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Circular Visualization in R

Zuguang Gu last revised on 2017-08-27

2

Contents

About

I General Functionality

7

9

1 Introduction

11

1.1 Principle of design

 

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11

1.2 A quick glance

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12

2 Circular layout

19

2.1 Coordinate transformation

 

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2.2 Rules for making the circular plot

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19

2.3 Sectors and tracks

 

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22

2.4 Graphic parameters

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2.5 Create plotting regions

 

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2.6 Update plotting regions

 

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2.7 panel.fun argument

 

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2.8 Other utilities .

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29

3 Graphics

35

Points

3.1 .

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35

Lines .

3.2 .

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3.3 Segments

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3.4 Text

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3.5 Rectangles and polygons

 

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3.6 Axes

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3.7 Circular arrows

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41

3.8 Raster image

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3.9 Links .

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3.10 Highlight sectors and tracks

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3.11 Work together with the base graphic system

 

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53

4 Legends

55

5 Implement high-level circular plots

 

61

5.1 Circular barplots

 

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5.2 Histograms

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62

5.3 Phylogenetic trees

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63

5.4 Heatmaps

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65

6 Advanced layout

67

6.1 Zooming of sectors

 

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67

6.2 Visualize part of the circle

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69

 

3

4

CONTENTS

6.3 Combine multiple circular plots

 

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70

6.4 Arrange multiple plots

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73

II

Applications in Genomics

 

75

7 Introduction

 

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7.1

Input data .

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77

8 Initialize with genomic data

 

79

8.1 Initialize with cytoband data

 

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79

8.2 Customize chromosome track

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82

8.3 Initialize with general genomic category

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84

8.4 Zooming chromosomes

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85

9 Create plotting regions for genomic data

 

89

Points

9.1 .

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90

9.2 Lines .

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9.3 Text

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91

9.4

Rectangles

 

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9.5

Links .

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9.6

Mixed use of general circlize functions

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92

10 modes for circos.genomicTrack()

 

95

10.1

Normal mode

 

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95

10.2

Stack mode

 

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10.3

Applications .

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97

11 High-level genomic functions

 

103

11.1 Ideograms

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103

11.2 Heatmaps

 

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