Chapitre2 :la

Nomenclature Standard et l’identification ,

Principaux Types de Classification

La Nomenclature Standard

La nomenclature est l’ensemble des règles qui président à l’attribution d’un nom à chaque
taxon. L’espèce est à la base de la classification. Les principaux groupes taxonomiques sont les
suivants :

Exemples

Procaryotae

Gracilicutes

Scotobacteria

Bacilles à Gram négatif AAF

Enterobacteriaceae

Escherichia

Escherichia coli

Figure3 : les rangs taxonomiques hiérarchiques

De plus, on reconnaît à l’intérieur de l’espèce : des biovars, des sérovars des lysovars et des
pathovars: souches appartenant à la même espèce mais présentant respectivement : des
marqueurs biologiques chimiques, des antigènes, des sensibilités aux phages ou des pouvoirs
pathogènes différents.

1. Règles

Elles relèvent du Code International de Nomenclature (CIN).

 Le Code de Nomenclature reconnaît les groupes taxonomiques

suivants : classe (classis), sous-classe(subclassis), ordre (ordo ; abréviation ord.), sous-
ordre (subordo ; abréviation subord.), famille(familia ; abréviation fam.), sous-
famille (subfamilia ; abréviation subfam.), tribu (tribus), sous-
 tribu(subtribus), genre (genus ; abréviation gen.), sous-genre (subgenus ; abréviation
subgen.), espèce(species ;abréviation sp.), sous-espèce (subspecies ;abréviation subsp.).
 Toutes les nomenclatures sont des mots latins ou latinisés et de tels mots sont
traditionnellement écrits en italiques ou ils sont soulignés dans un manuscrit. La
typographie relève du domaine éditorial et non de la nomenclature si bien que le Code
de Nomenclature ne donne aucune directive concernant l'utilisation des italiques ou du
soulignement. Cette absence de directive est volontaire et ne correspond nullement à un
oubli.
 Aucun signe diacritique (á, à, â, ä, ã, é, è, ê, ë, í, î, ï, ñ, ó, ò, ô, ö, õ, ú, ù, û, ü, æ...) n'est
toléré et les mots ne doivent pas contenir de trait d'union.

Ex: on doit écrire Bacteroides et non Bacteroïdes ou Nocardia otitidiscaviarum et

non Nocardia otitidis-caviarum.

2. Particularités

 Classes et sous-classes

Les noms des classes et des sous-classes prennent une majuscule. Stackebrandt a proposé de
caractériser les classes par le suffixe -ia et les sous-classes par le suffixe -idae. Ces propositions
ne sont pas officielles et leur respect n'est donc pas obligatoire.

En janvier 2002, Cavalier-Smith a introduit le concept de super-classe (superclassis) mais un

tel rang hiérarchique n'est pas reconnu par le Code de Nomenclature.

 Ordres, sous-ordres, familles, sous-familles, tribus et sous-tribus

Les noms des taxons d'un rang hiérarchique supérieur au genre et incluant les ordres sont
au féminin pluriel, ils prennent une majuscule et ce sont des substantifs ou des adjectifs traités
comme des substantifs. Ces noms sont formés en rajoutant un suffixe à la racine du nom du
genre type : -ales pour l'ordre, -ineae pour le sous-ordre, -aceae pour la famille, -oideae pour la
sous-famille, -eae pour la tribu et -inae pour la sous-tribu.

En latin ou en grec, la racine d'un nom se trouve généralement dans le génitif. Ainsi, la racine
du nom de genre Actinomyces (nom grec actis -inis signifiant un rayon et nom grec myces -
etis signifiant un champignon) est actinomycet- d'où les noms corrects donnés à la famille
des Actinomycetaceae et à l'ordre des Actinomycetales. En revanche, la nomenclature du sous-
ordre des Actinomycineae est incorrecte et elle devrait être remplacée par "Actinomycetineae".

 Genres et sous-genres

Les noms des genres et des sous-genres sont au singulier, ils prennent une majuscule, ce sont
des substantifs ou des adjectifs traités comme des substantifs et ce sont des noms latins ou
latinisés.

Lorsqu'il est suivi d'un nom d'espèce, le nom d'un sous-genre est placé entre parenthèses et il
est précédé de l'abréviation "subgen."
Ex : Moraxella (subgen. Branhamella) catarrhalis.
Les noms de genre et de sous-genre sont identiques pour le taxon qui inclut l'espèce type.
Ex : Moraxella pour le sous-genre qui inclut l'espèce type du genre Moraxella.

Les noms de genre peuvent être au masculin ou au féminin ou au neutre. Un nom de genre
emprunté au latin ou au grec conserve son genre d'origine.
Ex : Bacillus (nom latin masculin signifiant une baguette) est un nom masculin, Sarcina (nom
latin féminin signifiant un paquet) est un nom féminin, Stella (nom latin féminin signifiant une
étoile) est un nom féminin…

 Espèces

Les noms d’espèce sont écrits en italiques ou soulignés, sans majuscule.

Ex : Pseudomonas aeruginosa (genre Pseudomonas, espèce aeruginosa) ou P. aeruginosa.

Taxonomie phénotypique
C’est un système de regroupement des organismes, basé sur une estimation objective des
ressemblances (étude du phénotype : manifestation apparente du patrimoine héréditaire).

Quels critères de classification choisir ?

On peut analyser beaucoup de caractères, non pondérés, mais qui présentent tous la même
valeur comparative puisque la correspondance entre le phénotype et la taille du génome codant
n’est pas vraiment connue.

1. La morphologie
L’étude de l’anatomie des microorganismes permet de collecter un nombre importants de
caractères discriminants d’un intérêt taxonomique indispensable. Ceci englobe l’étude de :

- la forme des cellules,

- leur taille,
- leur mode de regroupement,
- la présence des enveloppes (capsule, paroi, membrane),
- Le chromosome et plasmides,
- Les appendices externes (flagelle, pili sexuel et communs),
- La spore de résistance.

2. La physiologie et métabolisme
Les caractéristiques physiologiques et métaboliques sont tres utiles car sont en directe relation
avec la nature et l’activité enzymatique et protéique. Et comme les protéines sont des produits
des gènes, leur étude fournit une comparaison indirecte des génomes. Ces caractères reflètent la
nutrition et la croissance microbienne. On cite

- Les sources de C, d’azote et d’énergie (métabolisme et types trophiques)

- La mobilité
- Métabolites secondaires et produits de fermentation
 - Sensibilité aux inhibiteurs tels que les antibiotiques
- Conditions optimales de croissance
- Vitesse de croissance

3. L’écologie
Beaucoup de propriétés sont de nature écologique puisque traduisent la relation entre le
microorganisme et son environnement. Elles ont une valeur taxonomique, car des espèces très
proches peuvent différer considérablement quant à leurs caractéristiques écologiques :

- Mode de vie
- Nature de relation avec les autres organismes ex : symbiose, commensalisme
- Pathogénicité
- Conditions abiotiques de vie (pH, température, O2, pression osmotique…)

4. L’analyse génétique
L’étude des échanges chromosomiques par transformation et conjugaison s’est révélée parfois
utile à la classification des procaryotes. La transformation se produit entre procaryotes
d’espèces différentes, mais rarement de genres différents. La démonstration d’une
transformation entre deux souches prouve une relation étroite ; puisque la transformation ne se
produit que lorsque les génomes sont très semblables. Idem pour la conjugaison.

L’étude des plasmides est taxonomiquement intéressante puisqu’ils sont présents chez la
plupart des genres bactériens et portent des gènes codant pour des traits phénotypiques.

5. La Chimiotaxonomie
Il s’agit de l’analyse physico-chimique des cellules bactériennes ou de leurs composants dans
un but taxonomique.
Ex : chez les bactéries à Gram positif, la composition en acides aminés du peptidoglycane peut
être un critère de genre. Les différentes techniques appliquées sont :

- L’étude de la composition chimique des parois cellulaires.

- L’analyse des acides gras cellulaires (FAME « Fatty acide methyl ester »).
- L’électrophorèse des protéines cellulaires totales (SDS-PAGE « sodium dodecyl sulfate
polyacrelamide gel electrophoresis »).
- L’MLEE (« multilocus enzyme electrophoresis »)
- La pyrolyse

6. La taxonomie immunologique
Les bactéries sont des mosaïques d’antigènes. L’identification de ces structures de surface
peut être utilisée à des fins taxonomiques.
Ex : subdivision de l’espèce Salmonella enterica en de nombreux sérotypes.
Partie 2 : Taxonomie numérique
Une autre approche de la taxonomie, dites numérique s’est développé grâce aux travaux de
Sneath en 1957, alors que l’idée même de cette méthode avait été proposée par le botaniste
français Adanson en 1763. Elle utilise un très grand nombre de caractères phénotypiques
(supérieur à 50) tous d’égale importance, pour chaque souche bactérienne alors que dans
l’approche classique, seuls certains caractères bien choisis sont utilisés.

Tous ces caractères sont traduits mathématiquement pour calculer des valeurs de similitude
entre les souches pour former des groupes de similitude. Ces méthodes ont progressé grâce aux
travaux de Sokal et Sneath en 1963 et 1973 et elles ont été appliquées aux bactéries par de
nombreux microbiologistes dans les années 1970.

1. Mesure de l’affinité entre deux individus

Les données taxonomiques se présentent sous forme d'une matrice de données: tableau de N
lignes (N = nombre d'individus) et n colonnes (n = nombre de caractères).

Exemple simplifié de taxonomie numérique: matrice de données (6 souches, 20 caractères)

Réponses aux tests T1 à T20

Souches
0: caractère négatif; 1: caractère positif
S1 001 001 011 111 101 000 00
S2 111 011 000 011 101 010 00
S3 001 001 011 101 011 000 10
S4 001 100 011 111 101 000 00
S5 010 001 011 101 011 000 10
S6 011 011 000 011 101 010 00

Pour estimer l'affinité entre 2 souches i et j, on utilise le coefficient de Jaccard-Sneath:

S (i,j) = Na/(Na + Nb)

S (i,j) = coefficient de similitude entre i et j (varie de 0 à 1)

Na = nombre de caractères positifs chez i et chez j
Nb = nombre de caractères différents chez i et j.

Ex : S (S5, S6) = 4 / (4+10) = 4 / 14 = 0,3

On peut aussi utiliser un indice de distance, D:

D (i,j) = 1 - S(i,j)

D = 0 pour 2 souches semblables (S (i,j) = 1)

D = 1 pour 2 souches n'ayant aucun caractère commun (S (i,j) = 0)
L'arbre de classification est constitué par la liste des éléments (souches) qui se sont agrégés
pour des niveaux hiérarchiques de plus en plus hauts, entre 0 (similitude complète entre 2
souches) et 100%.

Cet arbre est présenté graphiquement par un dendogramme:

Figure 1: dendrogramme des relations entre les 6 souches.

Partie 3 : Taxonomie phylogénétique-moléculaire

L'étude globale du phénotype d'un individu, selon les méthodes décrites précédemment, ne
renseigne que très imparfaitement sur la nature du génome, car:

- Des individus très différents génétiquement mais vivant dans la même niche
écologique, peuvent présenter les mêmes propriétés physiologiques.
- Le phénotype ne peut exprimer la totalité du génotype (il y a environ 5000 gènes
dans le chromosome d'E.coli).

C'est pourquoi le génotype doit être étudié pour une classification plus rigoureuse. Il conduit à
la notion de genospecies.

Plusieurs techniques sont employées :

- La recherche du GC% ou coefficient de CHARGAFF

- le taux d'hybridation ADN/ADN
 - Les profils de restriction par la technique PFGE (“pulsed-field gel electrophoresis”)et
RFLP (« restriction fragments lenth polymorphism »).
- La caractérisation plasmidique
- Le séquençage des ARNribosomiques 16S, 5S et 23S
- La méthode LMW (“low molecular weight”)RNA staircase electrophoresis
- Méthodes de typage basées sur PCR (Ribotypage, ARDRA, AFLP, RAPD, rep-PCR)

1. Coefficient de Chargaff

Chargaff a montré que le contenu en bases puriques (guanine = G et adénine = A) et

pyrimidiques (cytosine = C et thymine = T) de l'ADN variait d'un organisme à l'autre, mais
était constant dans une espèce donnée. Puisque les bases sont toujours appariées
spécifiquement (G avec C, A avec T), le contenu en bases de l'ADN a d'abord été exprimé par
le coefficient de Chargaff: K = (A + T) / (G + C)

Actuellement, on préfère le coefficient GC%:

GC% = (G + C) x 100 / (A + T + G + C)

- 2 bactéries appartenant à la même espèce auront des GC% identiques.

- 2 bactéries dont les GC% diffèrent de plus de 5% appartiennent à des espèces différentes.

-2 bactéries ayant des GC% identiques n'appartiennent pas forcément à la même espèce (les
séquences de bases peuvent être très différentes).

2. Taux d'hybridation ADN/ADN

Lorsque deux valeurs de GC% sont identiques, la preuve que les 2 taxons descendent d'un
ancêtre commun ne peut être apportée qu'en montrant que les séquences de leurs nucléotides
sont identiques ou très voisines : on estime le taux d'hybridation de leur ADN au cours de la
renaturation de l'ADN.

Les techniques d’hybridation ont permis :

- De rapprocher des genres bactériens qui étaient à priori assez éloignés Ex : les
genres Shigella et Escherichia de la famille des Enterobacteriaceae, phénotypiquement
éloignés (caractères biochimiques différents) et génotypiquement : les deux genres sont
proches (% d’hybridation supérieur à 70%)
- De créer des espèces ou genres nouveaux.

Mais plus récemment, de nouvelles techniques plus rapides et nécessitantes moins d’ADN
ont été décrites qui devrait remplacer les techniques classiques lourdes et nécessitant
de grandes quantités d’ADN.
 3. Profils de restriction

L’identification précise d’une bactérie peut être faite grâce à l’analyse des profils de restriction
(électrophorèse) obtenus par action d’enzymes de restriction (endonucléases qui coupent
l’ADN en des points précis et connus). Les profils obtenus sont comparés à ceux de souches
connues (voir cours de biochimie).

Par exemples : RFLP (ou polymorphisme des fragments de restriction), et PFGE (ou pulsed
field gel electrophoresis) ou le génome subit l’action des enzymes de restriction, générant ainsi
des fragments constituants des profils spécifiques. Il s’agit de techniques rapides, très
performantes, informatives et relativement accessibles à de nombreux laboratoires.

4. La caractérisation plasmidique

C’est déterminer le nombre et la taille des plasmides dans une cellule bactérienne. Cette
méthode été utilisée pour caractériser des souches bactériennes appartenant au genre rhizobium,
entre elles. Cependant, cette étude a perdu peu à peu de son intérêt du fait qu’ils ne constituent
pas un critère de valeur taxonomique. L’arrivée des techniques de la PCR et du séquençage a
ensuite ouvert la porte à d’autres moyens de caractérisation.

5. Séquençage des ARN ribosomaux 16S, 5S et 23S

La structure des ARN est le reflet de l’information génétique. Le séquençage de ces molécules
peut donc être utilisé à des fins taxonomiques.
Parmi les trois types d’ARN (23S, 16S et 5S), l’ARN 16S est le plus souvent analysé.

Lorsque les ARN 16S de 2 organismes contiennent un ou plusieurs oligonucléotides

semblables, ils sont apparentés.

6. Méthodes de typage basées sur PCR

La PCR (ou polymérase chaine reaction), a permis le développement de nombreuses techniques
de typage de génétique qui ont l’intérêt d’être universelles, simples et rapides. Elles ont
beaucoup servi à la description de nouveaux taxons. Parmi ces techniques :

- Ribotypage: c’est l’analyse des gènes codants pour les ARN des ribosomes.
- ARDRA, l'Analyse des fragments de restriction de l'ADN ribosomique amplifié
- AFLP, étude du polymorphisme de longueur de fragments amplifiés de l’ADN
génomique
- RAPD (random amplification of polymorphic DNA, ou AP-PCR (arbitrarily primed
PCR)
- REP-PCR (repetitive extragenic palindromic).

Partie 4 : la taxonomie polyphasique

Actuellement, la classification des bactéries se fonde sur la prise en compte d'un maximum de
données intégrés : données génétiques et constructions phylogénétiques mais aussi et toujours
données phénotypiques et données écologiques... Et, par le biais des consensus scientifiques
entre spécialistes, elle tente de recevoir l'agrément d'un maximum de bactériologistes. Les
auteurs la qualifient de "polyphasic taxonomy" que l'on peut traduire par "taxonomie
polyphasique" ou par "taxonomie mixte et consensuelle" (ce dernier terme était proposé par
Euzéby sur http://www.bacterio.cict.fr/ avant 2013).

Figure 5: arbre phylogénétique des procaryotes.