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Projeto de Pesquisa – Programa de Iniciação Científica PIBIC/CNPEM – Abril/2018

Desenvolvimento de interface Orange-Python para processamento de dados hiper-


espectrais de nano-espectroscopia de infravermelho síncrotron

Orientador: Raul de Oliveira Freitas


Unidade CNPEM: Laboratório Nacional de Luz Síncrotron
Departamento: Linha de Nano-espectroscopia de Infravermelho

Introdução e motivação
Nanoespectroscopia de infravermelho (nano-FTIR) é uma nova modalidade de ultra-
microscopia capaz de identificar compostos químicos na nano-escala [1]–[7]. Além da nano-
especiação química, a nano-FTIR tem sido frequentemente utilizada no estudo da nano-óptica
de novos materiais baseados em poucas
camadas atômicas (materiais 2D), sendo
hoje a principal ferramenta aplicada no
estudo de propagação de poláritons em
materiais 2D. A técnica baseia-se na
combinação de microscopia de força
atômica (AFM) com espectroscopia de
infravermelho (FTIR), com a ponta ultra-
fina de AFM (raio de ~25 nm) atuando
como uma antena para a radiação
infravermelho (IR) extraída do acelerador
síncrotron do LNLS. Com a radiação
confinada no ápice da ponta, a nano-FTIR Figura 1 – (a) Esquema do experimento nano-FTIR síncrotron que gerará os
dados do projeto. (b) Nano-imagem de espalhamento IR e (c) Imagem
spatio-espectral da micro-estrutura SiO2/Si. (d) Espectro pontual de SiO2. (e-
pode gerar imagens de varredura cujo f) Imagens de nano-FTIR reconstruídas de uma mapa hiper-espectral nas
faixas espectrais ON e OFF indicadas em (d). Imagem adaptada de [1].
nano-pixel de 25´25 nm2 contém
informações espectrais do material (imagem hiper-espectral)[4], [8]. Tais funcionalidades
fazem da nano-FTIR uma técnica singular a qual é capaz de superar o limite clássico de difração
da luz (limite de Abbe). Um esquema do experimento de nano-FTIR síncrotron e o tipo de dado
gerado pelo aparato são apresentados na Figura 1. Uma das características mais poderosas da
técnica de nano-FTIR é a possibilidade de construção de mapas hiper-espectrais de uma região
específica da amostra. Nestes mapas, espectros de IR pontuais (como o mostrado em Fig.1d)
são medidos em cada pixel da imagem possibilitando a construção de imagens das estruturas
para uma determinada frequência (ou energia) da radiação IR. Assim, é possível realçar a
presença de um determinado material em função de sua resposta vibracional, como é o caso
do silício (Si) e o dióxido de silício (SiO2) nas Figs.1e-f. Na prática, estes mapas hiper-espectrais
contém um volume massivo de dados pois cada varredura espacial contém tipicamente 1024
ou 2048 pontos de frequência, ou seja, milhares de opções de energia a serem visualizadas.
No momento não há ferramentas padrão disponíveis (comerciais ou livres) para visualização
destes dados hiper-espectrais de nano-FTIR.
O objetivo deste projeto é o desenvolvimento de uma interface dedicada para a
visualização rápida e pós-processamento de dados hiper-espectrais de nano-FTIR a ser
disponibilizada para a comunidade local e internacional de nano-FTIR. O projeto será
desenvolvido em um
nova plataforma de data-
mining chamada Orange
(https://orange.biolab.si)
a qual emprega a
linguagem Python na
construção de widgets
para a manipulação e
visualização de dados
(exemplo na Figura 2).
Esta plataforma já possui
desenvolvimentos na
área de FTIR e algumas Figura 2 – Exemplo de uso da plataforma Orange para a Análise de Componentes Principais (PCA)
com visualização do gráfico de Scree. Para mais exemplos, visite o website da plataforma:
funcionalidades serão https://orange.biolab.si.

adaptadas para os dados de nano-FTIR. Atualmente o grupo de pesquisa que o aluno fará parte
já possui colaboração com desenvolvedores internacionais no tema, como os pesquisadores
Ferenc Borondics (Soleil Synchrotron/Paris) e Giovanni Birarda (Elletra Sincrotrone/Trieste), e
assim terá a oportunidade de interagir com problemas de fronteira no contexto do projeto.

Objetivos
Este projeto visa o desenvolvimento de uma interface para processamento de dados
de nano-FTIR a ser instalada na linha IR1 do LNLS. Tal desenvolvimento é constituído pelos
seguintes objetivos:
1. Aprender aspectos básicos da técnica de nano-FTIR
2. Aprender fundamentos de programação Python
3. Aprender fundamentos para desenvolvimentos de widgets na plataforma Orange
4. Primeiro contato com os dados experimentais da estação nano-FTIR IR1
5. Leitura e manipulação de dados de nano-FTIR (espectros pontuais)
6. Leitura e manipulação de dados de nano-FTIR (linescan)
7. Leitura e manipulação de dados de nano-FTIR (mapa hiper-espectral)

Metodologia

Etapa 1 (6 meses)
Esta primeira etapa será dedicada nos objetivos 1, 2 e 3. O aluno será exposto à
literatura fundamental sobre nano-FTIR e iniciará a interação com o grupo de nano-FTIR do
LNLS. Após aprender os aspectos básicos da técnica, o aluno deverá se dedicar ao aprendizado
de aspectos fundamentais da programação Python e construção de widgets Orange.

Etapa 2 (6 meses)
Passada a etapa 1, e já munido dos fundamentos da técnica e linguagens de
programação, o aluno se dedicará ao desenvolvimento dos objetivos 4-7. Um computador com
todas as ferramentas necessárias para o desenvolvimento será disponibilizado pelo LNLS e
python/Orange scripts para os objetivos 5, 6 e 7 deverão ser testados e entregues ao longo
dos 6 meses desta etapa. Tais scripts serão instalados na linha IR1 do LNLS para testes com
dados de pesquisas em andamento.
Bibliografia
[1] B. Knoll and F. Keilmann, “Near-field probing of vibrational absorption for chemical
microscopy,” Nature, vol. 399, no. May, pp. 7–10, 1999.
[2] F. Keilmann and R. Hillenbrand, “Near-field microscopy by elastic light scattering from
a tip.,” Philos. Trans. A. Math. Phys. Eng. Sci., vol. 362, no. 1817, pp. 787–805, 2004.
[3] G. Dominguez et al., “Nanoscale infrared spectroscopy as a non-destructive probe of
extraterrestrial samples,” Nat. Commun., vol. 5, p. 5445, 2014.
[4] R. O. Freitas et al., “Low-aberration beamline optics for synchrotron infrared
nanospectroscopy,” Opt. Express, vol. x, no. 9, pp. x–x, 2018.
[5] P. Hermann, A. Hoehl, P. Patoka, F. Huth, E. Rühl, and G. Ulm, “Near-field imaging and
nano-Fourier-transform infrared spectroscopy using broadband synchrotron
radiation.,” Opt. Express, vol. 21, no. 3, pp. 2913–9, 2013.
[6] F. Huth, M. Schnell, J. Wittborn, N. Ocelic, and R. Hillenbrand, “Infrared-spectroscopic
nanoimaging with a thermal source.,” Nat. Mater., vol. 10, no. 5, pp. 352–6, Apr. 2011.
[7] F. Huth, A. Govyadinov, S. Amarie, W. Nuansing, F. Keilmann, and R. Hillenbrand,
“Nano-FTIR absorption spectroscopy of molecular fingerprints at 20 nm spatial
resolution.,” Nano Lett., vol. 12, no. 8, pp. 3973–8, 2012.
[8] I. Amenabar, S. Poly, M. Goikoetxea, W. Nuansing, P. Lasch, and R. Hillenbrand,
“Hyperspectral infrared nanoimaging of organic samples based on Fourier transform
infrared nanospectroscopy,” vol. 8, p. 14402, Feb. 2017.