Академический Документы
Профессиональный Документы
Культура Документы
rang bervariasi cenderung tidak mudah yang pendek bertindak sebagai primer
untuk lulus hidup (',@. Hal ini disebab- melalui pengikatan daerah yang kom-
kan karena adanya korelasi antara ke- plemen dan memulai proses amplifika-
anekaragaman dengan adaptasi untuk si daerah yang spesifik dari genom
lulus hidup ('). Kemungkinan lain dengan menggunakan reaksi Pol me-
dengan banyaknya variasi genetik pada rase Chain Reaction (PCR) h . 1 ,
vektor akan menyebabkan vektor tahan Semakin banyak variasi daerah genom
terhadap tekanan lingkungan. Dengan yang diamplifikasi oleh primer semakin
demikian daya kemampuan lulus hidup tinggi pula tingkat polimorfik nyamuk
makin tinggi yang pada akhirnya po- vektor. Dengan adanya perbedaan dan
pulasi vektor menjadi ting i dan pre- persamaan dari pola larik DNA Ano-
valensi malaria meningkat t . Keaneka-R pheles spp yang diamplifikasi oleh se-
ragaman di antara individu dapat terjadi tiap primer dimungkinkan untuk dapat
karena adanya perbedaan variasi ge- menghitung persentase pola larik DNA
netik, keanekaragaman genetik ini se- yang bersifat polimorfisme dan mono-
lalu ditemukan pada semua mahluk morfisme (15,16,17) , sehingga dapat dihi-
hidup . '*' tung persentase polimorfisme genetik
dari setiap Anopheles spp. Tingkat poli-
Menurut Tabachnik dan William ( I )
morfisme genetik pada populasi nya-
terdapat korelasi yang positif antara tingkat
polimorfisme genetik pada populasi Ano- muk dapat diketahui dengan menggu-
nakan analisa DNA (I8.l9). Dengan mem-
pheles dengan prevalensi malaria. Hal ini
menunjukkan adanya hubungan kepadatan bandingkan tingkat polimorfisme DNA
populasi vektor dapat diprediksi melalui nyamuk vektor maka dapat diketahui
pengamatan polimorfisme/variasi genetik keanekaragaman genetik dari nyamuk
dari desa-desa yang mempunyai tingkat vektor ( ' I ) . Metode RAPD yang meng-
prevalensi yang berbeda. Tingkat poli- hasilkan polimorfisme DNA dapat
morfisme genetik dapat dianalisis me- mengidentifikasi keanekaragaman pada
lalui pola larik DNA dengan meng- individu secara langsung pada tingkat
gunakan metode Randon1 Amplified DNA (I9). Keanekaragaman atau variasi
Polyntorphic DNA (RAPD), sehingga genetik juga disebut polimorfisme apa-
akan diperoleh larik-larik DNA yang bila primer mengamplifikasi daerah ge-
bersifat polimorfisme dan monomor- nom yang bervariasi, sebaliknya mono-
fisme(9J" 1) morfisme jika primer mengamplifikasi
daerah genom tidak bervariasi.
Secara umum peningkatan popu-
lasi nyamuk dapat terjadi karena nya- Tingkat polimorfisme di antara in-
muk mempunyai daya kelangsungan dividu dapat terwujud melalui beberapa
hidup yang lebih tinggi. Populasi Ano- proses yaitu: (1) perubahan nukleotida
pheles yang tinggi dapat juga terjadi yang mencegah amplifikasi, (2) bebe-
karena memiliki keanekaragaman indi- rapa nukleotida hilang (dilesi) pada
vidu. Metode RAPD ini untuk meng- -tempat pelekatan primer, (3) penam-
identifikasi polimorfisme DNA secara bahan nukleotida (insersi) mengakibat-
cepat, dan dapat dengan mudah meng- kan daerah pelekatan primer terlalu
hasilkan polimorfisme yang sangat jauh untuk mendukung terjadinya am-
tinggi dari DNA yang diamplifikasinya plifikasi, (4) insersi maupun dilesi me-
(I2). Dalam metode ini oligonukleotida
rubah ukuran produk amplifikasi. Tipe
polimorfisme ini membuat penanda
Polimorfisme Genetika dari.. ..........(Munif e t . 4
spesies lain tidak ditemukan. Namun jika Sampel An. barbirostris mempunyai
membandingkan larik DNA dari individu larik-larik DNA dengan ukuran yang ber-
dalam spesies yang sama, maka larik yang beda pada elektrofmgram menunjukkan
selalu ditemukan pada semua anggota lokus yang berbeda pula. Menurut
spesies tersebut biasanya dilakukan untuk Grosberg et a1 (I0) bahwa intensitas larik-
mengidentifikasi anggota spesies tersebut. larik tersebut dapat bervariasi &'bat
Perhitungan polimorfisme secara ku- variasi dalam ha1 jumlah kopi lokus yang
diamplifikasi melalui kombinasi tenrpfate
alitatif dilakukan dengan menganalisis se-
primer. Hasil amplifikasi sampel An. bar-
mua lank DNA yang diperoleh dari hasil
amplifikasi. Tingkat polimorfisme dianta- birostris yang 1- dari desa Ciampa-
nan mempunyai lank yang berukuran di-
ra dua individu diskor atas dasar ditemu-
kan atau tidaknya lank DNA yang diampli- antara 0,57 kb-1,50 kb dengan mono-
fikasi. Untuk memperoleh ukuran larik morfik pada ukuran 0,57 kb, 0,63 kb, 0,76
DNA yang telah diamplifikasi dilakukan kb dan 1,02 kb. Sarnpel An. barbirostris
perhitungan dengan analisis regresi. Pada yang berasal dari desa Cineam mempunyai
salah satu PCR sampel An. barbirostris lank-lank DNA hasil amplifikasi diantara
yang berasal dari Nagara Tengah tidak 0,57 kb sampai 1,36 kb, dengan ukuran
ditemukan larik DNA. Kejadian ini mung- larik yang sama pada sampel lainnya yaitu
kin disebabkan akibat tidak adanya DNA 0,57 kb, 0,63 kb, 0,69 kb, 0,76 kb dan 0,92
template atau karena dilesi dan insersi pada kb. Sampel An. barbirostris yang berasal
tempat pelekatan primer. lnsersi DNA dari Nagara Tengah diperoleh produk am-
dapat mengakibatkan perubahan ukuran plifikasi pada ukuran larik diantara 0,52
dari h g m e n DNA, melalui perubahan kM),72 kb.
basa sederhana maupun yang terikat pada Hasil pemeriksaan larik DNA pada
hgmen
- DNA. (I0) sampel An. barbirostris yang berasal dari
Pada elektroferogram hasil PCR de& Cisarua, Ancol, Mediasari, Nagara
menggunakan primer OPE 17 terdapat Tengah, Pasirmukti dan Cijulang dapat
lank DNA hasil amplifikasi antara 0,38 kb dilihat pada Gambar 2 dan Tabel 2 dengan
sampai 1,66 kb (Gambar 1 dan Tabel 1). larik amplifikasi diantara 0,26 kb- 1,57 kb.
Pemakaian primer OPE 17 terhadap Hasil PCR pada sampel An. barbirostris
sampel An. barbirostris yang berasal dari desa Ancol memperoleh larik DNA
dari desa Pasirmukti menghasilkan larik berukuran diantara 0,40kb- 1,10 kb, larik
yang monomorfik, yaitu yang beru- yang berukuran sama ditemukan pada indi-
kuran 0,42 kb, 0,46 kb, 0,51 kb, 0,72 kb vidu lain berukuran 0,42 kb, 0,47 kb, 0,52
dan 0,92 kb. Pada sampel An. barbiros- 0,63 kb, 0,77 kb dan 0,86 kb. Anopheles
tris desa Cikondang ditemukan larik barbirostris yang berasal dari desa Cisarua
yang berukuran antara 0,46 kb-0,92 kb, diperoleh larik yang berukuran diantara
dengan larik monomorfik pada ukuran 0,26 kb -0,38 kb, larik yang mempunyai
0,57 kb. Sampel An. barbirostris yang ukuran sama pada larik 0,35 kb dan 0,38
berasal dari desa Radjadatu diperoleh kb (Gambar 2). Sedangkan hasil PCR sam-
larik berukuran diantara 0,38 kb-1,30 pel asal Mediasari menghasilkan lank yang
kb dengan larik monomorfik 0,57 kb berukuran diantara 0,26 kb-1,42 kb dengan
dan 0,72 kb. Larik monomorfik ini ukuran larik yang sama pada 0,70 kb, 0,77
berguna untuk identitas spesies sebagai kb, 0,86 kb, 0,90 kb, dan 0,95 kb. Hasil
penanda genetik(26). pemeriksaan larik DNA pada sampel An.
barbirostris yang berasal dari desa Ciju-
Polimorfisme Genetika dari.. ..........(Munif et.a[)
lang dengan larik amplifikasi diantara 0,57 ditemukan pada sampel nyamuk An.
kb-1,57 kb. Nyamuk asal desa ini meng- barbirostris berasal dari desa Cikondang
hasilkan larik monomorfik pada ukuran (88,9%), Cijulang (8 1,8%) dan Radjadatu
0,57 kb dan 0,7 kb. Anopheles barbirostris (77,8%). Terjadinya perbedaan tingkat po-
yang berasal dari desa Pasirmukti dengan limorfisme tersebut karena primer me-
larik amplifikasi diantara 0,42 kb-1,42 kb. ngamplifikasi DNA genom yang berva-
Nyamuk asal desa ini mempunyai larik riasi. Semakin banyak variasi daerah DNA
DNA yang berukuran yang sama pada 0,52 genom yang diamplifikasi oleh primer
kb, 0,57 kb, 0,70 kb dan 0,77 kb. Ano- semakin tinggi ju a tingkat polimorfisme
pheles barbirostris yang berasal dari desa F
suatu organisme ( O). Anopheles barbiros-
Nagara Tengah dengan larik amplifikasi tris dari desa Cikondang, Cijulang dan
diantara 0,32 kb-0,86 kb, dengan larik Rajadatu memiliki tingkat polimorfisme
monomorfik pada ukuran 0,38 kb, 0,42 kb yang tinggi dibanding sampel nyamuk dari
dan 0,57 kb. Dari hasil ini diperoleh desa Pasirmukti, Cisarua dan Ancol.
persentase tingkat polimorfisme tertinggi
DNA Ladder
Gambar 1. Elektroferogram Hasil PCR dengan Primer OPE 17 pada An. barbirostris Berasal
dari Enam Desa.
Keterangan : Kolom I DNA Ladder 123 pb; 2-3 Sampel Pasirmukti, 4-5 Cikondang; 6-7 Rajadatu 8-9
Ciampanan, 10-1 1 Cineam ; 12-13 Negara Tengah
Bul.Pmel.Kesehatan, Vol. 32,No. 1,2004:1-16
Tabel 1. Pengamatan Larik DNA pada An. barbirostris dari Enam Desa
Berdasarkan Ada atau Tidaknya Larik yang Diamplifikasi dengan
Primer OPE 17
Keterangan: 2-3 sampel Pasirmukti, 4-5 sampel Cikondang, 6-7 sampel Rajadatu, 8-9 sampel Ciampanan,
10-1 1 sampel Cineam, 12- 13 sampel Nagara tengah.
Skor 1 = adanya larik DNA ; Skor 0 = tidak ada larik DNA
Polimorfisme Genetika dari.. ........ ..(Munif e1.01)
Keanekaragaman atau variasi genetik ter- rapa urutan DNA yang mengakibatkan
sebut disebabkan karena hilangnya be- urutan DNA nyamuk An. barbirostris
berapa urutan gen akibat adanya seleksi, menjadi bervariasi. Hal ini sesuai dengan
mutasi, erkawinan dan pertemuan dua po- hasil penelitian Kambhapati et a1 (27)
P
pulasi (9 . Desa yang mempunyai polimor- bahwa isolasi geografis menyebabkan per-
fisme tinggi mempunyai geografis yang bedaan DNA itu sendiri bagi spesies yang
berbeda, sehingga populasi satu atau bebe- sama.
DNA Ladder
pb123 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 1 2 1 3
Gambar 2. Elektroferogram Hasil PCR dengan Primer OPE 17 pada An. barbirostris
Berasal dari Lima Desa.
Keterangan: Kolom 1 DNA Ladder 123 pb; 2-3 Anco1 4-5 Cisarua; 6-7 Mediasari; 8-9
Cijulang; 10 - 1 1 Pasirmukti; 12-1 3 Nagara Tengah
Bul. Penel. Keschatan, Vol. 32, No. 1,2004: 1-16
Tabel '2. Pengamatan Larik DNA pads An. barbtrostris Berasal dari 6
Desa Berdasarkan Ditemakan ataa Tidaknya Larik yang
Diamplifikasi dengan Primer OPE 17
Ketmngm: 2-3 sampel Ancol; 4-5 sampel Cisarua; 6-7 sampcl Mediasari; 8-9 sampel Cijulmg;
10- 1 1 sampel Pasirmukti; 12- 13 Nagan tcngah
Skor 1 = adanya larik; skor O= tidak ada larik
Polimorfisme Genetika dari............(Munif e t . 4
! % Polimrfisme W % SPR /
100-
% polimorfism
A n . barbirostris
90 -
80 -
70 -
60 1
0 10 20 30 40
% SPR
Tingkat polimorfisme genetik pada manusia. Pada saat menghisap darah ma-
Anopheles dapat memprediksi tingginya nusia parasit masuk ke tubuh nyamuk dan
populasi nyamuk. Hasil penelitian menun- berkembang biak sampai mencapai bentuk
jukkan An. barbirostris mempunyai tingkat parasit yang infektif (sporozoit). Hal ini
populasi paling tinggi pada setiap bulan juga tergantung dari umur nyamuk. Bila
maupun pada setiap lokasi penelitian. umur nyamuk pendek maka Plasmodium
Dengan tingginya populasi An. barbiros- tidak dapat berkembang lebih lanjut se-
tris tentunya dipengaruhi oleh keadaan hingga nyamuk tersebut tidak mungkin
variasi/polimorfisme genetik karena spesi- sebagai vektor malaria. Kajian hubungan
es yang mempunyai keanekaragaman yang tingkat polimorfisme genetik dengan pre-
tinggi akan menyebabkan tahan terhadap valensi malaria, tingkat polimorfisme ge- .
goncangan lingkungan sehingga dapat suk- netik dari An. barbirostris ditemukan se-
ses hidup (survive) dan pada akhirnya ting- lalu tinggi pada daerah dengan SPR tinggi.
kat populasi menjadi tinggi. Tingginya
Kepadatan populasi nyamuk vektor
tingkat populasi ini akan memberikan pe-
yang tinggi disebabkan karena memiliki si-
luang Yang c u k u ~ menghisa~darah fat keanekaragaman yang lebih b a r i a s i ,
Bul. Penel. Kesehatan, Vol. 32, No. 1,2004: 1 - 16
sehingga nyamuk akan mudah lulus hi- hidup harian ,kepadatan populasi dan hasil
dup dan berkembang dari generasi ke uji ELISA.
generasi ( 6 , 5 ) . Evaluasi dari hasil elektroferogram
dengan menggunakan primer OPE 17
SIMPULAN terhadap An. barbirostris menunjukkan
larik DNA amplifikasi diantara 0,38-1,6
Berdasarkan hasil penelitian dan kb. Larik berukuran 0,56 kb selalu ditemu-
hasil analisis pola larik DNA yang berhasil kan pada sampel yang berasal dari desa
diamplifikasi dari An. barbirostris terdapat lainnya. Hasil pemeriksaan larik DNA
jumlah polimorfisme yang berbeda di seti- pada sampel An. barbirostris yang berasal
ap desa. Tingkat polimorfisme genetik dari dari desa Cisarua, Ancol, Mediasari dan
An. barbirostris tertinggi ditemukan nya- Cijulang dengan larik amplifikasi diantara
muk yang berasal dari desa Cikondang 0,25-1,9 kb. An. barbirostris dari desa
(88,9%) dan Cijulang (81,2%) dan Raja- Cisarua diperoleh larik DNA amplifikasi
datu (77,8%), ketiganya merupakan desa berukuran 0,35 kb-0,4 kb, lank ini selalu
dengan tingkat SPR tinggi. Analisa regresi ditemukan pada setiap individu. Anopheles
menunjukkan hubungan variasi genetik barbirostris yang berasal dari desa Ancol
pada AN. barbirostris dengan prevalensi mempunyai larik monomorfik 5 larik
malaria memperlihatkan korelasi positif dengan ukuran 0,70 kb selalu diketemukan
dengan persamaan regresi Y = 0,692 X + pada sampel asal Cijulang, Mediasari dan
3,2, R = 0,58, p >0,05, dimana tingkat Nagaratengah merupakan larik yang mono-
polimorfisme berpengaruh terhadap tinggi- morfisme.
nya tingkat prevalensi malaria (SPR).
Tingkat polimorfisme tinggi maka makin Persentase tingkat polimorfisme ter-
tinggi pula tingkat prevalensi (SPR). tinggi ditemukan Anopheles barbirostris
Kejadian ini didukung dari hasil perhi- yang berasal dari desa Cikondang, Ci-
tungan kapasitas vektorial, kemampuan julang dan Rajadatu. Tingkat polimor-
fisme terendah ditemukan pada An. bar-
Polimorfisme Genetika dari............(Munif et.al)
birostris berasal dari desa Pasirmukti dan 8. Nusantara,S., Fujie,M., Yamada,T., Malek,W.,
Cisarua. Hubungan tingkat polimorfisme Inaba,M., Kaneko,Y and Yoshikatsu, M,
Phylogenitic position of Mesorhizobium
genetik dengan prevalensi malaria me- huakui subsp rengei, a symbiont of Astragus
nunjukkan hubungan korelasi positif dima- sinicus cv.Japan. J.Bio.Bioengineering, 1999,
na tingginya polimorfisme An. barbirostris 87 (1),49-53
diikuti tingginya SPR. 9. Haymer, B.S., Genetic analysis of laboratory
Tingkat polimorfisme genetik dari and willd srain of the melon fly (Diptera: Tep-
ritidae) using Random Amplified Polymorphic
An. barbirostris ditemukan lebih bervariasi DNA Polymerase Chair Reaction, Ann.
dibandingkan dengan An. aconitus, sehing- Entomol. Soc, 1995, 88 (5), 705-710.
ga ada kecenderungan untuk lulus hidup 10. Grosberg, R.K., Levitan, D,R ,Cameron,B.B,
(survival) tinggi pada tingkat polimorfis- Characterization of genetic structure and
me tinggi. Kepadatan populasi nyamuk Genealogies using RAPD-PCR markers: A
vektor yang tinggi disebabkan karena random primer for the Novice and Nervous, in
memiliki sifat keanekaragaman yang lebih Ferraris,J.D., Palumb, S.R., Moleculer
Zoology, Advances, Strategies and Protocols,
bervariasi, sehingga nyamuk akan mudah
John Willey & Sons, Inc. Pub,New York,
lulus hidup dan berkembang dari generasi 1996,67 -132.
ke generasi. Populasi vektor yang tinggi
11. Schriefer, M.E., Sacci, J.B., Wirth, R. A,, and
memberikan peluang nyamuk menggigit Azad, A. F., Detection of polymerase chain
yang tinggi pula sehingga transmisi dapat reaction amplified malaria DNA in infected
berlangsung blood and individual mosquitoes. Exp.
Parasitol., 1991, 73 , 31 -316.
DAFTAR RUJUKAN 12. Hugh,G.G. and Annette,M.G. PCR Technology
Current 1nnovations.CRC Press, Boca Raton,
1. Tabachnick,W.J. and William, C.B, Popu- Ann Arbor, London, Tokyo. 1994,
lation genetics in vector biology. Paper 13. Beebe,N.W. and Saul,A, Discrimination of All
Training Course, The Biology of Disease Members of Anopheles punculatus complex by
vectors, New Delhi. 1998,417- 437.
Polymerase Chain Reaction, Restriction
~ r a b e n t Length Polymorphism Analysis.
2. Dietz, R, Mathematical Models for Trans- Am.J.Trop. Med. Hyg, 1995,478-481.
mission and Control of Malaria. Churc-hill,
Livingstone,
- 1998, 1052-1 133. 14. Kambhapati,S., Black,W.C. and Rai,K.S.,
Random Amplified Polymorphic DNA of
3. Wernsdorfer,W.H. and Megregor,I.S., Malaria
Mosquito Spesies and population (Dipte-
Principles and Practice of Malariology 2,
ra:Culicidae): Techniques, Statistical Analysis
Churchil-Livingstone. New York, 1998.
and Application, J. Med. Ento., 1996, 29 (6 )
4. WHO. (1975) Manual on Practical Entomology
in Malaria, Part 1., Geneva.
15. Hill, S. M and Crapton, J.M., DNA based
5. Roderick, G. K. ,Geographic structure of methods for the identification of insect vectors,
insect populations: gene flow, phylo- Annals of Tropical Medicine and Parasitology.
geography, and their uses. Ann.Rev. Entomol. 1994, 88 (3), 227-254.
1996,41 ,325 - 352.
16. Garcia, A.I., Corrasco, H.I., Scholfield,C.J.,
6. Wiliam,C., Black Nancy,H., RAPD-PCR and Russell,J., Frame,I.A., Valents,A.S. and
SSCP analysis for Insect Population Genetic Mils, M., Random amplification of poly-
StudiesMolecular Biology of Insect Disease morphic DNA as a tool for taxonomic studies
Vectors, Chapman and Hall, 1997. of triatomime bug (Hemiptera: ~eduvidak9
J.Med. Entomol., 1998 35 ( I ) , 38-45.
7. Wallis,G.P., Tabachnick, W.J., Powell, J.R.,
Genetic heterogencity among Caribbean 17. Leslie,A.R., Ecological genetics. Princeton
"Population of Aedes aegypti, Am.J. University Press, New Yersey. 1994
Trop.Med.Hyg, 1984, 33(3) ;492 - 498.
Bul. Penel. Kesehatan, Vol. 32, No. 1,2004: 1-16
18. Hill, S. M., Urwin, R., Knapp, T.F. and 23. Beebe,N.W., Foley,H.D., Saul,A.L., Bryan,J.H.
Crampton, J. M., Synthetic DNA probes for and Burkot,T., DNA probe for identifying
the identification of sibling species in the members of the An.punculatus Complec in
Anopheles gambie. Complex. 1991 Papua, New Guinea. Am.J.Med.Hyg. 1994,50,
229-234.
19. Wilkerson,R.C., Parsons,T.J., Klern,T.A.,
Diagnosis by random Amplified Polymorphic 24. Wilkerson.R.C., Parsons,T.S., Albright,D.G.,
DNA Polymerase Chain Reaction of four Klein,T.A. and Braun,M.J., Random amplified
cryptic species related to Anopheles (Nyssor- polymorphic DNA (RAPD) markers readly
hynchus) albitarsis (Diptera : Culicidae) from distinguish Cryptic mosquito Spesies (Diptera
Paraguay, Argentina, J.Med.Entomo1, 1993, :Culicidae: Anopheles), Insect Molecular
32 (5), 697-704. Biology. 1,1993, (4), 205-21 1
20. Walton,C.J., Hanley,C., Kuvangkadilok,F.H., 25. Scott,J.A., Brogdon, W.G. and Collin, F.H.,
Collin, R.E., Haebach,V.,Baimai,N. and Identification of single specimens of the
Butlin,R. K., Identification of five species of Anopheles gambiae complex by Polymerase
the Anopheles dirus complex from Thailand, Chain Reaction.. Am J. Trop. Hyg., 1993, 49
using allele specific Polymerase Chain Reac- (4), 520-529.
tion. Medical and Viterinary Entomology.
26. Gilles, H. M., and Warrel, D. A., Bruce-
1999, 13,24-32.
chwaatt's Essential Malariology. Third Edit.
21. Williams,J.G.K., Kubelik,A.R., Livak,K.J., Edward Arnold. London, Boston Melbourne
Rafalski,J.A. and Tingey,S.V., DNA Poly- Auckland., 1993, 12-34.
morphism~Amplified by Arbitrary Primers are
27. Kambhapati, S, Black,W.C. and Rai,K.S..
Useful as Genetic Markers, Nuc. Acd.Resr.,
Random Amplified Polymorphic DNA of
1990, I 8 (22), 653 1-6534
Mosquito spesies and population (Diptera;
22. Yuwono, T. Petunjuk Laboratorium Reaksi Culicidae). Techniques Statistical Analysis and
rantai Po1imerase.Universitas Gajah Mada, Application, J.Med.Ento, 1966,29 (6) 939-949
Yogjakarta. 1998,