prefarasi induk dan turunannya

1. GAMBAR induk di chem drow ultra8, kemudian copy- faste ke marvin sketch

2. kemudian di marvin di pormation dengan cara tools-protonation-majormicrospecies

3. lalu save dengan format mrv

4. kemudian buka save tadi lalu di compormation dengan cara tools – compormation-comfermers
5. tunggu lalu save selection dengan format pdb

6. lalu buka aplikasi molegro. kemudian imfort melucules dan masukan struktur senyawa induk yang
sudah di comfermers yang format pdb lalu imfort

7. tunggu sampai selesai , setelah itu export meluculer dengan format pdb
8. setelah itu buka aplikasi autoDock Tools. lalu klik ligand – input – open. cari senyawa induk yang
sudah di isolasi dari molegro

9. tunggu sampai timbul senyawa tersebut, kemudian ligand – tarsion tree – Chose torsions

10. tunggu sampai muncul tabel printah lalu klik done dan save dengan format Pdbqt

11. lakukan juga semua perlakuan tersebut dengan senyawa turunan.

12. Cari resptor di rcsb yang mekanismenya sama dan menyerupai gambar senyawa. kemudian
download dengan format pdb . liat juga ikatan hidrogennya
13. buka aplikasi autodock ,kemudian masukan reseptor yang sudah didwonload. dengan cara file-
redmolecules lalu cari reseptornya

14. tunggu sampai muncul reseptor. kemudian hapus molekul air dengan cara select-select from
string-kemudian isi rasidu box dengn HOH* Dan yang Atom di isi dengan * . kemudian add dan klik
dismiss

15. setelah itu langsung klik edit – delete,- delete selected atoms

16. TAMBAH HIDROGEN. dengan cara edit-hidrogen-add

tandai pada select hydrogen, no bandorder dan yes add hydrogen widgeat

lalu save dengan cara save – write pdb , simpan dengan nama 5zbd_Hpdb

17. selanjutnya klik ligan –torsin tree- detect root

ligand-torsion tree-chose torsione

save ligan-output-saves as pdbqt dengan format ligand.pdbqt