SEMANA N° 15

SEMINARIO Nº II-6: AMINOÁCIDOS Y PROTEÍNAS. NIVELES ESTRUCTURALES EN PROTEÍNAS

1. Respecto a los aminoácidos:

a. ¿Cuántos aminoácidos presentes en la naturaleza se han reportado hasta el momento?

Leucina, isoleucina, valina, histidina, triptófano, metionina, fenilalanina, treonina, lisina, glutamina, arginina,
prolina, cisteína, tirosina, taurina, glicina, serina, glutamato, alanina y aspartato.
b. ¿Cuántos y cuáles
aminoácidos forman parte
de las proteínas?, ¿qué
características tienen en
común?

Los 20 aminoácidos que forman

parte de las proteínas son: Serina
(Ser,S), Treonina (Thr,T), Cisteína
(Cys,C), Asparagina (Asn,N),
Glutamina (Gln,Q) y Tirosina
(Tyr,Y), Glicina (Gly,G), Alanina
(Ala,A), Valina (Val,V), Leucina
(Leu,L), Isoleucina (Ile,I),
Metionina (Met,M), Prolina
(Pro,P), Fenilalanina (Phe,F) y
Triptófano (Trp,W), Ácido
aspártico (Asp,D) y Ácido
glutámico (Glu,E), Lisina (Lys,K),
Arginina (Arg,R) e Histidina (His,H)
Existen 20 α-aminoácidos
diferentes que forman parte de las
proteínas. Todos ellos tienen una
parte de su molécula en común
(formada por el átomo de carbono
α unido a los grupos amino y
carboxilo) y difieren entre sí en la
naturaleza de la cadena lateral
(habitualmente llamada grupo R).
En la Figura 8.2 aparece la fórmula
estructural de un α-aminoácido;
en ella "R" representa la cadena
lateral que difiere entre los
distintos aminoácidos.

c. Cómo se clasifican los

aminoácidos según:

- el tipo de cadena lateral

Los aminoácidos se diferencian unos de otros por su cadena lateral R. Según los componentes de esta cadena,
podemos clasificar los aminoácidos de la siguiente manera:

Aminoácidos alifáticos: La cadena lateral de estos aminoácidos es hidrofóbica, por eso tienden a ubicarse en el
interior de las proteínas globulares, al encontrarse en solución acuosa.
1.Glicina: Tiene como cadena lateral sólo un átomo de hidrógeno. Es el aminoácido más simple de todos

2. Alanina (Ala; A): En su cadena lateral encontramos un grupo metilo.

3. Valina (Val; V): Es más hidrofóbica que las anteriores, dada su cadena lateral hidrocarbonada más larga y ramificada.

4. Leucina (Leu; L): parecida a la anterior, con un grupo metilo más.

5. Isoleucina (Ile; I): Se diferencia de la leucina por la posición de uno de los grupos metilo..
6. Prolina (Pro; P): su cadena lateral se une al carbono central y además al grupo amino, formando un anillo.

Aminoácidos aromáticos: En la cadena lateral de estos aminoácidos encontramos un anillo aromático. Esta es la razón
de que sean altamente hidrofóbicos.

1.Fenilalanina (Phe; F): su cadena lateral está compuesta por un grupo metilo y un anillo bencénico en el extremo.

2.- Tirosina (Tyr; Y): igual que la anterior pero con un grupo hidroxilo al final, lo que lo confiere cierta hidrofilia.

3. Triptófano (Trp; W): observamos un anillo indol entre el anillo bencénico y el grupo metilo. Altamente hidrofóbico.

Aminoácidos sulfurados

1.Cisteína (Cys; C): en su cadena lateral encontramos un grupo sulfhidrilo (-SH). Este grupo es muy reactivo y forma
puentes de hidógeno y enlaces disulfuro (S-S; enlace covalente)
2. Metionina (Met; M): Todos los procesos de transcripción de proteínas comienzan con este aminoácido. Su grupo
sulfhidrilo no es tan reactivo como en los aminoácidos anteriores.

Aminoácidos hidrófilos : En este grupo podemos encontrar tres subgrupos: aminoácidos ácidos, básicos y neutros.

1.Aminoácidos ácidos: son muy polares y gracias al grupo ácido que podemos encontrar en su cadena lateral, tienen
carga negativa a pH neutro.

2. Ácido aspártico (Asp; D): también llamado aspartato, porque a pH fisiológico se encuentra disociado, ya que el grupo
carboxilo pierde el hidrógeno.

3. Ácido glutámico (Glu; E): también conocido con el nombre de glutamato, por la misma razón que el anterior.

Aminoácidos básicos: en sus cadenas laterales encontramos grupos amino, que se cargarán positivamente a pH neutro.

1.Lisina (Lys; K): Su cadena lateral es larga. Aunque podría parecer una cadena hidrofóbica, la polaridad está dada por el
grupo amino terminal.
2. Arginina (Arg; R): contiene la cadena lateral más larga de todas, con un grupo guanidino en el extremo.

Aminoácidos neutros: no encontramos grupos amino ni grupos carboxilo en su cadena R, por lo tanto no tienen carga a
pH neutro. Sin embargo son polares, y pueden formar puentes de hidrógeno.

1.Serina (Ser; S): Tiene un grupo OH al final de su cadena R.

1. - Treonina (Thr; T): También tiene un Grupo OH en su cadena R.

2. - Glutamina (Gln; Q): tiene un grupo amino y un carbonilo en el extremo de su cadena.

- las propiedades de la cadena lateral

Los aminoácidos se clasifican habitualmente según las propiedades de su cadena lateral:

 Neutros polares, polares o hidrófilos: serina (Ser, S), treonina (Thr, T), cisteína (Cys, C), glutamina (Gln, Q),
asparagina (Asn, N), tirosina (Tyr, Y).

 Neutros no polares, apolares o hidrófobos: alanina (Ala, A), valina (Val, V), leucina (Leu, L), isoleucina (Ile, I),
metionina (Met, M), prolina (Pro, P), fenilalanina (Phe, F), triptófano (Trp, W) y glicina (Gly, G).

 Con carga negativa o ácidos: ácido aspártico (Asp, D) y ácido glutámico (Glu, E).

 Con carga positiva o básicos: lisina (Lys, K), arginina (Arg, R) e histidina (His, H). fenilalanina (Phe, F), tirosina (Tyr, Y)
y triptófano (Trp, W) (ya incluidos en los grupos neutros polares y neutros no polares).
 - la capacidad de síntesis del organismo

Aminoácidos derivados del α-cetoglutarato

De los cuatro aminoácidos provenientes del α–cetoglutarato sólo se tratará de la biosíntesis de los aminoácidos en los
humanos, es decir, de los aminoácidos no esenciales. Como primer paso para la síntesis de los aminoácidos derivados
del α-cetoglutarato, se necesita sintetizar glutamato como se muestra en la siguiente reacción, catalizada por la
glutamato-deshidrogenasa:

NH3 + α-cetoglutarato + NAD(P)H + H+ --> L-glutamato+NAD(P)++ H2O

La glutamina se forma a partir del glutamato por medio de dos reacciones catalizadas por la glutamina sintetasa, como
se describe en seguida:

ATP + Ácido glutámico <--> ADP + γ-glutamil-fosfato γ-glutamil-fosfato + NH3 <--> Glutamina + Pi

Aminoácidos derivados del oxalacetato[editar]

La primera reacción necesaria para la síntesis de asparagina, metionina, lisina y treonina, es la síntesis de aspartato. Para
este primer paso es necesario tener dos de los intermediarios del ciclo de Krebs y así obtener aspartato.

Glutamato + oxalacetato <--> α-cetoglutarato + aspartato

El aspartato es el primer aminoácido que puede ser producido a partir de oxalacetato, sin embargo, éste es el punto de
partida para los siguientes aminoácidos. La asparagina, es producida bajo el esquema de la siguiente reacción catalizada
por la asparagina sintetasa:

NH3 + aspartato + ATP --> asparagina + ADP + Pi

Los otros derivados del oxalacetato, la metionina, la treonina, la lisina y la isoleucina no pueden ser sintetizadas por el
ser humano.

Aminoácidos derivados del 3-Fosfoglicerato

A partir del 3-fosfoglicerato, se pueden sintetizar serina, glicina y cisteína. La serina, se forma a través de varios procesos,
en los cuales el 3-fosfoglicerato es transformado. La glicina es un producto directo de la serina. Para la formación de la
cisteína, se requiere de dos aminoácidos, la serina y la metionina. La principal función de la metionina, es de
proporcionar el S(azufre) que tiene en su estructura, y la serina proporciona el esqueleto de carbonos.

Aminoácidos derivados del piruvato

Del piruvato se obtienen alanina, valina, leucina e isoleucina. La alanina se obtiene a través de la transaminación
acoplada al piruvato. La valina se obtiene a través de cuatro reacciones a las cuales se somete al piruvato: comparte
cuatro enzimas con la isoleucina. La isoleucina, se obtiene a través de cinco reacciones a las que entra el piruvato. La
leucina, se obtiene a través de la síntesis de valina, cuando en el α-cetoisovalerato, toma una vía alterna y se produce
leucina.
Aminoácidos derivados del Fosfoenolpiruvato y eritrosa-4-fosfato

El triptofano, la fenilalanina, y la tirosina, tienen una síntesis bastante similar, ya que comparten el origen, que es el
siquimato. Este último, se sintetiza hasta formar corismato, donde se divide la síntesis de cada aminoácido, es decir, el
triptofano toma una ruta metabólica diferente al de la fenilalanina y la tirosina.

Aminoácidos derivados de la ribosa-5-fosfato

De esta familia solo se puede encontrar a la histidina. La síntesis de éste aminoácido, sigue la vía de las pentosas fosfato.

3. Respecto a niveles de organización de las proteínas:

a. ¿Qué estructuras puede presentar una proteína? Explique cada una de ellas.
b. ¿Qué fuerzas estabilizan la estructura tridimensional de una proteína?

La estructura tridimensional de las proteínas viene determinada por su secuencia de áá.

La función de una proteína depende de su estructura tridimensional
La estructura tridimensional de una proteína es única
Las fuerzas más importantes que estabilizan la estructura tridimensional son interacciones no covalentes.

La relación existente entre la secuencia de áá y la estructura de la proteína constituye aún una incógnita en algunos
casos. Hay secuencias d áá muy diferentes que adoptan estructura similares, mientras que secuencias parecidas dan a
veces estructuras diferentes.

La disposición espacial de los átomos de una proteína se denomina conformación. El término conformación se refiere a
un estado estructural que puede interconvertirse con otros estados estructurales sin romper enlaces covalentes. Un
cambio de conformación puede ser el resultado de la rotación de los enlaces sencillos. De entre las innumerables
conformaciones posibles, siempre hay una que predomina, es la más estable.

Esquemáticamente se puede considerar que hay cuatro niveles estructurales:

Estructura primaria: incluye la secuencia de áá unidos por enlaces covalentes (peptídicos)
Estructura secundaria: corresponde a interacciones entre áá adyacentes. A menudo proteínas de tamaño grande tienen
varios tipos de estructura secundaria
Estructura terciaria: corresponde a las interacciones de todos los áá
No siempre esta clara la frontera entre la secundaria y la terciaria.
Estructura cuaternaria implica relación entre varias cadenas polipeptídicas.

Los continuos avances en el estudio de las proteínas han hecho necesaria la definición de dos niveles estructurales
adicionales a medio camino entre la estructura secundaria y la terciaria La estructura supersecundaria son estructuras
estables que se observan en muchas proteínas e incluso se repiten varias veces en una misma proteína.
El dominio son regiones mas compactas con funciones específicas.

3. ¿Qué condiciones afectan el plegamiento correcto de las proteínas?

El plegamiento de proteínas es el proceso por el que una proteína alcanza su estructura tridimensional. La función
biológica de una proteína depende de su correcto plegamiento. Si una proteína no se pliega correctamente será no
funcional y, por lo tanto, no será capaz de cumplir su función biológica.

El proceso inverso es conocido como desnaturalización de proteínas. Una proteína desnaturalizada no es más que una
cadena de aminoácidos sin una estructura tridimensional definida ni estable. A menudo, las proteínas desnaturalizadas
pierden su solubilidad y precipitan. En algunos casos los procesos de plegamiento y desnaturalización son reversibles,
aunque en otros no.

4. ¿Cómo está formado el sistema de control de plegamiento en los organismos?

Dos de los componentes fundamentales de los sistemas de control del plegamiento son:
Las chaperonas moleculares
Esta clase de proteínas, muy conservadas entre las diferentes especies, unen reversiblemente a las moléculas de
proteína de reciente síntesis y, mediante mecanismos diversos que pueden requerirla hidrólisis de ATP, las ayudan a
plegarse en su estado nativo Algunas chaperonas pueden revertir el plegamiento de las moléculas que están plegadas
incorrectamente, dándoles una nueva oportunidad de iniciar el proceso y potencialmente alcanzar su estado nativo
funcional.
Las proteasas, cuya función está coordinada con la de las chaperonas, degradan a las moléculas de proteínas plegadas
incorrectamente, generalmente una vez que chaperonas específicas las han desplegado convenientemente
La vía fundamental de eliminación de las proteínas incorrectamente plegadas en el compartimiento citoplasmático es
el complejo del proteosoma. Este sistema degrada a las proteínas que han sido marcadas para tal fin mediante la unión
covalente a su estructura de un número variable de moléculas de ubiquitina . La vía del proteosoma es también el
destino de algunas de las proteínas sintetizadas en los ribosomas unidos al retículo endoplásmico y que por alguna razón
no alcanzaron su estado nativo.

5. ¿Qué es la amiloidosis?

Las amiloidosis son un grupo de enfermedades degenerativas del hombre y los

animales, clínica y bioquímicamente muy heterogéneas, que se caracterizan por la deposición extracelular de agregados
fibrilares insolubles de naturaleza proteica. A este grupo pertenecen enfermedades muy relevantes de la patología
humana como la diabetes mellitus tipo II, las enfermedades de Parkinson y Alzheimer, la enfermedad de Creutzfeldt-
Jacob -variante en humanos de la encefalopatía espongiforme bovina-, la polineuropatía familiar amiloidótica, la
amiloidosis asociada a la diálisis renal crónica y la amiloidosis derivada de las cadenas ligeras (AL), entre otras [45,46].
La heterogeneidad clínica de las amiloidosis deriva de la amplia y diversa distribución tisular de los depósitos amiloides.
En las variantes localizadas, como el término lo indica, estos se limitan a un único órgano o tipo de tejido; por ejemplo,
en la diabetes mellitus tipo II y la enfermedad de Alzheimer los órganos afectados son el páncreas y el cerebro,
respectivamente. En contraste, varios órganos están involucrados en las variantes sistémicas, como la amiloidosis.
La deposición amiloide se asocia a la aparición de un conjunto de signos y síntomas que reflejan el grado de disfunción
del órgano u órganos involucrados, condición que generalmente se profundiza con el tiempo si no se modifica mediante
acciones terapéuticas. La distribución y cuantía de los depósitos varían notablemente de un tipo de amiloidosis a otro,
e incluso, pueden diferir entre pacientes afectados por la misma variante, lo cual determina considerable
heterogeneidad en la evolución clínica de los pacientes afectados por estas entidades. Muchas amiloidosis afectan
órganos vitales, como el corazón, los riñones, el hígado y el cerebro, por lo que su evolución suele ser generalmente
fatal.

6. ¿A qué se denomina precursor amiloide?

El componente fundamental de los depósitos en cada tipo de amiloidosis son agregados fibrilares insolubles de una
proteína particular o sus fragmentos. Al presente, se han identificado veinticuatro proteínas diferentes cuya agregación
fibrilar se asocia a alguna forma clínica de amiloidosis. A estas proteínas se les denomina precursores de amiloide y es
notable que no compartan similitud de función, secuencia ni estructura . Algunos, como la transtiretina, o prealbúmina,
la cual está asociada a diversas formas de amiloidosis, tanto de aparición esporádica como hereditaria [49], son
proteínas con plegamiento estable en condiciones fisiológicas . En contraste, otros, como el péptido insular amiloide, o
amilina, asociado a la diabetes mellitus tipo II, carecen de plegamiento estable, aun en condiciones fisiológicas. A esta
clase singular de proteínas se les denomina “péptidos desordenados en condiciones nativas”.

Los precursores de amiloide también difieren en la proporción de elementos de estructura secundaria que caracteriza
su plegamiento.

7. ¿Cuáles son las características generales de los amiloides?

Al margen de la diversidad estructural de los precursores, los amiloides poseen propiedades de apariencia
microscópica y sub-microscópica, así como tintoreales y espectroscópicas comunes, lo cual sugiere que comparten
elementos estructurales fundamentales.
Otra característica común de los amiloides es la de unir al colorante tioflavina T, lo cual modifica las propiedades de
fluorescencia de esta molécula.

El carácter insoluble y la talla de las fibras amiloides ha impedido hasta el presente dilucidar su estructura interna a
nivel atómico, pues no son aplicables en su análisis los métodos estructurales convencionales como la difracción de
rayos X de monocristales y la resonancia magnética nuclear (RMN) en fase líquida.

8. Mencione las estructuras protéicas involucradas en las amiloidosis humanas conocidas.

9. ¿Qué modelos se postulan para el posible mecanismo de conversión del estado nativo al estado fibrilar de una
proteína amiloidea?

HIPOTESIS SOBRE EL PLEGAMIENTO DE PROTEINAS (I)

Paradoja de Levinthal

“Debido a los grados de libertad de una cadena polipeptídica, encontrar el estado nativo de una proteína mediante búsqueda aleatoria entre
todas las configuraciones posibles llevaría muchísimo tiempo, mientras que las proteínas se pliegan en nanosegundos”.
Ejemplo: Polipéptido de 100 αα

Si cada αα pudiera adoptar 2 conformaciones (rotacion de los angulos φ y ψ), sin tener encuenta las conformaciones de las cadenas laterales:
2100 ≈ 1030 conformaciones
Si la interconversión entre dos conformaciones durase 10-12s:Tiempo para que ocurra el plegamiento: 1030 * 10-12 = 1018s ≈ 1010 años

HIPÓTESIS SOBRE EL PLEGAMIENTO DE PROTEÍNAS (II)

Consecuencia:
El plegamiento de proteínas no puede tener lugar por un proceso de prueba y error (“trial& error”).

Solución a la Paradoja de Levinthal

El plegamiento de proteínas está guiado por la formación de interacciones locales entreaminoácidos que actúan como núcleos de plegamiento.
Prueba a favor de esta hipótesis.Se han encontrado estados intermedios en el plegamiento de una proteína.

HIPÓTESIS TERMODINÁMICA: DOGMA DE AFISEN

Autoensamblamiento
La estructura nativa de una proteína viene determinada por su secuencia de aminoácidos,es única, estable y se corresponde con un mínimo de
energía libre.Hipótesis válida para proteínas globulares