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hábitats median principalmente estas transformaciones.

Recurrentes estacionales dinámica de las el trófico


comunidades microbianas en Stream hábitats estructuras de macrobiota arroyo y eucariota fototrófico
microbiota han sido intensamente estudiado como
contribuyentes
Recurrentes patrones estacionales de la distribución y la producción y el flujo de energía en los sistemas lóticos
(26). A diferencia de,
abundancia microbiana en tres de tercer orden templada
Aunque microorganismos ejercen significativa, si no
corrientes dentro del sureste de Pennsylvania Piamonte importante, control
se observaron más de 4 años. Poblaciones asociado con en la química del sistema y el procesamiento de las
sedimentos y rocas cauces (epiliton) se identificaron entradas terrestres,
utilizando el terminal con enzimas de restricción hay poca comprensión de las diferencias en microbiana
(TRFLP) y la secuencia de genes ARNr 16S lótica
estructura de la población entre los biomas, similitud
amplificadas selectivamente con cebadores para el
población
dominio bacteriana. Los análisis de las magnitudes entre las corrientes dentro de un bioma, o cambios en la
relativas de las áreas de pico tRFLP mediante el uso de estructura asociada
escalamiento multidimensional no métrica resueltos con oscilaciones estacionales de los parámetros químicos
claras tendencias estacionales en las poblaciones y físicos.
epilíticos y sedimentos. Oscilaciones entre dos grupos Esta información es esencial para el desarrollo de una
dominantes de genotipos epilíticos, que explican el 86% mayor
descripción completa de la estructura trófica y
de la variación estacional en el conjunto de datos, se
biogeoquímica
correlacionaron con la temperatura y carbono orgánico de corrientes, una que incorpora más plenamente su
disuelto. Secuencias afiliados a fototrofas epilíticos relación
(cianobacterias y diatomeas cloroplastos), un al sistema proximal terrestre (11, 12, 16, 47, 48).
Rhodoferax sp., y una especie de Bacillus agrupados en comunidades microbianas en el bosque templado
el verano, mientras que las secuencias más caducifolio
estrechamente relacionados con "Betaproteobacteria" bioma están expuestos a los cambios estacionales en sus
propiedades químicas y
(putativo Burkholderia sp.), y una cianobacteria putativo
entornos físicos. Algunos de los cambios estacionales se
agrupado en el otoño primavera. Los genotipos de ven limitados,
sedimentos también agrupadas en dos grupos, y éstos como la variación en la luz y la temperatura, y su
explican el 85% de estacional variación pero influencia sobre la estructura y la actividad de
correlacionada solamente con la temperatura. Un patrón microbiana acuática
tRFLP verano se caracteriza por la prevalencia de comunidades está razonablemente bien documentados
"Betaproteobacteria", "Gammaproteobacteria", y un (4, 9, 30, 46, 51,
67). Otras variables, tales como las variaciones en el
Bacillus sp., Mientras que el patrón de invierno / flujo y terrestre
primavera se caracterizó por filotipos más estrechamente escorrentía asociada con tormentas (22, 39), se
relacionados con "Firmicutes," "gammaproteobacteria," determinan sólo parcialmente
y "nitrospirae." Un cercanos asociación entre estas por temporada, ya que las diferencias estacionales en
corrientes de cabecera y sus cuencas hidrográficas fue frecuencias de tormenta
sugerido por la recuperación de secuencias en relación se ven limitados por los patrones climáticos regionales.
muchas variables
con las poblaciones microbianas atribuidas
que la microbiota de transmisión influir directamente no
provisionalmente no sólo a las aguas dulces, sino se han circunscrito.
también los hábitats terrestres. Por ejemplo, la forma en la cantidad y calidad de
sustratos alóctonos y autóctonos (por ejemplo, disueltos
corrientes de cabecera son un enlace principal entre carbono orgánico [DOC] y el carbono orgánico
acuática y particulado [POC])
los ecosistemas terrestres, la transformación y variar, tanto estacional y entre los principales hábitats de
exportación de forma terrestre los ríos
materiales y derivados contribuyendo también a la caracterizado por sedimentos en piscinas y rocas en los
exportación a través autóctona rápidos, es muy
producción primaria. comunidades complejas de mal entendido.
macro y microbiota distribuidos entre diferentes arroyo
población se determinó a través de restricción terminales
polimorfismos de longitud de fragmentos ( tRFLP ), una
corrientes de cabecera experimentan cambios toma de huellas dactilares técnica desarrollada para la
estacionales en el
evaluación rápida de microbios estructura de la
cantidad y calidad de sustratos orgánicos procedentes de
múltiples fuentes, incluyendo hojarasca (38, 40) y la comunidad ( 35 ) . Se determinaron las secuencias casi
proliferación de algas completa para los clones correspondientes a la
que ocurre antes del cierre del dosel (30, 31). diferencias temporada fragmentos de restricción abundante. Se ha
de hábitat observado una temporada recurrentes patrón de la
en los recursos orgánicos y pura estrés existir también. abundancia de la población microbiana y la distribución
Por ejemplo, en las tres corrientes de más de cuatro años separados .
altas cargas de deposición de la zona POC y hiporreica
multivariante El análisis estadístico reveló una
afloramiento
DOC tienden a estar asociados con los hábitats de correlación de las poblaciones con cambios estacionales
sedimentos (5, 54), en la temperatura y la concentración DOC
mientras que la biomasa de algas y exudados asociados
son más consistente
presentar dentro de los biofilms epilíticos roca-asociado MATERIALES Y MÉTODOS
(30,
31). flujos variables alteran el sistema de sedimentos por Los sitios de estudio. Tres corrientes de tamaño similar
erosión (arcilla blanca Creek, Birch Run, y Cala del oeste) en
y el transporte, la redistribución de las bacterias cuencas rurales del sureste de Pennsylvania Piamonte
adheridas y probablemente (centrado alrededor de 39 ° 540N, 75 ° 5024W) se
exponiéndolos a diferentes condiciones ambientales. A
tomaron muestras para el análisis de la química del agua
pesar de que
la comunidad epilíticas no es tan propensa a la y las comunidades microbianas. Estas cuencas de estudio
translocación, las diferencias se han registrado periódicamente durante los últimos 350
en hidrodinámica se sabe que influyen en la arquitectura, años, pero las secciones de las tres corrientes
composición, y la actividad de epilíticas multiphylum seleccionadas para el muestreo de ribera han bosques
bio- intactos típico de la templada bosque de hoja caduca del
películas (7, 25), alterando el almacenamiento de Este. Las tres corrientes son parte del río Delaware
nutrientes, la captura de partículas, y
drenaje y están a menos de 20 km o menos el uno del
la absorción de soluto (6).
Para entender mejor cómo bióticos y abióticos influencia otro. Diseño experimental. sustratos lecho del río, las
de variables rocas y los sedimentos, se tomaron muestras
la estructura de la microbiota corriente, se realizó un estacionalmente durante 4 años (siete fechas entre
largo plazo noviembre de 1999 y junio 2002) de arcilla blanca Creek
estudio comparativo de las tres corrientes dentro de la y más de 2 años (cuatro fechas de enero 2001 y mayo de
misma hoja caduca
2002) a partir de Birch Run y la cala de West para
bioma. Nuestro objetivo principal fue determinar
si las poblaciones microbianas se conservaron durante evaluar los patrones estacionales de estructura de la
anual comunidad bacteriana por tRFLP y análisis de
ciclos. Al restringir nuestros sitios de estudio se replican secuencias de ARNr 16S genes recuperados por
en los arroyos vecinos dentro de un mismo bioma, que amplificación por PCR con cebadores selectivos para el
constreñidos algún control bacteriana dominio. bibliotecas de clones de arcilla
variables ambientales, incluyendo el clima, topografía, blanca Creek se construyeron a partir de la amplificación
subyacentes
Los ADN se recuperó de múltiples muestras de
la geología, la química del agua inorgánica, y la
vegetación terrestre. sedimentos recogidos durante varias temporadas o desde
múltiples muestras epilíticos recogido en un solo día en
junio. los datos moleculares estaban relacionadas con la
temperatura y la química de las muestras de agua
poblaciones de sedimentos y se caracterizaron por recogido al mismo tiempo. Para los análisis de los
epilíticos inspección molecular , utilizando tanto las patrones estacionales, las muestras fueron a posteriori
huellas digitales y comparada secuenciación de los genes agrupados por estación (invierno, enero; primavera, abril
16S rRNA . La variación estacional de estructura de la
y mayo, el verano, de junio; y el otoño, octubre y enero de 2001, Abril de 2001, mayo de 2002 y junio de
noviembre). Sa 2002.

El muestreo de las comunidades microbianas bentónicas. Variables ambientales. La temperatura y la descarga de


Las bacterias unido al lecho del río sustratos fueron White Clay Creek fueron monitoreados continuamente.
recogidos en muestras compuestas por triplicado a partir La temperatura del agua se midió con un inicio sonda
de rocas en los rápidos (Epiliton) y los sedimentos óptica StowAway. Alt se monitorizó a una estación de
superficiales en carreras. rocas sumergidas fueron medición con una tipo A grabador de flotador horizontal
retirados de el lecho del río, y una región de 60 mm de modelo 71. registros de datos continuos se reducen a
diámetro de la superficie, estaba limitado el uso un anillo valores medios diarios para uso como variables discretas
(PVC) cloruro de polivinilo sellado con una junta de en los análisis de correlación. Se recogieron muestras
arcilla Mortite. el circunscrita a continuación, el área de diarias de agua blanca cala de la arcilla para la
superficie se raspó con un cuchillo exacto, la concentración de COD análisis. Cuando se recogieron
recuperación de la material de epilíticas liberada por el muestras de bentos, se midió la temperatura con un
riego con 10 ml de agua de chorro sin filtrar. Cada campo termómetro y el agua de mano recogidos para los
material compuesto epilíticas consistió en raspados de análisis de DOC, aniones, cationes, y la conductividad.
cinco superficies delimitadas y un total de 10 ml de agua Las muestras para el análisis del Departamento de
de riego utilizado en varias ocasiones, que se Comercio se recogieron en borosilicato artículos de
combinaron en un tubo de molienda, se homogeneizó vidrio que había sido dictada C orgánico libre por la
durante 1 minuto con una mano de mortero, alícuotas en combustión (500 ° C, 6 h) y después se filtró a través de
tres viales, y congelaron en N2 líquido. Este filtros de fibra de vidrio (Whatman GF / F) con una
procedimiento se repitió dos veces más para un total de jeringa y soporte de filtro de tipo jeringa (29).
nueve tubos de cada fecha de muestreo, lo que representa concentración de COD se determinó mediante Pt-
tres compuesta epiliton muestras y 15 raspados. catalizada oxidación de persulfato, ya sea con un
Suponiendo que 10 ml de agua corriente utilizados para carbono orgánico total OI 700 o 1010 OI analizador
riego contiene 2 106 bacterias (32), que estiman que esto (29). Los aniones y cationes se midieron con un 500 de
contribuiría 2 a 4 órdenes de magnitud menos bacterias iones Dionex DX sistema de cromatografía equipada con
que las células totales recuperadas de una muestra de un detector electroquímico ED40 después de pasar cada
roca compuesta. núcleos de sedimentos se tomaron muestra a través de un estéril 0.22- m Pall Gelman HF
muestras compuestas con un 60-mmdiameter, anillo de Tuffryn Acrodisc filtrar. Conductividad se determinó
PVC de 1 cm de profundidad que se introduce en los con un medidor de conductancia YSI modelo 32, y pH se
sedimentos superficiales y levantó fuera de la corriente midió con una sonda de Fisher Scientific pH y metro.
con una perturbación mínima mediante la colocación de extracción de ADN. Se recogieron aproximadamente 0,5
una lámina de plexiglás encima y por debajo del anillo. g de cada muestra en un 2-ml tubo de microcentrífuga
La parte superior de aproximadamente 3 mm de que contiene 0,5 g de precocido (80 ° C durante al
sedimentos de tres replicar núcleos se combinaron en menos 2 h) circonio granos (diámetro 0,1 mm; Biospec).
una bolsa Whirl Pak con una espátula de metal, alícuotas Fosfato y tampones de la MT Spin Kit de ADN rápido
en tres viales, y se congelaron rápidamente en N2 para suelos (QBIOGENE, Carlsbad, CA) se añadieron a
líquido. Este procedimiento se repitió dos más veces la muestra tubos. Las muestras se procesaron en un
para un total de nueve viales a partir de tres muestras de Bio101 FastPrep (Qbiogene, Carlsbad, CA) a una
sedimentos y compuestos nueve núcleos. Los viales de velocidad de 4.5 por 15 segundos (dos veces) y se coloca
diferentes muestras de sedimentos o compuestos eran en hielo durante 1 min entre perturbaciones mecánicas.
epiliton tratadas por separado para la extracción de ADN Las muestras se centrifugaron a 4 ° C a 15.000 g durante
y análisis tRFLP. Por lo tanto, la variabilidad entre las 5 min. Los sobrenadantes se colocan en nuevos tubos, y
muestras compuestas recogidas en una fecha dada se se procesaron muestras de acuerdo con el protocolo del
tuvo en cuenta. Las muestras fueron tomadas en fabricante por elución en 50 l de pirocarbonato de dietilo
noviembre de 1999, junio de 2000, octubre de 2000, (Ambion, Austin, Texas) tratados con agua y se
almacenó a 80 ° C. Para evaluar la calidad, el ADN se
resolvió en 0,8% (peso / vol) de alta fundir geles de Holanda). Picos que representan fragmentos tRFLP se
agarosa con 1 tampón y se visualizaron por tinción con midieron como integrada áreas de los picos. Picos de
bromuro de etidio (43) Tris-acetato-EDTA. menos de 2 pares de bases aparte se binned y
normalizado utilizando la suma de la superficie total del
pico. Picos de menos de 1% de la superficie total o
El análisis tRFLP. Bacterianas secuencias de genes 16S encontrado en menos de tres perfiles replicadas fueron
rRNA fueron amplificados utilizando imprimaciones S- excluidos del análisis. los asignación de los clones a
D-Bact-1512-a-A-21 y S-D-Bact-008-a-S-17 (33). picos específicos se hizo utilizando Fragmento Finder
Primer S-D-Bact- 008-a-S-17 fue marcado en el extremo (www .ce.stahl.washington.edu) y el análisis de clones
con 6-carboxifluoresceína en el extremo 5. Cada 50- l como se describe anteriormente secuencias de genes 16S
mezcla de PCR contenía cebadores a 0,7 M, 10 M Tris- rRNA ambiental. Bacterianas secuencias de genes 16S
HCl (pH 8,8), 50 M KCl, 1,5 M de MgCl2, 25 M de rRNA se amplificaron a partir de extractos de
cada trifosfato de desoxinucleósido (Invitrogen, sedimentos y de ADN mediante el uso de epilíticas
Carlsbad, CA), 25 g de albúmina de suero bovino, y 2,5 cebadores S-D-Bact-008-a-S-17 (33) y S-D-Bact-1512-
U de polimerasa Taq DNA (Invitrogen, Carlsbad, CA). a-A-21 (33). productos de PCR se purificaron usando un
Cada mezcla de reacción se incubó en un PTC-100 kit de gel (QIAGEN, Valencia, CA) y se clonó en el
termociclador (MJ Research, Waltham, MA), utilizando pGEM-T fácil vector (Promega, Madison, Wisconsin) de
la siguiente "touchdown" parámetros: desnaturalización acuerdo con el fabricante protocolo. Los transformantes
inicial a 94 ° C durante 1 min, seguido de cuatro ciclos fueron seleccionados al azar y se inocularon en 100 l de
de desnaturalización a 94 ° C durante 30 segundos, caldo LB con 100 g ml 1 ampicilina en placas de
hibridación a 65 ° C durante 30 segundos, y extensión a microtitulación de 96 pocillos y se incubaron durante la
72 ° C durante 30 segundos. La temperatura de noche a 37 ° C. Para las muestras de sedimento, cinco
hibridación para la reacción era posteriormente reducido bibliotecas de clones eran construido a partir de ADN
en 1 ° C por ciclo, hasta una temperatura de recocido a extraído de muestras compuestas por triplicado
50 ° C era alcanzado, ciclado se continuó cinco veces recogidos en junio de 2000 (WCC77A, WCC77B, y
más a una temperatura de recocido C 50 °, y la reacción WCC77C), junio de 2002 (WCC54D), y Enero de 2001
se terminó con una extensión final a 72 ° C durante 5 (WCC60E). Una biblioteca de clones que representa a la
min. los Los productos de PCR se visualizaron en un comunidad epilíticas se construyó a partir de muestras
0,8% (peso / vol) en gel de agarosa de alta fusión compuestas tomadas en junio de 2002 (WCC54F). Los
manchado con bromuro de etidio y se cuantificó usando plásmidos fueron preparados a partir de cultivos de una
una escalera de ADN cuantitativa (Invitrogen, Carlsbad, noche de clones cultivados en LB en un RevPrep Orbit
CA) y NIH versión de la imagen 1.63 (GeneMachines, San Carlos, CA). Ciento sesenta clones
(http://rsb.info.nih.gov/nih -imagen). productos de PCR de la bibliotecas de clones de sedimentos y 16 clones de
derivados de las muestras ambientales o clones, se la biblioteca fueron inicialmente epilíticas caracterizado
digirieron durante la noche en la oscuridad a 37 ° C por determinación de la secuencia parcial
utilizando 10 U de una enzima de restricción tetramérica (aproximadamente 700 pb de la 5 terminal) usando un
(HaeIII) en un tampón de restricción estándar (One- secuenciador ABI373 (Applied Biosystems, Fremont,
Phor-All Plus; Amersham-Pharmacia). Las muestras CA), química terminador de colorante, y el 700R
digeridas se precipitaron de etanol (43), se secaron, y se imprimación (63).
analizaron usando un secuenciador de ADN ABI 377
(Applied Biosystems, Inc., Fremont, CA) operado por el
Centro de OSU de Investigación Genómica y
Biotecnología. Al menos 100 fmol de cada muestra
digerida se cargó en un gel de poliacrilamida 4% para
análisis de fragmentos de genes en el modo de escaneo.
El Genescan 500 6-carboxitetrametilrodamina Se añadió
tamaño estándar (Hae III) para cada carril muestra.
archivos ASCII de electroferogramas fueron analizados
mediante el software de análisis de Dax (van Mierlo Inc.,
Análisis estadístico. No métrica escalamiento
multidimensional (SNM) se utilizó para comparar
composiciones de fragmentos tRFLP entre las distintas
fechas de muestreo después la distancia a Sorensen se
calculó. PC-ORD versión 4 se utilizó para realizar todo
el análisis multivariado (37). El conjunto de datos en
bruto consistió en 66 muestras compuestas de 32
longitudes de los fragmentos, o unidades taxonómicas
operacionales (Otus). Para reducir el sesgo, la raíz
cuadrada del área ciento con relación se transformó
arcoseno (55). NMS se utilizó porque no requiere la
asunción de la linealidad entre las variables como en el
análisis principio-componente (37). El SNM es un
método de ordenación sobre la base de un procedimiento
de optimización iterativo que minimiza distancias
clasificados entre el conjunto de datos original y el
espacio de la ordenación. Para la ordenación, el opción
de piloto automático estaba destinado a reducirse y
exhaustiva. Elegir el eje que minimiza estrés y maximiza
la interpretación de los datos se evaluó la cantidad de la
variabilidad se explica en el conjunto de datos. El estrés,
un indicador de la bondad del ajuste, medido la inversa
Terminator química vosotros, y el 700R imprimación de la adaptación entre la matriz de datos original y el
(63). reduceddimension matrices de ordenación. valores de
inferencia filogenética. Las secuencias fueron
tensión de entre 0 y 15 dan una buena aproximación de
inspeccionados utilizando la versión Sequencher
4.0 (Gene Codes, Ann Arbor, MI), y la versión de los datos en el espacio de variables múltiples con un bajo
BLAST 2.0 se utilizó para identificar riesgo de dibujo falsa inferencias (37). Una parcela entre
estrechamente relacionados con las secuencias. se hizo la el esfuerzo final y el número de iteraciones se utilizado
alineación preliminar de las secuencias de para evaluar la estabilidad de las soluciones. Monte
usando el editor de secuencia y rápida Alinear en ARB Carlo pruebas identificó la dimensiones que dieron
(35a), y todas las alineaciones definitivas soluciones que fueron significativamente diferentes de
fueron controlados manualmente (33). Los
representantes de cada grupo se secuenciaron las debidas a el azar. La proporción de la varianza de las
por completo, utilizando cebadores de pequeña distancias entre el matriz original y el espacio de la
subunidad rRNA específicos 700R y 700F (63). ordenación que se explican se describió para cada eje.
quimérico UN gráfico conjunto se generó para mostrar la relación
secuencias se identificaron utilizando la utilidad de entre las variables ambientales de cada flujo (Tabla 1) y
comprobación de la QUIMERA los valores de ordenación del análisis NMS (37). El
Ribosomal Database Project (36). Las regiones con la
ángulo y la longitud del vector indica la dirección y la
alineación incierto no eran
utilizado para la inferencia filogenia. Las relaciones fuerza de la relación. La longitud del vector es
filogenéticas se infiere por el vecino proporcional a una función de la r 2 Los valores de los
unirse con Kimura de dos parámetros distancias dos ejes, y el ángulo se calcula como el arco coseno de la
genéticas (2: 1 de transición / transversión correlación de la variable con el eje horizontal. Los
ratio), con arranque proporciones calculadas por vecino a vectores irradian de la centroide de los valores de
participar y ordenación, y la rotación ortogonal se utilizó para hacer
máxima parsimonia utilizando PAUP (versión 4.0) (62).
girar el ejes de 90o para la facilidad de visualización.
En todos los casos, bootstrap
proporciones se calcularon a partir de 100 conjuntos de Las diferencias estacionales en White Clay Creek
datos nueva muestra. concentraciones de COD caudal de base de el período
entre noviembre de 1999 a junio de 2002 se analizaron
mediante análisis de varianza, seguido por el test de hielo del Ártico (8), pantano sphagnum (52), un
Tukey rango de Student, que controla el tipo I tasa de biorreactor de fósforo de eliminación (15), hojas de roble
error de experimento a gota (55). Se evaluaron (59), y un sistema de distribución de agua potable (65)
diferencias significativas en una nivel de error de P 0,05. (Tabla 2). Funcionalmente, algunas de las secuencias de
Números de secuencia de nucleótidos. Los datos de cianobacterias estaban más estrechamente relacionados
secuencia se han presentado a las bases de datos con las especies no fijadoras de nitrógeno tales como
GenBank bajo los números de adhesión DQ310736 a Phormidium subfuscum (12a) y algunos
DQ310758. organoheterotroph secuencias fueron los más
estrechamente relacionados con las especies tales como
RESULTADOS Burkholderia sp. (57) y quercicolus Dendrosporobacter
las tendencias anuales y estacionales en las variables
(59), que son conocidos para metabolizar una amplia
ambientales .
las tendencias anuales en las concentraciones de cationes gama de carbono compuestos (Tabla 2). Tabla 2 también
y aniones , el pH, o contiene el número de secuencias para cada clon, el
conductividad no fuera discernible (Tabla 1 ) . tamaño de la secuencia, GenBank descriptores, el hábitat
Temperatura de agua en el que se recupera la secuencia de taxones, de las
oscilan entre el 0 y 22 ° C durante los 4 años , con clara especies cultivadas, números de acceso, y el porcentaje
anual semejanza. La distribución de las secuencias de
tendencias típicas de ambientes templados (Tabla 1 ). A
pesar de que sedimentos derivados entre phyla fue el siguiente:
las tendencias estacionales de COD fueron variables , la cianobacterias, 40%; "Betaproteobacteria," 12%;
base significativamente menor "Gammaproteobacteria", 9%; "Firmicutes," 7%;
concentraciones de COD flujo (miligramos por litro de C "Phylum nov gemmatimonadetes,." 5%; "Nitrospirae,"
) eran 5%; "Bacteroidetes", 5%; "Acidobacteria", 6%;
encontrado en el invierno ( 1.27 0.27 [media "Planctomycetes," 3%; "Alphaproteobacteria," 3%;
desviaciones estándar ] ;
"Actinobacteria," 3%; y "Deltaproteobacteria," 1.2%. La
n 120 ) y significativamente más alto concentraciones se
encuentran en distribución de secuencias clonadas entre los filos
el verano ( 1.70 0.29 ; n 102 ), con concentraciones derivado de la comunidad epilíticas fue la siguiente:
intermedias cianobacterias, 25%; "Betaproteobacteria", 38%;
en la primavera ( 1,54 0,31 ; n 146 ) y otoño ( 1,51 "Gammaproteobacteria," 25%; y "Bacteroidetes," el
0,27 ; n 120 ) (Tabla 1 ) . concentraciones de COD 12%.
asociado con
caudales de aguas pluviales se produjo en todas las Análisis estadístico. la ordenación de los patrones de
estaciones y varió de 2 a 18 mg NMS tRFLP
C / litro . mostraron que las distintas comunidades se asociaron
con distinta
patrones estacionales en los ciclos anuales dentro del
epilíticas y
Las relaciones filogenéticas. Las bibliotecas de clones a hábitats de sedimentos (Fig. 2 y 3). El análisis estadístico
partir de los sedimentos comunidad en la arcilla blanca multivariado
Creek incluye tanto las bacterias y las secuencias de resueltos los cambios estacionales episódicos de las
plastidios de diatomeas (Fig 1;. Tabla 2). poblaciones en cada uno de
las tres corrientes que fueron correlacionados con los
Aproximadamente 92% de los filotipos más abundantes
cambios estacionales en
en las bibliotecas de sedimentos fueron identificados DOC y la temperatura (Fig. 2 y 3). Los cambios en los
como calculado utilizando de buen estimador (C) (21). picos tRFLP
secuencias recuperadas, tanto del sedimento y epilíticas representa clones bacterianos específicos se
comunidades fueron agrupados, en lo posible, a las correlacionaron con
secuencias de los familiares no cultivadas y cultivadas cambios en las estaciones, como veremos a
más estrechamente relacionados, que típicamente fueron continuación.
En la comunidad epilíticas, la transformación arcoseno
recuperados de ya sea terrestre o sistemas de agua dulce reducida
acuáticos, incluidos los suelos (34), y el agua del lago la inclinación en las muestras por 75%. Después de 75
sedimentos (57, 63, 64, 66), un biofilm fluvial (19), el iteraciones, el estrés de
la solución final era 12,22 y estable (Tabla 3). El final (Tablas 2 y 4). Pico 200 correspondieron con secuencias
solución mostró que dos ejes explican una variación miembro "Gammaproteobacteria" (putativo Nevskia
acumulada ramosa [19]) (Tabla 4; Fig. 1). Pico 315 también fue
en el conjunto de datos del 86%. La variación estacional
positiva correlacionado con el eje 1 y correspondían a un
en la epilíticas
comunidad fue ilustrado por la correlación de la UOT Variovorax putativo sp. (18a) (Tabla 4; Fig. 1). Pico 327,
ejes de ordenación (Tabla 4). Las muestras tomadas en la una correlación negativa con el eje 1 (Tabla 4), fue
primavera y el otoño afiliado a una secuencia clonada estrechamente
fueron separados de muestras de verano lo largo del eje relacionado con Nitrospira moscoviensis (17). eje 2
1, mientras que la caída mostró una correlación positiva con fragmentos 204- y
y las muestras de primavera fueron separados a lo largo 256-bp y una correlación negativa con el fragmento de
del eje 2 (Fig. 2). UN
213 pb (no identificada secuencia) (Tabla 4). Fragmento
216-bp fragmento de pico (pico designado 216) una
correlación negativa 204 se asoció con una Dendrosporobacter sp. (59) (Tabla
con el eje 1 se atribuyó a la "Betaproteobacteria" 4), y el fragmento 256 es similar a la secuencia
(Burkholderia sp putativo.) Y un miembro de la inculto determinada para un aislado de Australia suelos afiliados
"Gammaproteobacteria" (Cuadros 2 y 4). Picos 190 (no a la "Gammaproteobacteria" (Figura 1;. Tabla 2) (44).
identificada
secuencia) (Tabla 4), 293 (putativo subfuscum
Phormidium)
(Tablas 2 y 4), 315 (putativos ferrireducens Rhodoferax
[20]) (Tablas 2 y 4), 375 (putativo salincola Navivcula
[41])
(Tabla 4), y 400 (tipo de secuencia no identificado)
(Tabla 4) fueron
una correlación positiva con el eje 1, formando los datos
verano
clúster (r
0.5). Eje 2 mostró una correlación positiva con una
pico a 226 pb (Fig. 2), asociado con el grupo de caída.
Pico
226 era lo más parecido a una cianobacteria inculto
(Tablas
2 y 4; Higo. 1).

Las diferencias estacionales en los fragmentos de


restricción terminales recuperados de la comunidad de
sedimentos también se identificaron utilizando
ordenación NMS (Fig. 3). La transformación de los
datos originales establecer mediante la transformación
arcoseno del porcentaje de área relativa reducido el
sesgo en las muestras en un 85% para UOT. después de
los 75 iteraciones, el estrés de la solución final fue de
9,54 y estable (Tabla 3). La solución final mostró que los
dos ejes explican una variación acumulada en el
conjunto de datos de 85% (Fig. 3). eje 1 separados la
mayor parte de los flujos de la temporada. Eje 2
separados Las muestras de verano Birch Run de arcilla
blanca Creek y el Oeste de Creek (Fig. 3). Los picos
tRFLP correlacionados más positivamente con el eje 1 se
encontraban en 194 pb, 200 pb y 315 pb. Pico fue 194
afiliado a un miembro de la inculto "Betaproteobacteria"
consideran provisionales, se sugiere que la presencia de
los sistemas terrestres
microbiota presumiblemente refleja la vinculación entre
estos
arroyos y el medio ambiente terrestre, en el que están
inmersos.

NMS análisis de los patrones estacionales de lecho tRFLP epiliton y


correlación con las variables ambientales . Los símbolos representan
corrientes ( arcilla blanca Creek , azul , cala de West , verde , abedul
La ordenación se hace girar de manera ortogonal en 90 ° Ejecutar , rojo ) , estaciones (primavera , verano , cuadrados , rombos
para maximizar el coeficiente de correlación para la , círculos ; caída ; invierno, triángulos) , y años (1999, símbolo
temperatura en el eje 1 en tanto conjuntos de datos (Fig. abierta con barra vertical ; 2000 , símbolo abierta con barra horizontal
2 y 3). Tanto DOC y la temperatura eran correlacionada ; 2001 , símbolo sólido; 2002 símbolos en blanco )
con el eje 1 en el conjunto de datos epiliton (r 0.5).
Temperatura se correlacionó positivamente con el eje 1 El grado en que los ecosistemas lóticos se integran en el
en el sedimentocomunidad (r 0.5). ambiente terrestre adyacente está influenciada por orden
DISCUSIÓN de la corriente,densidad de drenaje, y los intercambios
Nuestro estudio ha establecido oscilaciones recurrentes entre los dos hidrológicos ambientes. Una interacción
de múltiples las poblaciones de bacterias dentro de las significativa fue evidente en nuestra análisis de estas tres
comunidades a través de cauces varios ciclos anuales. corrientes de tercer orden. Por ejemplo, algunos de los
Estas observaciones se extienden más corto plazo Los clones Creek sedimentos de arcilla blanca fueron más
estudios de la variación estacional en la estructura de la estrechamente relacionados con el suelo Actinobacter
población de algas (23), hongos (28), y las bacterias en spp. que a Actinobacter encuentra en lagos (20, 63, 66)
los sistemas acuáticos (53). Varios Los estudios han (Tabla 2; Fig. 1). Varios clones afiliados a los
informado de los cambios estacionales en las "gemmatimonadetes" eran similares a las secuencias de
comunidades bacterianas durante un ciclo anual (11, 12, Australia suelo, al igual que algunos de los clones
14, 18, 47), y un estudio descrito un patrón estacional "gammaproteobacteria" (Tabla 2; Fig. 1) (44). De
recurrente de funcional microbiana grupos en los manera similar, los clones y los aislados de blanco
sedimentos cauces durante un período de 3 años (61). los Cala de la arcilla integrada por representantes de los
oscilaciones que observamos englobados poblaciones Firmicutes "," el cual son comunes en los suelos y el
microbianas de ambos orígenes terrestres y acuáticos subsuelo profundo, pero son por lo general
aparentes, como se infiere de afiliación filogenética con que no se encuentra en los sistemas de agua dulce (Tabla
característica de microorganismos esos tipos de hábitat 2; Fig. 1) (25). Feris et Alabama. (18) también se
en general. Aunque nuestra comprensión de hábitat recuperó clones similares a las secuencias de bacterias
atribución para especies bacterianas y autecología debe del suelo desde las zonas hyporheic de pequeñas
ser corrientes. esto contrasta
marcadamente con censos anteriores de bacterioplancton el lecho del río sedimentos y correlación con las variables
de lagos y grandes ríos, que se identificaron pocas o ambientales . Los símbolos representan corrientes ( arcilla blanca
ninguna de las especies del suelo (11, 20, 47, Creek , azul , cala de West , verde , abedul Ejecutar , rojo ) ,
66). La producción primaria en las corrientes de estaciones (primavera , verano , cuadrados , rombos , círculos ; caída
; invierno, triángulos) , y años (1999, símbolo abierta con barra
cabecera, dominado por
vertical ; 2000 , símbolo abierta con barra horizontal ; 2001 , símbolo
fotoautótrofos algas unidas a superficies (26), se sabe
sólido; 2002 símbolos en blanco ) .
que responder a la variación estacional de nutrientes
inorgánicos y luz disponibilidad, con este último en gran
parte determinada por estacional
variación en la copa de los árboles de ribera zona (31).
En estos tres corrientes de estudio, los cambios
estacionales en eucariotas y procariotas
poblaciones autótrofos también con la temperatura y
covarió DOC (Tabla 2; Fig. 2 y 3). Fotoautótrofos eran
abundantes en la biblioteca de clones, que corresponde a
una dominante Haslea-como población (pico 379) y
estacionalmente variable Navivcula (pico
375) (41) (Tabla 2). Nuestra evaluación molecular de
temporada variación en Navicula es consistente con las
determinaciones anteriores
basado en la morfología frustule (R. L. Vannote et al.,
datos no publicados). Haslea spp. se han aislado a lo
largo el año de los sistemas acuáticos templados y tienen
una amplia rango de crecimiento de la temperatura (5 a
25 ° C) (1). la cianobacteriasecuencias (P. subfuscum)
estaban estrechamente relacionadas con la no-nitrógeno
la fijación de tipos de secuencias de los lagos templados
(41), posiblemente re-reflejando las altas
concentraciones de nitrógeno inorgánico (1.2 a 5.2
mg / l de nitrato de N) en nuestros flujos de estudio, que
drenan en las inmediaciones las tierras de cultivo y
2 y 3) es consistente con otros estudios de los
pastizales. La correlación de la temperatura con los
ecosistemas templados
cambios en la comunidad la estructura de las
muestra que los cambios en la productividad (50) y de la
comunidades tanto epilíticos y sedimentos
comunidad
estructura (61) están asociados con la temperatura. En
general,
tales correlaciones se observan cuando se mantienen la
temperatura del agua
por debajo de 20 ° C (49). La relación entre la actividad
y
la temperatura disminuye cuando la temperatura aumenta
por encima de 20 ° C,
posiblemente debido a un cambio hacia organismos más
termotolerantes
o cuando otros factores, tales como la concentración de
sustrato, se convierten
limitante (51). Esta tendencia también se observó en
estudios anteriores de
White Clay Creek, donde el sedimento y secundaria
epilíticas
productividades correlación positiva con la temperatura
en el agua
temperaturas por debajo de 20 ° C (30).
La correlación entre la concentración de COD y la
comunidad
HIGO. 3. Análisis de los patrones de NMS tRFLP de temporada para
estructura de la epilíticas, pero no el sedimento, un organoheterotroph aislado de hojas de roble
comunidad (Dendrosporobacter quercicolus) (59), fue
sugiere que las fuentes de carbono orgánico de soporte estacionalmente importante en el sedimento de
secundario
primavera / invierno comunidad (Figura 3;. Tabla 4).
partición productividad diferente entre estos dos
hábitats cauces (42, 54, 56). Mientras que las Los estudios previos de Blanco Cala de la arcilla han
poblaciones epilíticos demostrado que la producción microbiana en el epilíticas
se limitan generalmente a de carbono disuelto en el flujo y sistemas de sedimentos responde de manera diferente a
a granel y la temporada fluctuaciones en DOC (30). Por lo tanto,
carbónico endógeno (DOC y POC derivado del biofilm), aunque hasta la mitad de la la respiración heterotrófica
las poblaciones de sedimentos probable obtener recursos en sedimentos de corriente templadas puede ser
adicionales
alimentado por POC (54), la variación estacional en el
de POC arrastrado y el afloramiento de la DOC
hiporreica flujo de DOC Del hiporreico puede ser un control
zona (5, 10, 30, 54). La aparición de tanto procariotas importante variable (4). El ciclo del nitrógeno en la
como cabecera corrientes, como lo revela la distribución de
productores primarios eucariotas en el epiliton durante el nitrificantes, también está influenciado por la dinámica
verano de el ecosistema terrestre (13). Los cambios estacionales
meses sugiere un cambio de temporada hacia autóctono en los factores que influencia oxidación de nitrito y la
fuentes de carbono dentro de esta biopelícula, como
distribución de los oxidantes de nitrito en los sedimentos
también con el apoyo de antes
estimaciones de productividad primaria autóctona en la incluyen concentraciones de amoníaco, oxígeno, y la
arcilla blanca temperatura (2, 3, 64). En White Clay Creek, un
Creek (31). Este cambio daría cuenta de la aparición Nitrospiralike Se detectó la población (pico de 327) en el
estacional invierno / primavera clúster en las capas superiores del
de las poblaciones heterotróficas en la epiliton que son sedimento (Fig. 3). Mientras secuencias del gen 16S
una correlación negativa con el flujo verano grueso de
rRNA Nitrospira-como se han recuperado de una
DOC (fig.
2). En contraste con el verano, hubo una correlación variedad de ambientes, incluyendo los sedimentos
positiva fluviales (45), esta es la primera indicación de una
entre las poblaciones epilíticos y DOC mayor durante la distribución estacional de secuencias relacionadas con
primavera / bacterias putativo nitrito-oxidantes de una corriente.
otoño. Esta es la temporada de las más altas
concentraciones de COD columna de agua, En conclusión,
asociado con la caída de hojarasca de pico y períodos de nuestros datos apoyan una imagen emergente en lótica
primavera ecología de las oscilaciones estacionales estables en las
floraciones de algas antes de dosel de cierre (Fig. 2). La estructuras de la comunidad
respuesta de de dos hábitats clave de transmisión, la epiliton y
la comunidad microbiana epilíticas a estos estacional sedimentos
DOC / POC sistemas. Análisis comparativo de las secuencias del gen
entradas es evidente en el desarrollo de primavera / 16S rRNA
otoño de RALSTONIACEAE sugiere que el residente de microorganismos en esos dos
(Pico 216) (Fig 2;. Tabla 2) y es consistente con anterior hábitats
observaciones de RALSTONIACEAE asociados con se componen de una mezcla de poblaciones
descomposición provisionalmente atribuible
hojarasca (24). al suelo y ambientes acuáticos. No sabemos
si las especies terrestres son componentes activos de la
comunidad lecho, lo que contribuye al ciclo de nutrientes
y la
En contraste con la comunidad epilíticas, DOC corriente procesamiento de la materia orgánica. Sin embargo, ya
no lo hizo covariar con los patrones tRFLP sedimentos que gran parte de la
estacional (Fig. 3), lo que indica que el metabolismo por de carbono y energía que entren en las corrientes de
cabecera se deriva de
las bacterias de sedimento no es directamente vinculado
plantas en el medio ambiente terrestre, es razonable
a la producción primaria autóctono. Por ejemplo, el pico sugerir
204, lo que corresponde a una secuencia relacionada con
que las especies de suelos derivados tienen las
capacidades metabólicas
TABLA 4. coeficientes de correlación de Pearson de
fragmentos tRFLP, con afiliaciones taxonómicos y eje
de ordenamiento para cada fragmento
Medio Ambiente tRFLP (pb) eje R filiación taxonómica
de clonesa representante
Sedimentar 194 1 0,81 WCC54D-D5
(Betaproteobacteria) (Sb)
200 1 0,78 WCC77B-B3 (Gammaproteobacteria) (Sb)
315 1 0,81 WCC77D-E2 (Comamonadaceae) (Sb)
327 1 0,80 WCC7B-G12 (N. moscoviensis) (W)
204 2 0,74 WCC77C-C12 (Firmicutes) (W, Sp)
213 2 0,73 NCB (W, Sp)
256 2 0,76 WCC77B-C1 (Gammaproteobacteria) (W,
Sp)
Epiliton 190 1 0,78 Carolina del Norte
216 1 0,76 WCC54F-G07 (Burkholdariaceae) (Sp, F)
293 1 0,82 WCC54F-H08 (cianobacterias) (Sb)
315 1 0,79 WCC54F-A08 (R. ferrireducens) (Sb)
375 1 0,78 WCC54F-E08 (Navivcula salincola) (Sb)
400 1 0,80 NC
226 2 0,90 WCC54F-C06 (cianobacterias) (F)
un Su, verano; W, invierno; Sp, primavera; F, caen.
b NC, no clon se recuperó para el fragmento.
720 Hullar ET AL. Appl. REINAR. MICROBIOL.
se necesita para degradar el carbono orgánico en la
corriente y que el
comunidades microbianas cauces se estructuran, en
parte, por
la firma química generada a partir de las comunidades de
plantas específicas
asociado con el medio ambiente terrestre. la
incorporación
bacterias de activos derivados de los suelos en cauce
comunidades microbianas proporcionarían un vínculo
biológico
entre los ecosistemas terrestres y acuáticos que
complementa
las hidrológicas, químicas y enlaces detríticos que
conocemos son
importante para transmitir la estructura y función (27,
58) de los ecosistemas