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1) Tienes dos secuencias de DNA A y B (ver abajo). La secuencia B fue amplificada por PCR a partir
de DNA genómico de una cepa mutante de E. coli. Sin embargo, se determinó que la secuencia
amplificada era de mayor tamaño que la secuencia del gen de referencia A obtenida en el NCBI. La
evidencia indica que la secuencia B contiene una o más inserciones no deseadas que aparecieron
en la cepa mutante.
Utilizaría un alineamiento global por pares con gabs para visualizar las secuencias extrañas
en el gen B. En este caso se utilizó “MUSCLE”.
Figura 1. Alineamiento global con gabs. Los gabs son los espacios marcados con “-“.
c) ¿De qué tamaño es la o las inserciones? En caso de existir dos o más inserciones, ¿son
iguales o diferentes? (10%) ¿Cómo lo determinaste?
a) ¿Cuál es la secuencia que elegirías para abarcar por completo la región promotora de la
piruvato formato liasa (pflB) de E. coli W3110? ¿Cuál es el número de pb? (10%)
La secuencia es:
5´-GTTGACATACTGGGTCATTTACCTGCGTGAAAACGACCACCATTAATGGTTGTCGAAGTA
CGCAGTAAATAAAAAATCCACTTAAGAAGGTAGGTGTTAC-3´
y son 100 pb rio arriba.
EcoR1 HindIII
Si es posible llevar a cabo la digestión simultánea. Mediante la página
www.thermofisher.com EcoR1 (IVGN0116) Y HindIII (IVGN0166) tienen ambas una
temperatura optima de reacción de 37°C.
c)
gaattcGTTGACATACTGGGTCATTTACCTGCGTGAAAACGACCACCATTAATGGTTGTCGAAGTACGCAGTAAATAAAA
AATCCACTTAAGAAGGTAGGTGTTACatgacagttgatgagcaggtctctaactattacgacatgcttctgaagcgcaat
gctggcgagcctgaatttcaccaggcagtggcagaggttttggaatctttgaagatcgtcctggaaaaggaccctcatta
cgctgattacggtctcatccagcgcctgtgcgagcctgagcgtcagctcatcttccgtgtgccttgggttgatgaccagg
gccaggtccacgtcaaccgtggtttccgcgtgcagttcaactctgcacttggaccatacaagggcggcctgcgcttccac
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