hábitats median principalmente estas transformaciones.
Recurrentes estacionales dinámica de las
comunidades microbianas en Stream hábitats
Recurrentes patrones estacionales de la distribución y
abundancia microbiana en tres de tercer orden templada
corrientes dentro del sureste de Pennsylvania Piamonte
se observaron más de 4 años. Poblaciones asociado con
sedimentos y rocas cauces (epiliton) se identificaron
utilizando el terminal con enzimas de restricción
(TRFLP) y la secuencia de genes ARNr 16S
amplificadas selectivamente con cebadores para el
dominio bacteriana. Los análisis de las magnitudes
relativas de las áreas de pico tRFLP mediante el uso de
escalamiento multidimensional no métrica resueltos
claras tendencias estacionales en las poblaciones
epilíticos y sedimentos. Oscilaciones entre dos grupos
dominantes de genotipos epilíticos, que explican el 86%
de la variación estacional en el conjunto de datos, se
correlacionaron con la temperatura y carbono orgánico
disuelto. Secuencias afiliados a fototrofas epilíticos
(cianobacterias y diatomeas cloroplastos), un
Rhodoferax sp., y una especie de Bacillus agrupados en
el verano, mientras que las secuencias más
estrechamente relacionados con "Betaproteobacteria"
(putativo Burkholderia sp.), y una cianobacteria putativo
agrupado en el otoño primavera. Los genotipos de
sedimentos también agrupadas en dos grupos, y éstos
explican el 85% de estacional variación pero
correlacionada solamente con la temperatura. Un patrón
tRFLP verano se caracteriza por la prevalencia de
"Betaproteobacteria", "Gammaproteobacteria", y un
Bacillus sp., Mientras que el patrón de invierno /
primavera se caracterizó por filotipos más estrechamente
relacionados con "Firmicutes," "gammaproteobacteria,"
y "nitrospirae." Un cercanos asociación entre estas
corrientes de cabecera y sus cuencas hidrográficas fue
sugerido por la recuperación de secuencias en relación
con las poblaciones microbianas atribuidas
provisionalmente no sólo a las aguas dulces, sino
también los hábitats terrestres.
corrientes de cabecera son un enlace principal entre
acuática y
los ecosistemas terrestres, la transformación y
exportación de forma terrestre
materiales y derivados contribuyendo también a la
exportación a través autóctona
producción primaria. comunidades complejas de
macro y microbiota distribuidos entre diferentes arroyo
el trófico
estructuras de macrobiota arroyo y eucariota fototrófico
microbiota han sido intensamente estudiado como
contribuyentes
la producción y el flujo de energía en los sistemas lóticos
(26). A diferencia de,
Aunque microorganismos ejercen significativa, si no
importante, control
en la química del sistema y el procesamiento de las
entradas terrestres,
hay poca comprensión de las diferencias en microbiana
lótica
estructura de la población entre los biomas, similitud
población
entre las corrientes dentro de un bioma, o cambios en la
estructura asociada
con oscilaciones estacionales de los parámetros químicos
y físicos.
Esta información es esencial para el desarrollo de una
mayor
descripción completa de la estructura trófica y
biogeoquímica
de corrientes, una que incorpora más plenamente su
relación
al sistema proximal terrestre (11, 12, 16, 47, 48).
comunidades microbianas en el bosque templado
caducifolio
bioma están expuestos a los cambios estacionales en sus
propiedades químicas y
entornos físicos. Algunos de los cambios estacionales se
ven limitados,
como la variación en la luz y la temperatura, y su
influencia sobre la estructura y la actividad de
microbiana acuática
comunidades está razonablemente bien documentados
(4, 9, 30, 46, 51,
67). Otras variables, tales como las variaciones en el
flujo y terrestre
escorrentía asociada con tormentas (22, 39), se
determinan sólo parcialmente
por temporada, ya que las diferencias estacionales en
frecuencias de tormenta
se ven limitados por los patrones climáticos regionales.
muchas variables
que la microbiota de transmisión influir directamente no
se han circunscrito.
Por ejemplo, la forma en la cantidad y calidad de
sustratos alóctonos y autóctonos (por ejemplo, disueltos
carbono orgánico [DOC] y el carbono orgánico
particulado [POC])
variar, tanto estacional y entre los principales hábitats de
los ríos
caracterizado por sedimentos en piscinas y rocas en los
rápidos, es muy
mal entendido.

corrientes de cabecera experimentan cambios
estacionales en el
cantidad y calidad de sustratos orgánicos procedentes de
múltiples fuentes, incluyendo hojarasca (38, 40) y la
proliferación de algas
que ocurre antes del cierre del dosel (30, 31). diferencias
de hábitat
en los recursos orgánicos y pura estrés existir también.
Por ejemplo,
altas cargas de deposición de la zona POC y hiporreica
afloramiento
DOC tienden a estar asociados con los hábitats de
sedimentos (5, 54),
mientras que la biomasa de algas y exudados asociados
son más consistente
presentar dentro de los biofilms epilíticos roca-asociado
(30,
31). flujos variables alteran el sistema de sedimentos por
erosión
y el transporte, la redistribución de las bacterias
adheridas y probablemente
exponiéndolos a diferentes condiciones ambientales. A
pesar de que
la comunidad epilíticas no es tan propensa a la
translocación, las diferencias
en hidrodinámica se sabe que influyen en la arquitectura,
composición, y la actividad de epilíticas multiphylum
bio-
películas (7, 25), alterando el almacenamiento de
nutrientes, la captura de partículas, y
la absorción de soluto (6).
Para entender mejor cómo bióticos y abióticos influencia
de variables
la estructura de la microbiota corriente, se realizó un
largo plazo
estudio comparativo de las tres corrientes dentro de la
misma hoja caduca
bioma. Nuestro objetivo principal fue determinar
si las poblaciones microbianas se conservaron durante
anual
ciclos. Al restringir nuestros sitios de estudio se replican
en los arroyos vecinos dentro de un mismo bioma, que
constreñidos algún control
variables ambientales, incluyendo el clima, topografía,
subyacentes
la geología, la química del agua inorgánica, y la
vegetación terrestre.
poblaciones de sedimentos y se caracterizaron por
epilíticos inspección molecular , utilizando tanto las
huellas digitales y comparada secuenciación de los genes
16S rRNA . La variación estacional de estructura de la
población se determinó a través de restricción terminales
polimorfismos de longitud de fragmentos ( tRFLP ), una
toma de huellas dactilares técnica desarrollada para la
evaluación rápida de microbios estructura de la
comunidad ( 35 ) . Se determinaron las secuencias casi
completa para los clones correspondientes a la
temporada fragmentos de restricción abundante. Se ha
observado una temporada recurrentes patrón de la
abundancia de la población microbiana y la distribución
en las tres corrientes de más de cuatro años separados .
multivariante El análisis estadístico reveló una
correlación de las poblaciones con cambios estacionales
en la temperatura y la concentración DOC
MATERIALES Y MÉTODOS
Los sitios de estudio. Tres corrientes de tamaño similar
(arcilla blanca Creek, Birch Run, y Cala del oeste) en
cuencas rurales del sureste de Pennsylvania Piamonte
(centrado alrededor de 39 ° 540N, 75 ° 5024W) se
tomaron muestras para el análisis de la química del agua
y las comunidades microbianas. Estas cuencas de estudio
se han registrado periódicamente durante los últimos 350
años, pero las secciones de las tres corrientes
seleccionadas para el muestreo de ribera han bosques
intactos típico de la templada bosque de hoja caduca del
Este. Las tres corrientes son parte del río Delaware
drenaje y están a menos de 20 km o menos el uno del
otro. Diseño experimental. sustratos lecho del río, las
rocas y los sedimentos, se tomaron muestras
estacionalmente durante 4 años (siete fechas entre
noviembre de 1999 y junio 2002) de arcilla blanca Creek
y más de 2 años (cuatro fechas de enero 2001 y mayo de
2002) a partir de Birch Run y la cala de West para
evaluar los patrones estacionales de estructura de la
comunidad bacteriana por tRFLP y análisis de
secuencias de ARNr 16S genes recuperados por
amplificación por PCR con cebadores selectivos para el
bacteriana dominio. bibliotecas de clones de arcilla
blanca Creek se construyeron a partir de la amplificación
Los ADN se recuperó de múltiples muestras de
sedimentos recogidos durante varias temporadas o desde
múltiples muestras epilíticos recogido en un solo día en
junio. los datos moleculares estaban relacionadas con la
temperatura y la química de las muestras de agua
recogido al mismo tiempo. Para los análisis de los
patrones estacionales, las muestras fueron a posteriori
agrupados por estación (invierno, enero; primavera, abril
y mayo, el verano, de junio; y el otoño, octubre y
noviembre). Sa
El muestreo de las comunidades microbianas bentónicas.
Las bacterias unido al lecho del río sustratos fueron
recogidos en muestras compuestas por triplicado a partir
de rocas en los rápidos (Epiliton) y los sedimentos
superficiales en carreras. rocas sumergidas fueron
retirados de el lecho del río, y una región de 60 mm de
diámetro de la superficie, estaba limitado el uso un anillo
(PVC) cloruro de polivinilo sellado con una junta de
arcilla Mortite. el circunscrita a continuación, el área de
superficie se raspó con un cuchillo exacto, la
recuperación de la material de epilíticas liberada por el
riego con 10 ml de agua de chorro sin filtrar. Cada
material compuesto epilíticas consistió en raspados de
cinco superficies delimitadas y un total de 10 ml de agua
de riego utilizado en varias ocasiones, que se
combinaron en un tubo de molienda, se homogeneizó
durante 1 minuto con una mano de mortero, alícuotas en
tres viales, y congelaron en N2 líquido. Este
procedimiento se repitió dos veces más para un total de
nueve tubos de cada fecha de muestreo, lo que representa
tres compuesta epiliton muestras y 15 raspados.
Suponiendo que 10 ml de agua corriente utilizados para
riego contiene 2 106 bacterias (32), que estiman que esto
contribuiría 2 a 4 órdenes de magnitud menos bacterias
que las células totales recuperadas de una muestra de
roca compuesta. núcleos de sedimentos se tomaron
muestras compuestas con un 60-mmdiameter, anillo de
PVC de 1 cm de profundidad que se introduce en los
sedimentos superficiales y levantó fuera de la corriente
con una perturbación mínima mediante la colocación de
una lámina de plexiglás encima y por debajo del anillo.
La parte superior de aproximadamente 3 mm de
sedimentos de tres replicar núcleos se combinaron en
una bolsa Whirl Pak con una espátula de metal, alícuotas
en tres viales, y se congelaron rápidamente en N2
líquido. Este procedimiento se repitió dos más veces
para un total de nueve viales a partir de tres muestras de
sedimentos y compuestos nueve núcleos. Los viales de
diferentes muestras de sedimentos o compuestos eran
epiliton tratadas por separado para la extracción de ADN
y análisis tRFLP. Por lo tanto, la variabilidad entre las
muestras compuestas recogidas en una fecha dada se
tuvo en cuenta. Las muestras fueron tomadas en
noviembre de 1999, junio de 2000, octubre de 2000,
enero de 2001, Abril de 2001, mayo de 2002 y junio de
2002.
Variables ambientales. La temperatura y la descarga de
White Clay Creek fueron monitoreados continuamente.
La temperatura del agua se midió con un inicio sonda
óptica StowAway. Alt se monitorizó a una estación de
medición con una tipo A grabador de flotador horizontal
modelo 71. registros de datos continuos se reducen a
valores medios diarios para uso como variables discretas
en los análisis de correlación. Se recogieron muestras
diarias de agua blanca cala de la arcilla para la
concentración de COD análisis. Cuando se recogieron
muestras de bentos, se midió la temperatura con un
campo termómetro y el agua de mano recogidos para los
análisis de DOC, aniones, cationes, y la conductividad.
Las muestras para el análisis del Departamento de
Comercio se recogieron en borosilicato artículos de
vidrio que había sido dictada C orgánico libre por la
combustión (500 ° C, 6 h) y después se filtró a través de
filtros de fibra de vidrio (Whatman GF / F) con una
jeringa y soporte de filtro de tipo jeringa (29).
concentración de COD se determinó mediante Pt-
catalizada oxidación de persulfato, ya sea con un
carbono orgánico total OI 700 o 1010 OI analizador
(29). Los aniones y cationes se midieron con un 500 de
iones Dionex DX sistema de cromatografía equipada con
un detector electroquímico ED40 después de pasar cada
muestra a través de un estéril 0.22- m Pall Gelman HF
Tuffryn Acrodisc filtrar. Conductividad se determinó
con un medidor de conductancia YSI modelo 32, y pH se
midió con una sonda de Fisher Scientific pH y metro.
extracción de ADN. Se recogieron aproximadamente 0,5
g de cada muestra en un 2-ml tubo de microcentrífuga
que contiene 0,5 g de precocido (80 ° C durante al
menos 2 h) circonio granos (diámetro 0,1 mm; Biospec).
Fosfato y tampones de la MT Spin Kit de ADN rápido
para suelos (QBIOGENE, Carlsbad, CA) se añadieron a
la muestra tubos. Las muestras se procesaron en un
Bio101 FastPrep (Qbiogene, Carlsbad, CA) a una
velocidad de 4.5 por 15 segundos (dos veces) y se coloca
en hielo durante 1 min entre perturbaciones mecánicas.
Las muestras se centrifugaron a 4 ° C a 15.000 g durante
5 min. Los sobrenadantes se colocan en nuevos tubos, y
se procesaron muestras de acuerdo con el protocolo del
fabricante por elución en 50 l de pirocarbonato de dietilo
(Ambion, Austin, Texas) tratados con agua y se
almacenó a 80 ° C. Para evaluar la calidad, el ADN se
resolvió en 0,8% (peso / vol) de alta fundir geles de
agarosa con 1 tampón y se visualizaron por tinción con
bromuro de etidio (43) Tris-acetato-EDTA.
El análisis tRFLP. Bacterianas secuencias de genes 16S
rRNA fueron amplificados utilizando imprimaciones S-
D-Bact-1512-a-A-21 y S-D-Bact-008-a-S-17 (33).
Primer S-D-Bact- 008-a-S-17 fue marcado en el extremo
con 6-carboxifluoresceína en el extremo 5. Cada 50- l
mezcla de PCR contenía cebadores a 0,7 M, 10 M Tris-
HCl (pH 8,8), 50 M KCl, 1,5 M de MgCl2, 25 M de
cada trifosfato de desoxinucleósido (Invitrogen,
Carlsbad, CA), 25 g de albúmina de suero bovino, y 2,5
U de polimerasa Taq DNA (Invitrogen, Carlsbad, CA).
Cada mezcla de reacción se incubó en un PTC-100
termociclador (MJ Research, Waltham, MA), utilizando
la siguiente "touchdown" parámetros: desnaturalización
inicial a 94 ° C durante 1 min, seguido de cuatro ciclos
de desnaturalización a 94 ° C durante 30 segundos,
hibridación a 65 ° C durante 30 segundos, y extensión a
72 ° C durante 30 segundos. La temperatura de
hibridación para la reacción era posteriormente reducido
en 1 ° C por ciclo, hasta una temperatura de recocido a
50 ° C era alcanzado, ciclado se continuó cinco veces
más a una temperatura de recocido C 50 °, y la reacción
se terminó con una extensión final a 72 ° C durante 5
min. los Los productos de PCR se visualizaron en un
0,8% (peso / vol) en gel de agarosa de alta fusión
manchado con bromuro de etidio y se cuantificó usando
una escalera de ADN cuantitativa (Invitrogen, Carlsbad,
CA) y NIH versión de la imagen 1.63
(http://rsb.info.nih.gov/nih -imagen). productos de PCR
derivados de las muestras ambientales o clones, se
digirieron durante la noche en la oscuridad a 37 ° C
utilizando 10 U de una enzima de restricción tetramérica
(HaeIII) en un tampón de restricción estándar (One-
Phor-All Plus; Amersham-Pharmacia). Las muestras
digeridas se precipitaron de etanol (43), se secaron, y se
analizaron usando un secuenciador de ADN ABI 377
(Applied Biosystems, Inc., Fremont, CA) operado por el
Centro de OSU de Investigación Genómica y
Biotecnología. Al menos 100 fmol de cada muestra
digerida se cargó en un gel de poliacrilamida 4% para
análisis de fragmentos de genes en el modo de escaneo.
El Genescan 500 6-carboxitetrametilrodamina Se añadió
tamaño estándar (Hae III) para cada carril muestra.
archivos ASCII de electroferogramas fueron analizados
mediante el software de análisis de Dax (van Mierlo Inc.,
Holanda). Picos que representan fragmentos tRFLP se
midieron como integrada áreas de los picos. Picos de
menos de 2 pares de bases aparte se binned y
normalizado utilizando la suma de la superficie total del
pico. Picos de menos de 1% de la superficie total o
encontrado en menos de tres perfiles replicadas fueron
excluidos del análisis. los asignación de los clones a
picos específicos se hizo utilizando Fragmento Finder
(www .ce.stahl.washington.edu) y el análisis de clones
como se describe anteriormente secuencias de genes 16S
rRNA ambiental. Bacterianas secuencias de genes 16S
rRNA se amplificaron a partir de extractos de
sedimentos y de ADN mediante el uso de epilíticas
cebadores S-D-Bact-008-a-S-17 (33) y S-D-Bact-1512-
a-A-21 (33). productos de PCR se purificaron usando un
kit de gel (QIAGEN, Valencia, CA) y se clonó en el
pGEM-T fácil vector (Promega, Madison, Wisconsin) de
acuerdo con el fabricante protocolo. Los transformantes
fueron seleccionados al azar y se inocularon en 100 l de
caldo LB con 100 g ml 1 ampicilina en placas de
microtitulación de 96 pocillos y se incubaron durante la
noche a 37 ° C. Para las muestras de sedimento, cinco
bibliotecas de clones eran construido a partir de ADN
extraído de muestras compuestas por triplicado
recogidos en junio de 2000 (WCC77A, WCC77B, y
WCC77C), junio de 2002 (WCC54D), y Enero de 2001
(WCC60E). Una biblioteca de clones que representa a la
comunidad epilíticas se construyó a partir de muestras
compuestas tomadas en junio de 2002 (WCC54F). Los
plásmidos fueron preparados a partir de cultivos de una
noche de clones cultivados en LB en un RevPrep Orbit
(GeneMachines, San Carlos, CA). Ciento sesenta clones
de la bibliotecas de clones de sedimentos y 16 clones de
la biblioteca fueron inicialmente epilíticas caracterizado
por determinación de la secuencia parcial
(aproximadamente 700 pb de la 5 terminal) usando un
secuenciador ABI373 (Applied Biosystems, Fremont,
CA), química terminador de colorante, y el 700R
imprimación (63).

Terminator química vosotros, y el 700R imprimación
(63).
inferencia filogenética. Las secuencias fueron
inspeccionados utilizando la versión Sequencher
4.0 (Gene Codes, Ann Arbor, MI), y la versión de
BLAST 2.0 se utilizó para identificar
estrechamente relacionados con las secuencias. se hizo la
alineación preliminar de las secuencias de
usando el editor de secuencia y rápida Alinear en ARB
(35a), y todas las alineaciones definitivas
fueron controlados manualmente (33). Los
representantes de cada grupo se secuenciaron
por completo, utilizando cebadores de pequeña
subunidad rRNA específicos 700R y 700F (63).
quimérico
secuencias se identificaron utilizando la utilidad de
comprobación de la QUIMERA
Ribosomal Database Project (36). Las regiones con la
alineación incierto no eran
utilizado para la inferencia filogenia. Las relaciones
filogenéticas se infiere por el vecino
unirse con Kimura de dos parámetros distancias
genéticas (2: 1 de transición / transversión
ratio), con arranque proporciones calculadas por vecino a
participar y
máxima parsimonia utilizando PAUP (versión 4.0) (62).
En todos los casos, bootstrap
proporciones se calcularon a partir de 100 conjuntos de
datos nueva muestra.
Análisis estadístico. No métrica escalamiento
multidimensional (SNM) se utilizó para comparar
composiciones de fragmentos tRFLP entre las distintas
fechas de muestreo después la distancia a Sorensen se
calculó. PC-ORD versión 4 se utilizó para realizar todo
el análisis multivariado (37). El conjunto de datos en
bruto consistió en 66 muestras compuestas de 32
longitudes de los fragmentos, o unidades taxonómicas
operacionales (Otus). Para reducir el sesgo, la raíz
cuadrada del área ciento con relación se transformó
arcoseno (55). NMS se utilizó porque no requiere la
asunción de la linealidad entre las variables como en el
análisis principio-componente (37). El SNM es un
método de ordenación sobre la base de un procedimiento
de optimización iterativo que minimiza distancias
clasificados entre el conjunto de datos original y el
espacio de la ordenación. Para la ordenación, el opción
de piloto automático estaba destinado a reducirse y
exhaustiva. Elegir el eje que minimiza estrés y maximiza
la interpretación de los datos se evaluó la cantidad de la
variabilidad se explica en el conjunto de datos. El estrés,
un indicador de la bondad del ajuste, medido la inversa
de la adaptación entre la matriz de datos original y el
reduceddimension matrices de ordenación. valores de
tensión de entre 0 y 15 dan una buena aproximación de
los datos en el espacio de variables múltiples con un bajo
riesgo de dibujo falsa inferencias (37). Una parcela entre
el esfuerzo final y el número de iteraciones se utilizado
para evaluar la estabilidad de las soluciones. Monte
Carlo pruebas identificó la dimensiones que dieron
soluciones que fueron significativamente diferentes de
las debidas a el azar. La proporción de la varianza de las
distancias entre el matriz original y el espacio de la
ordenación que se explican se describió para cada eje.
UN gráfico conjunto se generó para mostrar la relación
entre las variables ambientales de cada flujo (Tabla 1) y
los valores de ordenación del análisis NMS (37). El
ángulo y la longitud del vector indica la dirección y la
fuerza de la relación. La longitud del vector es
proporcional a una función de la r 2 Los valores de los
dos ejes, y el ángulo se calcula como el arco coseno de la
correlación de la variable con el eje horizontal. Los
vectores irradian de la centroide de los valores de
ordenación, y la rotación ortogonal se utilizó para hacer
girar el ejes de 90o para la facilidad de visualización.
Las diferencias estacionales en White Clay Creek
concentraciones de COD caudal de base de el período
entre noviembre de 1999 a junio de 2002 se analizaron
mediante análisis de varianza, seguido por el test de
Tukey rango de Student, que controla el tipo I tasa de
error de experimento a gota (55). Se evaluaron
diferencias significativas en una nivel de error de P 0,05.
Números de secuencia de nucleótidos. Los datos de
secuencia se han presentado a las bases de datos
GenBank bajo los números de adhesión DQ310736 a
DQ310758.
RESULTADOS
las tendencias anuales y estacionales en las variables
ambientales .
las tendencias anuales en las concentraciones de cationes
y aniones , el pH, o
conductividad no fuera discernible (Tabla 1 ) .
Temperatura de agua
oscilan entre el 0 y 22 ° C durante los 4 años , con clara
anual
tendencias típicas de ambientes templados (Tabla 1 ). A
pesar de que
las tendencias estacionales de COD fueron variables , la
base significativamente menor
concentraciones de COD flujo (miligramos por litro de C
) eran
encontrado en el invierno ( 1.27 0.27 [media
desviaciones estándar ] ;
n 120 ) y significativamente más alto concentraciones se
encuentran en
el verano ( 1.70 0.29 ; n 102 ), con concentraciones
intermedias
en la primavera ( 1,54 0,31 ; n 146 ) y otoño ( 1,51
0,27 ; n 120 ) (Tabla 1 ) . concentraciones de COD
asociado con
caudales de aguas pluviales se produjo en todas las
estaciones y varió de 2 a 18 mg
C / litro .
Las relaciones filogenéticas. Las bibliotecas de clones a
partir de los sedimentos comunidad en la arcilla blanca
Creek incluye tanto las bacterias y las secuencias de
plastidios de diatomeas (Fig 1;. Tabla 2).
Aproximadamente 92% de los filotipos más abundantes
en las bibliotecas de sedimentos fueron identificados
como calculado utilizando de buen estimador (C) (21).
secuencias recuperadas, tanto del sedimento y epilíticas
comunidades fueron agrupados, en lo posible, a las
secuencias de los familiares no cultivadas y cultivadas
más estrechamente relacionados, que típicamente fueron
recuperados de ya sea terrestre o sistemas de agua dulce
acuáticos, incluidos los suelos (34), y el agua del lago
sedimentos (57, 63, 64, 66), un biofilm fluvial (19), el
hielo del Ártico (8), pantano sphagnum (52), un
biorreactor de fósforo de eliminación (15), hojas de roble
(59), y un sistema de distribución de agua potable (65)
(Tabla 2). Funcionalmente, algunas de las secuencias de
cianobacterias estaban más estrechamente relacionados
con las especies no fijadoras de nitrógeno tales como
Phormidium subfuscum (12a) y algunos
organoheterotroph secuencias fueron los más
estrechamente relacionados con las especies tales como
Burkholderia sp. (57) y quercicolus Dendrosporobacter
(59), que son conocidos para metabolizar una amplia
gama de carbono compuestos (Tabla 2). Tabla 2 también
contiene el número de secuencias para cada clon, el
tamaño de la secuencia, GenBank descriptores, el hábitat
en el que se recupera la secuencia de taxones, de las
especies cultivadas, números de acceso, y el porcentaje
semejanza. La distribución de las secuencias de
sedimentos derivados entre phyla fue el siguiente:
cianobacterias, 40%; "Betaproteobacteria," 12%;
"Gammaproteobacteria", 9%; "Firmicutes," 7%;
"Phylum nov gemmatimonadetes,." 5%; "Nitrospirae,"
5%; "Bacteroidetes", 5%; "Acidobacteria", 6%;
"Planctomycetes," 3%; "Alphaproteobacteria," 3%;
"Actinobacteria," 3%; y "Deltaproteobacteria," 1.2%. La
distribución de secuencias clonadas entre los filos
derivado de la comunidad epilíticas fue la siguiente:
cianobacterias, 25%; "Betaproteobacteria", 38%;
"Gammaproteobacteria," 25%; y "Bacteroidetes," el
12%.
Análisis estadístico. la ordenación de los patrones de
NMS tRFLP
mostraron que las distintas comunidades se asociaron
con distinta
patrones estacionales en los ciclos anuales dentro del
epilíticas y
hábitats de sedimentos (Fig. 2 y 3). El análisis estadístico
multivariado
resueltos los cambios estacionales episódicos de las
poblaciones en cada uno de
las tres corrientes que fueron correlacionados con los
cambios estacionales en
DOC y la temperatura (Fig. 2 y 3). Los cambios en los
picos tRFLP
representa clones bacterianos específicos se
correlacionaron con
cambios en las estaciones, como veremos a
continuación.
En la comunidad epilíticas, la transformación arcoseno
reducida
la inclinación en las muestras por 75%. Después de 75
iteraciones, el estrés de
la solución final era 12,22 y estable (Tabla 3). El final (Tablas 2 y 4). Pico 200 correspondieron con secuencias
solución mostró que dos ejes explican una variación miembro "Gammaproteobacteria" (putativo Nevskia
acumulada ramosa [19]) (Tabla 4; Fig. 1). Pico 315 también fue
en el conjunto de datos del 86%. La variación estacional
positiva correlacionado con el eje 1 y correspondían a un
en la epilíticas
comunidad fue ilustrado por la correlación de la UOT Variovorax putativo sp. (18a) (Tabla 4; Fig. 1). Pico 327,
ejes de ordenación (Tabla 4). Las muestras tomadas en la una correlación negativa con el eje 1 (Tabla 4), fue
primavera y el otoño afiliado a una secuencia clonada estrechamente
fueron separados de muestras de verano lo largo del eje relacionado con Nitrospira moscoviensis (17). eje 2
1, mientras que la caída mostró una correlación positiva con fragmentos 204- y
y las muestras de primavera fueron separados a lo largo 256-bp y una correlación negativa con el fragmento de
del eje 2 (Fig. 2). UN
213 pb (no identificada secuencia) (Tabla 4). Fragmento
216-bp fragmento de pico (pico designado 216) una
correlación negativa 204 se asoció con una Dendrosporobacter sp. (59) (Tabla
con el eje 1 se atribuyó a la "Betaproteobacteria" 4), y el fragmento 256 es similar a la secuencia
(Burkholderia sp putativo.) Y un miembro de la inculto determinada para un aislado de Australia suelos afiliados
"Gammaproteobacteria" (Cuadros 2 y 4). Picos 190 (no a la "Gammaproteobacteria" (Figura 1;. Tabla 2) (44).
identificada
secuencia) (Tabla 4), 293 (putativo subfuscum
Phormidium)
(Tablas 2 y 4), 315 (putativos ferrireducens Rhodoferax
[20]) (Tablas 2 y 4), 375 (putativo salincola Navivcula
[41])
(Tabla 4), y 400 (tipo de secuencia no identificado)
(Tabla 4) fueron
una correlación positiva con el eje 1, formando los datos
verano
clúster (r
0.5). Eje 2 mostró una correlación positiva con una
pico a 226 pb (Fig. 2), asociado con el grupo de caída.
Pico
226 era lo más parecido a una cianobacteria inculto
(Tablas
2 y 4; Higo. 1).

Las diferencias estacionales en los fragmentos de

restricción terminales recuperados de la comunidad de
sedimentos también se identificaron utilizando
ordenación NMS (Fig. 3). La transformación de los
datos originales establecer mediante la transformación
arcoseno del porcentaje de área relativa reducido el
sesgo en las muestras en un 85% para UOT. después de
los 75 iteraciones, el estrés de la solución final fue de
9,54 y estable (Tabla 3). La solución final mostró que los
dos ejes explican una variación acumulada en el
conjunto de datos de 85% (Fig. 3). eje 1 separados la
mayor parte de los flujos de la temporada. Eje 2
separados Las muestras de verano Birch Run de arcilla
blanca Creek y el Oeste de Creek (Fig. 3). Los picos
tRFLP correlacionados más positivamente con el eje 1 se
encontraban en 194 pb, 200 pb y 315 pb. Pico fue 194
afiliado a un miembro de la inculto "Betaproteobacteria"

La ordenación se hace girar de manera ortogonal en 90 °
para maximizar el coeficiente de correlación para la
temperatura en el eje 1 en tanto conjuntos de datos (Fig.
2 y 3). Tanto DOC y la temperatura eran correlacionada
con el eje 1 en el conjunto de datos epiliton (r 0.5).
Temperatura se correlacionó positivamente con el eje 1
en el sedimentocomunidad (r 0.5).
DISCUSIÓN
Nuestro estudio ha establecido oscilaciones recurrentes
de múltiples las poblaciones de bacterias dentro de las
comunidades a través de cauces varios ciclos anuales.
Estas observaciones se extienden más corto plazo Los
estudios de la variación estacional en la estructura de la
población de algas (23), hongos (28), y las bacterias en
los sistemas acuáticos (53). Varios Los estudios han
informado de los cambios estacionales en las
comunidades bacterianas durante un ciclo anual (11, 12,
14, 18, 47), y un estudio descrito un patrón estacional
recurrente de funcional microbiana grupos en los
sedimentos cauces durante un período de 3 años (61). los
oscilaciones que observamos englobados poblaciones
microbianas de ambos orígenes terrestres y acuáticos
aparentes, como se infiere de afiliación filogenética con
característica de microorganismos esos tipos de hábitat
en general. Aunque nuestra comprensión de hábitat
atribución para especies bacterianas y autecología debe
ser
consideran provisionales, se sugiere que la presencia de
los sistemas terrestres
microbiota presumiblemente refleja la vinculación entre
estos
arroyos y el medio ambiente terrestre, en el que están
inmersos.
NMS análisis de los patrones estacionales de lecho tRFLP epiliton y
correlación con las variables ambientales . Los símbolos representan
corrientes ( arcilla blanca Creek , azul , cala de West , verde , abedul
Ejecutar , rojo ) , estaciones (primavera , verano , cuadrados , rombos
, círculos ; caída ; invierno, triángulos) , y años (1999, símbolo
abierta con barra vertical ; 2000 , símbolo abierta con barra horizontal
; 2001 , símbolo sólido; 2002 símbolos en blanco )
El grado en que los ecosistemas lóticos se integran en el
ambiente terrestre adyacente está influenciada por orden
de la corriente,densidad de drenaje, y los intercambios
entre los dos hidrológicos ambientes. Una interacción
significativa fue evidente en nuestra análisis de estas tres
corrientes de tercer orden. Por ejemplo, algunos de los
clones Creek sedimentos de arcilla blanca fueron más
estrechamente relacionados con el suelo Actinobacter
spp. que a Actinobacter encuentra en lagos (20, 63, 66)
(Tabla 2; Fig. 1). Varios clones afiliados a los
"gemmatimonadetes" eran similares a las secuencias de
Australia suelo, al igual que algunos de los clones
"gammaproteobacteria" (Tabla 2; Fig. 1) (44). De
manera similar, los clones y los aislados de blanco
Cala de la arcilla integrada por representantes de los
Firmicutes "," el cual son comunes en los suelos y el
subsuelo profundo, pero son por lo general
que no se encuentra en los sistemas de agua dulce (Tabla
2; Fig. 1) (25). Feris et Alabama. (18) también se
recuperó clones similares a las secuencias de bacterias
del suelo desde las zonas hyporheic de pequeñas
corrientes. esto contrasta
marcadamente con censos anteriores de bacterioplancton el lecho del río sedimentos y correlación con las variables
de lagos y grandes ríos, que se identificaron pocas o ambientales . Los símbolos representan corrientes ( arcilla blanca
ninguna de las especies del suelo (11, 20, 47, Creek , azul , cala de West , verde , abedul Ejecutar , rojo ) ,
66). La producción primaria en las corrientes de estaciones (primavera , verano , cuadrados , rombos , círculos ; caída
; invierno, triángulos) , y años (1999, símbolo abierta con barra
cabecera, dominado por
vertical ; 2000 , símbolo abierta con barra horizontal ; 2001 , símbolo
fotoautótrofos algas unidas a superficies (26), se sabe
sólido; 2002 símbolos en blanco ) .
que responder a la variación estacional de nutrientes
inorgánicos y luz disponibilidad, con este último en gran
parte determinada por estacional
variación en la copa de los árboles de ribera zona (31).
En estos tres corrientes de estudio, los cambios
estacionales en eucariotas y procariotas
poblaciones autótrofos también con la temperatura y
covarió DOC (Tabla 2; Fig. 2 y 3). Fotoautótrofos eran
abundantes en la biblioteca de clones, que corresponde a
una dominante Haslea-como población (pico 379) y
estacionalmente variable Navivcula (pico
375) (41) (Tabla 2). Nuestra evaluación molecular de
temporada variación en Navicula es consistente con las
determinaciones anteriores
basado en la morfología frustule (R. L. Vannote et al.,
datos no publicados). Haslea spp. se han aislado a lo
largo el año de los sistemas acuáticos templados y tienen
una amplia rango de crecimiento de la temperatura (5 a
25 ° C) (1). la cianobacteriasecuencias (P. subfuscum)
estaban estrechamente relacionadas con la no-nitrógeno
la fijación de tipos de secuencias de los lagos templados
(41), posiblemente re-reflejando las altas
concentraciones de nitrógeno inorgánico (1.2 a 5.2
mg / l de nitrato de N) en nuestros flujos de estudio, que
drenan en las inmediaciones las tierras de cultivo y
2 y 3) es consistente con otros estudios de los
pastizales. La correlación de la temperatura con los
ecosistemas templados
cambios en la comunidad la estructura de las
muestra que los cambios en la productividad (50) y de la
comunidades tanto epilíticos y sedimentos
comunidad
estructura (61) están asociados con la temperatura. En
general,
tales correlaciones se observan cuando se mantienen la
temperatura del agua
por debajo de 20 ° C (49). La relación entre la actividad
y
la temperatura disminuye cuando la temperatura aumenta
por encima de 20 ° C,
posiblemente debido a un cambio hacia organismos más
termotolerantes
o cuando otros factores, tales como la concentración de
sustrato, se convierten
limitante (51). Esta tendencia también se observó en
estudios anteriores de
White Clay Creek, donde el sedimento y secundaria
epilíticas
productividades correlación positiva con la temperatura
en el agua
temperaturas por debajo de 20 ° C (30).
La correlación entre la concentración de COD y la
comunidad
HIGO. 3. Análisis de los patrones de NMS tRFLP de temporada para
estructura de la epilíticas, pero no el sedimento,
comunidad
sugiere que las fuentes de carbono orgánico de soporte
secundario
partición productividad diferente entre estos dos
hábitats cauces (42, 54, 56). Mientras que las
poblaciones epilíticos
se limitan generalmente a de carbono disuelto en el flujo
a granel y
carbónico endógeno (DOC y POC derivado del biofilm),
las poblaciones de sedimentos probable obtener recursos
adicionales
de POC arrastrado y el afloramiento de la DOC
hiporreica
zona (5, 10, 30, 54). La aparición de tanto procariotas
como
productores primarios eucariotas en el epiliton durante el
verano
meses sugiere un cambio de temporada hacia autóctono
fuentes de carbono dentro de esta biopelícula, como
también con el apoyo de antes
estimaciones de productividad primaria autóctona en la
arcilla blanca
Creek (31). Este cambio daría cuenta de la aparición
estacional
de las poblaciones heterotróficas en la epiliton que son
una correlación negativa con el flujo verano grueso de
DOC (fig.
2). En contraste con el verano, hubo una correlación
positiva
entre las poblaciones epilíticos y DOC mayor durante la
primavera /
otoño. Esta es la temporada de las más altas
concentraciones de COD columna de agua,
asociado con la caída de hojarasca de pico y períodos de
primavera
floraciones de algas antes de dosel de cierre (Fig. 2). La
respuesta de
la comunidad microbiana epilíticas a estos estacional
DOC / POC
entradas es evidente en el desarrollo de primavera /
otoño de RALSTONIACEAE
(Pico 216) (Fig 2;. Tabla 2) y es consistente con anterior
observaciones de RALSTONIACEAE asociados con
descomposición
hojarasca (24).
En contraste con la comunidad epilíticas, DOC corriente
no lo hizo covariar con los patrones tRFLP sedimentos
estacional (Fig. 3), lo que indica que el metabolismo por
las bacterias de sedimento no es directamente vinculado
a la producción primaria autóctono. Por ejemplo, el pico
204, lo que corresponde a una secuencia relacionada con
un organoheterotroph aislado de hojas de roble
(Dendrosporobacter quercicolus) (59), fue
estacionalmente importante en el sedimento de
primavera / invierno comunidad (Figura 3;. Tabla 4).
Los estudios previos de Blanco Cala de la arcilla han
demostrado que la producción microbiana en el epilíticas
y sistemas de sedimentos responde de manera diferente a
la temporada fluctuaciones en DOC (30). Por lo tanto,
aunque hasta la mitad de la la respiración heterotrófica
en sedimentos de corriente templadas puede ser
alimentado por POC (54), la variación estacional en el
flujo de DOC Del hiporreico puede ser un control
importante variable (4). El ciclo del nitrógeno en la
cabecera corrientes, como lo revela la distribución de
nitrificantes, también está influenciado por la dinámica
de el ecosistema terrestre (13). Los cambios estacionales
en los factores que influencia oxidación de nitrito y la
distribución de los oxidantes de nitrito en los sedimentos
incluyen concentraciones de amoníaco, oxígeno, y la
temperatura (2, 3, 64). En White Clay Creek, un
Nitrospiralike Se detectó la población (pico de 327) en el
invierno / primavera clúster en las capas superiores del
sedimento (Fig. 3). Mientras secuencias del gen 16S
rRNA Nitrospira-como se han recuperado de una
variedad de ambientes, incluyendo los sedimentos
fluviales (45), esta es la primera indicación de una
distribución estacional de secuencias relacionadas con
bacterias putativo nitrito-oxidantes de una corriente.
En conclusión,
nuestros datos apoyan una imagen emergente en lótica
ecología de las oscilaciones estacionales estables en las
estructuras de la comunidad
de dos hábitats clave de transmisión, la epiliton y
sedimentos
sistemas. Análisis comparativo de las secuencias del gen
16S rRNA
sugiere que el residente de microorganismos en esos dos
hábitats
se componen de una mezcla de poblaciones
provisionalmente atribuible
al suelo y ambientes acuáticos. No sabemos
si las especies terrestres son componentes activos de la
comunidad lecho, lo que contribuye al ciclo de nutrientes
y la
procesamiento de la materia orgánica. Sin embargo, ya
que gran parte de la
de carbono y energía que entren en las corrientes de
cabecera se deriva de
plantas en el medio ambiente terrestre, es razonable
sugerir
que las especies de suelos derivados tienen las
capacidades metabólicas
TABLA 4. coeficientes de correlación de Pearson de
fragmentos tRFLP, con afiliaciones taxonómicos y eje
de ordenamiento para cada fragmento
Medio Ambiente tRFLP (pb) eje R filiación taxonómica
de clonesa representante
Sedimentar 194 1 0,81 WCC54D-D5
(Betaproteobacteria) (Sb)
200 1 0,78 WCC77B-B3 (Gammaproteobacteria) (Sb)
315 1 0,81 WCC77D-E2 (Comamonadaceae) (Sb)
327 1 0,80 WCC7B-G12 (N. moscoviensis) (W)
204 2 0,74 WCC77C-C12 (Firmicutes) (W, Sp)
213 2 0,73 NCB (W, Sp)
256 2 0,76 WCC77B-C1 (Gammaproteobacteria) (W,
Sp)
Epiliton 190 1 0,78 Carolina del Norte
216 1 0,76 WCC54F-G07 (Burkholdariaceae) (Sp, F)
293 1 0,82 WCC54F-H08 (cianobacterias) (Sb)
315 1 0,79 WCC54F-A08 (R. ferrireducens) (Sb)
375 1 0,78 WCC54F-E08 (Navivcula salincola) (Sb)
400 1 0,80 NC
226 2 0,90 WCC54F-C06 (cianobacterias) (F)
un Su, verano; W, invierno; Sp, primavera; F, caen.
b NC, no clon se recuperó para el fragmento.
720 Hullar ET AL. Appl. REINAR. MICROBIOL.
se necesita para degradar el carbono orgánico en la
corriente y que el
comunidades microbianas cauces se estructuran, en
parte, por
la firma química generada a partir de las comunidades de
plantas específicas
asociado con el medio ambiente terrestre. la
incorporación
bacterias de activos derivados de los suelos en cauce
comunidades microbianas proporcionarían un vínculo
biológico
entre los ecosistemas terrestres y acuáticos que
complementa
las hidrológicas, químicas y enlaces detríticos que
conocemos son
importante para transmitir la estructura y función (27,
58) de los ecosistemas