1 Rappel Microorganismes

Les microorganismes
Rappel
Abdoukhadir NDIOUCK
Université de Thiès-LGI2E-2010 1
PRESENTATION FORMATEUR
• Ingénieur Génie Biologique & Sanitaire
• DESS en Environnement, Qualité, Hygiène &
Sécurité
• Ingénieur Conseil HQSE
• Auditeur Qualité
• abdoukhadir@orange.sn
• http://www.kaderndiouck.net
• BP 286 Thiès
• 77 640 90 65
PLAN
• Introduction
• Bactériologie
• Virologie
• Parasitologie
• Mycologie
• Micro-organismes :
Introduction – Visible au microscope
électrique
– Visible au microscope
électronique
– Certains visibles à l’œil nu
• Responsables de maladies:
• Bactériennes
• Virales
• Parasitaires
• Utilités en biotechnologie
• Microbiologie =étude des
Introduction micro-organismes
• Micro-organismes:
– Virus
– Bactéries
– Parasites
– Champignons
• Vivant dans tous les milieux
– Sol
– Air
– eau
• Expression de la
Introduction pathogénicité:
– caractéristiques intrinsèques
(gènes de virulence,
mécanismes d’échappement
au système immunitaire etc.)
– état du système immunitaire
de l’homme
(immunodépression acquise,
traitement
immunodépresseur, baisse
de l’immunité etc.)
• Virologie = étude des virus
Introduction • Bactériologie =étude des
bactéries
• Parasitologie = étude des
parasites
• Mycologie = étude des
champignons
• Capables de provoquer des
maladies
Cellule • Les Bactéries
bactérienne
Morphologie
Différentes formes des bactéries
Exemples de morphologie bactérienne.
A : Caulobacter crescentus.
B :Staphylococcus aureus.
C : Streptococcus pneumoniae.
D : Bacillus subtilis.
E : Escherichia coli.
F : Vibrio cholerae.
G : Spirillum volutans.
• Survie des germes dans le
Physiologie milieu est conditionnée
par des facteurs tels que:
– La température
– Le pH
– La teneur en oxygène
– L’activité de l’eau
• Température:
Physiologie
• Germes psychrophiles :
– germes pouvant vivre dans
un milieu froid.
• Pour exemple la température
minimale pour les bactéries est
de -10°C.
– Les moisissures ont une
température minimale
proche de -12°C et les
levures -18°C
– Les températures
optimales pour les
psychrophiles se situent
entre 25°C et 30°C
Physiologie – Les températures
maximales sont aux
alentours de 40°C
• Germes psychotropes :
– 20°C à 30°C ; ce sont en
général des germes
d’altération des aliments.
Physiologie • Germes mésophiles :
– 20°C -45°C ; ce sont la
majorité des germes
pathogènes.
• Germes thermophiles :
55°C-65°C
• Le pH permet de
Physiologie déterminer :
– Les germes acidophiles
(pH inférieur à 5,5)
– Les germes neutrophiles
5,5<pH<8
– Les germes alcalophiles
pH ˃ 8,5
• aérobiose stricte :
Physiologie – ces germes requièrent une
atmosphère contenant 2% à
12% d’oxygène
• anaérobiose stricte :
– l’oxygène est un poison pour
eux.
• aérobiose / anaérobiose
Physiologie facultative
– peu importe l’absence ou la
présence d’oxygène, ces
germes parviennent à vivre.
• NB: caractéristique
importante pour les
bassins à boue activée
• Mobilité +/-
Physiologie • Coloration:
– Colorable au GRAM
• Gram positif
• Gram négatif
– Acido alcoolo résistant
– Colorations spéciales:
• Ressortir la forme
• Flagelle et cils
• Localisation
• A : la paroi des bactéries à Gram
positif est composée
– d’épaisses couches de
peptidoglycane sur lesquelles sont
liés des acides teichoïques.
– Des acides lipoteichoïques sont
fixés à la membrane plasmique.
• B : les bactéries à Gram négatif
possèdent
– une couche plus fine de
peptidoglycane surmontée d’une
membrane externe sur laquelle
sont fixés des lipopolysaccharides.
– Le peptidoglycane est localisé
dans l’espace périplasmique, entre
les membranes cytoplasmique et
externe.
– Des porines assurant le passage
de petites molécules hydrophiles
Représentation schématique de la paroi cellulaire des bactéries à Gram
sont présentes dans la membrane positif (A) et à Gram négatif (B)
externe.
• Recherche de la bactérie
Procédés ciblée:
d’identification – Isolement dans produit
(biologique, échantillon
environnemental
• Culture
• Dénombrement
– Recherche de caractères
spécifiques (à partir des
colonies isolées)
• profils biochimiques
• Profil antigénique
• etc
– Test de sensibilité
• Nutrition
Physiologie – Lipide
– Glucide
– Protéines
– Eléments minéraux
– Eau
• Croissance
• Culture sur milieux
synthétiques
• Identification
• Test de sensibilité
Isolement par la méthode des quadrants
Antibiogramme (Shigella)
Bactéries & Environnement
• Présentes dans tous les compartiments de
l’environnement
• Indicateurs de contamination (fécale)
• Risque biologique
Bactéries & Environnement
• Quelques Bactéries à intérêt pour l’eau
– Escherichia coli et les coliformes
• Indicateur
• Existe souches entéropathogènes
– Salmonella
• pathogène
– Shigella
• pathogène
– Vibrio cholerae
• pathogène
Les virus :Généralités
• Virus =
– Elément très petit
PLAN
– Visible au microscope
•Introduction électronique
•Présentation du – Responsable de maladies dites
virus virales ou induisant des
maladies opportunistes
•Maladies virales
– difficulté dans le traitement
•Exemples de virus – Facilité plus ou moins grande
d’intérêt médical de transmission
•Virus & – Infecte
environnement • Humain
• animal
• végétal
• agent infectieux très simple
PLAN • structure se résumant à
•Présentation du deux ou trois éléments,
virus selon les virus.
•Maladies virales • sont totalement différents
•Exemples de virus des bactéries ou des
d’intérêt médical parasites
•Virus & – qui sont des cellules
environnement
• virus n’est pas une cellule
• Parasite obligatoire
• Un virus comporte toujours
un génome qui est
PLAN
– de l’ADN (virus à ADN)
•Présentation du
virus ou
•Maladies virales – de l’ARN (virus à ARN)
•Exemples de virus • capside protège le génome
d’intérêt médical • enveloppe (peplos)±
•Virus & – virus sans péplos= virus nu
environnement • Virus résistant
– Virus avec peplos = virus
enveloppé
• Virus fragile
PLAN
•Présentation du
virus
•Maladies virales
•Exemples de virus
d’intérêt médical
•Virus &
environnement
Exemple de virus enveloppé
• multiplication du virus
PLAN – introduction du génome
•Présentation du viral dans une cellule et
virus – Fabrication par la cellule de
•Maladies virales nouveaux virus
• Par réplication.
d’intérêt médical – multiplication du virus
comporte six étapes
•Virus &
environnement
PLAN
•Présentation du
virus
•Maladies virales
•Virus &
environnement
• Conséquences de la
PLAN
multiplication virale pour
•Maladies virales la cellule infectée
•Exemples de virus – 3 conséquences possibles :
d’intérêt médical • Mort de la cellule
• Tolérance de l’infection
•Virus &
• Transformation cellulaire
environnement
maligne
• Moyens de défense contre
PLAN
l’infection virale
•Maladies virales – peau et muqueuses
• Peau efficace contre les
infections virales solution de
d’intérêt médical continuité
•Virus & • Muqueuses: moins efficace
environnement que la peau (cellules vivantes)
– Immunité naturelle, innée
– Immunité acquise,
spécifique
• Situation aggravant
PLAN
l’infection virale
•Maladies virales – Immunodépression
• états d’immunodépression
aggravent les infections virales
– Échappement des virus aux
•Virus &
défenses immunitaires
environnement
• infections localisées à
PLAN
incubation courte
•Maladies virales – porte d’entrée et organe-
cible sont confondus
d’intérêt médical • infections généralisées à
•Virus & incubation longue
environnement – organe cible est distinct et
loin de la porte d’entrée du
virus dans l’organisme
– une longue incubation
laisse souvent place à une
PLAN
sérovaccination post-
•Maladies virales contamination, capable, si
•Exemples de virus elle est précoce, d’éviter
d’intérêt médical l’atteinte de l’organe cible,
•Virus & donc la maladie.
environnement • thérapeutiques antivirales
– pour certaines,
reproduisent ou renforcent
PLAN
nos moyens de défense
•Maladies virales contre l’infection virale
•Exemples de virus (interférons,
d’intérêt médical immunoglobulines,
•Virus & vaccins).
environnement
– Pour d’autres, on introduit
dans l’organisme les
PLAN
molécules artificielles de la
•Maladies virales chimiothérapie antivirale,
•Exemples de virus qui s’opposent à diverses
d’intérêt médical phases de la réplication
•Virus & virale.
environnement • Hygiène et vaccinations
restent des éléments
essentiels de la lutte
contre les virus
• picornaviridae
PLAN • picornaviridae : le virus de
•Exemples de virus l'Hépatite A (HAV)
d’intérêt médical • caliciviridae
•Virus &
• le virus de l'hépatite E
environnement
• astroviridae
• coronaviridae
• togaviridae : les Alphavirus
• togaviridae : le virus de la
rubéole
• flaviviridae : les flavivirus
PLAN • flaviviridae : le virus de
•Exemples de virus l'hépatite C
d’intérêt médical • flaviviridae : le virus de
•Virus & l'hépatite G (VHG)
environnement
• bornaviridae
• filoviridae : les virus de
PLAN
Marburg et Ébola
•Exemples de virus • rhabdoviridae : le virus de
d’intérêt médical la rage
•Virus & • paramyxoviridae
environnement
• orthomyxoviridae : les virus
influenza
• bunyaviridae
• arenaviridae
PLAN • reoviridae
•Exemples de virus • circinoviridae : Virus
d’intérêt médical Transmissible par
•Virus & Transfusion (TTV)
environnement
• parvoviridae : le Parvovirus
B19
• poxviridae
PLAN • adenoviridae : les
•Exemples de virus adénovirus humains
d’intérêt médical • polyomaviridae
•Virus &
• papillomaviridae : les
environnement
papillomavirus humains
• Hespesviridae : caractères
généraux
• Hespesviridae : le virus
PLAN
Herpes Simplex
•Exemples de virus • Hespesviridae : le virus de
d’intérêt médical la Varicelle et du Zona
•Virus & • Hespesviridae : le
environnement Cytomégalovirus humain
• Hespesviridae : le virus
Epstein-Barr
• Hespesviridae : les Herpes
PLAN
virus humains 6, 7 et 8
•Exemples de virus • Hepadnaviridae : le virus
d’intérêt médical de l'hépatite B et le virus
•Virus & satellite D ou Delta
environnement • Retroviridae : le virus de
l'immunodéficience
humaine (HIV)
• Retroviridae : les virus HTLV
PLAN
(Human T-cell
•Exemples de virus lymphotropic Virus)
d’intérêt médical • etc
•Virus &
environnement
• Présents dans les
PLAN
compartiments de
•Virus & l’environnement
environnement • Contaminants de
l’environnement
• Maintient dans le milieu
– tributaire de plusieurs
facteurs (température, pH,
radiation etc.)
• Possibilité de contaminer
l’homme et les animaux
PLAN
•Virus &
environnement
Voies potentielles de transmission des entérovirus

-Joseph L. Melnick, C. P. G. e. G. W. (1978)-
Entérovirus humains susceptibles d’être rencontrés dans l’eau
Université
-Joseph L. Melnick, C. de
P. Thiès-LGI2E-2010
G. e. G. W. (1978)- 50
• L’intérêt pour l’étude des
PLAN
virus dans l’eau s’est fait
•Virus & sentir depuis l’éclosion
environnement d’ épidémie d’hépatite en
décembre 1955 et janvier
1956 en Inde, suite à la
contamination , par les
eaux usées, du fleuve
Jumma alimentant l’usine
de traitement d’eau
potable.
• L’usage de désinfectant
PLAN
avait permis de prévenir
•Virus & des infections bactériennes
environnement mais pas la survenue de
30.000 cas d’hépatites
• intérêt pour la virologie
environnementale :
PLAN
– ne remet pas en cause la
•Virus & recherche des bactéries
environnement indicatrices de pollution
– il s’agit de disposer d’un
ensemble d’indicateurs
pouvant assurer de la
maîtrise du risque sanitaire
encouru par la population.
– Ces paramètres doivent tenir
compte du niveau
technologique des
laboratoires du pays
Parasitologie:
Généralité
Plan
• Terminologie
• Systématique
• Classification selon la localisation
• Liste des principaux parasites d’intérêt
médical
• Parasites d’intérêt vétérinaire
• Parasites d’intérêt agronomique
Introduction
• La parasitologie est l’étude des parasites et de leurs
relations avec leur hôte. Ces relations traduisent un mode
de vie, le parasitisme.
• Les parasites occupent une place importante :
– En médecine : morbidité et mortalité importante du fait des
parasites
– En médecine vétérinaire : impact économique très important ;
les coccidies peuvent être la cause de mortalité d’un clapier.
– En agronomie : les effets induits par la présence de parasites sur
les plantes ou dans le sol ont un impact économique non
négligeable sur la production ou la qualité de la récolte par
destruction du bouton floral, dégénérescence du fruit etc.
Terminologie
• Parasitologie
• Parasite
• Parasitisme
• Hôte
• Cycle biologique
Terminologie
• Parasitologie
– étude des parasites et de leurs relations avec leur
hôte.
– Ces relations traduisent un mode de vie, le
parasitisme.
– Les méthodes d’étude sont différentes de celles
utilisées en bactériologie t virologie
Parasite
• Etre vivant animal ou champignon (règne des
Fungi)
• Vit aux dépens d’autres êtres organisés (hôtes)
pendant une partie ou la totalité de son
existence
• N’entraine pas obligatoirement la mort de
l’hôte
• Différent du prédateur
– tue sa proie pour s’en nourrir
Parasitisme
• Contact particulier entre deux êtres vivants :
– le parasite et son hôte
• Parasite vit aux dépens d’un hôte qui lui
fournit un biotope et/ou des éléments
nutritifs nécessaires à sa survie
– hôte peut souffrir de façon plus ou moins grave de
la présence du parasite
Parasitisme
• À différentier :
– vie libre : l’organisme peut subvenir par lui-même
à ses besoins métaboliques
– symbiose : les êtres vivent en étroite collaboration
dans une association bénéfique aux deux parties
(équilibres des flores intestinales ou vaginales)
Parasitisme
– saprophytisme : l’organisme se nourrit de
matières organiques ou végétales en
décomposition dans le milieu extérieur
– commensalisme : l’organisme se nourrit de
matières organiques sur un être vivant (milieu
buccal, intestin) sans entraîner de troubles ou de
spoliations chez son hôte
Systématique
Quelques exemples
Kyste de E. histolytica/E. dispar (solution iodée)
Quelques exemples
Trophozoite d’E. histolytica avec des érythrocytes ingérés
Quelques exemples
Œuf d’Ascaris
Quelques exemples
Enterobius vermicularis (œufs)

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