¿Cómo los virus ARN mantienen su integridad genoma?

Los genomas de ARN son vulnerables a la corrupción por una serie de actividades, incluida la
replicación inexacta por la replicasa propensa a errores, el daño por factores ambientales y el
ataque por nucleasas y otras enzimas modificadoras de ARN que comprenden la respuesta
inmune celular intrínseca o innata. El daño a las regiones de codificación y la pérdida de señales
críticas que actúan en cis inevitablemente afectan la aptitud del genoma; como consecuencia, los
virus de ARN han desarrollado una variedad de mecanismos para proteger la integridad de su
genoma. Estos incluyen mecanismos para promover la fidelidad de la replicasa, actividades de
recombinación que permiten el intercambio de secuencias entre diferentes plantillas de ARN y
mecanismos para reparar los extremos del genoma. En este artículo, revisamos ejemplos de estos
procesos de una variedad de virus de ARN para mostrar los diversos enfoques que los virus han
desarrollado para mantener la integridad de su secuencia del genoma, enfocándonos primero en
los mecanismos que los virus utilizan para proteger todo su genoma, y luego concentrándonos en
los mecanismos. que permiten la protección de los términos del genoma, que son especialmente
vulnerables. Además, analizamos ejemplos en los que podría ser beneficioso para un virus
"perder" sus términos genómicos y reducir su eficiencia de replicación.
MECANISMOS DE MANTENIMIENTO PARA PROTEGER TODO EL GENOMA DEL
VIRUS
La replicación del genoma del virus ARN se realiza mediante el complejo de replicasa viral, que
para la mayoría de los virus es probable que sea un conjunto de múltiples proteínas virales y
celulares. La subunidad catalítica de este complejo se denomina ARN polimerasa dependiente de
ARN (RdRp). Los RdRps son notoriamente propensos a errores y, por lo tanto, los genomas del
virus ARN están sujetos a una alteración potencialmente catastrófica de su propia maquinaria de
síntesis de ARN propensa a errores. Además, algunos virus de ARN de cadena negativa no
segmentados podrían ser susceptibles a inserciones dentro de la región de codificación del
genoma como consecuencia de su programa de edición. Los genomas virales también pueden ser
susceptibles a daños físicos o químicos por factores ambientales (Fig. 1 F1 ). A continuación,
describimos ejemplos de mecanismos que los virus han evolucionado para superar estos insultos.
Figura 1.
Resumen de los mecanismos
implicados en el mantenimiento
Mutaciones y reparación del genoma. Las
mutaciones (indicadas por
símbolos de rayos rojos)
pueden ocurrir internamente en
un genoma de ARN viral o en
agentes alquilantes Transcripciones abortivas como
los extremos. La figura muestra
cebadores
los mecanismos por los cuales
podrían ocurrir mutaciones en
estas dos regiones en el genoma
y los posibles mecanismos por
los cuales podrían repararse los
diferentes tipos de
mutaciones. Los detalles se
describen en el texto.
Revisión de RdRp - RNA-dependent RNA polymerase
La tasa de error del RdRp viral se estima entre 1.5 × 10 −3 bp −1 ( fago Q β ) y 7.2 ×
10 −5 bp −1 (virus de la influenza) (Drake, 1993 ). Esta relajada fidelidad de la polimerasa es una
faceta importante de la biología del virus de ARN, ya que proporciona una fuente de diversidad
de secuencias que puede permitir la formación de especies de virus, permitiendo que el virus se
adapte con éxito a los entornos cambiantes. De hecho, se ha demostrado que un RdRp mutante
con mayor fidelidad, aunque es capaz de replicarse eficientemente en un cultivo celular, fue
incapaz de replicarse eficientemente en el complejo entorno de un huésped animal debido a su
incapacidad para producir variantes de virus (Vignuzzi et al. , 2006 ). Sin embargo, la otra cara
de la moneda es que el error de la polimerasa también puede llevar a la generación de plantillas
no viables que reducen la capacidad viral en general. El término 'catástrofe de error' se ha
acuñado para describir el resultado de una tasa de error de RdRp a la que se generan demasiadas
plantillas no viables y una población de virus se vuelve insostenible, y se cree que muchas
RdRps virales operan cerca de este umbral ( Crotty & Andino, 2002 ). La sabiduría convencional
sostiene que la tasa de error de RdRp limita los tamaños del genoma del ARN viral a un límite
superior relativamente bajo. Sin embargo, existe un rango significativo en la longitud del
genoma del virus ARN, ya que los filovirus y algunos paramixovirus tienen una longitud
genómica de 18 a 19 kb, más de 7 veces más que los genomas de los virus ARN más pequeños, y
los coronavirus son aún más grandes. Con tamaños máximos de genoma entre 27 y 32 kb. Los
virus con longitudes de genoma más largas probablemente requieran RdRps con una fidelidad
inherentemente mayor, que podría ser conferida pasivamente por la estructura RdRp, con otros
factores como la estructura del genoma que también juegan un papel ( Castro et al. ,
2005 ; Duffy et al. , 2008 ).
Curiosamente, la evidencia reciente sugiere que los coronavirus también podrían tener un
mecanismo activo para promover la fidelidad. La proteína nsp14 de estos virus posee motivos de
secuencia que son análogos a los motivos del sitio activo de las enzimas de exonucleasas
celulares, y se ha demostrado que la proteína nsp14 de coronavirus relacionado con el síndrome
respiratorio agudo severo (SARS) tiene actividad de exonucleasa 3 ′ → 5 ′ in vitro ( Chen et al. ,
2007 ; Minskaia et al. , 2006 ). La evidencia de que esta proteína funciona como una enzima de
corrección de pruebas proviene del hecho de que los virus mutantes que tienen una proteína
nsp14 defectuosa son más propensos a errores que los virus de tipo salvaje en un factor de al
menos 15 veces ( Eckerle et al. , 2007 ). Estos datos sugieren que nsp14 actúa como una
exonucleasa para eliminar y reparar los nucleótidos mal incorporados, ayudando así a mantener
la integridad de la secuencia de los genomas de ARN de coronavirus grandes.
Edición de ARN y la 'regla de seis'
Algunos virus de ARN de cadena negativa no segmentados (nsNSV) poseen una secuencia de
"edición" especializada que puede permitir que RdRp a veces agregue nucleótidos sin plantilla
durante la transcripción de ARNm. Debido a que el RdRp a veces copia la plantilla fielmente y a
veces agrega nucleótidos sin plantilla, esto da lugar a la generación de transcripciones
cualitativamente distintas del mismo gen ( Cattaneo et al. , 1989 ; Galinski et al. ,
1992 ; Sanchez et al. , 1996 ; Thomas et al. , 1988 ; Vidal et al. 1990 ). Este mecanismo permite
la expresión de múltiples polipéptidos de una sola unidad transcripcional y es esencial para que
el virus exprese su complemento completo de proteínas. Sin embargo, si ocurrieran adiciones sin
plantillas durante la replicación del genoma, esto podría conducir a la acumulación de genomas
defectuosos, que podrían ser letales para el virus. Curiosamente, la mayoría (pero no todos) los
virus que tienen una función de edición de ARN comparten un requisito estricto para que la
longitud de su nucleótido genómico sea divisible entre seis, un fenómeno conocido como la
"regla de los seis" ( Calain y Roux, 1993 ; Kolakofsky et al. Alabama. , 1998 ). En estos virus, la
proteína nucleocápside viral (N) encapsula el ARN replicativo en una dirección de 5 '→ 3' a
medida que el ARN se sintetiza y permanece asociado con el ARN genómico y antigenómico a
lo largo del ciclo de replicación del virus. Se cree que la "regla de los seis" refleja la
estequiometría de los nucleótidos de ARN a la proteína N ( Egelman et al. , 1989). ). La RdRp
viral reconoce las secuencias de ARN en el contexto de la estructura de la nucleocápside, y las
secuencias promotoras deben ser puestas en fase correctamente en relación con cada monómero
de la proteína N para que se produzca una replicación eficaz del virus ( Vulliemoz y Roux,
2001 ). Estas observaciones llevaron a un modelo propuesto por Kolakofsky et al. (2005) , que es
que, si se produjeran inserciones sin plantilla durante la replicación del genoma, generando
genomas de longitud no hexamérica, la consiguiente interrupción de la fase N-RNA en la región
promotora impediría que estos productos de replicación mutantes actúen como plantillas para
rondas adicionales de replicación (Fig. 2 F2 ). Si este modelo es correcto, entonces la "regla de
los seis" es un mecanismo de "detección" no catalítico para eliminar los genomas que contienen
inserciones sin plantilla del conjunto de genomas y para ayudar a mantener la integridad
genómica en la población de virus.

Replicación precisa Replicación con inserción sin plantilla

EDICION

Figura 2.
La 'regla de seis' y la replicación del genoma en la subfamilia Paramyxovirinae. (a) La
replicación precisa del genoma produce un ARN antigenoma que es el complemento exacto del
genoma, que coloca la secuencia promotora del ARN en el extremo 3 'del antigenoma en el
contexto correcto en relación con la proteína N asociada (óvalos rojos). Esto permite que el
RdRp (gris) se una a nucleótidos específicos en el promotor (en mayúsculas) para iniciar la
síntesis del ARN del genoma. (b) Si el RdRp tartamudea en el sitio de edición de la transcripción
durante la replicación del genoma, insertará residuos sin plantilla en el producto de ARN (en este
ejemplo, 1 nt). Esto da como resultado un antigenoma en el que la secuencia de ARN se desplaza
1 nt en relación con la proteína N, lo que evita que el RdRp reconozca el promotor de manera
eficiente.
Reparación del daño de alquilación al ARN genómico.
Los genomas de virus también pueden ser susceptibles de modificación química. Una de tales
modificaciones es la alquilación, la adición de cadenas de carbono a los átomos de N y O en las
bases de ARN, en forma de metilación (adición de un solo carbono) o adición de cadenas de
carbono más largas. La alquilación podría inhibir la expresión y replicación del genoma y podría
ocasionar la falta de asociación de bases, lo que resultaría en un aumento de la tasa de
mutación. Los agentes alquilantes se pueden encontrar en el ambiente y en el interior de las
células, y los procariotas y los eucariotas han desarrollado mecanismos para proteger su ADN
genómico de sus efectos. Uno de estos mecanismos involucra una proteína llamada AlkB, que
tiene homólogos en todos los organismos multicelulares, así como en algunas bacterias y
hongos, Aas et al. , 2003 ). El análisis bioinformático reveló que un número de diferentes virus
de ARN de planta de cadena positiva contiene un dominio AlkB, y estudios funcionales han
demostrado que algunos de estos dominios puede reparar el daño RNA por desmetilación
oxidativa ( Bratlie y Drabløs, 2005 ; van den Born . Et al , 2008 ). Estos hallazgos sugieren que
algunos virus han adquirido este mecanismo de protección y que tiene un papel en el ciclo de
replicación del virus. Curiosamente, la presencia de los dominios AlkB no se correlaciona con
linajes taxonómicos específicos, lo que sugiere que el gen se adquirió hace relativamente poco
tiempo, y se ha sugerido que existe dentro de virus que están altamente expuestos a entornos
alquilantes, como pesticidas y / o el floema de las plantas leñosas o perennes ( Bratlie y Drablos,
2005 ; van den Born et al. , 2008 ).
Recombinación en virus ARN
La recombinación de ARN es una propiedad de los virus de ARN de cadena positiva y negativa
que infectan las plantas (Bujarski y Kaesberg, 1986 ), los animales ( Copper et al. , 1974 ) y
los huéspedes bacterianos ( Munishkin et al. , 1988 ). La recombinación en un contexto viral
generalmente ocurre cuando un RdRp replicante deja de copiar una cadena de ARN y se
transfiere a otra ( cobre et al. , 1974 ). Cuando los sitios de transferencia comparten secuencias
comunes, se dice que el evento de recombinación es homólogo; por el contrario, cuando los
sitios no están relacionados, el evento de recombinación no es homólogo. La evidencia reciente
sugiere que la recombinación del virus del mosaico del brome del virus de la hebra positiva
tripartita (BMV) es extremadamente común. Al analizar la progenie de coinfecciones con
genomas marcados, las frecuencias de recombinación de BMV observadas y calculadas
implicaron que cada molécula de ARN replicante se recombinó al menos una vez durante la
amplificación de su linaje, y por lo tanto pocos genomas de progenie viral contenían nucleótidos
copiados de una sola plantilla parental ( Urbanowicz et al. , 2005 ).
Además de ser una fuente de diversidad de secuencias, se ha demostrado que la recombinación
de ARN es un mecanismo que también permite la reparación del genoma, una propiedad que se
reconoció al principio de los estudios de evolución de virus y se predijo que permitiría que los
virus de ARN reparen defectos o defectos. Los genomas frente a la presión selectiva intensa. Los
eventos de recombinación podrían permitir la restauración de genomas dañados por una serie de
insultos, que incluyen el error RdRp, la modificación química y el daño de la luz UV (Fig.
1 F1 ). La reparación del genoma por recombinación ha sido reportada para varios virus y puede
ser extremadamente eficiente. El bacteriófago MS2 posee un elemento crítico de estructura
secundaria en una ubicación interna dentro del genoma, entre los genes de maduración y de
proteína de cubierta, que participa en la regulación de la expresión de la proteína de cubierta. La
interrupción de este elemento estructural al eliminar 19 nt, incluida la secuencia Shine-Dalgarno,
redujo los títulos de virus en 10 órdenes de magnitud, lo que demuestra la naturaleza crítica de
este motivo. Sin embargo, a pesar de la eliminación de una secuencia tan grande, los reversores
capaces de amplificarse a títulos de virus elevados surgieron dentro de los cultivos durante la
noche, y el análisis de la secuencia de ARN de MS2 revertente mostró que el elemento
estructural había sido reparado y la secuencia de Shine-Dalgarno restaurada. El análisis de la
secuencia del inversor sugirió que la reparación estaba mediada a través del reclutamiento de
nucleótidos adicionales a través de un evento de recombinación no homóloga ( Olsthoorn y Van
Duin, 1996 ). Ejemplos adicionales de reparación de secuencia interna son la reparación de 87
nucleótidos faltantes del gen de la nucleocápside del virus de la hepatitis del ratón (Koetzner et
al. , 1992 ) y la reparación de los nucleótidos faltantes delgen de la replicasadel bacteriófago
Q β (Palasingam y Shaklee, 1992 ). En ambos casos, los nucleótidos faltantes se suministraron
mediante recombinación homóloga a partir de plantillas de ARN suministradas en trans y, si
bien estos sistemas pueden no reproducir las condiciones de las infecciones naturales, destacan
claramente la capacidad de los RdRps virales respectivos para realizar una reparación mediada
por recombinación, dada la presencia de plantillas adecuadas de donantes y
aceptadores. También se cree que la RdRp del virus Sindbis de hebra positiva es capaz de
recombinación tanto homóloga como no homóloga, como lo demuestra la producción de
genomas competentes para la replicación a partir de moldes de donantes y aceptadores que
fueron individualmente incompetentes en la replicación ( Raju et al. 1995 ). De manera similar,
se demostró que la recombinación homóloga de dos variantes de ARN3 parcialmente eliminadas
por el virus de moteado clorótico de caupí RdRp es responsable de la generación rápida y
frecuente de una secuencia de ARN3 intacta (Allison et al. , 1990 ). También vale la pena señalar
que la recombinación puede ocurrir muy cerca del final de las plantillas para reparar secuencias
de terminales. Un experimento con plantillas de bunyavirus mutados mostró que su RdRp era
capaz de corregir las eliminaciones del promotor de 2 o 15 nt. Esta reparación dependió de la
presencia de un promotor intacto suministrado en tándem, que se perdió durante el proceso de
reparación. Estos hallazgos sugirieron que el RdRp de bunyavirus podría iniciarse en el promotor
intacto externo y luego "saltar" a la secuencia del promotor interno dañado, generando así un
producto corregido ( Walter y Barr, 2010 ). Si bien esta es una situación artificial, sugiere que el
RdRp del bunyavirus tendría la capacidad de reparar los terminales dañados, siempre que haya
una fuente de plantillas intactas para que se inicie. En conjunto, estos experimentos sirven para
demostrar la naturaleza promiscua de algunos RdRps virales durante la replicación del genoma y
el beneficio potencial que podría ocurrir.
Estos ejemplos variados de recombinación tienen un aspecto en común: todos están mediados
por el RdRp viral y el evento de recombinación ocurre de forma co-transcripcional durante la
copia de la plantilla de ARN. Sin embargo, evidencia reciente con poliovirus ahora indica que la
recombinación puede ocurrir en ausencia de polimerasa activa. Al introducir genomas de
poliovirus purificados divididos en dos fragmentos, con o sin solapamiento de secuencias, se
recuperaron los genomas intactos, a pesar de que ninguno de los fragmentos posee una región
codificante de polimerasa intacta. Aunque el mecanismo responsable sigue siendo difícil de
alcanzar, la ausencia de participación de la polimerasa viral implica fuertemente un papel para
los componentes de la célula huésped ( Gmyl et al. , 1999 , 2003 ). Se desconoce si esta
recombinación no replicativa actúa durante el curso de las infecciones naturales. Sin embargo,
este mecanismo posee el potencial no solo de reparar genomas truncados, sino también de actuar
como una potente fuente de variación de secuencias mediante la combinación de secuencias de
ARN virales y del huésped.
Cabe señalar que, si bien algunos virus de ARN muestran una recombinación promiscua, en
otros es un evento raro. Se puede producir un salto o cambio de plantilla por el RdRp de virus de
ARN de cadena negativa no segmentados, como lo demuestra la producción de partículas
interferentes defectuosas durante la amplificación del virus de alto título ( Huang y Baltimore,
1970 ; Lazzarini et al. , 1981 ). También hay ejemplos de duplicaciones de secuencias que
surgen en virus circulantes, en consonancia con la idea de que el RdRp puede "saltar" ya sea
dentro o entre las plantillas ( McClure et al. , 1992 ; Trento et al. , 2003 ). Además, la
observación de una significativa incongruencia filogenética en los genes de los virus de la
enfermedad del Ébola, las paperas, Hantaan y Newcastle también apoya la idea de que la
recombinación puede desempeñar un papel en la evolución del virus del ARN de cadena
negativa ( Chare et al. , 2003 ; Han et al. , 2008a ; Wittmann et al. , 2007 ). Sin embargo, hay
muy pocos ejemplos de reparación mediada por recombinación para este grupo de virus. Se
realizó un experimento dirigido específicamente a probar la capacidad de reparación con virus
sincitial respiratorio. A pesar de las condiciones experimentales que se optimizaron
deliberadamente para detectar la recombinación, solo se generó un virus recombinante funcional
en seis experimentos de coinfección ( Spann et al. , 2003). De manera similar, el análisis de
secuencia de las cepas circulantes del virus de la influenza, un virus de ARN de cadena negativa
segmentado, demostró que la recombinación intragénica ocurre raramente ( Boni et al. ,
2008 ; Han et al. , 2008b ). La poca frecuencia de recombinación intragénica en los virus de
ARN de cadena negativa podría ser una consecuencia de la estructura de la plantilla de su
genoma, en la que el ARN permanece encapsidado durante todo el ciclo de replicación; sin
embargo, hay ejemplos de virus de ARN de cadena positiva que también demuestran niveles
insignificantes de recombinación ( Taucher et al. , 2010 ). Por lo tanto, la recombinación de
ARN eficiente podría ser una actividad que ha desarrollado un subconjunto de virus que les
brinda la oportunidad de variación genética y reparación genómica.

MECANISMOS PARA PROTEGER Y RESTAURAR EL GENOME TERMINI

IR A LA SECCIÓN ...
Las secuencias terminales de los genomas de virus ARN son particularmente vulnerables a la
eliminación o degradación. Los virus de ARN han desarrollado mecanismos sofisticados para
evitar el truncamiento de las secuencias terminales durante el inicio y terminación de la
replicación ( Poranen et al. , 2008 ; Tayon et al. , 2001 ; van Dijk et al. , 2004 ). Sin embargo, a
pesar de estas medidas, los extremos de los genomas de virus siguen siendo susceptibles a la
degradación del ARN mediada por células hospedadoras, ya sea a través de proteínas
hospedadoras antivirales específicas ( Bick et al. , 2003 ; Silverman, 2007 ) o debido a los
componentes de la célula hospedadora normal. Maquinaria de biosíntesis de ARN (revisada
por Houseley y Tollervey, 2009 ). Los genomas de virus poseen diversas adaptaciones que les
ayudan a evadir estas actividades de nucleasa. Por ejemplo, algunos genomas de virus de ARN
de cadena positiva tienen un límite covalentemente, cola poli (A) y / o proteína en sus extremos,
y los genomas de los virus de ARN de cadena negativa se secuestran dentro de una
nucleocápside helicoidal a lo largo del ciclo de infección. Además, se ha demostrado que muchos
virus ARN se replican en compartimentos membranosos que podrían ofrecer protección contra
las nucleasas (Mackenzie, 2005 ). Como segunda línea de defensa, los virus de ARN han
desarrollado medios para reparar sus términos genómicos en caso de que estén dañados (Fig.
1 F1 ). Los ejemplos de mecanismos de reparación terminal abarcan numerosos linajes
taxonómicos de virus (Tabla 1 T1 ), lo que indica que la posesión de una actividad de reparación
terminal es un elemento fundamental de la biología molecular del virus ARN. Las secciones a
continuación describen ejemplos de estos mecanismos de reparación.
N BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBCVFG

Reparación como consecuencia del proceso de iniciación.

Debido a que los genomas de ARN del virus son lineales, requieren mecanismos de replicación
que permitan la iniciación frente al nucleótido 3'-terminal de la plantilla o la recreación de los
nucleótidos terminales durante el proceso de iniciación. Los virus de ARN utilizan una variedad
de estrategias para lograr esto, incluidos el inicio cebado con proteínas, los mecanismos de
cebado / realineación (en los que RdRp se inicia internamente en la plantilla y luego vuelve a
alinear el ARN naciente y lo utiliza como cebador), y RdRps estructurado para garantizar
iniciación opuesta al término 3 'de una plantilla de una sola hebra con una fuerte preferencia por
el NTP de inicio correcto (revisado por van Dijk et al. , 2004 ). En algunos casos, estos
mecanismos altamente coordinados no solo facilitan la replicación precisa, sino que también
ofrecen la posibilidad de reparar terminales que carecen de un pequeño número de
nucleótidos. Por ejemplo, para varios virus, como el virus de patixavirus coxsackie B3 (CB3V) y
el poliovirus y el virus de la papa Y y el virus de la viruela del ciruelo de potyvirus, se ha
demostrado que las pequeñas deleciones de 1 o 2 nt de los extremos del genoma se restauran de
forma salvaje. secuencia de tipos ( Harmon et al. , 1991 ;Jakab et al. , 1997 ; Klump et al. ,
1990 ; Simon-Buela et al. 2000 ). Si bien el mecanismo (s) para la reparación en estos casos no
se ha establecido y podría involucrar uno de los mecanismos descritos en las secciones a
continuación, el pequeño tamaño de las eliminaciones podría potencialmente permitir la
reparación como consecuencia del inicio de la replicación. Por ejemplo, la replicación del ARN
del picornavirus comienza con la uridililación de una proteína viral, VPg, para crear una
molécula VPg-pU-pU, que actúa como un cebador para el inicio de la síntesis de
ARN. Típicamente, el cebador se hibrida con residuos de adenilato en el extremo 3 'de la
plantilla; sin embargo, hay múltiples factores que son importantes para posicionar el complejo de
replicasa ( Liu et al. 2009 ). Por lo tanto, es posible que el cebador todavía pueda funcionar para
iniciar la replicación del ARN, incluso si no puede emparejar con la plantilla. Esto restauraría los
nucleótidos faltantes y permitiría una rápida amplificación del genoma reparado. También se ha
demostrado que un virus que inicia el uso de un mecanismo de cebado / realineación puede
reparar el término de su producto de replicación. La alteración o eliminación del residuo 3
'extremo de una plantilla de virus de la gripe dio como resultado la restauración posterior del
nucleótido de tipo salvaje. La evidencia sugiere que, en este caso, el virus de la gripe RdRp se
inicia internamente en la posición 4 y genera un cebador dinucleótido complementario a las
posiciones 4 y 5, T1 para información de secuencia) ( Deng et al. , 2006 ).
Reparación mediada por imprimación utilizando transcripciones abortivas
Uno de los medios que puede usar el RdRp viral para reparar los extremos dañados es utilizar
material genético derivado de los extremos virales intactos o de los extremos de los ARN satélite
asociados. Un ejemplo de este tipo de mecanismo de reparación es la reparación mediada por
imprimación. El inicio de la síntesis de ARN es un proceso complejo que involucra varias etapas
distintas, incluida una etapa en la que el RdRp hace la transición de un complejo iniciador a uno
alargado. Si el RdRp no logra entrar en el modo de alargamiento con éxito, esto produce la
producción de un breve transcrito abortivo de oligonucleótidos, de aproximadamente 3 a 12 nt,
en un proceso conocido como ciclo abortivo ( Carpousis y Gralla, 1980). ). Las iniciaciones
abortivas son un evento frecuente en la síntesis de ARN normal, con transcripciones abortivas
que alcanzan excesos molares de 10 a 100 veces en transcripciones de longitud completa en
algunos casos ( Nagy et al. , 1997 ). La reparación mediada por cebadores implica iniciar la
replicación del ARN utilizando transcripciones abortivas generadas a partir de un ARN viral
intacto como cebadores para reparar un ARN dañado.
Se ha demostrado que la reparación con transcripciones abortivas se produce para un ARN
satélite del virus de la arruga del nabo (TCV) (Carpenter & Simon, 1996 ; Nagy et al. ,
1997 ). El RNA satelital C (satC) es uno de varios RNA pequeños asociados con el genoma de
TCV y replicados por el RdRp viral. El extremo 3 'de satC comparte secuencias con el extremo
3' del genoma de TCV que se requieren para una replicación de ARN eficiente, incluida una
estructura estable de bucle-tallo seguida de la secuencia 5′-CUGCCC-3 '. Si un ARN satC que
carecía del terminal 6 nt de esta secuencia se introdujo en las plantas junto con TCV de tipo
salvaje, satC se restauró eficientemente a su secuencia de tipo salvaje. Las mutaciones en los
marcadores mostraron que la fuente de nucleótidos restaurados era el genoma de TCV. Se
demostró que el TCV RdRp genera abundantes transcripciones abortivas cortas (4–8 nt) y fue
capaz de usar estos in vitropara extender plantillas con eliminaciones parciales de terminales
(Fig. 3 F3 ). El mecanismo exacto por el cual se produce la reparación mediada por cebadores no
está claro, pero parece implicar interacciones específicas entre las estructuras en el extremo 3 'del
ARN y el RdRp, y entre los cebadores RdRp y oligoribonucleótidos. La estructura vástago-bucle
en el extremo 3 'de satC necesitaba estar intacta, lo que indicaba que el RdRp requería un sitio de
unión en el ARN truncado para poder usarlo como plantilla y para la reparación mediata. De
manera interesante, no fue necesario un emparejamiento de bases entre el extremo 3 'del ARN
satC y el cebador oligoribonucleótido, pero la reparación solo podría ocurrir usando ciertas
secuencias de oligorribonucleótidos ( Nagy et al. , 1997 ). Estos hallazgos sugieren que este
mecanismo de reparación implica la unión del RdRp de TCV al ARN de la plantilla defectuosa,
reclutando oligorribonucleótidos de secuencias específicas en su sitio activo y usándolos para
iniciar la síntesis de ARN.

Fig. 3. Mecanismo para la reparación mediada por

TCV(virus de la arruga del nabo). (a) El genoma de
TCV (línea negra) y el ARN satC (línea roja) comparten
secuencias comunes en el extremo 3 '. En este escenario,
el genoma es una plantilla para transcripciones abortivas,
que se generan a partir de las secuencias del extremo 3
'durante el inicio de la replicación; El terminal satC
RNA 3 'está degradado. (b) Una transcripción abortiva
generada a partir del genoma de TCV intacto se puede
utilizar para cebar la iniciación a partir de una plantilla
de ARN satC truncada y se puede extender por TCV
RdRp para generar un complemento restaurado del ARN
satC.
Estos hallazgos sugieren que la estrategia de utilizar un
conjunto de transcripciones abortivas como cebadores
puede ser una forma útil de superar el problema de las
eliminaciones terminales. Por lo que sabemos, la
reparación de los ARN asociados a TCV representa el único ejemplo descrito de reparación de
plantilla mediada por cebadores para un virus de ARN hasta la fecha, pero se ha demostrado que
las RdRps de los virus de ARN de cadena positiva, negativa y de doble cadena generan
transcritos abortivos ( Dupuy et al. , 1999 ; Farsetta et al. , 2000. ;Klumpp et al. , 1998 ; Sun &
Kao, 1997 ) y oligonucleótidos cortos se pueden usar como cebadores para iniciar la síntesis de
ARN en varios sistemas de virus. Curiosamente, en algunos de estos casos, se demostró que el
RdRp demostró especificidad por los cebadores de la secuencia correcta o la longitud
específica. Por lo tanto, podría ser una característica común de las RdRps virales tener una
preferencia por la unión de oligorribonucleótidos particulares en su bolsillo del sustrato durante
la fase de inicio de la síntesis de ARN, permitiéndoles reparar plantillas defectuosas.
Polimerización sin plantilla por la replicasa viral para generar cebadores aleatorios.
En otra serie de experimentos que estudian la reparación de ARN de TCV satC, se examinaron
plantillas con deleciones más cortas de 3 a 5 nt. Se descubrió que estas deleciones también se
repararon para crear un ARN de longitud similar al ARN de satC de tipo salvaje, pero, en este
caso, el término satC no se restauró de manera consistente a su secuencia de tipo salvaje, sino
que consistió aparentemente en secuencia aleatoria, lo que indica que se empleó un mecanismo
de reparación alternativo ( Guan y Simon, 2000 ). Si el extremo 3 'de la satC eliminada se
fusionó con una secuencia no específica, la secuencia no específica se eliminó y se reemplazó
con una secuencia aleatoria de longitud apropiada. Esto ocurrió en el contexto de una in
vitro. reacción de replicasa, lo que sugiere que esta reparación se produjo en un solo paso.Guan y
Simon (2000) proporcionan un modelo para estos resultados en los que el TCV RdRp genera un
pequeño ARN aleatorio independientemente de la plantilla, luego utiliza este ARN como
cebador para iniciar la síntesis de ARN en el extremo 3 'de la secuencia del ARN satC,
posicionamiento el cebador utiliza la estructura vástago-bucle cerca del extremo 3 'del ARN
satC.
Si el modelo propuesto por Guan y Simon (2000) es correcto, se plantea la cuestión de cómo la
replicasa genera cebadores de ARN si no hay una secuencia promotora viable para que se
inicie. Una posible explicación proviene de estudios con la replicasa del fago de ARN
Q β . Algunos estudios han sugerido que la Q β replicasa es capaz de generar ARN de novo en
ausencia de una plantilla ( Biebricher et al. , 1986). ;Sumper & Luce, 1975 ). Otros estudios han
sugerido que la Q β replicasa no es realmente independiente de la plantilla, sino que puede
utilizar fácilmente cualquier ARN como plantilla, incluso si el ARN solo está presente en niveles
bajos como contaminante, y que, mientras que la Q βreplicasa puede inicia la síntesis de ARN al
azar, no entra en un modo de elongación estable si la iniciación se produce en ausencia del
promotor apropiado ( Chetverin et al. , 1991 ; Hill & Blumenthal, 1983 ; Ugarov et al. ,
2003 ). Por lo tanto, una explicación para la reparación mediada por TCV es que, en ausencia de
una secuencia promotora apropiada, la replicasa viral genera ARN de forma independiente de la
plantilla o se inicia aleatoriamente en cualquier ARN disponible, generando así un conjunto de
oligonucleótidos aleatorios, algunos de los cuales podría encajar adecuadamente con el RdRp
para ser utilizado como cebadores para iniciar la replicación, de manera similar al mecanismo
descrito anteriormente. Una vez que el RdRp ha generado un ARN "parcheado" que puede
soportar incluso un bajo nivel de replicación, el ARN tendría la oportunidad de evolucionar hacia
una secuencia de tipo salvaje a lo largo de múltiples ciclos de replicación.
TCV satC RNA no es el único ejemplo de virus RNA (o RNA asociado a virus) que adquiere una
secuencia heteróloga en sus extremos. Se ha encontrado evidencia de residuos
no templados adicionales para el virus del mosaico del virus de ARN de cadena positiva
( Burgyan & Garcia-Arenal, 1998 ) y el virus del dengue ( Teramoto et al. , 2008 ), y los virus de
ARN de cadena negativa enfermedad de Borna virus (BDV), virus de la coriomeningitis
linfocítica (LCMV) y hantavirus Hantaan ( Meyer y Schmaljohn, 2000 ; Meyer & Southern,
1994 ; Schneider et al. , 2005 ). Aunque el mecanismo por el cual los nucleótidos adicionales se
agregaron a estos genomas de virus no se conoce y podría involucrar una actividad de transferasa
terminal, como la que se describe a continuación, la naturaleza aleatoria de la secuencia adicional
es consistente con el mecanismo de iniciación sin plantilla descrito para TCV .
Terminal transferasa y mecanismos de reparación de poli (A) cola.
Muchos virus de ARN de cadena positiva poseen un tracto poli (A) 3 ', que cumple funciones
en la traducción, la estabilidad del ARN y la replicación del genoma. Estas colas poli (A) son
heterogéneas, pero deben tener una longitud mínima para admitir una replicación de virus
eficiente, y hay datos que apuntan a la existencia de un mecanismo viral que restaura los
adenilatos que se pierden del extremo 3 'de la poli ( A) cola durante la replicación del genoma
normal ( van Ooij et al. , 2006 ). También hay evidencia de que las colas de poli (A)
completamente eliminadas pueden ser reparadas. Por ejemplo, un clon de ingeniería del virus del
mosaico del caupí recuperó una cola poli (A) eliminada in vivo ( Eggen et al. , 1989 ) y existen
ejemplos similares para varios otros virus. Es posible que las colas de poli (A) sean restauradas
por una actividad celular de poli (A) polimerasa y, en algunos casos, hay evidencia de esto: el
virus del mosaico del trébol blanco puede recuperar una cola de poli (A) eliminada, pero esto es
depende de un motivo AAUAAA, que es una secuencia de señal para la poli (A) polimerasa
celular ( Fitzgerald y Shenk, 1981 ; Guilford et al. , 1991 ). Alternativamente, se ha demostrado
que algunos virus poseen actividad adeniltransferasa terminal codificada por virus que les
permite transferir secuencias de poli (A) al extremo 3 'de sus plantillas ( Neufeld et al. ,
1994 ; Tomar et al. , 2006 ).
Curiosamente, también se ha demostrado que algunos flavivirus que no poseen cola poli (A)
codifican la actividad de la transferasa terminal (Behrens et al. , 1996 ; Ranjith-Kumar et al. ,
2001 ). In vitro los estudios de la actividad de la transferasa terminal del virus de la hepatitis C
mostraron que, en este caso, la especificidad del nucleótido agregado está guiada por la
secuencia 3'-terminal del ARN molde, y la actividad de la transferasa terminal permite a RdRp
agregar un residuo de citidilato terminal a un terminal 3 'mutado y una función de plantilla de
restauración ( Ranjith-Kumar et al. , 2001 ). De hecho, la actividad de la transferasa terminal
está aparentemente extendida, ya que se ha informado de otros virus de ARN de cadena positiva,
un virus de ARN de doble cadena y un virus de ARN de cadena negativa ( Fullerton et al. ,
2007 ; Poranen et al. , 2008 ; Rohayem et al. , 2006 ; Smallwood y Moyer, 1993 ), sugiriendo
que podría ser un mecanismo común para facilitar la reparación de la terminal.
El mecanismo para la actividad de la transferasa terminal viral no se ha dilucidado por
completo. La actividad depende del sitio activo de RdRp, lo que no es sorprendente, ya que las
ribonucleotidiltransferasas celulares utilizan un motivo catalítico similar ( Martin & Keller,
2007 ). Sin embargo, esto plantea la cuestión de cómo un RdRp cataliza la actividad de la
transferasa terminal. El RdRp colocaría normalmente el extremo 3 'del ARN de plantilla en su
canal de plantilla, agregaría nucleótidos en el extremo 3' del ARN naciente en su sitio activo y
luego extruiría el ARN naciente en una dirección de 5 '→ 3' a través de su canal de salida. Si el
RdRp se uniera a la plantilla defectuosa en su orientación habitual, el extremo 3 'del ARN no se
colocaría de manera apropiada en relación con el sitio catalítico para las adiciones de
nucleótidos. Estudios sobre la transferasa RdRp / terminal de bacteriófagos. El φ 6 sugiere que
la explicación más probable es que, para que se produzca la actividad de la transferasa terminal
viral, la subunidad RdRp se oriente en la dirección opuesta con respecto al RNA de lo que sería
para la actividad RdRp dirigida por plantilla y dibuja el extremo 3 'de el ARN a través de su
canal de salida hacia el sitio catalítico, de modo que el extremo 3 'del ARN se posiciona
adecuadamente en el sitio activo para que se produzca la catálisis (Fig. 4 F4 ) ( Poranen et al. ,
2008 ). Sin embargo, queda por determinar por qué la actividad de la transferasa terminal puede
ser específica para un sustrato de NTP particular, o cómo la secuencia terminal del ARN molde
puede determinar la especificidad de los nucleótidos agregados. Independientemente del
mecanismo específico, parece probable que, si todos los elementos para el inicio de la
polimerización dirigida por la plantilla estuvieran presentes, incluidas todas las señales del
terminal 3′, el RdRp sería más probable que se uniera a la plantilla en la orientación ilustrada en
la figura 4 (a) f4 e iniciar la replicación del ARN. Sin embargo, si las señales del terminal 3′ no
estuvieran intactas, el RdRp no podría formar un complejo de iniciación estable, aumentando su
propensión a adoptar una orientación de transferasa terminal hasta que el ARN se haya reparado
lo suficiente (Fig. 4c F4 ).

Fig. 4.
Modelo putativo para el mecanismo de la transferasa
terminal RdRp. (a) El inicio de la replicación implica
el ensamblaje del complejo de replicasa, incluido el
RdRp, en el ARN de la plantilla. En el caso de
novo.iniciación en el extremo 3 ', el extremo 3' de la
plantilla se encuentra en el sitio activo. (b) Durante la
síntesis de ARN, el grupo 3 'OH de la cadena naciente
se posiciona de manera apropiada en el sitio activo
para la adición del siguiente nucleótido, y el ARN
recién sintetizado se extruye a través de un canal de
salida. (c) Para la actividad de la transferasa terminal,
se propone que la RdRp y la "plantilla" del ARN se giren entre sí. En este caso, el ARN ingresa a
través del canal de salida, colocando el grupo 3 'OH apropiadamente en el sitio activo para que se
agreguen otros nucleótidos.

Un mecanismo de reparación común pero no caracterizado: un posible papel para la

maquinaria de degradación del ARN celular
Se encontró que algunos genomas de virus poliadenilados que fueron sometidos a reparación
para restaurar la cola de poli (A) adquirieron nuevas secuencias ricas en U. Este fenómeno se
describió por primera vez para el virus de la vena amarilla necrótica de la remolacha. En este
caso, si la cola poli (A) se eliminó por completo, los virus de la progenie contenían una nueva
región heterogénea rica en U adyacente a la secuencia viral, seguida de una cola poli (A)
( Jupin et al. , 1990 ). Se han observado resultados similares para el virus Sindbis ( Raju et al. ,
1999 ), virus Coxsackie B ( van Ooij et al. , 2006 ) y virus de la hepatitis C ( van Leeuwen et al. ,
2006 ). El mecanismo que genera el enlazador rico en U heterogéneo seguido por la cola poli (A)
no se ha determinado hasta ahora y se ha sugerido que podría involucrar una actividad mediada
por virus, como la transferasa terminal codificada por virus, o la iniciación interna seguida de
primer salto Raju et al. , 1999 ). Sin embargo, el hecho de que este tipo de reparación se haya
observado para una amplia gama de virus, algunos de los cuales se ha demostrado que poseen
solo actividad adeniltransferasa (sin evidencia de actividad de uridiltransferasa), es intrigante y
sugiere que este mecanismo de reparación podría involucrar células celulares. enzimas
Un posible candidato para las inserciones ricas en U es la maquinaria de desintegración del
ARN celular. Un creciente cuerpo de evidencia ha identificado relaciones entre complejos de
replicación de varios virus de plantas y animales y sitios de procesamiento de ARN citoplásmico,
tales como cuerpos de procesamiento y gránulos de estrés ( Beckham y Parker, 2008 ). Esto
sugiere una estrecha participación entre la maquinaria de degradación celular y los sitios de
replicación de virus. Un grupo de factores recientemente descubiertos en el recambio de ARNm
son las poli (U) polimerasas celulares; la cola poli (U) agregada por estas enzimas estimula la
eliminación de la tapa 5', promoviendo la degradación del ARNm ( Song & Kiledjian,
2007 ; Wickens & Kwak, 2008 ). Las poli (U) polimerasas están muy extendidas, desde la
levadura a los humanos, y no son específicas en su sustrato de ARN ( Guschina y Benecke,
2008 ; Wickens y Kwak, 2008 ); por lo tanto, tienen el potencial de actuar sobre una variedad de
ARN virales. Las polimerasas de poli (U) también pueden ser relajadas en su especificidad de
nucleótidos: hay un ejemplo de un RdRp de poli (U) que puede alternar entre la adición de
residuos de U o A ( Mellman et al. , 2008). ). Por lo tanto, una posible explicación de cómo los
genomas de virus adquieren secuencias ricas en U no virales es que un ARN viral truncado [que
carece de su cola de poli (A)] se enlaza con la polimerasa de poli (U) para marcar su degradación
(Fig. 5 F5 ). Algunos virus podrían haber desarrollado mecanismos que les permitan interceptar
la vía de degradación y promover la poliadenilación, ya sea utilizando una actividad de la
transferasa terminal codificada por el virus, como se describió anteriormente, o provocando que
la poli (U) polimerasa cambie la especificidad de NTP a ATP. Se espera que la adición de la cola
poli (A) confiera estabilidad al genoma del virus y, en combinación con cis Las señales activas
en otras partes del genoma del virus podrían ser suficientes para permitir la replicación y
propagación del genoma.
 Fig. 5.
Modelo para la adquisición de una
secuencia poli (U) no viral. De acuerdo
con este modelo, después de la
eliminación o pérdida de la cola poli (A)
en el extremo 3 'del ARN del genoma
viral, la poli (U) polimerasa celular uridila
el ARN truncado para marcarlo para la
degradación. En algunos casos, las
proteínas virales podrían intervenir en
este proceso, ya sea alterando la actividad
de la poli (U) polimerasa, de modo que
agregue residuos de adenilato en el
extremo 3 ', o permitiendo que el RdRp
viral poliadenime el ARN. Por actividad
transferasa terminal.
Reparación de terminaciones 3 'por mRNA tRNA
El mecanismo final de la reparación terminal casi con certeza involucra una enzima celular y
es facilitado por el mimetismo del virus de los ARNt celulares. Una modificación en el terminal
3 'que se encuentra en los genomas de ARN de muchos virus de ARN de plantas es la acilación
amino para cargar el extremo 3' del ARN del genoma con los aminoácidos valina, histidina o
tirosina. El mecanismo por el cual se produce la acilación amino de los genomas virales está
relacionado con la acilación amino del ARNt: estos virus tienen secuencias de ARN en el
extremo 3 'que pueden adoptar una estructura secundaria / terciaria altamente organizada, similar
a la de los ARNt de las células huésped, lo que les permite cargarse por el aminoacil tRNA
sintetasa respectivo (revisado por Dreher, 2009 ). La similitud entre el genoma del virus y la
estructura de un ARNt no solo permite que se produzca la acilación, sino que también ofrece una
oportunidad para la reparación de la secuencia 3′-terminal.
Los ARNt celulares tienen una estructura de trébol característica con un motivo CCA- OH no
apareado en el extremo 3 '. El motivo CCA no está codificado por el genoma eucariota, sino que
se agrega postranscripcionalmente por la enzima celular tRNA nucleotidiltransferasa, que
también funciona para mantener el tRNA 3 'terminal en frente de la degradación de nucleasa
constante. La ARNt nucleotidiltransferasa funciona independientemente de una plantilla de ácido
nucleico, con la selección de nucleótidos aparentemente guiada por bolsas dentro de la estructura
de la proteína, creada por cambios conformacionales luego de la adición de cada nucleótido
(revisado por Martin & Keller, 2007).). El término 3 'del genoma de BMV (virus de la hebra
positiva tripartita) termina en CC, pero se modifica a CCA al ingresar a la célula. Se cree que
la similitud entre las estructuras de ARNt 3 'víricas y los ARNt celulares auténticos brinda al
genoma del virus la capacidad de unirse a la nucleotidiltransferasa ARNt, permitiendo que esta
enzima restaure el residuo 3' A de la misma manera que repararía un ARNt celular ( Joshi et al. ,
1983 ). Este mimetismo de ARNt también proporciona una oportunidad para la reparación de
genomas a partir de los cuales se han eliminado los citidilatos 3'-terminales. Los experimentos
con BMV (virus de la hebra positiva tripartita) han demostrado que los genomas que
contienen deleciones 3'-terminales al motivo CCA se reparan a la secuencia de tipo salvaje muy
rápidamente en las células ( Hema et al. , 2005 ; Rao et al. , 1989 ). Esta actividad de reparación
no depende de los otros segmentos del genoma del virus que actúan como una plantilla ( Hema et
al. , 2005 ) y no ocurre en reacciones realizadas in vitroutilizando replicasa purificada ( Miller et
al. , 1986 ). Por lo tanto, el mecanismo más probable para la reparación es la adición del motivo
CCA por la ARNt nucleotidiltransferasa.

BENEFICIOS POTENCIALES DE LAS DELECIONES TERMINALES: GENOMAS

TRUNCADOS Y PERSISTENCIA VIRAL
Muchos virus de ARN que causan infecciones agudas dependen de una multiplicación rápida y
eficiente para permitir la propagación del virus a nuevas células huésped antes de que el sistema
inmunitario del huésped la elimine. Esta estrategia viral requiere el mantenimiento de una
secuencia del genoma que sea capaz de soportar niveles suficientes de replicación de virus, y este
requisito probablemente contribuye a la presión de selección que impulsa el desarrollo de las
actividades de reparación descritas anteriormente. Varios virus de ARN también están asociados
con infecciones persistentes, particularmente en ciertos tejidos u organismos. Durante la
infección persistente, las mutaciones que surgen pueden jugar un papel importante. Por ejemplo,
las mutaciones en la región codificante del virus de la hepatitis C pueden permitir que el virus
evade un ataque inmune ( Burke & Cox, 2010 ). Además, la persistencia también se asocia
frecuentemente con truncamientos en las secuencias que actúan en cis terminales . De hecho,
la alta prevalencia de genomas eliminados terminalmente en algunas infecciones por virus
persistentes sugiere que las eliminaciones terminales podrían estar involucradas directamente en
el establecimiento y / o mantenimiento del estado persistente.
Ejemplos de asociaciones entre truncamientos terminales e infecciones persistentes.
Virus de la coriomeningitis linfocítica (LCMV), un miembro de la familia Arenaviridae , es un
virus de ARN segmentado, de sentido negativo. La infección por LCMV en ratones recién
nacidos progresa desde una fase aguda inicial hasta una fase persistente asociada con un bajo
nivel sostenido de producción de viriones. Experimentos de cursos de tiempo prolongado en
cultivo celular ( Meyer & Southern, 1994 ) o ratones ( Meyer & Southern, 1997 ) mostraron que
ambos segmentos del genoma viral estaban corrompidos por eliminaciones terminales cortas y
adiciones de nucleótidos de hasta 4 nt. La abundancia de estos genomas corrompidos aumentó a
lo largo del curso del tiempo hasta el punto de que, a los 28 días posteriores a la infección, entre
el 60 y el 70% de todas las secuencias del genoma presentaron deleciones. Curiosamente, estos
cambios en la secuencia genómica parecían estar emparejados por cambios complementarios en
las correspondientes cadenas antigenómicas, lo que sugiere que estos ARN alterados eran
competentes para la replicación; sin embargo, eran deficientes en la transcripción del ARNm
( Meyer y Southern, 1997 ). La presencia de segmentos de genoma competentes para la
replicación, pero incompetentes para la transcripción, es consistente con la disminución de la
expresión de proteínas virales y el bajo rendimiento de virus infecciosos que son características
de la infección persistente. Los genomas eliminados finalmente también son una característica
del virus de Seúl, un miembro del género Hantavirus , que es otro virus ARN segmentado y de
sentido negativo que establece infecciones persistentes a largo plazo en huéspedes de roedores
( Meyer y Schmaljohn, 2000). ). Los experimentos de curso de tiempo prolongado en cultivo
celular revelaron que la abundancia de segmentos del genoma con deleciones terminales exhibió
un patrón cíclico, que aumenta y disminuye a lo largo de la duración del experimento. La
abundancia de ARN viral y la progenie del virus reflejaron la proporción de genomas truncados
y, por lo tanto, implicaron fuertemente las deleciones en el mantenimiento del estado persistente
( Meyer y Schmaljohn, 2000 ).
También se ha demostrado que las eliminaciones de secuencias terminales desempeñan un
papel en la transición entre infecciones agudas y persistentes de un virus de ARN de cadena
positiva. CB3V, un enterovirus humano, se asocia frecuentemente con una miocarditis aguda que
a menudo puede conducir a insuficiencia cardíaca. Los genomas de CB3V pueden detectarse en
el tejido de individuos previamente infectados, pero los virus infecciosos han sido casi
imposibles de aislar, lo que sugiere que CB3V puede ser capaz de una persistencia viral. La
evidencia de un mecanismo de persistencia provino del análisis de secuencia, que mostró que los
genomas de CB3V dentro de los tejidos infectados poseían deleciones 5'-terminales de entre 7 y
49 nt ( Kim et al. , 2005 ). Se encontró que había una correlación entre la presencia de
terminaciones completas o truncadas y la infección aguda versus persistente, respectivamente
( Kim et al. , 2005 ). Un trabajo más reciente ha detectado la presencia de genomas eliminados
terminalmente en tejido humano recolectado de un caso fatal de miocarditis, lo que sugiere que
existe una importancia para las eliminaciones terminales en el contexto de una infección humana
( Chapman et al. , 2008). ).
Evidencia de un mecanismo específico para el truncamiento terminal.
El mecanismo por el cual estos virus adquieren truncamientos en sus términos puede diferir. En
el caso de CB3V, las deleciones terminales surgen más rápidamente en tejidos del corazón
intactos o en cultivos celulares primarios de miocardio que en otras células, lo que sugiere que el
ambiente celular tiene una fuerte influencia ( Kim et al. , 2005 ). Sin embargo, un virus asociado
con infecciones por virus persistentes parece haber desarrollado una estrategia específica para
truncar sus términos. El BDV puede establecer una infección persistente en sistemas de cultivo
celular y también en células cerebrales de animales infectados. Este virus es un miembro del
orden Mononegavirales , cuyos miembros típicamente poseen genomas que exhiben una
complementariedad terminal. Sin embargo, los extremos 5 'del ARN viral y los ARNc de los
aislamientos de BDV extraídos de células y animales infectados se rebajan en 4 nt en
comparación con los extremos 3' ( Rosario et al. , 2005 ; Schneider et al. , 2005 ). Los
experimentos han demostrado que los virus recombinantes con extremos 3 'y 5' perfectamente
complementarios vuelven rápidamente a tener extremos 5 'ahuecados, similares a los virus que
ocurren naturalmente ( Schneider et al. , 2005). ). El alto nivel de precisión de este truncamiento
terminal sugiere que se produce mediante un mecanismo específico, que posiblemente implique
el inicio de la replicación en un nucleótido ubicado internamente. Aunque ese mecanismo aún no
se ha dilucidado, aparentemente implica una actividad que deja un resto monofosfato en el
extremo 5 ', en lugar del trifosfato 5' que normalmente se encontraría en el extremo 5 'del ARN
viral. Los estudios de expresión génica indican que los genomas recortados son plantillas
eficientes para la transcripción, pero plantillas ineficientes para la replicación, lo que limita la
generación de partículas infecciosas. Adicionalmente, Habjan et al. , 2008 ). Esto plantea la
posibilidad interesante de que, además de modular la replicación del virus y la expresión génica,
el recorte del genoma de BDV puede ser un mecanismo para facilitar la persistencia del virus al
evadir las respuestas antivirales celulares.

OBSERVACIONES FINALES
Los estudios descritos anteriormente demuestran una variedad de mecanismos que existen para
permitir el mantenimiento y la restauración de la integridad del genoma en los virus de
ARN. Estos estudios revelan que, a pesar de sus mecanismos a menudo fastidiosos para
garantizar el inicio y la finalización precisos de la replicación, los RdRps virales son lo
suficientemente flexibles para adaptarse a modos alternativos de iniciación y elongación,
permitiendo la reparación terminal, la actividad de la transferasa terminal y la
recombinación. Para cualquier virus dado, el comportamiento de RdRp en el extremo 3 'de una
plantilla podría verse afectado por la naturaleza de la secuencia 3′-terminal. Parece probable que,
si los términos del genoma están intactos y todas las secuencias promotoras y accesorias
requeridas para el inicio de la replicación, estén presentes, El RdRp se comprometerá
preferentemente en la iniciación de replicación precisa. Sin embargo, si faltan secuencias
terminales clave, el complejo de replicasa podría no ser capaz de ensamblarse correctamente,
liberando el RdRp para realizar acciones "anormales", como la polimerización sin plantilla o la
actividad de la transferasa terminal. Una vez que un genoma ha sido reparado, el RdRp podría
volver a su función "normal" de polimerización dependiente de la plantilla. Los virus que se
replican en ambientes particularmente severos o que no tienen defensas pasivas para proteger sus
genomas pueden tener replicasas que se acomoden a mecanismos de iniciación alternativos para
facilitar la reparación terminal más fácilmente, y las diferencias fundamentales en el genoma del
virus y la arquitectura de la replicasa probablemente afecten la propensión a la recombinación de
ARN. Es sorprendente que la mayoría de los ejemplos de reparación del genoma del virus ARN
involucren virus de cadena positiva, cuyos genomas podrían ser más vulnerables que los virus de
doble cadena o de sentido negativo, en los cuales los genomas son secuestrados en cápsides de
proteínas durante todo el ciclo de infección. Los datos también sugieren que la formación de
genomas truncados, mientras que obstaculiza la cinética de la replicación del virus, podría
permitir o ayudar a que algunos virus se vuelvan persistentes, lo que en última instancia podría
ayudar a su propagación dentro de la población huésped. Por lo tanto, la capacidad de reparación
del genoma podría ser un factor importante en la patogénesis del virus. cuyos genomas podrían
ser más vulnerables que los de los virus de doble cadena o de sentido negativo, en los que los
genomas son secuestrados en cápsides de proteínas durante todo el ciclo de la infección. Los
datos también sugieren que la formación de genomas truncados, mientras que obstaculiza la
cinética de la replicación del virus, podría permitir o ayudar a que algunos virus se vuelvan
persistentes, lo que en última instancia podría ayudar a su propagación dentro de la población
huésped. Por lo tanto, la capacidad de reparación del genoma podría ser un factor importante en
la patogénesis del virus. cuyos genomas podrían ser más vulnerables que los de los virus de
doble cadena o de sentido negativo, en los que los genomas son secuestrados en cápsides de
proteínas durante todo el ciclo de la infección. Los datos también sugieren que la formación de
genomas truncados, mientras que obstaculiza la cinética de la replicación del virus, podría
permitir o ayudar a que algunos virus se vuelvan persistentes, lo que en última instancia podría
ayudar a su propagación dentro de la población huésped. Por lo tanto, la capacidad de reparación
del genoma podría ser un factor importante en la patogénesis del virus. podría permitir o ayudar
a que algunos virus se vuelvan persistentes, lo que en última instancia podría ayudar a su
propagación dentro de la población de acogida. Por lo tanto, la capacidad de reparación del
genoma podría ser un factor importante en la patogénesis del virus. podría permitir o ayudar a
que algunos virus se vuelvan persistentes, lo que en última instancia podría ayudar a su
propagación dentro de la población de acogida. Por lo tanto, la capacidad de reparación del
genoma podría ser un factor importante en la patogénesis del virus.