Unidad 1: Proteínas

Tema 2: Proteínas y aminoácidos

Universidad Nacional de Río Negro Bioquímica I

Sede Alto Valle y Valle Medio Ingeniería en Biotecnología
2019
 Aminoácidos

 Grupo heterogéneo de moléculas con características estructurales

y funcionales comunes.
 Hay aminoácidos estándar y AA que se forman por modificaciones
post-traduccionales.
 Los AA se unen mediante enlaces covalente.
 La disposición lineal constituye la secuencia primaria y esta
determinará la estructura tridimensional para que desempeñe su
función.
Presentan características estructurales comunes

• Átomo de C asimétrico: átomo de C α

• Está unido a un grupo carboxilo, un grupo amino y un H.
• Todos los AA son asimétricos con excepción de la glicina.
• Presencia de una cadena lateral o radical R: diferencia a los 20
AA.
• A pH 7 la estructura general es ionizada: grupo amino
protonado con carga positiva y grupo carboxilo disociado con
carga negativa.

• Los AA que forman las proteínas son AA con configuración L.

Clasificación de los AA
Clasificación de los AA: cadena lateral

Determina la capacidad de los AA de solubilizar en agua, la

reactividad y las interacciones no covalentes que pueden establecer

 AA estrictamente hidrofóbicos
 AA polares sin carga
 AA ionizables a pH fisiológico
Formación de puente disulfuro: enlace altamente no polar que juega
un rol importante en la formación de la estructura de las proteínas
Aminoácidos no estándar
Carácter anfótero de los aminoácidos

• Los grupos amino y carboxilo junto con las R actúan como

ácidos y bases débiles.

Cuando un AA sin grupo R ionizable se disuelve en agua a pH

neutro, se encuentra en solución en forma de ión dipolar o
zwitterion, y puede actuar como base o ácido.

Las sustancias de naturaleza dual se llaman anfóteras y a

menudo se denominan anfolitos
 Carácter anfótero de los aminoácidos

ALANINA:
Para esto debemos recordar:

• Nota: el grupo ácido cuando pierde un protón

pase a ser una base (su base conjugada) y una
base cuando lo acepta pasa a ser un ácido
(ácido conjugado)
Los aminoácidos en solución acuosa
Curva de titulación de AA
• Se titula con una base fuerte: NaOH
• Tiene dos etapas: desprotonación
de dos grupos distintos.
• A pH bajo, la forma predominante
es la protonada.
• Punto medio: grupo COOH pierde el
protón y hay concentraciones
equimolares del dador de
electrones y del aceptor de
electrones
• Punto de inflexión 1: pH es igual a
pKa
• Punto de inflexión 2: eliminación
del protón en completa y comienza
la eliminación del segundo.
• Segunda etapa: eliminación del
protón del NH3+
Punto isoléctrico

pH característico donde la carga eléctrica es cero.

 A pH por debajo del PI: glicina está

protonada. Se dirige hacia el cátodo
(electrodo negativo).

 A pH por encima del PI: glicina está

desprotonada. Se dirige ánodo (electrodo
positivo).
Propiedades de las cadenas laterales

 El análisis de las características estructurales y la presencia de

ciertos grupos funcionales permiten entender las relaciones que
se pueden establecer entre partes de la molécula o entre
proteínas y otras moléculas.

 Hidrofobicidad
 Fuerzas de Van der Waals
Interacciones no covalentes
 Puentes de hidrógeno
 Interacciones electrostaticas

Unión con elementos metálicos

 Formación de puentes disulfuros

Unión covalentes  Fosforilación
 glicosilación
1. Interacciones no covalentes de las cadenas laterales de AA

Interacciones hidrofóbicas
Fuerzas de Van der Waals
Interacciones electrostáticas

 Las cargas opuestas se atraen.

 Puentes salinos: interacciones

Iónicas entre cadenas laterales.
Interacciones puentes de H
2. Interacciones con iones metálicos
 3. Enlaces covalentes
Puentes disulfuro
Fosforilación
 Algunos AA, como Ser, Thr y Tyr pueden sufrir fosforilaciones
de su OH con Pi.
 Catalizada por enzimas quinasas.
 La perdida del Pi esta catalizada por fosfatasa.
• Es importante para la activación y
desactivación de proteínas.
• La introducción de un grupo fosfato produce
cambios conformacionales en las proteínas. Y
por lo tanto cambian las funciones proteinas.
• La fosforilación y desfosforilación depende de
las señales externas.
Glucosilación

Formación de un
enlace o-glucosídico
Entre Ser o Thr y el
OH de un azúcar.
Formación de un
enlace N-glucosídico.
Actividad óptica de los AA
 Proteínas y Péptidos

Enlace peptídico
• Dipéptidos
• Tripeptidos
• Treta …

Oligopéptido: se unen pocos aminoácidos

Polipétido
Proteínas
Comportamiento de ionización de los péptidos
Los péptidos y polipéptidos tiene distintos tamaños y estructura
y cumplen con funciones biológicas determinadas
Pueden tener sólo una cadena.
pueden tener dos o más polipéptidos asociados de forma no
convalente: subunidades múltiples.

Las cadenas polipeptidicas pueden ser iguales o diferentes.

Si dos cadenas como mínimo son idénticas se denomina oligomérica
y a las subunidades idénticas, protómeros.
Las proteínas pueden contener otros grupos

• Se clasifican en proteínas simples y conjugadas

• Simples
Contienen sólo AA y ningún otro grupo químico
adicional.
• Conjugadas
Tienen componentes químicos diferentes de los AA
unidos de forma permanente a la molécula: grupo
prostético
 Niveles estructurales de las proteínas

 Estructura Primaria: descripción de todos los enlaces

covalentes (principalmente enlaces peptídicos y puentes
disulfuros que unen los AA de una cadena polipeptídica.

 Estructura secundaria: disposición particularmente estable de

los AA que dan lugar a patrones estructurales repetitivos.

 Estructura terciaria: plegamiento tridimensional de un

polipéptido

 Estructura cuaternaria: disposición en el espacio

tridimensional de una proteína con dos o mas subunidades
polipeptídicas.
 Estructura tridimensional de las proteínas

• Esqueleto covalente formado por muchos

enlaces individuales
• Libre rotación de muchos enlaces: gran numero
de conformaciones.
• Sin embargo, cada proteína tiene una función
química específica sugiriendo que hay una
estructura tridimensional única

https://www.rcsb.org/
Conformación de una proteína

• Disposición espacial de los átomos de una proteína.

• Cualquier estado estructural que se logra sin romper en laces
covalentes.
• De las múltiples conformaciones, sólo una o unas pocas es la
que predomina y es la que tiene funciones biológicas.

Las proteínas que se encuentran en cualquiera de sus

conformaciones funcionales y plegadas se llamas nativas
 Las proteínas se estabilizan por interacciones débiles

Estabilidad: tendencia de una proteína a mantener su

conformación nativa.

 Elevado aumento de la energía libre

 Interacciones: enlaces disulfuro, enlaces de
hidrógeno, interacciones iónicas e interacciones
hidrofóbicas
Estructura primaria
 Estructura primaria

¿Cómo es el enlace
peptídico?

 El enlace C-N es ligeramente más corto que el enlace C-N

de una amina simple
 Los átomos asociados en el enlace son coplanares.
 El O tiene carga parcial negativa y el N carga parcial
positiva: pequeño dipolo eléctrico.
 El enlace no puede girar libremente (tiene cierto carácter
de doble enlace)
 Es plano y rígido
• La conformación está definida por tres
ángulos diedros (angulos de torsión):
describen la rotación de cada uno de los tres
enlaces repetidos en la cadena principal
 Estructura secundaria

Cualquier segmento específico de una cadena polipeptídica y

describe la distribución espacial local de los átomos de su cadena
principal, sin tener en cuenta la conformación de las cadenas
laterales ni su relación con otros segmentos.

Hay un número limitado de estructuras secundarias muy estables

y distribuidas en las proteínas:

 Hélice α
 Lámina β o conformación β
Hélice α
La hélice α se forma con más facilidad que otras
conformaciones:

Formación de puentes de hidrógeno

• Puentes de H intracatanarios
• Carbonilo del residuo n y NH del resido n+4
La secuencia de aminoácidos afecta la estabilidad de la hélice
α

• Tendencia intrínseca de cada residuo AA a formar

una hélice α
• Interacciones entre grupos R en particular los que
están a 4 residuos de distancia
• La presencia de residuos de Pro y Gly
• Interacciones entre residuos AA en los extremos del
segmento helicoidal y el dipolo eléctrico inherente a
la hélice α
Lámina β

Las cadenas polipeptidicas se disponen de

manera adyacente formando una estructura
en zigzag.
Las cadenas en zigzag pueden disponerse de
manera adyacente para formando una
estructura que se parece una serie de
pliegues.
Se forman puentes de H entre segmentos
adyacentes de las cadenas.
Los segmentos individuales son normalmente
cercanos dentro de la cadena
Pueden estar distantes o en cadenas
diferentes.
Los grupos R sobresalen hacia afuera en
direcciones opuestas, dan un patrón alternado
Pueden ser paralelas o antiparalelas.
• Tienen una longitud de 5 a 10 residuos de AA.
• El puente de H se estable entre el carbonilo y
el grupo amino de una hebra y de la hebra
contigua.
• Lamina β intermolecular: las hebras
pertenecen a cadenas polipeptídicas
diferentes
• Lámina β intramolecular: las hebras
pertenencen a la misma cadena polipeptídica.
Lámina β paralela

• Las hebras β adyacentes transcurren en el mismo sentido.

• Los puentes de H conectan cada AA de una hebra con dos AA diferentes
de la hebra opuesta.
Lámina β antiparalela

• Las hebras β adyacentes transcurren en sentidos opuestos.

• Los puentes de H entre los grupos NH y CO conectan cada AA con un único
AA en la hebra opuesta lo que estabiliza la estructura.
• En la estructura secundaria de las proteínas
globulares, los giros β son frecuentes.
• Es un tercer tipo de estructura
• Consiste en 4 o 5 residuos de AA que se
disponen de tal forma que se permite un giro
de 180° de la cadena polipeptídica.
• La estructura se estabiliza por un puente de H
entre el carbonilo del primer AA y el amino del
cuarto AA.
Las estructuras secundarias se agrupan formando motivos que forman
estructuras globulares o dominios

• Motivos: estructuras supersecundarias o plegamiento son combinaciones

de varios elementos con estructura secundaria definida.

• Simplemente es un patrón de plegamiento conocido que incluye dos o

más elementos de estructura secundaria y la conexión entre ellos.

• Pueden ser muy simple: dos elementos de estructura secundaria plegados

uno sobre otro y representa sólo una pequeña parte de la proteína (lazo β
α β) .

• También pueden ser complejos, cuando se pliegan unos sobre otros (barril
β).

• Pueden tener funciones biológicas específicas o ser simplemente parte de

otras unidades estructurales y funcionales.
Horquilla: motivo mas común. Dos laminas antiparalelas unidas por un giro β
Dominio

• Parte de una cadena polipeptídica que es estable de

manera independiente y que puede moverse como
una entidad única con respecto al resto de la
proteína.
• Los polipéptidos con más de unos pocos centenares
de aminoácidos suelen plegarse formando dos o más
dominios.
• Los dominios pueden tener funciones distintas.
• En algunas proteínas hay estructuras
globulares bien definidas por la
combinación de varios motivos que se
denominan dominios.
• Se definen como la parte de la cadena
que se puede plegar
independientemente formando una
estructura terciaria estable y son
unidades estructurales que tiene
funciones distintas.
• Están formados por distintas
combinaciones de elementos con
estructura secundaria concreta o
diferentes motivos.
• Puede haber un solo dominio o varios.
 Estructura terciaria

 Es el ordenamiento a largo alcance de las proteínas.

 Los AA que se encuentran alejados en la secuencia
polipeptídica y que se encuentran en distintos tipos de
estructuras secundarias pueden interaccionar.
Si consideramos los niveles superiores, las proteínas se
clasifican en:

• Proteínas globulares: cadenas polipeptídicas

plegadas en formas esféricas o globulares.
• Proteínas fibrosas: cadenas polipeptídicas
dispuestas en forma de hebras
Proteínas globulares

 Los diferentes segmentos de una cadena polipeptídica

o múltiples cadenas polipeptídicas se pliegan unos
sobre otros, generando unas formas compactas.
 Se incluyen enzimas, proteínas de transporte, proteínas
motoras, reguladoras, inmunoglobulinas, entre otras.
Proteínas globulares
Mioglobina

 Proteína fijadora de O2 que se encuentra en células

musculares.
 Formada por una sola cadena polipeptídica.
 Formado por 8 segmentos rectos de hélice α,
conectados por giros, algunos de los cuales son giros β.
 La estructura se estabiliza por interacciones
hidrofóbicas.
 La mayor parte de los grupos R están ubicados hacia el
interior de las moléculas.
 La molécula es muy compacta y tiene un núcleo denso
hidrofóbico.
Proteínas fibrosas

• Comparten propiedades que les confieren fuerza,

flexibilidad o ambas cosas, a las estructuras donde
se encuentran.
• La unidad estructural fundamental es la repetición
de un segmento simple de estructura secundaria.
• Insolubilidad debido a AA con cadenas R
hidrofóbicas en interior y en superficie.
queratina

• Evolucionaron para soportar esfuerzos

mecánicos.
• La estructura es de dos hélices α que se
enrollan para dar una superhélice
queratina
Colágeno

• La estructura secundaria tiene tres

residuos de AA.
• Es una hélice distinta de la hélice
α.
• Tiene estructura superenrollada:
tres cadenas polipeptídicas
separadas, denominadas cadenas α,
superenrolladas una alrededor de
otra.
• El superenrollamiento es
dextrógiro.
• Cada cadena tiene una hélice sin puentes de H intracatenarios
• La estructura cuaternaria se estabiliza por puentes de H y
enlaces covalentes
• La estructura primaria tiene: Gly, Pro, Hyp, HyLys
• La secuencia alterna donde zonas donde hay AA no polares
con zonas con AA ionizables, esencial para la formación
posterior de agregados supramoleculares como las fibras.
• Cada tres residuos de AA hay un residuo de Gly: necesario
para que las tres cadenas se puedan empaquetar y la
estructura se pueda estabilizar mediantes puentes de H.
• Generalmente es: Gly – X – Y
• La posición X e Y en Pro e Hyp: tienen cadenas laterales cíclica
que limita la rotación de la cadena y le proporciona la
estructura helicoidal necesaria.
• La disposición alternada de zonas apolares y polares de
moléculas contiguas entre las que se establecen interacciones
no covalentes (hidrofóbicas y electrostáticas).
• La disposición se ve reforzada además por enlaces covalentes
que se producen entre moléculas de diferentes filas.
Dominio

• Parte de una cadena polipeptídica que es estable de

manera independiente y que puede moverse como
una entidad única con respecto al resto de la
proteína.
• Los polipéptidos con más de unos pocos centenares
de aminoácidos suelen plegarse formando dos o más
dominios.
• Los dominios pueden tener funciones distintas.
• En algunas proteínas hay estructuras
globulares bien definidas por la
combinación de varios motivos que se
denominan dominios.
• Se definen como la parte de la cadena
que se puede plegar
independientemente formando una
estructura terciaria estable y son
unidades estructurales que tiene
funciones distintas.
• Están formados por distintas
combinaciones de elementos con
estructura secundaria concreta o
diferentes motivos.
• Puede haber un solo dominio o varios.
Patrones comunes de plegamiento en las estructuras
terciarias

• Las interacciones hidrofóbicas

aportan una gran contribución a
la estabilidad de las estructuras
de las proteínas. La
interiorización de los grupos R
de los AA hidrofóbicos que
permite la exclusión de las
moléculas de agua requiere un
mínimo de dos capas de
estructura secundaria (Motivos
simples como el lazo β – α – β).
Cuando coinciden
simultáneamente en las
proteínas, las hélices α y
láminas β se suelen localizar en
diferentes capas estructurales.
Esto es debido a que el
esqueleto de un segmento
polipeptídico en conformación
β no puede formar fácilmente
puentes de H con una hélice α
con la que está alineado.
• Las conexiones entre elementos de
estructura secundaria no pueden
cruzarse o formar nudos (conexiones
dextrógiras entre cadenas).

• La conformación β es más estable

cuando los segmentos individuales
están ligeramente torsinados en
sentido dextrógiro (hoja β torsionada) .
Esto influye tanto en la disposición de
las hojas β como en el camino que
siguen las conexiones entre ellas. Por
ejemplo, dos hebras β paralelas deben
conectarse mediante una hebra que
cruce por encima.

• Barril β: estructura más compleja

 Estructura Cuaternaria

• Es la disposición de las subunidades proteicas en

complejos tridimensionales.
• Las proteínas pueden estar constituidas por dos o
más cadenas polípeptídicas o subunidades, que
pueden ser idénticas o diferentes y se arreglan
formando estas estructura.
• Proteína multisubunidades: multímero

• Un multímero con pocas unidades: oligómero

Por ejemplo la hemoglobina
Simetría de la estructura cuaternaria

• Las subunidades idénticas de las proteínas

multiméricas se ordenan en uno o en pocos
patrones de simetrías

• Simetría rotatoria o simetría helicoidal: se

superponen las subunidades mediante rotación en
torno de uno o más ejes de rotación o mediante
rotación helicoidal. Forman una estructura cerrada.
Simetría cíclica: rotación alrededor de
único eje
Simetría diédrica: un eje de rotación
binario intersecciona un ángulo recto
Simetría icosaédrica: en la estructura coincide
cada cara con otra mediante la rotación
alrededor de uno o más de sus tres ejes
rotacionales. Común en lo virus
En resumen: los niveles de organización
Funciones de las proteínas
 Funciones de las proteínas

 Catálisis de procesos metabólicos

Transferencia de energía (respiración y fotosíntesis)
Transporte de solutos a través de membranas
Comunicación celular
Comunicación celular
Reconocimiento
molecular

• Entre moléculas
individuales, entre
mensajeros químicos y
su receptor o entre
moléculas unidas a la
superficie de distintas
células.
Reconocimiento molecular
Defensa
Reacción antígeno anticuerpo
Estructuras intra y extracelulares

• Citoesqueleto
• Matriz extracelular
citoesqueleto
Matriz extracelular
Funciones célula o tejido específicas

 Proteínas biosintéticas
 Proteínas de membrana plásmática
β
 Proteínas de membranas de organelas citoplasmáticas
 Desnaturalización de proteínas y plegamientos

• Cambios a nivel celular originan cambios en la

estructura de las proteínas.

• Desnaturalización: pérdida de estructura

tridimensional suficiente para originar la pérdida
de la función.
Desnaturalización

• Irreversible
• Reversible (renaturalización)

• Temperatura
• pH
• Disolventes (urea, cloruro de guanidinio)