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GENÉTICA MICROBIANA
MSc. Rosa María Liñan Abanto
“REPLICACIÓN DE LEVADURAS”
Notas de Autor
Escuela de Biología-Microbiología, Facultad de Ciencias, Universidad Nacional Jorge
Basadre Grohmann
La correspondencia relacionada con esta investigación debe ser dirigida
Universidad Nacional Jorge Basadre Grohmann, Av. Miraflores S/N, Tacna
Contacto: PaoloBarredaZegarra@gmail.com
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Encabezado: REPLICACIÓN DE LEVADURAS
Copyright © 2019 por Barreda Zegarra, Rivera Prado, Copaja Salcedo & Vizcarra Gutiérrez.
Todos los derechos reservados.
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Encabezado: REPLICACIÓN DE LEVADURAS
Tabla de Contenidos
Capítulo 1. Introducción............................................................................................................. 1
Distorsiones estructurales................................................................................................... 8
Revisión............................................................................................................................ 11
Iniciación .......................................................................................................................... 19
Terminación ..................................................................................................................... 20
La unidad básica de información en los seres vivos es el gen, definido en células eucariotas
como un segmento de ADN que lleva la información necesaria para la síntesis de una proteína o
de un ARN. La cantidad, tamaño y distribución de los genes varía según la especie analizada. En
el hombre, el número de genes que codifican proteínas se calcula que es tan sólo el 3 % del ADN;
siendo el resto, secuencias reguladoras y estructurales.
La comprensión de los mecanismos de almacenamiento y de las formas de utilización de la
información ha servido para poder aclarar muchas de las incógnitas planteadas sobre la estructura
y la función celular. La célula realiza esta actividad a través de las rutas de la información genética;
estas vías constituyen el principio fundamental de la genética molecular. Son tres procesos
denominados: a) Replicación o copia del ADN paterno para formar moléculas de ADN hijas
idénticas a su progenitor, e idénticas entre sí. b) Transcripción o copia de la información de una
parte del ADN a moléculas de ARN. c) Traducción o copia de la información genética del ARN a
la secuencia aminoacídica específica de una proteína.
La reproducción es una propiedad fundamental de todos los sistemas vivos. Es un proceso que
puede observarse en diferentes niveles: los organismos se duplican por medio de la reproducción
sexual o asexual, las células por división celular y el material genético por replicación del DNA.
La maquinaria que realiza la replicación del DNA también tiene otra capacidad: la reparación del
material genético dañado. Estos dos procesos (replicación y reparación del DNA), son los temas
de este capítulo.
Se presume que la capacidad de autorreplicación fue una de las primeras propiedades
importantes que aparecieron durante la evolución de las formas de vida primitiva más tempranas.
Sin la capacidad de propagarse, cualquier molécula biológica primitiva estaba destinada a
desaparecer. Los portadores tempranos de la información genética fueron quizá las moléculas de
RNA (ácido ribonucleico), capaces de autorreplicarse.
A medida que la evolución progresó y las moléculas de RNA se reemplazaron por moléculas
de DNA como material genético, el proceso de la replicación adquirió complejidad y requirió un
gran número de componentes auxiliares. En consecuencia, a pesar de que una molécula de DNA
contiene la información para su propia duplicación, carece de la capacidad para realizar esta
actividad por sí misma.
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Capítulo 2. Revisión de la Literatura
Las ADN Polimerasas de E. coli solamente saben sintetizar (polimerizar) ADN en la dirección
5'P - 3'OH.
La ADN Pol III y la ADN Pol I son las enzimas que intervienen directamente en la replicación
del ADN de E. coli. La ADN Pol I tiene un papel reparador, retira los cebadores con su actividad
exonucleasa 5'- 3' y rellena el hueco con su actividad polimerrasa 5'- 3'.
A la ADN Pol II se la asigna exclusivamente una función reparadora, pero la muchas de sus
características y el papel que juega en la replicación del ADN, si es que juega alguno, son
desconocidas. La ADN Pol III es la enzima que realiza la mayoría de la replicación del ADN, el
corazón catalítico del enzima lo constituyen las subunidades a (encargada de la polimerización), e
(realiza la función correctora de pruebas) y q (ensamblaje de las subunidades). Realmente, el
complejo enzimático que lleva a cabo la replicación es un multímero denominado Holoenzima de
ADN Pol III que posee muchas cadenas o subunidades polipeptídicas. Este multímero es realmente
un dímero asimétrico, una mitad del dímero se encarga de sintetizar la hélice retardada y la otra
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mitad sintetiza la hélice conductora. La subunidad t interviene en la unión del dímero, el complejo
g-d produce la unión al ADN molde y la subunidad b sujeta el enzima al ADN.
El ADN está expuesto constantemente a agentes físicos, químicos o biológicos que pueden
originar mutaciones y alterar la información genética del individuo. Las modificaciones en el ADN
pueden surgir por moléculas o mecanismos endógenos del metabolismo celular, errores en el
proceso de la replicación del ADN, ciertas infecciones virales e incluso por factores ambientales
como la luz ultravioleta, agentes químicos o la radiación ionizante. Estos factores interfieren en
procesos como la transcripción y la replicación, e inclusive pueden provocar un descontrol en la
división celular. La variabilidad genética también es necesaria para proporcionar adaptabilidad a
las especies al cambiante medio ambiente; no obstante, cierta información genética es crucial y su
modificación sería incompatible con la supervivencia del organismo. Para preservar la información
genética lo más fielmente posible el organismo dispone de mecanismos complejos de reparación
del ADN.
En las células existen diferentes maneras de reparar el ADN, dependiendo del tipo de daño y
de los componentes que se encuentren cercanos o sean más asequibles. De manera general, a los
procesos encargados de resguardar la integridad del ADN se les denomina mecanismos de
reparación; éstos se pueden agrupar en aquellos que actúan cuando existe algún daño en una sola
cadena y aquellos que participan cuando se dañan ambas cadenas. Mientras que algunas lesiones
se reparan de forma directa, la gran mayoría se repara tras una serie eventos en los que participan
múltiples proteínas. Así, las vías más importantes para reparar los daños en una sola cadena del
ADN son la reparación por escisión de bases (BER), la reparación por escisión de nucleótidos
(NER) y la reparación por mal apareamiento de las bases (MMR); mientras que la reparación por
unión de extremos no homólogos (NHEJ) y la reparación por recombinación homóloga (HR) son
más comunes para los daños en ambas cadenas.
Daños en el ADN
Errores en la replicación
La seguridad con que una secuencia de DNA se copia durante la replicación depende de la
fidelidad de la polimerasa en la selección correcta del dNTP para insertarlo en la cadena
complementaria que se sintetiza a partir del DNA parental. Los errores en la replicación se
incrementan si el balance de los 4 dNTP en la célula del DNA precursor se desordena, si un dNTP
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se encuentra en exceso se puede alterar la normalidad de la polimerasa e incorporará este
nucleótido en lugar del correcto.
Figura 2. Estructura del ADN, formada por una doble cadena de nucleótidos con secuencias
complementarias.
Cada nucleótido tiene un azúcar (desoxirribosa), una base nitrogenada –que puede ser adenina (A),
timina (T), citosina (C) o guanina (G)– y un fosfato. La disposición secuencial de las cuatro bases a lo
largo de la cadena es la que codifica la información genética.
Daños espontáneos
A 37 °C miles de bases se pierden espontáneamente, dejando sitios apurínicos y apirímidínicos
incapaces de determinar la inserción correcta de las bases en la cadena complementaria.
Daños endógenos
La mayor parte de estos cambios se producen por la generación de radicales libres como
subproductos de la respiración aerobia normal. Estos radicales que son moléculas o fragmentos
moleculares con electrones sin aparear son capaces de acelerar la ruptura de las cadenas del DNA.
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Daños exógenos
a) Radiaciones ionizantes: los rayos X y γ, provocan ruptura de simple cadena, ruptura de
doble cadena, bases dañadas por ionización directa y generan radicales libres.
b) Radiación ultravioleta (UV): es el agente que daña el DNA más estudiado, causa la
T·T, C·T y C·C. La figura siguiente muestra dos tipos de dímero de timina
(MNNG).
Cambios de 1 base
Afectan la secuencia, pero no la estructura total del DNA. Ellos no afectan la transcripción o
replicación, cuando las cadenas del DNA dúplex se separan. Así estos cambios ejercen su
daño sobre futuras generaciones a través de las consecuencias del cambio en la secuencia del
DNA.
Distorsiones estructurales
Ellas causan un impedimento físico a la replicación y transcripción. Un ejemplo muy estudiado
es la formación de dímeros de pirimidinas. Otros ejemplos son la introducción de enlaces
covalentes entre bases de cadenas opuestas y la adición de aductos.
En todos estos casos el daño permanece en el DNA y continúa causando problemas estructurales
y/o induce mutaciones, hasta que es eliminado. Los daños se han de reparar, de lo contrario
aparecen mutaciones que eventualmente pueden ser letales, de ahí que existan muchos mecanismos
de reparación. Algunos de estos mecanismos son específicos de lesión: la lesión más estudiada es
la formación de dímeros de pirimidina (mas frecuentemente timina) causados por radiación
ultravioleta. Lo normal es que un mecanismo de reparación repare multitud de lesiones y, en
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cualquier caso, los mecanismos de reparación son redundantes: una misma lesión puede ser
reparada por varios mecanismos de reparación; esto constituye un mecanismo de seguridad: si
existe un fallo o mutación en un mecanismo de reparación pueden actuar otros.
Mecanismos de reparación no funcionales producen abundantes mutaciones: los desarrollos
tumorales se producen por la acumulación de mutaciones que pueden provenir de diferentes
deficiencias en los sistemas de reparación.
Revisión
Las ADN polimerasas son las enzimas que forman el ADN en las células. Durante la replicación
(copiado) del ADN, la mayoría de las ADN polimerasas pueden "revisar su trabajo" con cada base
que añaden. Este proceso se llama revisión. Si la polimerasa detecta que ha agregado un nucleótido
equivocado (apareado incorrectamente), lo quita y reemplaza enseguida, antes de continuar con la
síntesis de ADN.
Figura 8. Reversión del daño, eliminación del grupo metilo por una enzima.
Cáncer
Los mecanismos de reparación del ADN son clave para el desarrollo de una de las enfermedades
que más afligen a la humanidad: el cáncer. En primera instancia, los defectos en alguno de los
procesos descritos anteriormente permiten que se acumulen daños que poco a poco van alterando
el comportamiento de la célula, que ahora se multiplica más rápidamente y se desprende del tejido
de origen para diseminarse hacia otras partes del cuerpo. Por otro lado, muchas de las enzimas
involucradas en la reparación del ADN están presentes en grandes cantidades en las células con
cáncer, lo cual les permite sobrevivir a los daños ocasionados con el tratamiento (quimioterapia o
radioterapia), a pesar de que vayan acumulando más daños que vuelven más agresiva a la
enfermedad.
Envejecimiento prematuro
De manera natural, la edad nos hace más susceptibles a que nuestros sistemas de reparación
cometan errores. De hecho, se piensa que el envejecimiento es resultado de la acumulación de
daños no reparados. Por tal motivo, si los defectos en los sistemas de reparación ocurren temprano
en una persona, esto se verá reflejado como un envejecimiento prematuro. Existen diferentes
enfermedades que se manifiestan así, tales como los síndromes de Hutchinson-Gilford, de Werner,
de Cockayne, y la enfermedad conocida como xeroderma pigmentosum. Aunque son entidades
clínicamente diferentes, comparten la particularidad de deberse a defectos en los sistemas de
reparación del ADN.
Neurodegeneración
Debido a que algunos de los defectos en los sistemas de reparación del ADN son congénitos –
es decir, hereditarios–, pueden tener repercusiones observables en etapas tempranas. Durante los
primeros meses de desarrollo del feto, cuando existe una gran proliferación, diferenciación y
migración, las células son más susceptibles de presentar daños en el ADN y ocasionar
enfermedades, lo cual es especialmente importante en las células del sistema nervioso. Uno de los
primeros hallazgos que relacionaron la reparación del ADN con la neurodegeneración fue la
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enfermedad conocida como ataxia telangiectasia, la cual se caracteriza clínicamente por un gran
deterioro en la parte del cerebro que controla el movimiento y el habla. Ahora se sabe que las
células en esta región son más sensibles al daño y mueren debido a los defectos en la estructura y
función de la proteína ATM, la cual tiene un papel importante durante los rompimientos de doble
cadena del ADN.
Sitio de replicación
Los procariotas no tienen núcleo ni otros orgánulos unidos a la membrana, como las
mitocondrias, el retículo endoplásmico y los cuerpos de Golgi. El ADN procariótico está presente
como un complejo de ADN-proteína llamado nucleoide. La replicación ocurre en el citoplasma de
la célula.
En el caso de eucariotas , los organismos que contienen un núcleo unido a la membrana, el
ADN se secuestra dentro del núcleo. Por lo tanto, el núcleo es el sitio para la replicación del ADN
en eucariotas.
Dirección de replicación
Una vez iniciado, el ensamblaje de replicación del ADN avanza a lo largo de la molécula de
ADN, y el punto preciso en el que se produce la replicación se denomina como la horquilla de
replicación. En general, tanto en procariotas como en eucariotas, el proceso de replicación del
ADN procede en dos direcciones opuestas, desde el origen de la replicación.
Sin embargo, en ciertos plásmidos presentes en células bacterianas, se ha observado la
replicación unidireccional del ADN. Estos plásmidos se replican a través del modelo de círculo
rodante, en el que se sintetizan múltiples copias lineales del ADN circular y luego se circulan.
Enzimas
Aunque unos conjuntos similares de enzimas están implicadas en la replicación de ADN
procariota y eucariota, la última es más compleja y variada. Las proteínas iniciadoras, la proteína
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monocatenaria de unión al ADN (SSB), la primasa, la DNA helicasa y la DNA ligasa están
presentes tanto en procariotas como en eucariotas.
Además, los eucariotas contienen ADN polimerasa γ, que está implicada en la replicación del
ADN mitocondrial. Además, las topoisomerasas, enzimas que regulan el enrollado y desenrollado
del ADN durante el movimiento de la horquilla de replicación, difieren en su actividad. Los
procariotas generalmente usan topoisomerasa tipo II llamada ADN girasa, que introduce un corte
en ambas cadenas de ADN. Por el contrario, la mayoría de los eucariotas utilizan topoisomerasas
tipo I, que cortan una sola cadena de ADN, durante el movimiento de la horquilla de replicación.
Fragmentos de Okazaki
Durante la replicación del ADN, la síntesis de una cadena se produce de manera continua,
mientras que la de la otra cadena se produce de forma discontinua a través de la formación de
fragmentos. La primera hebra se denomina la hebra principal, la segunda como hebra rezagada y
los fragmentos intermedios se denominan fragmentos de Okazaki. La razón de tal diferencia es la
naturaleza antiparalela de las cadenas de ADN, frente a la actividad unidireccional de la ADN
polimerasa.
Los fragmentos de Prokaryotic Okazaki son más largos, con la longitud típica observada
en Escherichia coli (E. coli) de aproximadamente 1000 a 2000 nucleótidos.
La longitud de los fragmentos de Okazaki en Eucariotas oscilan entre 100 y 200
nucleótidos. Aunque comparativamente más corto, se producen a un ritmo más lento que el
observado en procariotas.
Terminación
La terminación de la replicación del ADN ocurre en sitios de terminación específicos tanto en
procariotas como en eucariotas.
En procariotas , un solo sitio de terminación está presente a mitad de camino entre el
cromosoma circular. Las dos horquillas de replicación se encuentran en este sitio, deteniendo así
el proceso de replicación.
En eucariotas, las moléculas de ADN lineal tienen varios sitios de terminación a lo largo del
cromosoma, que corresponden a cada origen de replicación. Sin embargo, la replicación de ADN
eucariota se caracteriza por un problema único de replicación final, en el que una parte del ADN
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presente en los extremos del cromosoma no se replica. Por lo tanto, el hilo rezagado es más corto
que el hilo principal. Este problema se aborda en eucariotas mediante la presencia de una secuencia
de ADN repetitiva no codificadora llamada telómero, en los extremos de los cromosomas.
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