ESTRUCTURA DE PROTEÍNAS

Capítulo 1

Julio Caramelo
Laboratorio de Biología Estructural y Celular
Fundación Instituto Leloir
jcaramelo@leloir.org.ar
BIBLIOGRAFIA:
1) Fersht, A. Structure and mechanism in protein science (1999)
Freeman Press.
Capitulos 1, 11, 17 y 18
2) Advances in Protein Chemistry (1995) Vol. 46.
Capitulo 3 (Free energy balance in protein folding)
3) Branden y Tooze. Introduction to Protein Structure (1999)
Garland Publishing, Inc.
4) Whitford, D. Proteins. Structure and function (2005)
Editorial John Wiley & Sons
5) Berg, Tymoczko y Stryer. Biochemistry (2006)
Editorial Freeman and Company
 ESTRUCTURA DE PROTEÍNAS
Biología Estructural: ciencia que estudia la estructura y
función de las biomoléculas.

Biología

Biología Estructural

Física Química
 Materia
Información Movilidad

citoesqueleto
Reciclado Arquitectura celular

mitocondria
Secreción
lisosoma
Energía

Traducción
Endocitosis

Exportación Metabolismo
importación Golgi A → B → C

Reciclado
Transcripción
Síntesis
peroxisoma
membranas
Duplicación
Retículo
endoplásmico
núcleo
Un célula animal puede sintetizar hasta 25000-30000 proteínas distintas.

Si tomamos en cuenta las modificaciones postraduccionales el número de

especies podría subir 10-100 veces

 Algunas funciones de las proteínas:

 Unión de ligandos: anticuerpos, proteínas transportadoras (FABP,

albumina, etc)

 Estructura celular y de la matriz extracelular: fibronectina, colágeno,

actina, tubulina, etc

 Catálisis enzimática: prácticamente todas las reacciones químicas son

catalizadas por alguna proteína.

 Movimiento intracelular: motores moleculares. Dineínas, etc

 Regulación: hormonas (insulina, etc), proteín quinasas/fosfatasas, etc

 Almacenamiento: ferritina, etc

 Transporte a través de membranas: canales y bombas.

 Esta enorme diversidad de funciones necesariamente viene
acompañada de una enorme variedad estructural:

barnasa colicina

fosfatasa

anticuerpo

colágeno hemaglutinina

calnexina porina Virus del dengue

 ¿Porqué estudiar la estructura de las proteínas?

 Permite explicar el mecanismo detallado de los procesos

celulares

 Prácticamente todos los fármacos conocidos actúan sobre

alguna proteína

 Razón estética: son las moléculas más lindas de la naturaleza

 Muchos fármacos son proteínas:

BOTOX

Clostridium Botulinum Toxina botulínica

 ESTRUCTURA DE PROTEÍNAS
Repasemos algunas cosas que ya saben:
H H H H

H3N+ C C O- + H3N+ C C O- + H3N+ C C O- + H3N+ C C O-

O O O O
R1 R2 R3 R4

H2O H2O H2O

H H H H
H H H
H3N+ C C N C C N C C N C C O-
N-t: extremo C-t: extremo
amino terminal O O O O carboxilo terminal
R1 R2 R3 R4

Unión peptídica

R1, R2, R3, R4: cadenas laterales

AMINOACIDOS: se usan alfa aminoácidos en configuración L

COO- R Alanina
C (ALA, A)
H

NH3+

¿Cómo podemos recordar la configuración L?

Regla del maiz: CORN

 HIDROFOBICOS
GLICINA PROLINA ALANINA VALINA LEUCINA ISOLEUCINA METIONINA
+ - - + - + - + - + - + -

Gly, G
Ala, A
Pro, P Val, V
Leu, L Ile, I Met, M
TRIPTOFANO FENILALANINA TIROSINA
+ - + - + - TREONINA SERINA CISTEINA
+ - + - + -

Thr, T Ser, S Cys, C

GLUTAMINA
Phe, F ASPARAGINA poco polar
+ -
Trp, W Tyr, Y + -

LISINA ARGININA HISTIDINA

+ - + - + -

Asn, N Gln, Q POLARES

GLUTAMICO
ASPARTICO
+ - + -

His, H
+

Lys, K -
Arg, R Asp, D -
Glu, E
 ¿Cuántos tipos de aminoácidos hay en las proteínas?
SELENOCISTEINA
+ -

¡ 21 !

Hay muchísimos más aminoácidos en la naturaleza (unos 700), pero no

forman parte de las proteínas:
ARGININA
+ - + -
+ -
H2O NOS
Ornitina Citrulina
NO O2
+

+
NOS: óxido nítrico sintasa

Nota al margen: Sildenafil (Viagra)

Desarrollada originalmente para angina de pecho
 El NO activa una guanilato ciclasa del músculo
liso, relajándolo
 El Sildenafil inhibe la fosfodiesterasa de cGMP
Código pdb: 1UDT
 PROLINA ALANINA VALINA LEUCINA ISOLEUCINA
GLICINA - -
- + + - + + - METIONINA
+ - + -

AROMATICOS
TIROSINA
ALCOHOLES
TRIPTOFANO FENILALANINA
+ - + - + - TREONINA SERINA CISTEINA
+ - + - + -

ASPARAGINA GLUTAMINA AZUFRADOS

+ - + -

LISINA ARGININA HISTIDINA

+ - + - + -

+
ASPARTICO GLUTAMICO
+ - + -
CARGADOS
+

POSITIVOS -
NEGATIVOS -
GLICINA PROLINA ALANINA VALINA LEUCINA ISOLEUCINA
+ - - + - + - + - + - METIONINA
+ -

ESENCIALES

TRIPTOFANO FENILALANINA TIROSINA

+ - + - + - TREONINA SERINA CISTEINA
+ - + - + -

ASPARAGINA GLUTAMINA
+ - + -

LISINA ARGININA HISTIDINA

+ - + - + -

+
ASPARTICO GLUTAMICO
+ - + -
+

(Esencial en -
infantes) -
 Un aminoácido puede presentar más de una característica:

Alifático Pequeño

Pro
Gly
Val
Ala Cys
Ile Ser
Leu Thr Asn
Asp
Tyr Lys
Met Phe His Glu Gln
Trp Arg

Negativo
Hidrofóbico Cargado Polar
Aromático
Positivo
 El uso de los aminoácidos es bastante desparejo:

Leu Ala Gly Ser Val Glu Lys Ile Arg Thr Asp Pro Asn Gln Phe Tyr Met His Cys Trp
 Características particulares de algunos aminoácidos:

GLICINA
- No presenta cadena lateral
+
Puede adoptar conformaciones no permitidas a otros aminoácidos
Aumenta la flexibilidad de la cadena.

PROLINA
Es un iminoácido, no un aminoácido. Es el aminoácido más rígido.
- Muy común en giros (“turns”).
Rompe estructuras secundarias (-hélices y hojas )
Presenta uniones peptídicas en cis en mayor proporción
El anillo se puede hidroxilar postraduccionalmente, dando 4-
hidroxiprolina:

Esta modificación es necesaria para darle estabilidad a la colágeno

 TRIPTOFANO TIROSINA
- + - TREONINA SERINA
+ -
+ + -

Los grupos –OH pueden funcionar como

nucleófilos en catálisis enzimática
A pesar de ser hidrofóbicos, la
cadena lateral puede formar
puentes hidrógeno
 Varios grupos químicos de una proteína se protonan:

LISINA
+ - GLUTAMICO ASPARTICO
+ - + -
+

C-terminal
N-terminal
pKa ~ 3.5-4
pKa ~ 8-9 pKa ~ 4.0-4.8

+
pKa ~ 9.8-10.4

HISTIDINA ARGININA TIROSINA CISTEINA

+ - + - + - + -

pKa ~ 12 pKa ~ 8.5-9

+

pKa ~ 6.5-7.4
Puede funcionar como pKa ~ 9.5-10.5
dador o aceptor de H+
a pH fisiológico.
Frecuente en centros
catalíticos
 La proteínas son polielectrolitos
- H O
-
HO O H O O H OH
H
O O C O C
C +N H
+N H H N
C O
- C O
- C
HO
H H
+ + H
N N N
H H
H N+ H N+ H N
C H C H C H
H OH H O
- O
-
H O H O H O

Carga
Q+ Punto isoeléctrico

Q-

(IEF) pH
Ejemplo: riboforina A de ratón:
MLALTITASVQALTPTHYLTKQDVERLKASLDRPFTDLESAFYSIVGLSSLGVQVPDVKKACTFIKSNLDPS
NVDSLFYAAQSSQVLSGCEISVSNETKELLLAAVSEDSPIAQIYHAVAALSGFGLPLASNEALGALTARLG
KEETVLATVQALQTASHLSQQADLRNIVEEIEDLVARLDELGGVYLQFEEGLELTALFVAATYKLMDHVGT
EPSMKEDQVIQLMNTIFSKKNFESLSEAFSVASAAAALSQNRYHVPVVVVPEGSTSDTQEQAILRLQVS
NVLSQPLAQAAVKLEHAKSAATRATVLQKTPFSLVGNVFELNFKNVKLSSGYYDFSVRVEGDSRYIANTVE
LRVKISTEVGITNVDLSTVDKDQSIAPKTTRVTYPAKAKGTFIADSHQNFALFFQLVDVNTGAELTPHQTF
VRLHNQKTGQEVVFVAEPDNKNVYKFELDTSERKIEFDSASGTYTLYLIIGDATLKNPILWNVADVVIKFPE
EEAPSTVLSQSLFTPKQEIQHLFREPEKRPPTVVSNTFTALILSPLLLLFALWIRIGANVSNFTFAPSTVIFH
LGHAAMLGLKYLAVLGTVTFLAGNRMLAQHAVKRTAH

pI: 5.37 Asp (D) 25 4,12 %

Glu (E) 39 6,43 %
His (H) 14 2,31 %
Lys (K) 31 5,11 %

HIS
Cisteína puede formar puentes disulfuro:
CISTEINA CISTINA

- -
+

+
2 + ½ O2 + H2O

+
-
-OOC +NH
3

SH
H
H
2 S S + 2 H+ + 2 e-
3HN
+
COO- H

3HN
+
COO-
(OJO, esto es una reacción redox, NO una ácido/base)
¿Cómo se pliega una proteína que puede formar varios puentes disulfuro?

Supongamos que tenemos una proteína con 3 cisteínas:

SH S-S (1-2)
SH
1 2
3 S
S SH
SH

SH S-S (2-3)

NATIVA E0S-S(2-3)  E0S-S(2-3), E0S-S(2-

SH
S S 3)

S S

S-S (1-3)

…Y A MEDIDA QUE AUMENTA EL NUMERO DE CYS LA PROBABILIDAD DE

FORMAR LA COMBINACION ADECUADA DE PUENTES S-S ES MENOR.
 UNION PEPTÍDICA

H R1
H R1 H R2 H
H
3HN N
+
C
3HN
+
COO- 3HN
+
COO- + H2O
R2
O
COO-
 Reacción endotérmica: H > 0
 Las proteínas son químicamente metaestables respecto de la hidrólisis

TYR THR

N-terminal C-terminal

ALA

LYS
 Por convención las proteínas se anotan desde el extremos N-terminal
hacia el C-terminal:

LYS-SER-TRP-ALA no es lo mismo que ALA-TRP-SER-LYS

 Péptido: hasta 20 aminoácidos

 Polipéptidos: de 20 a 100 aminoácidos

 Proteína: mas de 100 aminoácidos

(muchas veces se usan “polipéptido” y “proteína” de forma indistinta)

 Número de secuencias
¿Qué longitud tiene una
proteína?

Longitud Longitud

¿Existe alguna diferencia

entre los reinos?

Archea Eubacteria Eucariontes

 1.33 Å (unión simple C-N: 1.45 Å)
H R1
Las longitudes de enlace
H
no son las esperadas: H
H3N+ C N
R2
O
COO-

1.23 Å (más largo que un carbonilo típico)

H R1

H
C H
La unión peptídica es plana: Estos 6 átomos está en un plano
H3N+ C N
C R2
O
COO-

H R1 H R1
H H
La unión peptídica tiene H H
carácter de doble enlace: H3N+ C N H3N+ C N
R2 + R2
O - O
COO- COO-
 En la cadena solo dos enlaces pueden rotar:

H R1 R2 H H R3

H H C
C C
H3N+ C N C N COO-
phi psi
O  O
C-CO
C-N
 Ci C

¿Qué es un ángulo diédrico?

N

Ci+1

La unión peptídica presenta solo dos posibles ángulos diédricos:

Trans: = 180  Cis: = 0 

Ci
H R1 H R1 H R2 Ci+1 Ci
H
H C
N C
3HN N
+
C 3HN
+
C N COO-
R2 N
O O H
COO- Ci+1

Por lo general la unión peptídica presenta configuración trans.

Repulsión de las cadenas laterales (en dipéptidos la forma trans es 1000
veces más abundante que la cis)
El trazado de la cadena se puede hacer sabiendo tres ángulos
diédricos para cada aminoácido

H R1
H
H  H

C N
 H 3HN
+
C N
R2
R2 O
C H
O
 C H O N
O N H

COO- R3

H R1
H
H R1 H
3HN
+
H C N
H R2
3HN
+
C N O
C H
R2
O  O N
C H  H
O N
H COO- R3

COO- R3
Podemos graficar los pares de ángulos , de las proteínas que están cristalizadas
Gráfico de Ramachandran

Hoja   : entre - 80° y - 120° α-helices : entre -40° y ~ -100°

Ψ: entre 120° y 170° Ψ: entre -40° y -65°

Zona desfavorable
 La glicina posee una gran libertad conformacional:
 Prácticamente todas las uniones peptídicas son trans.
 Repulsión estérica de las cadenas laterales.

Prolina: excepción

Ribonucleasa: tiene 4 Prolinas LYS41-PRO42

trans

ASN113-PRO114 TYR92-PRO93 VAL116-PRO117

cis cis trans

 ¿Porqué la prolina presenta más uniones cis que los demás aminoácidos?

aa  PRO PRO
Ea ~ 80-100 kJ/mol
E E
t1/2 ~ 10-100 seg
¡ LENTO !
cis

cis
trans trans

~ 7% uniones X-PRO
43 % de las proteínas al
menos tienen una cis PRO
En la unión X-Pro la
diferencia energética
entre cis y trans es
menor

C C C+1
C N C N
O C+1
O
trans cis

¿Tiene alguna consecuencia?

SI. Retarda mucho la velocidad de plegamiento.
In vitro una proteína con una unión cis-PRO por presenta al menos
dos fases cinéticas de pegamiento
Una clasificación química de las proteínas

 Homopolímeros: contienen únicamente aminoácidos

 Heteropolímeros: contienen partes no proteícas denominadas

grupos prostéticos

Clase Grupo prostético Ejemplo

Glicoproteínas Hidrato de carbono Inmunoglobulina
Interferon
Hemoproteína Hemo Hemoglobina
Mioglobina
Lipoproteína Lípido LDL
HDL
Metaloproteína Metal Calmodulina (Ca2+)
Hemoglobina (Fe2+)
Carboxipeptidasa (Zn2+)
Fosfoproteína Ester de fosfato Caseína
 Uniones químicas en proteínas
 Uniones de puente hidrógeno: si bien son débiles comparados con una unión covalente,
se encuentran en gran cantidad y aportan mucha energía de estabilización
 Energía: 2-6 kJ/mol en agua (12-21 kJ/mol si el dador o el aceptor están cargados)

+
O H
Algunos ejemplos: 2.8 Å
-
O C

Hidroxilo-carbonilo
-
+ O
O H
2.8 Å H
+
Hidroxilo-hidroxilo H N N H
O
3.1 Å
Hidroxilo-imidazol
+
N H -
2.9 Å O C +
C N H
3 Å
-
Amida-carbonilo O
C
O
Amida-hidroxilo H
O
 Interacciones electrostáticas: se dan entre grupos cargados
 Energía: 2-6 kJ/mol en agua (12-21 kJ/mol si el dador o el aceptor están cargados)
Depende de la constante dieléctrica del medio y con 1/r.
C-terminal

O ARG
H ARG
+ Inhibidor de
C - H N
quimiotripsina 2
H (CI2)
O

 Interacciones de van der Waals:

 Energía: 4-17 kJ/mol. Son de corto alcance. Dependen con 1/r6.

 Apilamiento aromático (interacciones - ): es un caso de interacciones de van
der Waals particularmente fuerte

TYR
Barnasa

TYR
 Puentes disulfuro: entre cisteínas cercanas en el espacio y que
presenten la geometría adecuada.
 Energía: 167 kJ/mol. Estabilizan la estructura, aunque en general no
son determinantes del plegamiento
 La proteínas de la vía secretoria presentan en promedio más puentes
disulfuro que el resto
 Niveles estructurales de una proteína
Ejemplo: hemoglobina (pdb: 1A3N) VLSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALE
RMFLSFPTTKTYFPHFDLSHGSAQVKGHGK
Estructura primaria: composición y orden de KVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAH
aminoácidos (la secuencia) KLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFTPAV
HASLDKFLASVSTVLTSKYR

Estructura secundaria: ordenamiento espacial de

aminoácidos cercanos en la secuencia
 hélices alfa
 hojas beta
 giros (turns)

Estructura terciaria: disposición tridimensional

de los átomos

Estructura cuaternaria: estructura de oligómeros

Cada cadena se denomina “subunidad”
Dominio: región del polipéptido que se Ejemplo: GROEL-GROES (PDB: 1AON)
encuentra espacialmente relacionada y Las homólogas de HSP60-HSP10 de E. Coli
(HSP: heat shock protein)
puede plegarse de forma independiente

GROEL (HSP60)
GROES (HSP10)

Dominio
Dominio
ecuatorial
(Proteólisis) apical
 Usualmente una proteína con mas de 150 aminoácidos está formada
por más de un dominio, las cuáles funcionan como unidades modulares.
 Muchas veces una determinada acción biológica está contenida en un
dominio, los cuales se pueden combinar para generar nuevas
propiedades.

EGF Dominio homólogo al factor de

crecimiento epidermal (EGF)
Quimotripsina
Dominio de serinproteasa homólogo a
quimotripsina
Uriquinasa
Dominio kringle, presenta 3 puentes
S-S
Factor IX
Dominio de unión a calcio
Plasminógeno
Motivo: diseños conservados que cumplen una determinada función y
aparecen en proteínas diversas.

Ejemplo: dedos de zinc (zinc fingers)

C2H2 (2 Cys y 2 His)

C-X2,4-C-X12-H-X3,5-H
 ¿Cómo sabemos la estructura primaria de una proteína?

código genético
DNA o cDNA Proteína
(fácil)

Secuenciación

Proteína
(más complicado)

¿Cuándo es necesario ir a secuenciar la proteína?

 Cuando el experimento produce como resultado una proteína
 Para ver clivajes postraduccionales in vivo
 Para verificar productos de proteólisis o de cortes con BrCN
 Proteína
Frederick Sanger
Secuenciación de Insulina
Premio Nobel de Química 1958

Secuenciación

DNA o cDNA
Metodo de los dideoxinucleótidos (1975)
Frederick Sanger
Premio Nobel de Química 1980
Junto con Paul Berg y Walter Gilbert
Bernardo Houssay
Premio Nobel de Medicina 1954
Rol de la hipófisis en el metabolismo de
hidratos de carbono
Junto con Carl Cori y Gerty Cori
Luis Federico Leloir Cesar Milstein
Premio Nobel de Química 1970 Premio Nobel de Medicina 1984
Descubrimiento de los nucleótido Fabricación de anticuerpos
azúcares y su función en la monoclonales
biosíntesis de carbohidratos Junto con Niels Jerne y Georges
Kohler

Adolfo Pérez Esquivel Carlos Saavedra Lamas

Premio Nobel de la Paz 1980 Premio Nobel de la Paz 1936
Derechos Humanos Mediador del conflicto entre Paraguay y Bolivia
 ¿Cómo determinamos la estructura primaria?

Identificación

Identificación
 Secuenciación del extremo amino terminal por degradación de Edman
R1 R2 R3

N C S H2N C C N C C N C C

fenilisotiocianato H O H O H O

 pH 9.0

R1 R2 R3

NH C HN C C N C C N C C

S H O H O H O
Feniltiocarmil derivado

R1 Ácido trifluoroacético

O C R2 R3
C NH
H2N C C N C C
Feniltioidantoína N C
H O H O
S

Nuevo ciclo de degradación

Identificación de R1 por cromatografía

 Se pueden llegar a secuenciar hasta 70 residuos.

Para secuenciar proteínas más largas:
1) Cortarla en péptidos
2) Separar los péptidos por cromatografía
3) Secuenciar los péptidos
4) Para saber el orden de los péptidos hay utilizar un segundo método de
corte y volver a secuenciar
¿Cómo cortamos?
Enzima/reactivo Sitio de corte

Tripsina -Arg--Xaa ó Lys--Xaa

Endoproteasa Arg-C -Arg--Xaa

Quimotripsina -Phe--Xaa, -Tyr--Xaa ó -Trp--Xaa

Clostripaína -Arg--Xaa

Asp-N -Xaa--Asp

Termolisina -Xaa--Leu, -Xaa--Ile, -Xaa--Val,

-Xaa--Met
Proteasa V-8 -Asp--Xaa, - Glu--Xaa

Bromuro de cianógeno -Met--Xaa

(CNBr)
Estructura primaria por espectrometría de masa

MALDI-TOF: Matrix-
assisted laser desorption
ionization-time-of-flight
En MALDI-TOF:
1- se genera la muestra en estado ionizado en fase vapor
2- se acelera en un campo eléctrico, con cada ión emergiendo con una
velocidad proporcional a su relación carga/masa
3- los iones llegan a una zona libre de campo eléctrico, donde se
detienen
4- se detecta la llegada de los iones, dando el “time of flight”,
indicando la relación carga/masa
5- el resultado es un trazo mostrando el flujo como función de la
relación carga/masa de los iones detectados
Secuenciación por espectrometría de masa:
 Se utiliza la técnica conocida como CID (disociación inducida por colisión).
 Originalmente, se generaban péptidos por digestión secuencial (Edman).
Ahora se generan “in situ”: primero se vaporiza el péptido, luego se lo
fragmenta por colisión con argón.
 Se utilizan dos analizadores de masa, operando en tandem en el mismo
instrumento.
 La muestra vaporizada pasa primero por un analizador, para separar el
ión de interés.
 El ión seleccionado pasa a la celda de colisión, donde impacta con átomos
de argón que lo fragmentan.
 El segundo analizador determina la masa de los fragmentos.
CID (disociación inducida por colisión)
 Hélices alfa

(Colicina O (pdb: 1COL)

Fueron predichas por Linus Pauling (1951), y confirmadas experimentalmente 7

años después cuando se resolvió por rayos X la estructura de la mioglobina
(John Kendrew, 1958)
 Es el elemento de estructura secundaria más común (aprox. 30 % de todos
los residuos)
 Puente hidrógeno
entre CO del
residuo i y el NH
del residuo i+4 El NH de los 4 residuos
N-terminales no forma
puente hidrógeno dentro
de la hélice

El CO de los 4 residuos C-
terminales no forma
puente hidrógeno dentro 1 vuelta: 0.54 nm Avance entre residuos:
de la hélice 0.15 nm

3.6 residuos/giro

Existen otras dos variantes de hélices, menos frecuentes y estables:

 Hélice : es más abierta, puente hidrógeno entre residuo i e i+5
 Hélice 310: es más cerrada, puente hidrógeno entre residuo i e i+3
(presenta 3 residuos por vuelta)
 : -57
C´
phi

C

: -47 N
psi
 La hélices alfa pueden tener desde 4-5 hasta más de 40 residuos. El
largo promedio es de unos 10 residuos (3 vueltas,  1.5 nm)

 Las hélices que se encuentran naturalmente son dextrógiras (giran en

sentido horario). Las hélices levógiras son poco estables.

 Existen otras variantes de hélices:

  Residuos/giro Traslación (nm) Puente H

Hélice  -57 -47 3.6 0.15 i – i+4
Hélice 310 -49 -26 3 0.20 i – i+3
Hélice  -57 -70 4.4 0.115 i – i+5
Hoja  paralela -139 +135 2 0.32
Hoja  antiparalela -119 +113 2 0.34
Poli(Pro) I -83 +158 3.3 0.19 H2O
Poli(Pro) II -78 +149 3 0.312 H 2O

 Una hoja beta también puede pensarse como una hélice con periodicidad
de 2 residuos/vuelta !!!
 La hélice alfa es un macrodipolo

-
O -0.42
-0.20 C
N +0.42

H +
+0.20

- +
 El centro de la hélice es compacto

 Las cadenas laterales apuntan hacia afuera

Las hélices pueden ser hidrofílicas, hidrofóbicas o anfipáticas, depende
de su localización en la estructura terciaria o en la membrana

Hidrofóbico

Hidrofílico
Proteínas integrales de membrana: la hidrofobicidad de la hélice
dependerá de la topología de la proteína

Hidrofóbico
Hidrofóbico
Hidrofílico
 Interna o Interfacial Expuesta
transmembrana (superficie o canal)
 ¿Como medimos la tendencia de los aminoácidos a formar hélices alfa?

G (kj/mol) G (kj/mol)
Ala 0 Leu 0.21
Arg 0.21 Lys 0.26
Asn 0.65 Met 0.24
Asp 0.69 Phe 0.54
Cys 0.68 Pro 3.16 AAAAAAAXAAAAAAA
Gln 0.39 Ser 0.50
Glu 0.40 Thr 0.66
Gly 1.00 Tyr 0.53
His 0.66 Trp 0.49
Ile 0.41 Val 0.61

 Péptido de 15 alaninas y con uno de los 20 aminoácidos en el medio

 Se mide el grado de formación de hélices alfa mediante dicroísmo circular
(más adelante vamos a ver esta técnica)
Factores que afectan estabilidad hélice a

 Tamaño R vecinos

 Repulsión electrostática R sucesivos

 Interacción electrostática entre residuos

espaciados (3/4)

Par iónico Asp100 - Arg103

 Hojas Beta
 Fue el segundo elemento de estructura secundaria predicho por Pauling
Las cadenas laterales apuntan de
forma alternada hacia ambos
lados de la hoja 

Pueden ser anfipáticas

  En promedio cada cadena tiene 5-10 residuos
(algunos lo consideran como estructura terciaria)
PARALELA ANTIPARALELA
C C C C C C N C N C

N N N N N N C N C N

 La hojas  son una hélice que presenta dos residuos por vuelta
 La hoja  puede curvarse
 Pueden existir hojas  mixtas (paralela y antiparalela)

Tioredoxina (pdb: 1F9M)

Hoja mixta
Barril beta: porina bacteriana

Rojo: residuo hidrofílico

Amarillo: residuo hidrofóbico
 Giros (turns)

Asn46
Thr47

Asp48
Gly49
Giro  tipo I (4 residuos, hay 6 tipos)
Puente hidrógeno i – 1+4 Lisozima

Gly44

Asn45

Lys46

Giro  (3 residuos)
Puente hidrógeno i – 1+3 FABP (fatty acid binding protein)
Un análisis estadístico del PDB da las tendencias a formar estructura
secundaria de cada aminoácido:
Aminoácido Hélice Hoja  Giro
Glutamico 1.59 0.52 1.01
Alanina 1.41 0.72 0.82
Leucina 1.34 1.22 0.57
Metionina 1.30 1.14 0.52
Glutamina 1.27 0.98 0.84
Lisina 1.23 0.69 1.07
Arginina 1.21 0.84 0.90
Histidina 1.05 0.80 0.81
Valina 0.90 1.87 0.41
Isoleucina 1.09 1.67 0.47
Tirosina 0.74 1.45 0.76
Cisteína 0.66 1.40 0.54
Triptofano 1.02 1.35 0.65
Fenilalanina 1.16 1.33 0.59
Treonina 0.76 1.17 0.96
Glicina 0.43 0.58 1.77
Asparagina 0.76 0.48 1.34
Prolina 0.34 0.31 1.32
Serina 0.57 0.96 1.22
Aspártico 0.99 0.39 1.24
 ¿Porqué difiere la propensión de los aminoácidos
para formar estructuras secundarias?

Ramificación en el C Grupo capaz de formar

VALINA
puente hidrógeno en C
+ - SERINA PROLINA
+ - -

ISOLEUCINA
+ -
ASPARTICO El N no tiene H unido,
+ - entonces no pude formar
puente hidrógeno. Esto
desestabiliza hélices  y
hojas .
-
Aparte el anillo restringe el
 Impedimento estérico entre las ASPARAGINA ángulo  a 60
cadenas laterales, desestabliza la + -
hélice 
 En la hojas  las cadenas
proyectan hacia fuera y no
molestan
 Desestabiliza la hélice , el
grupo polar compite con el puente
hidrógeno de la hélice
 Se puede predecir la estructura secundaria con un 60-70 % de precisión.
 La predicción de hélices  funciona mucho mejor que la de hojas 
 Hay dos problemas:
 Las tendencias a formar estructura secundaria de los aa son bastante
parejas.
 Hay un gran efecto de los contactos de largo alcance. La estructura terciaria
determina en gran medida la secundaria.

Ejemplo: el péptido VDLLKN

MHC humano (pdb: 2HLA) Represor Trp (pdb: 3WRP)

 Estructura terciaria
Son las biomoléculas que presentan mayor variación estructural

barnasa colicina

fosfatasa

anticuerpo

colágeno hemaglutinina

calnexina porina Virus del dengue

 ¿Tienen algo en común todas estas estructuras?

Rojo: hidrofílico
Amarillo: hidrofóbico
Naranja: P, G, H
 Clasificación estructural de proteínas
Beta
Alfa

Colicina O (pdb: 1COL) Mioglobina (pdb: 1A3N)

Concanavalina A (pdb: 1APN)

Alfa/Beta (Alfa + Beta)

Tioredoxina (pdb: 1F9M)

HSP70 de E. coli (pdb: 1DKZ)
Estructura terciaria: disposición espacial de los residuos
(si uno conoce la estructura terciaria con una resolución menor a 4-5 Å
también sabe la secundaria)
 AL PLEGARSE UNA PROTEINA LOS RESIDUOS OCULTAN UNA PROPORCIÓN
DIFERENTE DE SU SUPERFICIE:
hidrofílicos

Área del residuo

aislado hidrofóbicos

Área oculta al
plegarse la proteína

Globulares
 Varios tipos de estructura
secundaria en la molécula
 Cadenas plegadas adoptando
forma esférica o globular
 Pueden disolverse en agua
 DIVERSIDAD FUNCIONAL
Tipos de proteínas
Fibrosas
 En general insolubles en agua
 Resistentes a la tensión
mecánica. Proveen rigidez o
elasticidad
 Construídas por unidades
repetitivas de estructura
secundaria
Funciones:
 Soporte mecánico
 Elasticidad de tejidos
De membrana
 Aprox. 25 % de todas
las proteínas
 Funciones:
 transporte (pasivo,
activo)
comunicación célula-
célula y célula-matriz,
receptores
 Muy difíciles de
cristalizar (solo 154)
 Proteínas globulares

Forma compacta relativa a longitud cadena

HSA
585 aminoácidos
PM 64.500
 Proteínas fibrosas

(No confundirlas con las fibras formadas por proteínas globulares (actina, tubulina, etc))

Tres arquitecturas básicas:

 Coiled coils:  hélices entrelazadas

 Colágeno: triple hélice formada por tres cadenas de hélice de poliprolina (no es una 
hélice)

 Fibroína y amiloides: fibra de hojas beta contíguas

 Proteínas fibrosas

 Colágeno
 Proteína más abundante de vertebrados (20 %). Hay el menos 18 tipos. Los más
abundantes son I-V.
 Presente en cartílago, tendones, huesos, dientes, piel y vasos sanguíneos
 Alto contenido de Gly, Lys, Pro, Hyl (hidroxilisina) y Hyp (hidroxiprolina)
 Común las repetición: -(Gly-Xaa-Yaa)n-
 La lisina se desamida y oxida a alisina y entrecruza las cadenas de forma covalente
 Cada hélice es levógira (tipo poliprolina II). Se enroscan tres hélices para formar una
triple hélice dextrógira
 No hay puentes hidrógeno intracatenarios. La triple hélice se estabiliza por puentes
hidrógeno intercatenarios:

Hyp: hidroxiprolina

Gly
La glicinas apuntan hacia el centro de la triple hélice.
Su tamaño permiten un contacto estrecho entre las cadenas:

Gly

Pro
 La formación de hidroxiprolina requiere ácido ascórbico (vitamina C):
COO- COO-
- -
Prolil hidroxilasa
+ O2 + + + CO2
O
Prolina Hidroxiprolina COO-
COO- succinato
-cetoglutarato

Ascorbato
 La mayor parte de los animales y plantas pueden sintetizar ascorbato. Los simios
perdieron esta capacidad. Les falta la última enzima de la vía biosintética (tienen un
pseudogen).
 La falta de vitamina C genera un colágeno muy débil y produce escorbuto: sangrado
de los tejidos blandos, pérdida de dientes, muerte.
 El primer ensayo clínico controlado de la historia lo realizó James Lind en 1747:

Albert von Szent-Györgyi Nagyrapolt

Descubridor de la vitamina C
Premio Nobel de Medicina 1937
Mutaciones en el colágeno generan osteogénesis imperfecta:

Tipo Herencia Descripción

I Dominante Deformidad, baja estatura, comienza

a baja edad (2-6 años)
II Recesiva Letal

III Dominante Severa, progresiva, deformación de

los miembros y la columna vertebral

IV Dominante Osteoporosis, curvatura de los

miembros. Forma más leve de la
enfermedad
 Proteínas fibrosas
 -Keratina
 Dos -hélices de aprox. 300 residuos que forma una superhélice
(coiled coil)
 Presenta residuos hidrofóbicos cada 4 o 7 aminoácidos (en general
LEU), que forma un cierre de leucinas (Leu zipper) entre las dos
cadenas
 Dos coiled coil se enrollan para formar un protofilamento, unido por
puentes S-S
 Presente en pelo, uñas, garras, piel, etc..

-hélice

Coiled coil de dos -helices

Protofilamento, par de coiled coils

Filamento (cuatro protofilamentos enrollados dextrógiramente)

 -Keratina
 Coiled coil está estabilizado por uniones hidrofóbicas mediante un
cierre de leucinas (Leu zipper)
En la estructura primaria se ve una
repetición cada 7 residuos:
ARG MET LYS GLN LEU GLU ASP
LYS VAL GLU GLU LEU LEU SER
LYS ASN TYR HIS LEU GLU ASN
GLU VAL ALA ARG LEU LYS LYS
LEU VAL GLY GLU ARG

Leucinas
 -Keratina
 Proteínas fibrosas
 Fibroína

Alanina Glicina
ACA
 Proteínas de membrana

a) Periféricas: las separo por cambio de pH o alta fuerza iónica

b) Integrales: se solubilizan con detergente

C-t N-t

N-t C-t

¿Cómo harían para cristalizar una proteína de membrana?

 Cristalización de proteínas de membrana:
bacteriorodopsina y centro fotosintético

Harmut Michel Johann Deisenhofer Robert Huber

Premios Nobel de Química 1988
 Bacteriorodopsina (pdb: 1BRR)
HALOBACTERIUM SALINARIUM

Amarillo: hidrofóbico
Rojo: hidrofílico

7 hélices transmembrana

Retinol
La proteína cristalizó como un trímero en presencia del
detergente 3,7,11,15-tetrametilhexadecanol

Detergente
 La bacteriorodopsina es una bomba de protones impulsada por luz.
 Convierte energía electromagnética en un gradiente químico
 El gradiente químico es utilizado por una ATP sintetasa para hacer ATP

h H+

H+

¿Cómo lo hace?
 H

O Trans-retinal

h

H Cis-retinal
O
citoplasma exterior

H H

Lys 216
Asp 85

Asp 96

Retinol
Barriles beta de transmembrana:
 Embeber parte de una proteína en la membrana para anclarla
(formalmente son proteínas integrales de membrana)

Prostaglandina H2 sintetasa (pdb: 1PTH)

 COO-
Araquidonato
CH3

Actividad ciclooxigenasa 2 O2

O COO-
Prostaglandina G2
CH3
O

O
OH

2 H+ + 2 e-
Actividad peroxidasa
H2O

O COO-
Prostaglandina H2
CH3
O

OH
Sune K. Bergström Bengt I. Samuelsson John R. Vane
Premios Nobel de Medicina 1982
Por el descubrimiento de las prostaglandinas y de sustancias
relacionadas biológicamente activas

Descrubrió que la aspirina

inhibe la síntesis de
tromboxanos y prostaglandinas
Esta estructura nos permitió comprender uno de los
mecanismos de acción de la aspirina:

SERINA 530 O SERINA 530

O

+ O + OH

COOH COOH

Acetila la SER530. Inhibidor irreversible

Impide la entrada del sustrato al sitio activo

Salicílico

bromoacetato

SER530
Co-cristalizada con ácido 2-bromoacetoxibenzoico
 Anclas de membrana:
O

S-palmitoilcisteína

OCH3
C-terminal
S-farnesilcisteína
Metil ester

O - O
NH P CH2
C-terminal R O O
Glicosil fosfatidil inositol
O

O O

O O - O O
P OH
O O OH
OH OR
 ¿Podemos predecir un segmento de transmembrana?
Escalas de hidrofobicidad/hidrofilicidad:
Aminoácido Fauchere y Pliska G Kyte y Doolittle Hoop y Woods Einsenbreg
(octanol a agua) Indice de hidropatía Hidrofilicidad Hidrofobicidad
(agua a etanol)
R -1.37 -4.50 3.00 -2.53
K -1.35 -3.90 3.00 -1.50
D -1.05 -3.50 3.00 -0.90
Q -0.78 -3.50 0.20 -0.85
N -0.85 -3.50 0.20 -0.78
E -0.87 -3.50 3.00 -0.74
H -0.40 -3.20 -0.50 -0.40
S -0.18 -0.80 0.30 -0.18
T -0.05 -0.70 -0.40 -0.05
P 0.12 -1.60 0.00 0.12
Y 0.26 -1.30 -2.30 0.26
C 0.29 2.50 -1.00 0.29
G 0.48 -0.40 0.00 0.48
A 0.62 1.80 -0.50 0.62
M 0.64 1.90 -1.30 0.64
W 0.81 -0.90 -3.40 0.81
L 1.06 3.80 -1.80 1.06
V 1.08 4.20 -1.50 1.08
F 1.19 2.80 -2.50 1.19
I 1.38 4.50 -1.80 1.38
Segmentos de transmembrana  hélice: se calcula la hidrofobicidad promedio de
una ventana de 19 ó 21 aminoácidos:


i+k
<H>i = n=i-k Hn
2k + 1

Ventana de 21 aminoácidos, k = 10
Ventana de 19 aminoácidos, k = 9
Hn puede usarse de varias escalas. La más usada es la de Kyte y Doolittle (gráfico
de Kyte y Doolittle.

¿Porqué se usan ventanas de este largo?

Espesor de la porción hidrofóbica de una bicapa lipídica: 3 nm
Paso de una hélice alfa: 0.15 nm/residuo

Necesitamos unos 20 residuos como hélice alfa para atravesar la bicapa.

Para una hoja beta la ventana debe ser de 7-9 residuos (la hoja
avanza 0.35 nm/residuo)
 ¿Cómo diferenciamos un segmento transmembrana de un
segmento que atraviesa el core hidrofóbico?
En general los de transmembrana son más largos y más hidrofóbicos

 Un método similar se usa para predecir antigenicidad de sitios (se usa

una ventana de hidrofilicidad)

 Para una hoja beta la ventana debe ser de 7-9 residuos (la hoja
avanza 0.35 nm/residuo)
Ejemplo: glicoforina de globulos rojos

TETPVTGEQGSATPGNVSNATVTAGKPSATSPGVMTIKNTTAVVQKETGVPESY
HQDFSHAEITGIIFAVMAGLLLIIFLIAYLIRRMIKKPLPVPKPQDSPDIGTENTAD
PSELQDTEDPPLTSVEIETPAS
 Estructura cuaternaria

¿Cuál es la ventaja de formar oligómero?

 Simplifica el plegamiento

 Aumenta la funcionalidad

 Permite comportamientos cooperativos

 Estructura cuaternaria
Hemoglobina

1 1

2 2

Es un tetrámero
Cada subunidad formada por 8  hélices: A-H

C-t N-t
Max Ferdinand Perutz John Cowdery Kendrew
Hemoglobina Mioglobina
Premios Nobel de Química 1962
 La hemoglobina lleva el oxígeno de los
pulmones hacia el resto de los tejidos

Grupo propionato

Anillo pirrol

El oxígeno se une a un ión Fe2+

Grupo hemo
(Fe-protoporfirina IX)
 HEMOGLOBINA
Hay un grupo hemo por cada subunidad

1 1

2 2
El O2 se une al hierro y a la HIS58:

His58
Distal

His87
Proximal
 La unión del O2 es cooperativa:

Tejidos Pulmones Miomoglobina

Hemoglobina

Y (saturación) No cooperativa

pO2 (torr)

O2 O2 O2 O2 O2 O2 O2 O2 O2 O2 O2

O2 O2 O2
 La unión de O2 genera un cambio conformacional

Desoxihemoglobina Oxihemoglobina

15
1
1

2 2
T R
Tenso Relajado
Estabilizado por 2,3 BPG > afinidad
Efecto alostérico
  Mecanismo del cambio conformacional

Al oxigenarse se
mueve el Fe2+ y la
His proximal,
Moviendo a la 
hélice

Desoxihemoglobina
Interfaz 11-122
Oxihemoglobina
 La cooperatividad requiere de 2,3-bifosfoglicerato unido al estado T

bifosfoglicerato

His2
His143

Bolsillo presente
sólo en el estado T Lys82

Lys82 Subunidad 2
Subunidad 1

 Se tienen que unir His2

varios O2 para liberar el
2,3-BPG His143
 ¿Porqué a las embarazadas les “falta el aire”?
Respiración fetal
 Hemoglobina fetal: 22
 : gen duplicado. 72 % idéntico al . Cambio: H143S
 Menor afinidad por 2,3-BPG, se estabiliza el estado R
y tiene mayor afinidad por el O2

Eritrocito fetal Eritrocito materno

Y (saturación)

Flujo de O2

pO2 (torr)
 Efecto Bohr (1904)
Efecto del pH:

Tejidos Pulmones

Lys40
Y (saturación)

C-t protonación
88 %

77 %
His146 Asp94
 
 El pKa de HIS es cercano a 7
 Estabiliza el estado T

Efecto del CO2:

pO2 (torr)
R R O
pH 7,4 sin CO2 N H + CO2 N C -
pH 7,2 sin CO2
H
lisina H O
pH 7,2 con 40 torr CO2 carbamato
 Estabiliza el estado T
 Tejido

Eritrocito

CO2 CO2 CO2 + H2O H2CO3 HCO3 + H+

 ¿Porqué CO es tóxico?

Grupo hemo

O2

CO
 En algunas personas tiene una mutación: E6V
Linus Pauling 1949

Los globulos rojos de estas personas son más frágiles, cuando pasan
por capilares muy finos se deforman y rompen :
ANEMIA
 Hemoglobina S

Phe85
Val6

Val88  Gatilla la formación de un amiloide

que lisa el eritrocito
 ¿Podría tener alguna ventaja llevar esta mutación?

Si vemos donde vive la gente …está en zonas donde la

que tiene esta mutación… malaria es endémica:

Distribución de la mutación Zonas de malaria

¿Existirá alguna razón?

La malaria es transmitida …el cual vive en
por el parásito los glóbulos rojo:
plasmodium falciparum:

…los portadores heterocigotas de la

mutación son más resistentes a la malaria.