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LANG
Jochen.lang@u-bordeaux1.fr
Le paysage énergétique est une carte des différentes situations énergétiques d’une protéine. Une
protéine repliée est à l’état le moins énergétique, c’est-à-dire le plus stable.
I. Introduction et rappel :
Le pliage de protéine est un processus biologique vital, c’est comme rajouter le muscle sur les os nus
des gènes.
La structure de la protéine lui concède sa fonction, le pliage est nécessaire pour la fonction. Le
dépliage total ou partiel ne veut pas forcément dire perte de la fonction.
Dans la cellule, la structure c’est la bonne architecture. On va voir pourquoi une protéine se replie et
dans quel environnement.
La protéostasie (homéostasie des protéines) : il faut avoir au bon moment les protéines nécessaires
dans la forme correspondante. Les processus de repliage gèrent ce phénomène de protéostasie.
C’est un mécanisme clé par lequel la cellule répond rapidement aux changements de son
environnement et maintient ces protéines dans un état qui permet l’activité optimal (à ce moment).
La protéostasie intègre quelques autres notions : mutation, vieillissement, stress etc… des conditions
qui risquent de changer la fonction. Une mutation peut amener à une perte d’activité et à une
agrégation de protéine, idem lors du vieillissement, du stress cellulaire… La cellule est exposée à ces
risques, elle a besoin de mécanismes pour contrecarrer ces risques. Ces risques agissent souvent sur
le pliage de la protéine.
La protéostasie nécessite :
- Des chaperonnes
- Des facteurs de pliages (changements de liaison peptidique)
- Facteurs de dégradation
- Des voies de signalisations
Les erreurs et les dysfonctions dans la protéostasie entrainent :
- Des maladies neurodégénératives
- Maladies liées au vieillissement
- Maladie congénitale du pliage (mucoviscidose)
- Certains cancers
- Diabète de type 2
On peut réduire le taux d’une protéine dans une cellule. Ceci peut se faire lors des divisions, on noie
la protéine spécifique. Le protéasome est une machinerie spécifique qui détruit des protéines.
Le fonctionnement quinaire :
La structure quinaire représente les interactions entre protéines différentes. A chaque interaction, il
y a des domaines qui interagissent. Il existe peu de domaines d’interaction, ils sont conservés. Une
mutation dans la séquence peut changer les interactions quinaires. On remarquera donc que les
mutations ont des effets plus importants in cellule qu’in vitro.
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Rappel structure :
les acides aminés
Hélice alpha :
Feuillet Béta :
Stabilité :
Exemple : le collagène
La température de fusion est juste au-dessus de celle du corps. Cela explique que ces protéines sont
peu stables, elles peuvent donc prendre différentes formes et fonctions, cela permet également leur
transport, et leur régulation par assemblage / dégradation de complexes.
Le pliage de protéine permet également une économie d’espace.
Il peut y avoir de différentes formes de présentation d’une protéine, avec une fraction d’occupation
plus ou moins importante.
Le pliage permet de cacher les résidus hydrophobes à l’intérieur de la protéine afin qu’elle puisse
être soluble.
Le pliage :
Arrive après la synthèse. Il y a traduction, la chaine peptidique sort du ribosome. Il peut y avoir
collapsions entre résidus hydrophobes en quelques millisecondes. Il faut des mécanismes qui
peuvent travailler contre. La forme allongée et donc le début de vie d’une protéine est un état
dangereux.
L’environnement des protéines est donc dangereux pour elles : les protéases dégradent les protéines
ayant des interactions hydrophobes. Le cytosol est extrêmement dense (34%), il y a beaucoup de
contact, il y a des mouvements Brownien ce qui augmente la probabilité de contact. De plus les
protéines sont souvent synthétisées dans des polysomes.
Paradoxe de Levinthal :
Le
risque c’est que la protéine fonde des
interactions avec les autres protéines et
former des agrégats amorphes ou des
fibrilles amyloïdes (impliqués dans la
maladie d’Alzheimer).
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conformation.
Ensuite des travaux ont montrés que des protéines trouvent spontanément leur forme finale,
d’autres non.
Ils ont montrés qu’il y a des protéines en plus dont la seule tâche est d’aider d’autres protéines à
changer leur forme.
Les chaperonnes augmentent l’efficacité du processus. Elles ne donnent pas la forme. Elles évitent
que la protéine dépliée ou mal pliée s’agrège avec les autres protéines ou soit coupée par des
protéases. Elle ne possède pas l’information stérique de la protéine.
Chaperonnes – classification :
C’est une famille très large, seulement partiellement connue. La classification est approximative.
Il existe :
- les petites chaperonnes : PM<200kDa
ex : Hsp70(DNAK), Hsp40(DnaJ). Ce sont des protéines du choc thermique.
- Les grandes chaperonnes : PM > 800kDa, chaperonine. Ce sont des vraies chambres à
réaction.
Ex : GroEL / GroES (Hsp60/Hsp10)
Les chaperonnes contiennent des ATPases : le pliage coûte de l’énergie, mais ce cout est moins élevé
que la néo-synthèse ; il y a un changement de conformation, un arrangement dans l’espace.
Le système chaperonine est une boîte dans lequel le peptide rentre totalement.
Dans la levure, 2% des protéines sont des chaperonnes.
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La demi-vie d’une chaperonne libre est de 15s. La plupart des peptides naissant sont liés à une
chaperonne pendant leur synthèse.
La délétion de 2 système de chaperonnes est létale, alors que la délétion d’un seul système n’est pas
létale : elles n’ont pas de clients spécifiques.
DnaK est une pince qui prend la protéine et qui la stabilise dans l’espace pour qu’elle ait la possibilité
de trouver sa forme, elle protège la partie hydrophobe de l’agrégation.
Le système GroEL/GroES :
C’est une très grande boîte faite d’assemblage.
On a 2 parties. C’est une construction très
symétrique et répétitive (caractéristiques des
grandes machineries cellulaires). Un seul type de
sous-unité est utilisée à répétition. La sous-unité
hsp60 possède elle-même toute les informations
pour s’assembler en 28pièces.
La taille est importante (3à4fois l’épaisseur de la
membrane plasmique).
Lié à l’ATP, le chapeau se forme avec une taille et une conformation différente : sous-unité de GroES.
La liaison du chapeau entraine également un changement de conformation de la partie GroEL.
On a plusieurs sites de liaison à l’ATP, cette boite n’accepte qu’une seule protéine : cela consomme
beaucoup d’énergie, 14 molécules d’ATP vont être hydrolysés.
Un cycle est déterminé par l’électrolyse de l’ATP. Les deux chambres travaillent de manière
concertée.
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Le système sous forme d’ATP a le chapeau lié. L’électrolyse de l’ATP en ADP permet le départ du
chapeau. Puis reformation de l’ATP, fixation du chapeau dans la deuxième chambre. Et le cycle
recommence.
Le cout de l’opération est à peu près égal à 10% de la synthèse.
VII. Conclusion
Il y a différents systèmes protéines permettant aux autres protéines de se plier.
Ce ne sont pas des moules, elles ne donnent pas la forme, mais seulement du temps.
Les systèmes ne sont pas mutuellement exclusifs : une protéine peut passer par les deux systèmes.
Il y a une grande hétérogénéité de forme pour ces systèmes.
Ces systèmes existent dans les 3 règnes (archées, eucaryotes, procaryotes) avec des noms différents.
Il y a un lien entre les systèmes de pliage et de dégradation. Le pliage peut ne pas être efficace. A ce
moment-là, la protéine est transférée à un système de dégradation. Hsp40 et Hsp70 peuvent
interagir avec CHIP et BAG-1. CHIP est une protéine qui va médier l’ubiquitinylation qui donne à la
protéine l’étiquette de destruction. BAG-1 recrute le protéasome, la machinerie de destruction.
Les interactions se font dans les domaines TPR.