Biolog�a sint�tica

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La Biolog�a sint�tica se define como la s�ntesis de biomol�culas o ingenier�a de
sistemas biol�gicos con funciones nuevas que no se encuentran en la naturaleza. Se
trata de una disciplina que, a diferencia de la biolog�a, no se basa en el estudio
de los seres vivos, sino que posee como objetivo el dise�o de sistemas biol�gicos
que no existen en la naturaleza. La Biolog�a sint�tica busca la creaci�n de nuevos
organismos programables, es decir, la creaci�n de microorganismos a la carta que se
comporten como peque�os ordenadores.

�ndice
1 Tecnolog�as de Biolog�a sint�tica
1.1 Expansi�n del c�digo gen�tico
1.2 Circuitos gen�ticos
1.3 Genoma m�nimo
1.4 Evoluci�n dirigida
1.5 Ingenier�a gen�tica in silico
2 Aplicaciones de la biolog�a sint�tica
2.1 Biomedicina
2.1.1 F�rmacos
2.1.2 Gen�mica personalizada
2.1.3 Terapia gen�tica
2.1.4 Reparaci�n y regeneraci�n de tejidos
2.1.5 Reprogramaci�n celular
3 Fotograf�a bacteriana
4 Medio ambiente
4.1 Biorremediaci�n
4.2 Explotaci�n de reservas mineras de baja calidad
4.3 Seguridad de organismos transg�nicos
4.4 Biosensores
5 Energ�a
6 Nuevos biomateriales
7 Perspectivas futuras de la biolog�a sint�tica
7.1 Perspectivas a corto plazo
7.2 Perspectivas a medio plazo
7.3 Perspectivas a largo plazo
8 V�ase tambi�n
9 Referencias
10 Enlaces externos
Tecnolog�as de Biolog�a sint�tica
Expansi�n del c�digo gen�tico
El ADN est� compuesto por 4 pares de bases nucleot�dicas: A (adenina), T (timina),
C (citosina) y G (guanina). Mediante un proceso denominado "Transcripci�n" las
bases nucleot�dicas del ADN se transforman en ARN, que a su vez est� compuesto por
A (adenina), C (citosina), G (guanina) y Uracilo]]) en lugar de timina. A
continuaci�n tiene lugar la "Traducci�n" de ARN a prote�nas. En este proceso,
mediante combinaciones de 4 bases nucleot�dicas del ARN se obtienen 64 posibles
combinaciones de tres bases llamadas codones, que son espec�ficos de un amino�cido.
61 de estos codones se corresponden con los 20 amino�cidos naturales, debido a que
existen duplicaciones que provocan que m�s de un cod�n codifique para un mismo
amino�cido. Los otros 3 codones restantes se denominan codones de terminaci�n y
constituyen se�ales de terminaci�n que interrumpen la s�ntesis de prote�nas. Los
primeros pasos en el dise�o de nuevas formas de vida consisten en el dise�o de
microorganismos que utilizan un c�digo gen�tico diferente al que actualmente
emplean todas las formas de vida existentes en la tierra. Mediante la introducci�n
de nuevas unidades sint�ticas en su ADN, estos organismos poseer�an prote�nas
sint�ticas.
Circuitos gen�ticos
El circuito gen�tico consiste en un conjunto de genes que participan en la
digesti�n de la lactosa en la bacteria E. coli. Un gen regulador denominado
represor se encuentra normalmente encendido, manteniendo el metabolismo de la
digesti�n de la lactosa inactivo. Cuando la lactosa est� presente en el medio, la
bacteria apaga el represor.

Los circuitos gen�ticos formados por genes y sus reguladores se comportan de forma
equivalente a circuitos electr�nicos realizando operaciones Booleanas o l�gicas.

En concreto, los circuitos gen�ticos se describen mediante diagramas semejantes a

los que se emplean en los circuitos el�ctricos, con nodos que representan a
determinados genes y flechas que indican otros genes a los que regulan los
primeros.

La activaci�n de estos genes oscila entre los estados de encendido y apagado a

medida que la se�al se propaga por el circuito, produciendo a su vez oscilaciones
peri�dicas en la concentraci�n de las prote�nas que codifican. La arquitectura de
estos circuitos es c�clica y en ellos cada gen inhibe al siguiente y es inhibido
por el anterior, raz�n por la cual a este tipo de circuitos se les denomina
osciladores.

Genoma m�nimo
Para lograr construir microorganismos artificiales es necesario un requisito
previo, identificar la configuraci�n m�nima de genes necesarios para permitir a las
c�lulas artificiales replicarse de manera aut�noma, es decir, su genoma m�nimo
te�rico. Estos hasta ahora hipot�ticos microorganismos podr�an derivarse de
microorganismos naturales con una m�nima colecci�n de genes (microorganismos
m�nimos) o podr�an ser generados de un modo totalmente sint�tico usando un grupo de
genes esenciales (microorganismos sint�ticos).

El proceso necesario para identificar el genoma m�nimo de los microorganismos

sint�ticos se puede realizar por diversos m�todos, que van desde la identificaci�n
de genes esenciales por mutag�nesis hasta el an�lisis de homolog�a de secuencias
g�nicas mediante herramientas bioinform�ticas. Una tercera alternativa consiste en
el estudio de sistemas biol�gicos que, de forma natural, han experimentado una
reducci�n de su material gen�tico.

Evoluci�n dirigida
El dise�o de circuitos gen�ticos se realizaba en sus comienzos por medio de
estrategias combinatorias en las cuales los componentes individuales del circuito
se ensamblan in vitro, y posteriormente se introduc�an en una c�lula para observar
su comportamiento.

Un m�todo alternativo que no necesita de un conocimiento previo acerca de los

detalles de la funci�n del circuito es la evoluci�n dirigida. Este es un proceso
que se aprovecha de la habilidad de las c�lulas para sobrevivir frente a una
presi�n selectiva. Una de las t�cnicas que emplea esta estrategia es el denominado
�DNA shuffling� o �molecular breeding�. El DNA shuffling consiste en la
recombinaci�n de m�ltiples secuencias de ADN para crear librer�as de genes
quim�ricos. Los genes quim�ricos posteriormente se insertan en vectores de
expresi�n y se transfieren a una c�lula hu�sped, con el objetivo de seleccionar
aquellas secuencias quim�ricas que posean las caracter�sticas deseadas. La
principal ventaja de esta t�cnica radica en que permite dise�ar circuitos complejos
que poseen m�ltiples interacciones entre s�. Esta estrategia ha sido empleada en el
dise�o de redes sint�ticas a partir de mutaciones conocidas, que posteriormente se
mejoran mediante evoluci�n dirigida.

Ingenier�a gen�tica in silico

Hasta la fecha, se ha conseguido dise�ar circuitos gen�ticos simples empleando
diversas estrategias in vivo tales como la expansi�n del c�digo gen�tico, la
evoluci�n dirigida o la identificaci�n y s�ntesis de genomas m�nimos. Sin embargo,
el principal factor limitante de estas estrategias radica en la imposibilidad de
predecir el comportamiento de un circuito en su medio natural. La verdadera
biolog�a sint�tica tiene como objetivo la construcci�n de modelos que puedan
predecir de forma precisa c�mo se comportar�a este circuito gen�tico en el interior
de las c�lulas. Las c�lulas est�n sujetas a cambios constantes que incluyen estr�s
del medio y mutaciones gen�ticas que afectan a su habilidad para crecer y
propagarse. Las simulaciones realizadas mediante Ingenier�a Gen�tica in silico,
deben tener en cuenta este tipo de circunstancias para dotar de realismo a los
modelos que se creen. Las simulaciones por ordenador son una herramienta b�sica de
la biolog�a sint�tica, siempre y cuando mantengan los principios de estandarizaci�n
de los componentes del modelo y optimizaci�n de los circuitos dise�ados.

Aplicaciones de la biolog�a sint�tica

Biomedicina
La medicina ser� una de las �reas que m�s se beneficiar� de los avances en esta
nueva disciplina, en concreto las �reas sobre las que tendr� una mayor repercusi�n
ser�n el desarrollo de nuevos f�rmacos, la terapia g�nica, la reparaci�n y
ingenier�a de tejidos y la reprogramaci�n celular.

F�rmacos
Un f�rmaco compuesto por una envuelta sint�tica que contiene una mol�cula que al
detectar un indicador concreto, activa la liberaci�n del f�rmaco. La administraci�n
de este tipo de f�rmacos ha de ser sencilla y s�lo debe activarse cuando el
paciente desarrolle la enfermedad.
Un ejemplo de esta tecnolog�a puede ser el dise�o de microorganismos que detecten
cambios en la concentraci�n de hormonas, y como respuesta den lugar a la secreci�n
de compuestos qu�micos o biol�gicos. Esta estrategia requiere del desarrollo de
materiales de encapsulaci�n as� como de enzimas que produzcan la liberaci�n del
f�rmaco.

Gen�mica personalizada
Art�culo principal: Gen�mica personalizada
La biolog�a sint�tica permitir� obtener un conocimiento m�s amplio de la
complejidad de las enfermedades y, por tanto, ser� posible desarrollar f�rmacos a
la carta. Esto se realizar� gracias a las tecnolog�as propias de este campo como
son la creaci�n de circuitos gen�ticos y la ingenier�a gen�tica in silico. Mediante
estas tecnolog�as se podr�n crear modelos tanto te�ricos como experimentales que
permitir�n probar la respuesta o efectos secundarios de un f�rmaco frente a los
distintos modelos dise�ados en el laboratorio. Como consecuencia, los f�rmacos del
futuro estar�n ajustados a las necesidades del paciente en su formulaci�n, dosis,
cin�tica de liberaci�n, y patr�n de glucosilaci�n.

Tambi�n se entiende por la b�squeda del f�rmaco o combinaci�n de f�rmacos

existentes -dentro de los protocolos existentes o incluso al margen de ellos- que
pueden ser m�s eficaces en un paciente concreto. La comprobaci�n de dicha eficacia
es previa al tratamiento y se desarrolla en laboratorio mediante pruebas y tests
sobre tejidos o muestras in vitro del paciente.

Terapia gen�tica
Consiste en el dise�o y modificaci�n de virus para transportar genes a tejidos
concretos y conseguir la recombinaci�n e integraci�n de los mismos de forma
eficiente en el genoma del paciente. Esta aplicaci�n constituir�a un gran empuje
para la terapia g�nica, que, tras sus prometedores comienzos, no ha conseguido
superar una de sus grandes barreras, la capacidad de llevar el transg�n a la c�lula
diana, sobre todo para el tratamiento del c�ncer o de s�ndromes gen�ticos. Adem�s
de virus, tambi�n es posible el dise�o de circuitos biol�gicos que detecten cambios
fisiol�gicos anormales en las c�lulas y den lugar a una respuesta basada en la
recombinaci�n del gen anormal con su hom�logo normal. Tanto los virus como los
circuitos biol�gicos sint�ticos pueden ser empleados para reconocer y eliminar
c�lulas anormales, siendo el c�ncer la aplicaci�n m�s inmediata.

Reparaci�n y regeneraci�n de tejidos

Esta aplicaci�n se basa en el dise�o de sistemas moleculares formados por sensores
capaces de reconocer la existencia de da�os en determinados tejidos, unido a un
grupo de enzimas capaces de reparar el da�o. Ejemplos potenciales podr�an ser la
regeneraci�n endotelial de los vasos sangu�neos en lesiones vasculares y la
reparaci�n tisular a trav�s de la regeneraci�n de la matriz de col�geno.

Reprogramaci�n celular
Las c�lulas madre pueden ser modificadas de modo que adquieran nuevas propiedades y
posteriormente sean introducidas en pacientes para, por ejemplo, revertir una
patolog�a. Esta terapia podr�a ser de utilidad en la reprogramaci�n del sistema
inmune con el objeto de combatir enfermedades infecciosas. La regeneraci�n de
�rganos por medio de estrategias de reprogramaci�n celular es otra de las
aplicaciones potenciales en biomedicina, proceso com�n en otros vertebrados como
las salamandras o tritones. Recientemente se ha hecho entrega del premio nobel de
medicina a los "padres" de la reprogramaci�n celular el japon�s Shinya Yamanaka y
el brit�nico John B. Gurdon, quienes han revolucionado la investigaci�n de c�mo se
desarrollan los organismos y las c�lulas.1?

Fotograf�a bacteriana
La fotograf�a bacteriana es un ejemplo de biolog�a sint�tica a peque�a escala que
usa c�lulas de Escherichia coli modificadas gen�ticamente.2?

Medio ambiente
Las investigaciones se est�n dirigiendo hacia el dise�o de sistemas complejos y el
redise�o de componentes biol�gicos inspirados en circuitos electr�nicos.

Biorremediaci�n
El empleo de bacterias y hongos modificados como herramientas con el fin de
eliminar compuestos t�xicos y no contaminar los ecosistemas.

Explotaci�n de reservas mineras de baja calidad

Dise�o de microorganismos capaces de extraer minerales de inter�s presentes incluso
en bajas concentraciones, debido a la sobreexplotaci�n de la mina o a la baja
calidad de la misma.

Seguridad de organismos transg�nicos

La inserci�n de �cidos nucleicos no naturales en secuencias transg�nicas
proporcionar�a un mecanismo de control de estos organismos, ya que su presencia
depender�a exclusivamente del aporte de percusores de �cidos nucleicos no
naturales, los cuales no se encuentran en la naturaleza.

Biosensores
Dispositivos compactos de an�lisis que se componen de un elemento capaz de
reconocer e interaccionar con sustancias o microorganismos de inter�s, y de un
sistema electr�nico que permite procesar la se�al producida por esta interacci�n.

Energ�a
La producci�n de bioenerg�a mediante microorganismos sint�ticos se encuentra en sus
primeras etapas de desarrollo. Se trata de una aplicaci�n realista que para su
desarrollo necesita de una mayor evoluci�n en las tecnolog�as en las que se basa.
En primer lugar, es necesario identificar el n�mero de genes m�nimos e
indispensables para la vida, para posteriormente redise�ar rutas metab�licas
novedosas encaminadas a la producci�n de energ�a. Existen tres campos de
investigaci�n principales en cuanto a producci�n de bioenerg�a mediante Biolog�a
Sint�tica, la producci�n de hidr�geno o etanol, la conversi�n eficiente de residuos
en energ�a y la conversi�n de energ�a solar en hidr�geno.

Nuevos biomateriales
Los biomateriales son materiales farmacol�gicamente inertes, utilizados para ser
incorporados o implantados dentro de un sistema vivo para reemplazar o restaurar
alguna funci�n permaneciendo en contacto permanente o intermitente con fluidos
corporales. Ser� posible dise�ar o modificar c�lulas y microorganismos para que
sean capaces de sintetizar polip�ptidos constituidos por amino�cidos no naturales
que posean propiedades interesantes. Entre las nuevas propiedades se encontrar�an
la capacidad de entrecruzamiento o el reconocimiento de mol�culas (�til para la
uni�n de materiales entre s�). Uno de los retos de la nanotecnolog�a y de la
ingenier�a de biomateriales es conseguir alcanzar un mayor grado de control en la
manipulaci�n de los nanomateriales. La Biolog�a Sint�tica proporciona herramientas
para conseguir este control. Las prote�nas motoras de la c�lula se pueden programar
para transportar nanopart�culas a una localizaci�n concreta, y el ADN se ha
empleado como molde para el ensamblaje de objetos de escala nanom�trica sobre su
superficie.

Perspectivas futuras de la biolog�a sint�tica

Su futuro desarrollo supondr� un impacto para la biolog�a y la biotecnolog�a actual
comparable al impacto que ha tenido la introducci�n de la inform�tica en las
distintas disciplinas cient�ficas. Seg�n los expertos consultados, las aplicaciones
de Biolog�a Sint�tica con unas perspectivas de desarrollo m�s inminentes son las
relacionadas con el medio ambiente, mientras que la Biomedicina se presenta como la
aplicaci�n con unas perspectivas de desarrollo a m�s largo plazo, el resto de
aplicaciones se encuentran en una situaci�n intermedia.

Perspectivas a corto plazo

Medio Ambiente es el campo de aplicaci�n de la Biolog�a Sint�tica que los expertos
han valorado con unas perspectivas de desarrollo m�s cercanas en el tiempo y, por
debajo de la Biomedicina, es el �rea donde existe mayor inter�s entre ellos. Las
aplicaciones de Biolog�a Sint�tica que pertenecen al �mbito del Medio Ambiente,
tales como la seguridad de organismos transg�nicos y la explotaci�n de reservas
mineras de baja calidad, son situadas en un plazo de tiempo de 5 a 10 a�os.

Perspectivas a medio plazo

Los expertos consultados sit�an a la s�ntesis de nuevos materiales en un plazo de
tiempo de 5 a 10 a�os, el desarrollo de nuevos materiales mediante t�cnicas de
Biolog�a Sint�tica se encuentra estrechamente relacionado con otra disciplina con
grandes perspectivas de desarrollo, la nanotecnolog�a. En cuanto a las aplicaciones
de la Biolog�a Sint�tica relacionadas con Procesos Industriales la necesidad de
disponer de enzimas con caracter�sticas m�s espec�ficas hace que este sea un campo
con una gran actividad investigadora.

Perspectivas a largo plazo

La Biomedicina es el que m�s investigadores se�alan como �rea de inter�s principal
de la Biolog�a Sint�tica, seg�n estos, la Biomedicina alcanzar� un mayor grado de
desarrollo en un per�odo de tiempo comprendido entre 10 y 15 a�os.

V�ase tambi�n
Vida sint�tica
Referencias
El Mundo. �El Nobel de Medicina premia a los 'padres' de la reprogramaci�n
celular�. Consultado el 10 de octubre de 2012.
Madigan, Michael T. (2009). Brock Biolog�a de los Microorganismos (12va edici�n).
Pearson Addison Wesley.
Enlaces externos
Genoma Espa�a
Fundaci�n de la Universidad Aut�noma de Madrid
Asociaci�n de empresas biotecnol�gicas de la comunidad de Madrid
Convention on Biological Diversity
Synthetic Biology
Biolog�a Sint�tica