionadas con la actividad microbiana del suelo son:

Abreviatura Descripción Unidades

Miligramos de carbono de CO2 por cada

Porcentaje de carbono orgánico presente

Carbono de biomasa Miligramos de carbono de biomasa

Relación entre biomasa

(10^3) * mg C-CO2 /(mg C-

Tiempo de residencia Relación entre C y BR correspondiente al

Muestreo Tratamiento Replica BR C MBC CMC CmicCorg qCO2 MRT

1año ECV 1 0,90 1,61 317,7 0,56 19,7 2,82 7,52

La primera prueba estadística a desarrollar es el test de Shapiro-Wilks, para determinar sí

Muestra “C” -Shapiro-Wilks

“MRT” Relación entre C y BR correspondiente al tiempo requerido para descomponer todo el

Columna 8 3 2,91714286 0,97238095 0,00043333

La tercera prueba estadística a desarrollar es el test de Kruskal-Wallis, para determinar sí

Paso 1: Tomamos solo los datos que vamos a analizar:

Usamos la función "JERARQUIA.MEDIA"

Tratamiento replica BR Jerarquias

Paso 3: Se calcula el promedio de toda la columna Jerarquías, usando la función llamada

Paso 4: Calculamos la columna llamada "RESTA". Simplemente, restamos a cada valor de la

Paso 5. Hay que hacer 3 operaciones:

Categoria n Promedio n*(Promedio-Promedio total)^2

En general tenemos 8 categorias diferentes (8 tratamientos diferentes). Tenemos 24 casos (24

Paso 6. Sumar la última columna llamada n*(Promedio-Promedio total)^2 , por medio de la

Categoria n Promedio n*(Promedio-Promedio total)^2

Paso 7. Sumar la columna Resta, por medio de la función "SUMA":

Paso 8. Determinar el valor H de jerarquía con la siguiente operación = (n total - 1)*

PASO 9. Determinar los grados de libertad

PASO 9. Determinar los

Paso 1: ponerle nombre a cada una de las columnas

EMEAN 3 2,91714286 0,97238095 0,00043333

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