• INTRODUCCION A LA SISTEMATICA

MOLECULAR
• Todos los
nucleótidos
http://noseeds.blogspot.com.co/2012_11_01_archive.html
 CLASIFICACION
DE LAS
ANGIOSPERMAS
(APG)

• Angiosperm Phylogeny
Group
http://www.mobot.org/MOBOT/Res
earch/APweb/welcome.html
Estructura del DNA
 LOS CROMOSOMAS
Están constituidos por una larga molécula de ADN asociada a diversas
proteínas tanto histonas como no histonas.

DNA

Proteínas: histonas
Nucleótidos Son polipéptidos relativamente
cortos cargados positivamente
(básicos) y por lo tanto son atraídos
por las cargas negativas del ADN
(ácido).
Estructura de los Cromosomas
(Vista de los cromosomas bajo luz fluorescente al
momento de la división celular)
 DNA en plantas
• Cloroplasto
• Mitocondrias
• Nuclear
GENOTIPO
Mapa genético
 El Código Genético Universal
(traducción de ARNm en proteinas
(cadena de aminoácidos))
 Arboles de genes y árboles de
especies
Un gen en una especie ancestral puede diversificarse antes o después del evento
de especiación.
Una especie puede tener varias versiones derivadas del gene ancestral y algunas
de ellas pueden ser más cercanas a versiones del gen en otra especie.
Familias de genes
PCR: Reacción en cadena de la polimerasa

• Se hacen copias artificiales de un

segmento de ADN de usualmente menos
de 1000 bp.
 PCR video
http://youtu.be/2KoLnIwoZKU
 Ingredientes
• Primers
• Buffer 10X
• MgCl
• Agua pura
• dNTP
• DNA de referencia
• DNA polimerasa
• Pasos: Desnaturalización, enhebramiento y
extensión
Visualización del ADN
 electroforesis
http://youtu.be/oIFoRQG_cis
http://youtu.be/SWicw3NyI68
Secuenciación
Secuenciación (2)
 Video secuenciación
http://youtu.be/NEu0mO-2ras
DNA nuclear. Secuencias ITS
GenBank
BLAST
 OTRAS ALTERNATIVAS DE COMPARACIÓN
Análisis de sitios de restricción
Enzimas genéricas de origen bacteriano que cortan el DNA en regiones
específicas y generan fragmentos de ADN de diferente tamaño que luego se
comparan.
 Otras técnicas: Microsatélites
Regiones de DNA no codificante que repiten fragmentos cortos de
nucleótidos decenas o cientos de veces. Se comparan el número de estas
repeticiones. Útil en estudios poblacionales.
 Otras técnicas: RAPDs
Primers genéricos que delimitan la amplificación el ADN de cierta región en
longitudes diferentes que luego son comparadas.
 Inferencia filogenética
• Alineamiento múltiple
• Distancias
• Parsimonia
• Máxima verosimilitud
• Análisis bayesiano
 Metodología de Análisis Filogenético
 1. Elección de OTUs y modelo evolutivo
 2. Identificación de caracteres y estados
 Variables entre grupos de análisis.
 Heredable e independiente de otros caracteres.
 Caracteres realmente comparables (homólogos)

 3. Polarización de caracteres (ordenamiento o serie de

transformación)
 La ontogenia puede aportar información guía.

 4. Organización de la matriz de análisis (alineación)

 5. Análisis filogenético (Parsimonia, ML o Bayes)
 6. Interpretación de los cladogramas
Alineamiento múltiple
Modelos de substitución de
nucleótidos

• Frecuencias de nucleótidos
• Probabilidades de cambio

http://setosa.io/ev/markov-chains/
Modelos de substitución de nucleótidos
Métodos basados en distancias
 Métodos basados en distancias
• Mínima Evolución
• Neighbour Joining
Parsimonia
El número de árboles puede crecer
mucho
Máxima verosimilitud (ML)
ML
 Análisis bayesiano P(B/ A) modelo construido
de probabilidad de B dado
P(A / B) probabilidad A
posterior de A dado B

P(A) y P(B)
probabilidad conocida
desde antes “prior”

http://setosa.io/ev/conditional-probability/
• http://rpsychologist.com/d3/bayes/

• http://setosa.io/ev/conditional-probability/
 Análisis Bayesiano
P(T, parámetros|D) =
P(T,parámetros)P(D|T,param) / P(D)
Reloj molecular
Métodos de evaluación de la robustez
del resultado
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