ENZIMAS

Las enzimas son moléculas orgánicas que actúan

como catalizadores de reacciones químicas, es decir, aceleran la velocidad de
reacción. Comúnmente son de naturaleza proteica, pero también de ARN Las
enzimas modifican la velocidad de reacción, sin afectar el equilibrio de la
misma, ya que una enzima hace que una reacción química transcurra a mayor
velocidad, siempre y cuando sea energéticamente posible. En estas reacciones,
las enzimas actúan sobre unas moléculas denominadas sustratos, las cuales se
convierten en moléculas diferentes denominadas productos. Casi todos los
procesos en las células necesitan enzimas para que ocurran a unas tasas
significativas. A las reacciones mediadas por enzimas se las
denomina reacciones enzimáticas.

Enzimas y energía de activación

Una sustancia que acelera una reacción química, y que no es un reactivo, se

llama catalizador. Los catalizadores de las reacciones bioquímicas que
suceden en los organismos vivos se conocen como enzimas. Estas
generalmente son proteínas, aunque algunas moléculas de ácido ribonucleico
(ARN) también actúan como enzimas.

Las enzimas realizan la tarea fundamental de disminuir la energía de

activación, es decir la cantidad de energía que se debe agregar a una reacción
para que esta comience. Las enzimas funcionan al unirse a las moléculas de
reactivo y sostenerlas de tal manera que los procesos que forman y rompen
enlaces químicos sucedan más fácilmente.

Aclaremos un punto importante, las enzimas no cambian el valor de ∆G de

una reacción. Es decir, no cambian si una reacción libera o absorbe energía en
general. Esto es porque las enzimas no afectan la energía libre de los reactivos
o los productos.
En cambio, las enzimas disminuyen la energía del estado de transición, un
estado inestable por el que deben pasar los reactivos para convertirse en
productos. El estado de transición está en la parte superior de la "colina" de
energía en el diagrama anterior.

Estructura de las enzimas: centro activo

Las enzimas, al igual que otras muchas clases de proteínas, presentan un

centro activo a través del cual interactúan con las moléculas de ligando, que en
este caso reciben el nombre de sustratos, mediante un acoplamiento espacial
(las superficies moleculares de ambos tienen formas complementarias) y
químico (grupos funcionales complementarios del enzima y el sustrato
establecen diferentes tipos de interacciones débiles entre sí).

El centro activo es una cavidad existente en la superficie del enzima que está
forrada interiormente por una serie de restos de aminoácidos. Por regla
general los aminoácidos que forman parte del centro activo no se encuentran
contiguos en la cadena polipeptídica, sino ocupando posiciones a veces muy
alejadas en la misma.
a) Aminoácidos catalíticos. Son uno o más aminoácidos cuyas cadenas
laterales R poseen unas peculiaridades químicas tales que los facultan
para desarrollar una función catalítica. Constituyen el verdadero centro
catalítico del enzima.
b) Aminoácidos de unión.- Son una serie de aminoácidos cuyas cadenas
laterales R poseen grupos funcionales que pueden establecer
interacciones débiles (puentes de hidrógeno, interacciones iónicas, etc.)
con grupos funcionales complementarios de la molécula de sustrato. Su
función consiste en fijar la molécula de sustrato al centro activo en la
posición adecuada para que los aminoácidos catalíticos puedan actuar.
Catalisis química

La teoría cinética química establece que las reacciones químicas transcurren

molécula a molécula de modo que una reacción tal como R (reactivos) → P
(productos) tiene lugar porque una determinada fracción de la población de
moléculas R, en un instante dado, posee energía suficiente como para alcanzar
un estado activado llamado estado de transición, en el que es muy fácil que se
rompan o se formen uno o más enlaces químicos para formar los productos P.
Es frecuente confundir el estado de transición con un intermediario de
reacción; sin embargo este estado no es ninguna especie química concreta,
sino que podría definirse con más exactitud como un "momento molecular
fugaz", altamente inestable, en el que uno o más enlaces químicos están muy
próximos a romperse o a formarse. La velocidad de una reacción química es
proporcional al número de moléculas por unidad de tiempo con energía
suficiente para alcanzar el estado de transición.

Catálisis por aproximación

Ocurre en todas las enzimas. Como su nombre indica, aproxima los sustratos
(reactantes) y hace que la probabilidad de encuentro entre ellos sea mayor. La
reacción puede ser uni o bimolecular.

Catálisis ácido-base
La enzima favorece la reacción actuando como ácido o como base. Se trata de
un tipo de catálisis bastante frecuente en las enzimas. Los residuos de las
enzimas favorecen la reacción actuando como ácido o como base (o ambos)
mediante la transferencia de protones al activar la molécula de agua
haciéndolo más reactivo.
La base desprotonada puede captar un protón del agua, dando lugar a un
radical hidroxilo que puede formar un enlace con otro átomo.
Ejemplo de catálisis básica, donde E = enzima y B = residuo básico.

Ejemplo: la hidrólisis de un éster RCOOR’ → RCOOH + HOR’

El H2O es un nucleófilo débil y el éster un electrófilo débil. La enzima hace
más electrófico al éster donando un protón de un aminoácido ácido que
provocará un reajuste electrónico del C=O. Un residuo básico desprotonado
captará un protón de una molécula de agua, este –OH será más nucleófilo que
antes. Se llega al estado de transición, el carbono tetraédrico es muy inestable
hasta que se transforma en los productos para recuperar la estabilidad anterior.
El O que antes era afín al protón del ácido, se va desplazando y el enlace –
OR’ se va debilitando. El protón que estaba unido a la base se cede al grupo –
OR’ y la enzima vuelve al estado inicial.

Catálisis ácido-base conjugada.

Proteasas ácidas
En el centro activo hay dos grupos ácidos con un entorno muy distinto. Uno
de ellos siempre está desprotonado y el otro protonado. El que está protonado
es más básico que el otro por el entorno ya que modifica sus valores de pKa.
Uno cambia de pKa=4 a pKa=2.

Como uno está cargado negativamente, al llegar el H2O tiende a captar su

protón; el oxígeno ataca el carbono carbonílico y el desplazamiento de
protones se desvía hacia el otro residuo que estabiliza el estado de transición.

Catálisis covalente
Fundamentalmente proteasas, rompen los enlaces peptídicos. Para un mismo
tipo de reacción, las estrategias son distintas.
Serín-proteasas (catálisis covalente): en su centro activo tendrán una serina.
Son enzimas que se encuentran en el tracto gastrointestinal como la tripsina y
la quimotripsina. La tripsina rompe los enlaces peptídicos cuando hay lisina o
arginina, la quimotripsina tiene aminoácidos aromáticos (fenilalanina, tirosina
y triptófano) que aportan una oquedad amplia y apolar en el sitio ligante. Las
elastasas tienen aminoácidos poco voluminosos como la glicina y alanina que
aportan una oquedad poco profunda y pequeña.

Serín-proteasa

Quimotripsina:
La histidina intenta quitarle un protón al OH de la serina porque el aspártico a
su vez intenta quitarle el protón a la histidina; entonces el O del –OH de la
serina es muy nucleófilo.
El O de la serina ataca el carbono carbonílico (siempre con déficit electrónico)
de la cadena peptídica que se encuentra cerca, hay un desplazamiento de
electrones y se tiene de nuevo el carbono tetraédrico. Un grupo en la enzima
actúa como base y es el que está estabilizando el carbono carbonílico,
tendiendo a ceder un protón al O del C=O, se rompe el enlace peptídico y sale
el fragmento roto que se queda unido covalentemente a la serina.
Una molécula de H2O entra cuando la histidina tiende a pasar de ácido a base,
primero cedió un protón para liberar el fragmento R’-NH2, capta el protón
delH2O y el –OH se vuelve más nucleófilo y ataca al carbono carbonílico. El
carbono tetraédrico se rompe y libera.

Cisteín-proteasas
Igual que las serín-proteasas, pero el aminoácido es la cisteína.

Catálisis por metales: metal y ácidos.

Las proteasas pueden hidrolizar las proteínas por posiciones internas o
empezando por el grupo amino o desde el carboxilo hacia adelante. Las que
empiezan por el grupo carboxilo, se denominan carboxiproteasas (como la
carboxipeptidasa A).
En la oquedad del sitio ligante entran los grupos COO–, cerca de esa
localización hay un átomo de Zn2+(metal de transición con orbitales vacíos y
por lo tanto, electrófilo). El oxígeno del H2O se une cerca del zinc y sitúa los
electrones cerca del oxígeno, entonces el oxígeno es más nucleófilo y ataca al
carbono carbonílico. Si a la vez hay otro grupo que actúa como base, éste
tirará del protón y acumentará la nucleofilia del oxígeno.

Catálisis electrófila: anhidrasa carbónica

Se encuentra en los eritrocitos y se encarga de regular los niveles de CO2 y
pH. Su centro activo es parecido a las metaloproteasas, tiene un átomo de zinc
y actúa aumentando la reactividad del agua.

CO2 +H2O ↔ H2CO3 ↔ HCO3– + H+

Mecanismo catalítico de la anhidrasa carbónica.