ENTREGABLE DE BIOINFORMATICA II FASE

J.D.Huanca 1

1 Escuela profesional de Ingeniería Biotecnológica, Facultad de Ciencias Farmacéuticas,

Bioquímicas y Biotecnológicas, Universidad Católica de Santa María, Arequipa, Perú

El objetivo de esta fase era predecir la función de ciertas proteínas que encontraríamos en CASP12, esta
página proporciona un mecanismo independiente para la evaluación de los métodos actuales en el
modelado de estructuras de proteínas.

Es de esta manera que ingresamos al “Target List” y escogimos cinco target que al ser corridos en BLAST
con la opción de “protein”, podamos identificar sus homólogos y evaluar si son aptos según sus valores
de VALUE, IDENT y COVER.

HOMOLOGOS

CAS
Query
ACCESION E Value
cover
3WP9_A 6.00E-34 36%
4NU2_A 2.00E-30 34%
4NU3_A 1.00E-29 34%
6BG8_A 6.00E-26 33%
T0883

5B5H_A 2.00E-24 34%

3VN3_A 6.00E-24 35%
1 5UYT_A 2.00E-22 35%
4NUH_A 5.00E-21 35%
3UYU_A 1.00E-20 34%
3UYV_A 3.00E-20 34%
4NBU_A 7.00E-28 33%
5F1P_A 2.00E-24 36%
3TZQ_B 2.00E-20 31%
4DQX_A 3.00E-19 28%
T0889

4NBV_A 1.00E-18 29%

2 4NI5_A 1.00E-18 28%
1BDB_A 1.00E-17 30%
4YA6_A 2.00E-16 31%
1XHL_A 7.00E-15 25%
1I01_A 4.00E-19 27%
4GCZ_A 4.00E-17 31%
1R62_A 9.00E-16 34%
3A0R_A 9.00E-15 29%
4BIU_A 3.00E-13 27%
TR893

5LFK_B 9.00E-13 38%

5C93_A 2.00E-09 27%
3 4KP4_A 2.00E-09 24%
4CTI_A 6.00E-09 24%
 1BXD_A 2.00E-08 29%
6BLK_C 9.00E-05 32%
3BFJ_A 8.00E-53 32%
3OWO_A 1.00E-49 30%
2BI4_A 3.00E-49 32%
5BR4_A 2.00E-48 31%

TR917
4FR2_A 2.00E-44 31%
1RRM_A 6.00E-43 31%
4
1VHD_A 9.00E-38 35%
5K8C_A 6.00E-06 22%
3ZDR_A 9.00E-39 30%
1VLJ_A 5.00E-34 29%
3SF4_A 3.00E-179 66%
4WNG_A 3.00E-179 67%
4G2V_A 4.00E-171 68%
T0903

4JHR_A 2.00E-121 65%

5 2FO7_A 9.00E-19 38%
1NA0_A 2.00E-13 34%
2WQH_A 3.00E-13 34%
3KD7_A 6.00E-11 31%
2AVP_A 2.00E-05 36%
1NA3_A 3.00E-05 28%

TARGET 1: T0883
NOMBRE ESTRUCTURA ESTRUCTURA SOLO CADENA A ESTRUCTURA MODELADA
TARGET
T0883

1. MOLDE 1.a: 3WP9_A

2. MOLDE 1.b: 4NU2_A

3. MOLDE 1.c: 4NU3_A

4. MOLDE 1.d: 6BG8_A Descartada

5. MOLDE 1.e: 5B5H_A

6. MOLDE 1.f: 3VN3_A

7. MOLDE 1.g: 5UYT_A

8. MOLDE 1.h: 4NUH_A

9. MOLDE 1.i: 3UYU_A

10. MOLDE 1.j: 3UYV_A

 TARGET TR889
NOMBRE ESTRUCTURA ESTRUCTURA SOLO ESTRUCTURA
CADENA A MODELADA
TARGET
T0889
MOLDE
2.b:
1I01_A

1. MOLDE 2.a: 1BDB_A

2. MOLDE 2.b: 1I01_A

3. MOLDE 2.c: 1XHL_A

4. MOLDE 2.d: 3TZQ_A

5. MOLDE 2.e: 4DQX_A

6. MOLDE 2.f: 4NBU_A

7. MOLDE 2.g: 4NBV_A

8. MOLDE 2.h: 4NI5_A

9. MOLDE 2.i: 4YA6_A

10. MOLDE 2.j: 5F1P_A

 TARGET R893
NOMBRE ESTRUCTURA ESTRUCTURA SOLO ESTRUCTURA MODELADA
CADENA A
TARGET
TR893
MOLDE
3.a:
4GCZ_A

1. MOLDE 3.a: 4GCZ_A

2. MOLDE 3.b: 1R62_A DESCARTADO

3. MOLDE 3.c: 3A0R_A

4. MOLDE 3.d: 4BIU_A

5. MOLDE 3.e: 5LFK_B

6. MOLDE 3.f: 5C93_A

7. MOLDE 3.g: 4KP4_A

8. MOLDE 3.h: 4CTI_A

9. MOLDE 3.i: 1BXD_A

10. MOLDE 3.j: 6BLK_C

 TARGET TR917
NOMBRE ESTRUCTURA ESTRUCTURA SOLO CADENA A ESTRUCTURA MODELADA
TARGET
TR917
MOLDE
4.a:
3BFJ_A

1. MOLDE 4.a: 3BFJ_A

2. MOLDE 4.b: 3OWO_A

3. MOLDE 4.c: 2BI4_A

4. MOLDE 4.d: 5BR4_A

5. MOLDE 4.e: 4FR2_A

6. MOLDE 4.a: 3BFJ_A

7. MOLDE 4.g: 1VDH_A

8. MOLDE 4.h: 5K8C_A

9. MOLDE 4.i: 3ZDR_A

10. MOLDE 4.j: 1VLJ_A

 TARGET T0903
NOMBRE ESTRUCTURA ESTRUCTURA SOLO CADENA A ESTRUCTURA
MODELADA
TARGET
T0903
MOLDE
5.b:
4WNG_A

1. MOLDE 5.a: 3SF4_A

2. MOLDE 5.b: 4WNG_A

3. MOLDE 5.c: 4G2V_A

4. MOLDE 5.d: 4JHR_A

5. MOLDE 5.a: 2FO7_A

6. MOLDE 5.a: 1NA0_A

7. MOLDE 5.g: 2WQH_A

8. MOLDE 5.h: 3KD7_A

9. MOLDE 5.i: 2AVP_A

10. MOLDE 5.j: 1NA3_A