GENOMA

HUMANO
 CAPITULO I :

DEFINICION Y GENERALIDADES
I. DEFINICION

La palabra “genoma” contiene la raíz Griega “gen” que significa origen, y la extensión

también griega “oma” empleada en sustantivos del vocabulario biológico y médico (Winkler,

1920; Rieger et al., 1991; Riera, 1992). El término “gen” aplicado a la herencia fue acuñado

por Johansen en 1909 (Carlson, 1991) para designar a las unidades de herencia asociadas a un

carácter transmisible específico. Previamente los genes habían sido designados como

“elementos” por Mendel (1866), “gemmules” por Darwin (1868), “pangenes” por De Vries

(1889), “unidades fisiológicas” por Spencer (1864), o simplemente “carácter unidad”, “factor

unidad” o “factor”. El concepto de “gen” ha ido cambiando a medida que ha avanzado el

estado de su conocimiento (Carlson, 1991). Una de las definiciones actuales más amplia de

gen sería “secuencia de información que produce un producto funcional”. Normalmente se

sobreentiende por gen a una secuencia de DNA con todos sus elementos reguladores de la

transcripción que da lugar a una proteína o a un RNA. “Genoma” puede definirse como el

total de material genético característico de una especie (Oliva, 1986; Cummings, 1995;

Thompson et al., 1996; Oriola y Oliva, 2001), utilizado también para indicar el material

genético de un virus.
II. GENERALIDADES

Al nivel más elemental de todos el Genoma Humano está compuesto por cuatro tipos

distintos de bases: (A) adenina, (T) timina. (C) citosina y (G) guanina (Fig. 1.1; Levene,

1917; Watson and Crick, 1953). Estas bases se unen entre si para formar 23 secuencias

lineales continuas (con un total de 3.000 millones de bases) y una secuencia circular de

16.569 bases (cromosoma mitocondrial). Dado que las bases son complementarias dos a dos

(T:A, y C:G), cada hebra de DNA viene apareada con otra hebra complementaria. Ambas

hebras se enrollan formando la estructura típica de doble hélice (Fig. 1.1; Watson and Crick,

1953). Es precisamente en la secuencia de bases de estas moléculas de DNA contenida en los

cromosomas que componen el Genoma Humano en donde se halla la información necesaria

(genes) para determinar todas las características con base hereditaria del ser humano (Fig.

1.1). Las moléculas de DNA se organizan en forma de cromosomas. El núcleo de una célula

diploide contiene 23 pares de moléculas de DNA

Normalmente es a este nivel celular de 23 pares de cromosomas más el cromosoma

mitocondrial al que se suele considerar el Genoma Humano. Pero el Genoma Humano puede

considerarse también a niveles superiores. La secuencia de las moléculas de DNA de las

distintas células que componen el organismo humano no es siempre la misma, sino que en

ciertas células y en ciertas regiones de los cromosomas se dan reorganizaciones de la

secuencia de DNA con una función fisiológica. Por ejemplo la enorme diversidad de

anticuerpos presentes en el ser humano se consigue gracias a este tipo de reorganización

fisiológica durante el desarrollo del sistema inmunitario. También durante la meiosis se

produce un intercambio de material genético entre distintos cromosomas homólogos. El

nivel superior al que puede ser considerado el Genoma Humano es al nivel de toda la

humanidad. Cada dos individuos de la especie humana difieren entre si aproximadamente un

0.1%. Para conocer la verdadera magnitud del Genoma Humano hay que considerar el

número total de individuos en la tierra (6 x 109) y tener en cuenta esta variabilidad. Un

catálogo que incluyera todas las diferencias de secuencia de DNA requeriría 15 x 10 15

entradas. Un catálogo de estas características podría resultar necesario en un futuro para

conocer las enfermedades genéticas más raras o más complejas.

Numéricamente, el Genoma Humano, sin tener en cuenta la variabilidad entre individuos de

la especie humana, es de aproximadamente 3 x 109 bases. A fin de entender mejor qué

significa esta cifra resulta útil establecer algunas comparaciones:

1) Si tuviésemos que escribir la secuencia entera del DNA de una célula podríamos

llenar 200 guías de teléfono de Barcelona (1000 páginas cada tomo).

2) Otra suposición útil para comprender mejor la magnitud del Genoma Humano es

considerar las dimensiones lineales que tendrían los cromosomas de una sola célula

si pudiésemos estirarlos sin romperlos y disponerlos uno a continuación del otro. La

respuesta sería 2 metros (el cromosoma más pequeño (21) mediría 3 cm, y el más

grande (1) mediría 16 cm).

La complejidad del Genoma Humano queda muy de manifiesto al observar por microscopía

electrónica lo que ocurre si se quitan las proteínas que normalmente empaquetan a un

cromosoma metafísico (Figs. I.2B y 5.2; Paulson and Laemmli, 1977) y observar a través de
microscopía electrónica toda la maraña de cadenas de DNA que protuyen de los restos del

esqueleto cromosómico.

2.1. Genoma nuclear y genoma mitocondrial. Nomenclatura de los

cromosomas

El Genoma Humano está compuesto por 23 pares de moléculas de DNA contenidas en

estructuras llamadas cromosomas que se localizan en el núcleo de la célula (genoma nuclear)

y por una pequeña molécula de DNA circular contenida en un órgano de la célula

denominado mitocondria (genoma mitocondrial). Cuando las células se dividen por mitosis,

los cromosomas se condensan haciéndose visibles con el microscopio óptico y apareciendo

como unidades discretas (Cromosomas metafásicos; Fig 5.2; Schnedl, 1974; Weis, 1993;

Thompson ct al., 1991). Al conjunto de cromosomas metafásicos de una célula se denomina

cariotipo.

El genoma nuclear está formado por 22 pares de cromosomas autosómicos y por los

cromosomas sexuales designados X e Y. Los cromosomas autosómicos se enumeran en base

a su tamaño: el cromosoma más grande es el 1, el siguiente en tamaño decreciente es el 2. y

asi sucesivamente. Una excepción es que el cromosoma más pequeño es el 21 en lugar del

22. Esta excepción es debida a que inicialmente se pensó que el cromosoma 22 era el más

pequeño, y aunque actualmente se sabe que esto no es así, la nomenclatura se ha mantenido.

Cada cromosoma tiene una constricción central denominada centrómero que divide al

cromosoma en dos brazos designados "p" (para el brazo pequeño) y "q" (para el brazo

grande; "q" sigue a "p" en el alfabeto). Mediante distintas tinciones es posible subdividir a

los brazos en bandas con niveles crecientes de resolución. Estas bandas se designan con

números empezando por la banda más centromérica. Por ejemplo para indicar que el
complejo mayor de histocompatibilidad se localiza en el cromosoma 6. brazo pequeño,

banda 21.2, se utiliza "6p21.2" (se lee seis p dos uno punto dos).

El genoma mitocondrial consta de un solo tipo de molécula de DNA localizado en las

mitocondrias pero del que pueden existir varios miles de copias por célula. El tamaño del

genoma mitocondrial es extraordinariamente pequeño (16.569 bp) comparado con el del

genoma nuclear (3 x 109 bp). pero su función es esencial por contener algunos genes (37)

relacionados con el metabolismo oxidativo (Wallace, 1989; Schapira, 1993). Se trata de un

genoma extraordinariamente compacto con un origen evolutivo y una forma de herencia

muy distinta a la del genoma nuclear. En la tabla 1.1 se resumen las principales diferencias

entre el genoma mitocondrial y el genoma nuclear. La hipótesis más favorecida en la

actualidad sobre el origen del genoma mitocondrial va ligada al propio origen de las

mitocondrias. Se especula que éstas aparecieron en los eucariotas mediante endocitosis de

bacterias fotosintéticas por parte de los precursores anaeróbicos eucariotas (Yang et al.,

1985). De esta forma los eucariotas resultantes habrían adquirido la capacidad de

fosforilación oxidativa permitiendo un crecimiento rápido en una atmósfera rica en O2.

II.2. Organización de la secuencia del genoma y número de genes

La información contenida en el genoma humano no se distribuye de forma uniforme a

lo largo de la secuencia, sino que se concentra sobre todo en determinadas secuencias

denominadas genes (Fig. 1.3). Los genes representan las unidades funcionales del genoma y

típicamente la información contenida en ellos sirve para dar lugar a proteínas (Figs. 1.3 y

1.4).

Existe evidencia de que hay unos 20-25.000 genes repartidos entre todos los

cromosomas (International Human Genome Sequencing Consortium, 2004. Lander et al.,

2001; Venter et al., 2001; Strachan and Read, 2000). Muchos de ellos ya son conocidos en

detalle, así como sus posiciones en el genoma, mientras que del resto se dispone de

representaciones en las bases de datos. El primer cromosoma humano en secuenciarsc fue el

cromosoma 22 y en el se han hallado 545 genes y 134 pseudogenes. Estos últimos son genes

que contienen aberraciones en su secuencia y que, por ello, no son expresados por la

maquinaria celular. Si partimos de que hay 25.000 genes funcionales en total y que la mayoría

de genes

el 85-95% de la secuencia nucleotídica de un gen. es decir, sólo una pequeña parte de la

secuencia de un gen pasa a mRNA. En la mayoría de casos, se desconoce la función de los

intrones. Tan sólo sus extremos (alrededor de 4 o 5 pares de bases) participan de una forma

muy importante en la maduración del mRNA. En algunos genes, no obstante, se han hallado

regiones reguladoras que se hallan dentro de los intrones.

El primer paso en la transmisión de la información genética presente en el DNA a las

proteínas es la copia de esta información a una molécula intermediaria denominada mRNA

(RNA mensajero). La información contenida en la secuencia de bases del DNA se transmite

fielmente al mRNA gracias al apareamiento de las bases del DNA con las bases de RNA (La

T se aparca con la A del mRNA, la A se aparca con el uracilo (U) del RNA, la (i se aparca con

la C, y la C se aparea con la (i; Fig. 1.4). La síntesis del mRNA corre a cargo de la RNA

polimerasa utilizando como molde la secuencia de bases presente en el DNA (Figs. 1.4). Al

RNA recién sintetizado se le denomina transcrito primario. Este transcrito primario

experimenta un proceso de maduración dando lugar al mRNA maduro (Figs. 1.3 y 1.4).

Aunque el proceso de transcripción es muy similar en procariotas que en eucariotas,

existen notables diferencias. La más importante es que en procariotas el producto resultante

de la transcripción, el transcrito primario, es el mRNA que ya esta listo para ser traducido a

proteína. En el caso de los eucariotas esto no es cierto, y el transcrito primario experimenta

un proceso de maduración que lo convierte en mRNA maduro. A grandes rasgos, el proceso

de maduración consiste en tres eventos principales:

 1)Modificación del extremo 5' mediante la adición de guanosinas invertidas (proceso de

capping).

2) Modificación del extremo 3' mediante la adición de una cola de adeninas (poly-A).

3) Eliminación de los intrones (splicing).

En ocasiones, un mismo transcrito primario puede ser procesado de distintas maneras.

Ello permite la aparición de distintos mRNAs y, por tanto, distintas proteínas a partir de un

mismo gen. En este caso decimos que existe un splicing alternativo, el cual constituye una

importante fuente de variabilidad ya que se considera que afectaría a un gran número de

proteínas de nuestro organismo. Un ejemplo paradigmático de splicing alternativo es el de la

calcitonina, una hormona sintetizada en las células parafoliculares del tiroides e involucrada

en la regulación de los niveles de calcio plasmático. Cuando el gen de la calcitonina se

expresa en las neuronas hipotalámicas produce una proteína llamada CGRP (producto

relacionado al gen de calcitonina) que actúa como neurotransmisor.

Otra de las modificaciones postranseripcionales posibles consiste en la edición del

mensajero (RNA editing). Esta modificación consiste en la edición de la secuencia del mRNA

mediante un proceso enzimático de tal forma que cambia la secuencia del mRNA editado y,

en consecuencia, la proteína resultante posee una secuencia distinta. Este mecanismo afecta a

muy pocos genes.

 CAPITULO II:

PROYECTO GENOMA HUMANO

III. RESULTADOS DERIVADOS DEL PROYETO GENOMA HUMANO

3.1 El Proyecto Genoma

El Proyecto Genoma Humano (PGH) es un esfuerzo internacional para caracterizar el

genoma del hombre y de otros organismos modelos a través de mapas completos y

secuenciación de su DNA (definición según el NHGRI - National Human Genome Research

Institute). Otros objetivos biomédicos del PGH son caracterizar la variabilidad genética que

existe en la población humana mundial y desarrollar la tecnología para permitir el análisis a

nivel genómico de los individuos. Otras líneas de investigación dentro de este proyecto

internacional son examinar las implicaciones éticas, legales y sociales de la investigación en

genética humana. Por último el PGH también contempla programas para formar científicos

y médicos para que sean capaces de utilizar las herramientas y recursos producidos por el

PGH y así favorecer el desarrollo de estudios genéticos que puedan mejorar el diagnóstico y

tratamiento de las enfermedades y mejorar la salud del hombre.

3.2 Comienzos del Proyecto Genoma Humano

2
El concepto de un mapa del genoma humano fue propuesto en 1969 por Victor Musick uno

de los padres fundadores de la genética médica. Desde el año 1973 se realizaron

regularmente seminarios sobre el mapa genético humano para recopilar lo datos de los

mapas. La idea de un proyecto sobre genoma humano específico surgió en una reunión

organizada por el US Departament of Energy (DOE) en Santa Fe (Nuevo México) en 1986.

En Estados Unidos el Proyecto Genoma Humano comenzó en 1991 con un presupuesto

estimado de 200 millones de dólares por año. Otras naciones, sobre todo Francia, Reino

Unido y Japón, comenzaron inmediatamente con sus propios programa nacionales de

genoma humano, y fueron posteriormente seguidos por otros países. Estos proyectos

nacionales individuales fueron coordinados por la organización del genoma humano

(HUGO), que tiene tres centros, uno para América, basado en Bethesda que tiene tres

centros, uno para Europa, localizado en Londres, y otro para el Pacífico, situado en Tokio.
El PGH inicia sus actividades oficialmente en octubre de 1990 con la intención de tener

completado el Genoma del hombre en septiembre de 1995 (Watson 1990). Los esfuerzos se

planificaron en tres líneas principales:

• Mejorar y desarrollar la metodología de análisis genética molecular, en las áreas de los

sistemas de clonaje de DNA genómico. la secuenciación de ADN y la automatización

de procesos.

2
Peter Turnpenny, Sian Ellard. ELEMENTOS DE GENETICA MEDICA.13 a ed.Barcelona: Elsierver España S.L.2009.

pág 75-78

• Generar mapas físicos del genoma (en forma de clones de ADN genómicos ordenados)

para posteriormente poder secuenciarlos, debido a que ninguna de las técnicas

disponibles para el análisis del genoma permite, por si sola, la obtención de la secuencia

de bases continua de los cromosomas (Fig. 3.1).

• La secuenciación de los clones genómicos ordenados para obtener la secuencia del

Genoma con unos criterios estrictos de calidad (< I error / 10.000 pb)

El PGH ha comportado un extraordinario desarrollo metodológico y la determinación de la

secuencia de la mayoría de bases del genoma humano antes de lo inicialmente previsto

(Lander et al., 2001; Venter et al., 2001) incluyendo toda la secuencia de las regiones

dicromáticas, que contienen la amplia mayoría de los genes (the IIGP Consortium. 2004).
Para la determinación de la secuencia ha sido necesario en una primera fase la construcción

de mapas genéticos y de mapas físicos con una resolución creciente hasta llegar a genotecas

ordenadas en forma de cóntigos de clones genómicos. Los cóntigos de clones son colecciones

de clones de DNA genómico que se solapan unos a otros (es decir, que están ordenados) y

que cubren una región de un cromosoma (Fig. 3.2).

Antes de proceder a la secuenciación de una región del genoma se genera un contigo de

clones de forma que se seleccionan el número mínimo de estos clones que cubran toda la

región y luego cada uno de estos clones entran en la fase de secuenciación y posterior

ensamblaje de las secuencias obtenidas (Vidal- Taboada et al., 1998 a; Oliva et al., 1991). El

subsiguiente análisis de la secuencia de bases permite identificar genes utilizando técnicas de

bioinformática y de genética molecular (Vidal-Taboada, 1998b).

 La fase de secuenciación de las bases del genoma se ha podido realizar siguiendo tres

estrategias distintas pero complementarias (Fig. 3.3):

• Estategia "¡op-down”: la secuenciación ordenada de los clones previamente

mapeados (Lander et al., 2001). Esta es la estrategia seguida por el Consorcio

público del PG1I (integrado por centros de investigación públicos de diferentes

países: EEUU, RU, Japón, Alemania y Francia entre otros.

• Estategia “bottom-upla secuenciación al azar de todo el genoma seguida de su

ensamblado por un superordenador (Venter et al., 2001). Estrategia seguida por la

empresa privada Celera Genomics v que es más eficiente va que no es necesario

generar mapas previos del genoma.

• La secuenciación masiva de clones de cDNA. Estrategia de secuenciación directa

de los mRNAs de los genes y que iniciaron los investigadores del cáncer para el

análisis de los genes expresados en un tejido concreto (Fields, 1994).

Por la trascendencia del PGH. no ha estado privado de polémicas, así durante la

publicación de los resultados de un borrador del genoma por parte del consorcio público y los

investigadores de Celera Genomics se puso en entredicho la autoría intelectual de la

secuencia del genoma. Finalmente se produjo una publicación simultánea de los resultados en

febrero de 2001, tras una mediación política de los gobiernos de las naciones participantes y

la empresa Celera Genomics (Collins. 2001). Posteriormente se ha demostrado que parte del

éxito de la estrategia al azar ha sido dependiente de la del consorcio público (Waterson et al.,

2002). En cualquier caso, el resultado final es que la secuencia del Genoma es de acceso

público gratuito a través de los servidores de Internet del consorcio público del PGH.
3.2 Resultados e información disponible derivados del análisis del genoma

El resultado de la primera fase de la determinación de la secuencia del genoma

humano supuso un esbozo que cubría el 94% del genoma (Lander et al., 2001; Venter et

al., 2001). En una segunda fase se ha obtenido la secuencia completa de las regiones

eucromáticas del genoma. La secuencia obtenida (versión ENSEMBL 34d de 2005) está

organizada en aproximadamente 340 cóntigos de secuencia a lo largo de los 24

cromosomas, y tiene una redundancia media de 4 (se ha secuenciado todas las regiones al

menos 4 veces) para evitar tener errores debidos al método de secuenciación. Para obtener

el genoma se han tenido que secuenciar más de 26.000 clones y utilizado más de 450.000

marcadores STS como balizas dentro del genoma para posicionar los cóntigos de

secuencias (The HGP Consortium 2004). La secuencia del genoma humano está

actualmente disponible a través de Internet y puede ser consultada por cualquier

investigador biomédico en la siguiente dirección de Internet: http://genome.ucsc.edu

(Tabla 3.3).

El análisis de la secuencia del genoma humano ha evidenciado que el genoma

humano contiene aproximadamente unos 20.000-25.000 genes descritos, una cifra que se

sitúa en el límite inferior de las previsiones iniciales (The IIGP Consortium 2004. Oliva,

1996). Aún así los programas que predicen genes

generan un número mayor de posibles genes todavía por confirmar su existencia, así como

algunos experimentos de transenptómica que indican la posibilidad de que el Genoma

humano tenga un número mayor de genes (Bertone et al., 2004). Los genes caracterizados

hasta el momento no están distribuidos homogéneamente entre los diferentes cromosomas

ni tampoco lo están dentro de un mismo cromosoma. Existen regiones de muy baja

densidad de genes, a las que se les denomina “desiertos génicos”, y otras de una mayor

densidad génica. Para un mismo locus. o gen. se han encontrado una media de 2-3
variantes en los mRNAs producidos por ese gen. lo que se conocen como variantes de

splicing (Brett et al.. 2002). Las variantes de splicing de un gen poseen diferentes

combinaciones de exones y por tanto pueden producir proteínas diferentes con propiedades

o funciones diferentes. Teniendo en cuenta esto y haciendo un cálculo aproximado con el

número de genes caracterizados hasta el momento, tendríamos aproximadamente entre

40.000 y 75.000 productos génicos codificados en un genoma.

Otro de los aspectos interesantes derivado del análisis de la secuencia del genoma es que

aproximadamente la mitad de éste está formado por secuencias repetitivas. También cabe

destacar que muchos genes humanos proceden directamente de bacterias y de organismos

inferiores a través de una transferencia evolutiva horizontal (ver tabla 3.1) (Lander et al.,

2001: Venter et al.. 2001).

3.4. La continuación del PGH

Una vez finalizada la secuencia del Genoma Humano, los esfuerzos de algunos de

los ceñiros de investigación participantes se ha reenfocado hacia la caracterización de los

genoma de especies modelo útiles para conocer los procesos biomolecularcs como el

ratón, la rata, el perro, el chimpancé, el pollo, la rana xenopus, el pez zebra, la mosca

drosophila, el gusano C.elegans o la caracterización de numerosos organismos patógenos

para el hombre (bacterias y protozoos). Otros centros dirigen sus esfuerzos en la

actualidad hacia la caracterización de la diversidad del Genoma Humano a escala

planetaria, caracterizando millones de polimorfismos en el genoma de los diferentes

grupos étnicos de los 5 continentes. Existen diferentes proyectos internacionales pero

quizás los más conocidos son:

The SNP Consortium (http://snp.cshl.org/): Es una fundación sin ánimo de lucro con el
propósito de proveer dalos gcnómicos públicos. El objetivo es desarrollar un mapa de

SNPs con frecuencias alélicas conteniendo hasta 300,000 SNPs distribuidos por todo el

Genoma Humano y generar información accesible por el público sin restricciones de

propiedad intelectual (Holden 2002).

Proyecto HapMap Internacional (http://www.hapmap.org): Integrado por centros

públicos y privados de EE.UU. Japón, R.U., Cañada, China, y Nigeria. Su objetivo es

genotipar una gran cantidad de SNPs de diferentes grupos de población humana para

generar datos de muy buena calidad para estudios de asociación con enfermedades. Otor

objetivo es caracterizar bloques de SNPs (haplotipos) que se transmiten junto en el

genoma de diferentes poblaciones para reducir el n° de análisis necesarios para realizar

estudios de Genome Sean de enfermedades y describir la frecuencia de estos haplotipos en

las poblaciones.
 BIBLIOGRAFIA

 Rafael Oliva Virgili, José-Manuel Vidal-Taboada. GENOMA HUMANO Nuevos

avances en investigación, diagnóstico y tratamiento.España: Ediciones de la

Universidad de Barcelona.2006.

 Peter Turnpenny, Sian Ellard. ELEMENTOS DE GENETICA MEDICA.13 a

ed.Barcelona: Elsierver España S.L.2009. pág 75-78