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Genética Molecular
1999 2000
Def. genoma?
genes estructura
secuencia
expresión
regulación
ALTERACION
fenotipo clínico
MOLECULAR
CROMOSOMA 8
genoma haploide: 3000 millones de pb
•bacteriófago λ: 50.000 pb
•gen eucariota medio: 20.000 pb
biol. molecular
•exón: 50 – 1.000 pb
•mutación puntual: 1 pb
Solo evidenciamos la patología viable!!!
ADN nuclear
• genoma: 6 x 109 pb
•23 pares de cromosomas
44 autosomas
2 sexuales
•30 a 35.000 genes
•herencia mendeliana
•segregación meiótica
ADN mitocondrial
• genoma: 17.000 pb
•circular
•hasta 10 copias / mitoc.
centenares de mitoc. / cel.
•37 genes
•herencia materna
•segregación mitótica
gen eucariota
E1 i1 E2
TATA GT AG AATAAA
-Definición
-Tamaño
-Importancia de los intrones.
mRNA policistrónico procariota
E1 i1 E2
TATA GT AG AATAAA
-Definición
-Tamaño
-Importancia de los intrones.
citoplasma núcleo
promotor exón
intrón
Gen
Transcripción
ARN premensajero
Empalme
ARN mensajero (Splicing)
Proteína Traducción
MUTACION
Fidelidad y Estabilidad de la secuencia de ADN.
EFECTOS
Mutaciones Inducidas
•Agentes mutagénicos
químicos
físicos
MUTACIONES
CLASIFICACION POR TAMAÑO
NUMÉRICAS monosomía
trisomía (ej. Trisomía par 21
(viable)).
ESTRUCTURALES translocación
inserción / deleción
amplificación
inversión
MICROLESIONES
CAUSAS agentes químicos y físicos
• Análogos de base
•Agentes alquilantes
• Agentes intercalantes
• Rayos X
• Radiación gamma
• Radiación UV
errores en la replicación
MICROLESIONES
regiones no codificantes
MICROLESIONES
Desaminación
CGA →TGA
R → Stop
Ej. de microlesiones: Mutaciones puntuales
por sustitución en región codificante
MICROLESIONES
•mutaciones dinámicas
Mutaciones que cambian el marco de
lectura (Inserciones o deleciones)
ζ ψζ1
ψζ ψα2
ψα ψα1
ψα α2 α1 θ
α3.7
-α
α+ talasemia α4.2
-α
--MED
--SEA
α0 talasemia
α)20.5
-(α
mut. puntuales- región no codificante
•región promotora
región 5´no traducible
Intrón
5´ … AG GUA/GAGU……………A…………(seg. Py)AG G… 3´
Sitio de ramificación
Ex. 1 2 3 Ex. 1 2
DNA
Pre-RNAm5´ 3´ 5´ 3´
RNAm 5´ 3´
“Seudositio de empalme”
“incorrecto”
5´ 3´
mut. puntuales- región no codificante
•región promotora
región 5´no traducible
aceptor de splicing
región promotora
CLASIFICACIÓN DE MUTACIÓN
POR SU FUNCIÓN
pérdida de función
son las más frecuentes
distintas mutaciones = fenotipo
ganancia de función
homogeneidad mutacional
por acumulación (efecto tóxico)
por interferencia con la proteína
normal
MUTACIONES DINÁMICAS
regiones no codificantes:
síndrome de X-frágil (gen FMR1) (CGG)n
normal: n < 50, mutado: n > 250
regiones codificantes:
Corea de Huntington
expansión (CAG)n → (glutamina)n
normal: n: 11 a 26 , mutado: n > 39
Enfermedad de Huntington
Clínica
•movimientos involuntarios
•Confirmatorio en pacientes.
•Problemas éticos.
gen: IT15 o huntingtina (67 exones y 66 intrones)
350 kDa, 3144 aa
exón 1
promotor intrón 1
(CAG)n
(glutamina)n
Normal = 11 a 26 repeticiones
HD3 HD5
(CAG)n
ex. 1 - IT15
electroforesis
radioautografía
Muestras
+
secuencia
de fago M13
GACT
(CAG) n = 66
(CAG) n =41 a 50
(CAG) n = 14 a 23
Cambio de
Polimorfismos
sentido
ALTERAR
neutros
FUNCION
PROTEINA
Sin sentido
VARIANTES
GENOMICAS
(VG) ALTERAR
EXPRESION
Mutaciones DEL GEN
asociadas a
enfermedades
FACTORES PREDISPONENTES
ALTERACION MOLECULAR
FACTORES DESENCADENANTES
FACTORES AMBIENTALES
PATOLOGÍA MOLECULAR
•PATOLOGÍAS HEREDITARIAS
♦AUTOSOMICAS Familiares
♦LIGADAS AL CROMOSOMA X “De Novo”
•PATOLOGÍAS NO HEREDITARIAS
♦SOMATICAS
•PATOLOGÍAS HEREDITARIAS
Dominantes Recesivas
PATOLOGÍA HEREDITARIA RECESIVA
Gen Materno
Gen Materno
Gen Materno
Gen Materno
Gen Paterno
Gen Paterno
Gen Paterno
Gen Paterno
genotipo
Homocigota Heterocigota Homocigota Doble Heterocigota
fenotipo
Normal Normal – Portador!!! Enfermo Enfermo
: Mutación
PATOLOGÍA HEREDITARIA DOMINANTE
Gen Materno
Gen Materno
Gen Paterno
Gen Paterno
genotipo
Homocigota Heterocigota
fenotipo
Normal Enfermo
: Mutación
PATOLOGÍA HEREDITARIA
AUTOSÓMICA
dominante recesiva
enf. Huntington fibrosis quística
poliquistosis renal talasemia mayor
ataxia espinocerebelosa fenilcetonuria
LIGADA AL CROMOSOMA X
dominante recesiva
hipofosfatemia daltonismo
hemofilia A, B
X- frágil
PATOLOGÍA HEREDITARIA
MONOGÉNICAS
♦monoalélicas ♦polialélicas
drepanocitosis hemoglobinopatías
defecto de α1- anti tripsina fibrosis quística
Distrofia Muscular de
Duchenne / Becker
COMPLEJAS
ADN mitocondrial
•poco frecuentes
•mutaciones puntuales
atrofia óptica de Leber
genes de ARNt: ej. lisina y leucina
•rearreglos complejos
miopatía mitocondrial
encefalomiopatía
episodios de acidosis láctica
PATOLOGÍA MOLECULAR resumen
HEREDITARIA SOMÁTICA
dominante
genotipo / fenotipo recesiva
nuclear autosómica
genoma ligada al X
mitocondrial
monogénica
nº de genes compleja
monoalélica
nº de alelos
polialélica
DIAGNOSTICO
MOLECULAR
Objetivo:
-asociadas o no a patología.
codificantes
-en regiones
No codificantes
DIAGNOSTICO MOLECULAR
Etapas:
- Identificar el gen
En pacientes asintomáticos,
sintomáticos o prenatalmente, Terapia convencional más racional
búsqueda de mutación en Terapia génica y modelos animales
otros miembros de la familia y para desarrollo de tratamientos.
consejo genético.
Situación 2
Gen candidato
Búsqueda de mutaciones
secuencia
expresada proteína diagnóstico
gen
terapia
génica
diagnóstico
Marcadores moleculares
Características
-Se conoce la precisa ubicación en el genoma
-Polimórficos
Tipos
-SNP: Cambio de base única
-RFLP: Polimorfismo de Longitud de Fragmentos de
Restricción.
-VNTR: Número Variable de Repeticiones en Tandem
Minisatélites y Microsatélites
Armado de un sistema de diagnóstico
Caracterizado indirecto
no caracterizado desconocida
Diagnóstico directo
tamaño de la mutación
•grandes mutaciones
(Southern Blot)
•pequeñas mutaciones
(PCR + técnicas
complementarias)
•Diagnóstico indirecto
•análisis de RFLP
hibridación corte
específica específico
SONDA ENDONUCLEASA
PRIMERS DE RESTRICCIÓN
sonda
•ADN o ARN
•por lo menos 15 nucleótidos
•homóloga a ADN o ARN
•se hibrida en forma estable y específica
por reasociación de bases complementarias
•ADN genómico
tipos de
•ARN ADN complementario
sondas
•oligonucleótidos sintéticos
endonucleasa de restricción
endonucleasa de restricción
alelo A: 11,0 y 3,5 Kb
alelo B: 14,5 Kb
Taq I
Taq I
Taq I
5’ 3’
exón exón
AA
Genotipos BB
AB
Papel
Electroforesis en Transferencia
Purificación del ADN
gel de agarosa
Corte con ER
α2 α1
-α
PCR
PCR
5’ 3’
3’ 5’
Desnaturalización
5’ 3’
3’ 5’
Annealing
5’ 3’ 3’ 5’
5’ 3’
3’ 5’
5’ 3’
3’ 5’
Taq pol
Polimerización
dNTPs
5’ 3’ 5’ 3’
5’ 3’
3’ 5’
5’ 3’ 5’ 3’
5’ 3’ 5’
3’
Desnaturalización
5’ 3’
3’ 5’
5’ 3’
3’ 5’
Annealing y Polimerización
5’ 3’ 5’ 3’
3’ 5’
5’ 3’
fragmentos limitados
3’ 5’ por primers
5’ 3’
5’ 3’
3’ 5’
desnaturalización
94 °C polimerización 94 °C
72 °C 72 °C
45 - 60 °C 45 - 60 °C
annealing
491 pb
e 10
e 11
425 pb
Detección de mutaciones puntuales
Dot-Blot e hibridación con
sondas de oligonucleótidos aleloespecíficas
siembra en
hibridación membrana de
con ASO nylon
Sonda Normal AAGTTGTACCTTCTAGGCGT
Resultado de hibridación
1 2 3 4 5 6
Sonda Normal
Sonda Mutada
Screening de mutaciones puntuales
SSCP, Heterodúplex
ADN PCR electroforesis en geles de
poliacrilamida
(8-10 %)
detección de
secuenciación bandas anómalas
(tinción con plata)
Single Strand Conformation Polymorphism
+
(+)
Dirección de la corrida
(-)
electroforética
M
(+)
M
(-)
M
M
-
Estudio poblacional por SSCP del exón 10
del receptor beta de hormonas tiroideas
N1 N2 N3 M1 M2 N4 N5 N6 N7
N8
A T C G
T
G 3´
A
C
T
G
T
A
5´
Cubas de Electroforesis Vertical
Secuenciación de la región genómica del exón 30
de Tg en la familia con bocio hereditario
Cadena
N1 At H Ac N2
Codificante TCAG TCAG T C AG TCAG TCAG
T A
T A
T A
C G
T A
C G
g/t c/a
t a
a t
a t
Mutación en el exón 10 Familia 1
3’
p.P453T
T
G
T
T F.B. Ve.B. Vi.B. Padre Madre
T TCAG TCAG TCAG TCAG TCAG
C
1357: C/A
C
C
C
C
T
T
C
T
C
5’
Familia 4
.................................................ATCGCCCGGGG
R P G
CTTGCCTGTGTTGAGAGAATAGAAAAGTACCAAGATAGTTTCCTGCTGGCCTTTGAACAC
N M Hna 1 Padre Madre C.B. Hna 2 L A C V E R I E K Y Q D S F L L A F E H
TATATCAATTACCGAAAACACCACGTGACACACTTTTGGCCAAAACTCCTGATGAAGGTG
3’ 3’ TCAG TCAG TCAG TCAG TCAG Y I N Y R K H H V T H F W P K L L M K V
1297 1304
G C ACAGATCTGCGGATGATAGGAGCCTGCCATGCCAGCCGCTTCCTGCACATGAAGGTGGAA
T D L R M I G A C H A S R F L H M K V E
A C
TGCCCCACAGAACTCTTCCCCCCTTTGTTCCTGGAAGTGTTCGAGGATTAGACTGACTGA
C T C P T E L F P P L F L E V F E D *
1413
C T ATTCATTCTCATAATTCC..........................................
G C
T G
A C
C C Alelo Mutado
1145 Exon 10
C G .................................................ATCGCCCGGGG
G A R P G
T C CTTGCCTGTGTTGAGAGAATAGAAAAGTACCAAGATAGTTTCCTGCTGGCCTTTGAACAC
L A C V E R I E K Y Q D S F L L A F E H
C C TATATCAATTACCGAAAACACCACGTGACACACTTTTGGCCAAAACTCCTGATGAAGGTG
C G Y I N Y R K H H V T
1297-1304delGCCTGCCA
H F W P K L L M K V
G T ACAGATCTGCGGATGATAGGA
T D L R M I G
TGCCAGCCGCTTCCTGCACATGAAGGTGGAA
C Q P L P A H E G G M
A A TGCCCCACAGAACTCTTCCCCCCTTTGTTCCTGGAAGTGTTCGAGGATTAGACTGACTGA
G G P H R T L P P F V P G S V R G L N *
1413
G G ATTCATTCTCATAATTCC..........................................
A A
T T
A A Análisis de microsatélites
G G
5’ 5’ Madre Padre C.B. Hna1 Hna2 Control Madre Padre C.B. Hna1 Hna2 Control
203 pb 538 pb
201 pb
199 pb 502 pb
197 pb
TGrI29 TGrI30
Sec. Automática en gel
TGrI29 TGrI30
cagagtctaagattttgccatcccataatttttaggacttcctggggccttctgaactattcctgtctgacccaactc
ccagctctactgacttcaatcctgctctggtttcacacagcataaaaatgtctctgtctctatctctgacactttctc
tctctgtctctctctgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtttctttcttgtgtttttctcatattcactagagttaaaggtgc
aggaagttgactccctgcttctttttcag GTTTGACAACAGAACTTTTCTCCCCTGTGGACCTCAACCAGGTCATTG
Exon 30 L T T E L F S P V D L N Q V I V
TCAATGGAAATCAATCACTATCCAGCCAGAAGCACTGGCTTTTCAAGCACCTGTTTTCAGCCCAGCAGGCAAACCTAT
N G N Q S L S S Q K H W L F K H L F S A Q Q A N L W
GGTGCCTTTCTC gtaagtatccttagaactcattcttcttcttccagacactgtagtcaggcatcacaggccaagtc
tggcaactcctgagacacagataaggccaaattttgtgtcataactcatggatcactgtggatgatataaaagaaaga
tagcacataacccatatcttcaagaaggttacagtgtagttaatctctactctgcttccataacctatcttcatccac
ctgtctctccatctatccgtccattcacccatccatccatccatccatctacccatccatcccattcatccatccatc
tacccatttatccatcccatccatccttccatcccatccacccatccatccatccatccatccatccatcccattcat
ccgtccatctttgcatcccatccatccatccattcgatccatccatccatccatccatccatccatccatccatccat
ccacccatccaaccatccatccatccatgtatccatgtatccatcccatccaaccatccatccatccatccatccatc
catccatccatccatccatctatccatccatccatttggcagttattaagtatgcattatgttcaaagctttgtgttt
gattttggagaagaaagagaacacccaaaatgaatcaaatcaaccatgttccttgcccttggggagctcatatatacc
aggggcacaggctgacttgggcacaggtgcagggagaccattcacaaagttcacagtttttacagtcctgtgacctct
Genotipificación de los marcadores microsatélites
PCR radiactiva
Exón 29 Exón 30 Exón 31 ADN genómico de individuos
no relacionados
TGrI29 TGrI30
AtSN HSN AcSN C1 C2 C3 C4
N1 N2 N3 N4 N5
30.8: 542 pb
30.7: 538 pb
30.6: 534 pb
30.5: 530 pb
29.4: 203 pb 30.4: 522 pb
29.3: 201 pb
29.2: 199 pb
29.1: 197 pb 30.3: 510 pb
30.2: 506 pb
30.1: 502 pb
Diagnóstico:
∗ Elevados niveles de T3 y de T4 séricas
∗ Niveles de TSH normales o levemente elevados
Síntomas y signos:
Indicativos de hipotiroidismo e hipertiroidismo
Frecuencia de Hallazgos clínicos
Síntomas
Hallazgos Clínicos Frecuencia(%)
Bocio 65-95
Bajo IQ 46
Baja Estatura 18-26
Edad ósea retrasada 29-47
Pérdida de audición 21
Taquicardia 50-80
Déficit de Atención 40-46
Hiperactividad/Dificultades en el 19-42
Aprendizaje
Complejo co-represor
Co -represores
RXR TR
TAFs
X
TF IIB
Zn Zn TBP
RNApol Gen Blanco
TRE TATA
Transcripción
Acetilación
de histonas P/CAF TRAP 220/
DRIP205
CBP/P300
Co -activador
I I
r
NH2
eso
HO O CH2 OH T3
pr
COOH
RXR TR I
-re
TAFs
Co
Zn Zn TF IIB
TBP
RNApol Gen Blanco
TRE TATA
Transcripción
Genes que codifican a los Receptores de
Hormonas Tiroideas (TRs)
Gen Cromosoma Isoformas Localización del TR
TR α1 Generalizada
TR α Ch.17
TR α2 Generalizada
TR β1 Generalizada
TR β Ch.3
TR β2 Pituitaria/SNC
Representación esquemática del gen TRβ
β y su proteína TRβ
β1
Cromosoma 3
3p22-24
5’ 3’ ARNm: 1.698 b
1 461 aa
AF-2
12 hélices
Interacción con co-represores
y co-activadores
Unión a T3
Heterodimerización
con RXR
Mutaciones identificadas en el gen TRβ
β
D216A P247L V284I C298A V319K R338L R383H K424A K443N F455L c.1297-
1304del
E217R L266K V284R C298R R320C R338W P384R T426R V444R L456R GCCTG
CCA
W219K A268D D285A E299A R320H Q340H V389A T426I C446R E457A
c.1305-
E220R F269A K288A I302A R320L K342I V389K D427A C446X E457D
1306ins
K223A G251E K288I I302M Y321C G344A E390R L428R T448R E457K T
T224R K274E K289A I302R D322H G344E E393R R429A E449R E457R c.1358-
1359ins
E227R I276L I302V D322N G345D Q396R R429Q E449X E457T C
A228G T277R L305I E324R G345R L400R R429W L450H V458A
H229M
V230R
I280S
I280K
C309A
C309K
L330F
L330S
L346V
G347E
Y409K
R410A
A433R
C434X
F451X
P453A
V458M
F459C
Características
A231R I280M C309W G332E V348E H413R C434R P453E E460K
Tipo de mutación: Germinal
T232G T281V M310I E333D V348R V414K H435L P453H
T232M T281R M310L E333Q V349M H416R H435Q P453S Presencia alélica: Heterocigota
A234T T281Q M310T M334K D351A W418K S437R P453T
Tipo de Herencia: Autosómica
A234X T281L M313T M334R D355A P419R R438C P453X
25% 75%
Evidencias genéticas y clínicas para la actividad
dominante negativa ejercida por los TRβ β mutados
Herencia autosómica
TRβ
β heterocigota
dominante
TRα
α TR β
RTH
Mutación puntual
TRβ
β heterocigota
Herencia autosómica
Fenotipo Normal
X Tests de función tiroidea
recesiva
Deleción normales
TRβ
β homocigota
X
RTH
X
Doble deleción
Dicha actividad disminuye introduciendo mutaciones en el dominio DBD
Objetivos
Metodología
Secuenciación
CTTGCCTGTGTTGAGAGAATAGAAAAGTACCAAGATAGTTTCCTGCTGGCCTTTGAACAC
N M Hna 1 Padre Madre C.B. Hna 2 L A C V E R I E K Y Q D S F L L A F E H
TATATCAATTACCGAAAACACCACGTGACACACTTTTGGCCAAAACTCCTGATGAAGGTG
3’ 3’ TCAG TCAG TCAG TCAG TCAG Y I N Y R K H H V T H F W P K L L M K V
1297 1304
G C ACAGATCTGCGGATGATAGGAGCCTGCCATGCCAGCCGCTTCCTGCACATGAAGGTGGAA
T D L R M I G A C H A S R F L H M K V E
A C
TGCCCCACAGAACTCTTCCCCCCTTTGTTCCTGGAAGTGTTCGAGGATTAGACTGACTGA
C T C P T E L F P P L F L E V F E D *
1413
C T ATTCATTCTCATAATTCC..........................................
G C
T G
A C
C C Alelo Mutado
1145 Exon 10
C G .................................................ATCGCCCGGGG
G A R P G
T C CTTGCCTGTGTTGAGAGAATAGAAAAGTACCAAGATAGTTTCCTGCTGGCCTTTGAACAC
L A C V E R I E K Y Q D S F L L A F E H
C C TATATCAATTACCGAAAACACCACGTGACACACTTTTGGCCAAAACTCCTGATGAAGGTG
C G Y I N Y R K H H V T
1297-1304delGCCTGCCA
H F W P K L L M K V
G T ACAGATCTGCGGATGATAGGA
T D L R M I G
TGCCAGCCGCTTCCTGCACATGAAGGTGGAA
C Q P L P A H E G G M
A A TGCCCCACAGAACTCTTCCCCCCTTTGTTCCTGGAAGTGTTCGAGGATTAGACTGACTGA
G G P H R T L P P F V P G S V R G L N *
1413
G G ATTCATTCTCATAATTCC..........................................
A A
T T
A A Análisis de microsatélites
G G
5’ 5’ Madre Padre C.B. Hna1 Hna2 Control Madre Padre C.B. Hna1 Hna2 Control
203 pb 538 pb
201 pb
199 pb 502 pb
197 pb
TGrI29 TGrI30
Paciente CB
Wild Type
Hinge
1 461 aa
NH2- -COOH
AF-2
Cluster 3 Cluster 2 Cluster 1
DBD LBD
1297-1304delGCCTGCCA
Hinge
1 460 aa
NH2- -COOH
AF-2
Cluster 3 Cluster 2 Cluster 1
DBD LBD
Mutaciones identificadas en el gen TRβ
β
Exón 10
312pb
XcmI 312pb
262pb
ccannnnn nnnntgg
XcmI 50pb
cccnnnnn nnnntgg
β-WT
THRβ QIILLKGCCMEIMSLRAAVRYDPESETLTLNGEMAVTRGQLKNGGLGVVSDAIFDLGMSL
ESP HHEE-----HHHHHHHH----------E-H---HHHHH--------EEEE--EHHH----
β-N331D QIILLKGCCMEIMSLRAAVRYDPESETLTLDGEMAVTRGQLKNGGLGVVSDAIFDLGMSL
THRβ
ESP HHEE-----HHHHHHHH------------H---HHHHH--------EEEE--EHHH----
Exón 9
β-R338W QIILLKGCCMEIMSLRAAVRYDPESETLTLNGEMAVTWGQLKNGGLGVVSDAIFDLGMSL
THRβ
ESP HHEE-----HHHHHHHH----------E-H---HHHHH--------EEEE--EHHH----
β-L341P QIILLKGCCMEIMSLRAAVRYDPESETLTLNGEMAVTRGQPKNGGLGVVSDAIFDLGMSL
THRβ
ESP HHEE-----HHHHHHHH----------E-H---HEH----------EEEE--EHHH----
β-L346F QIILLKGCCMEIMSLRAAVRYDPESETLTLNGEMAVTRGQLKNGGPGVVSDAIFDLGMSL
THRβ
ESP HHEE-----HHHHHHHH----------E-H---HHHHH---------EEEE-EHHH----
p.P453T
p.I431M p.P447T p.P453L
P453
L456
E457
SWISS-MODEL
L453
L456
E457
T453
L456
E457
Conclusiones