Ancient hookups between different species may explain Lake

Victoria’s stunning diversity of fish

By Elizabeth PennisiAug. 9, 2018 , 12:35 PM

WAIMEA, HAWAII—In the shallow waters of Lake Victoria, the world's largest tropical lake,
swim some 500 species of cichlid fish with a dizzying variety of appearances, habitats, and
behaviors. Genomic studies have shown they arose from a few ancestral species in just 15,000
years, a pace that has left researchers baffled about how so much genetic variation could have
evolved so quickly. Now, extensive sequencing of cichlids from around Lake Victoria suggests
much of it was there at the start, in the cichlids' ancestors. Ancient and more recent dallying
between cichlid species from multiple watersheds apparently led to genetically diverse hybrids
that could quickly adapt to life in the lake's many niches.

Reported last week at the Origins of Adaptive Radiation meeting here, the work is "a tour de
force, with many lines of evidence," says Marguerite Butler, a functional morphologist at the
University of Hawaii in Honolulu. It joins other research suggesting that hybridization is a
powerful force in evolution. "What hybridization is doing is allowing the good stuff to be packed
together," Butler says.

Some of Lake Victoria's cichlids nibble plants; others feed on invertebrates; big ones feast on
other fish; lake bottom lovers consume detritus. Species vary in length from a few centimeters to
about 30 centimeters; come in an array of shapes, colors, and patterns; and dwell in different
parts of the lake. Mutations don't usually happen fast enough to produce such variety so quickly.
"It's been really hard to figure out what's going on," says Rosemary Gillespie, an evolutionary
biologist at the University of California, Berkeley.

Ole Seehausen, an evolutionary biologist at the University of Bern who has studied cichlids for
more than 25 years, wondered whether hybridization could have generated the genetic raw
material. In earlier research, his team collected cichlids from the rivers and lakes surrounding
Lake Victoria and partly sequenced each species's DNA to build a family tree. Its branching
pattern indicated that Lake Victoria's cichlids are closely related to a species from the Congo
River and one from the Upper Nile River watershed, the group reported last year in Nature
Communications.
A close look at all their genomes suggested the two river species hybridized with each other long
ago. Seehausen proposed that during a warm spell about 130,000 years ago, water from
tributaries of the Malagarasi River, itself a tributary of the Congo, temporarily flowed into Lake
Victoria, bringing Congo fish into contact with Upper Nile fish.

To explore the cichlids' genetic history in more detail, Seehausen and postdocs Matt McGee,
Joana Meier, and David Marques have now sequenced 450 whole cichlid genomes, representing
many varieties of 150 species from the area's lakes, and from the Congo, Upper Nile, and other
nearby watersheds. Clues in the genomes suggest multiple episodes of mixing took place.
Periods of drying have repeatedly caused Lake Victoria to disappear, and Seehausen and his
team propose that fish in the remaining waterways evolved independently until wetter periods
reunited them. This "fission-fusion-fission" process restored genetic diversity each time.

About 15,000 years ago, three groups of fish, themselves products of the ancient hybridizations,
came together in Lake Victoria as it filled again. Their ancestry provided the "standing variation"
that natural selection could pick from to help the fish adapt to a vast range of niches, producing
the cichlid bounty seen today. "Hybridization may turn out to be the most powerful engine of
new species and new adaptations," Seehausen says.

"It's mind-blowing," says Dolph Schluter, an evolutionary biologist at The University of British
Columbia in Vancouver, Canada. "All the variation required for speciation is already there" in
the hybrids.

Studies of other species also suggest standing variation can speed evolution. Biologists trying to
understand how marine stickle-backs adapted so quickly to living in freshwater have discovered
that a crucial gene variant was already present—in low percentages—in the fishes' marine
ancestors. At the meeting, researchers offered similar stories of standing variation jump-starting
diversification, for example enabling long-winged beetles to evolve into short-winged ones on
the Galápagos Islands. "I've never seen so many talks where you have evidence that genes are
borrowed from old variation and further evolution is somehow facilitated by that," Schluter says.

Andrew Hendry, an evolutionary biologist at McGill University in Montreal, Canada, cautions

colleagues not to completely dismiss new mutations in rapid species diversification: "What's not
clear to me is whether [the role of ancient hybridization] is a general phenomenon," he says.

Regardless, "The implications for conservation are blaring," says Oliver Ryder, who heads
conservation genetics efforts at the San Diego Zoo in California. Endangered species are
currently managed as reproductively isolated units, and conservationists are reluctant to bolster
populations by breeding the threatened animal with related species or populations. Eight years
ago, however, a controversial program that mated Florida panthers with Texas cougars helped
rescue the former from extinction. Studies such as Seehausen's, says Ryder, suggest that in the
long run, hybridization is important to preserving a species's evolutionary potential.

(Sumber= https://www.sciencemag.org/news/2018/08/fears-lessen-invasive-fungi-will-completely-
wipe-out-hawaiis-iconic-native-tree)
IND Ver

Perangkap kuno antara spesies yang berbeda dapat menjelaskan

keanekaragaman ikan yang menakjubkan dari Lake Victoria
WAIMEA, HAWAII — Di perairan dangkal Danau Victoria, danau tropis terbesar di dunia, berenang
sekitar 500 spesies ikan cichlid dengan berbagai penampilan, habitat, dan perilaku yang memusingkan.
Studi genom menunjukkan bahwa mereka muncul dari beberapa spesies leluhur hanya dalam 15.000
tahun, kecepatan yang membuat para peneliti bingung tentang bagaimana begitu banyak variasi genetik
dapat berevolusi begitu cepat. Sekarang, sekuensing cichlid yang ekstensif dari sekitar Danau Victoria
menunjukkan banyak di sana pada mulanya, pada nenek moyang cichlids. Pemusnahan kuno dan lebih
baru-baru ini antara spesies cichlid dari beberapa daerah aliran sungai tampaknya menyebabkan hibrida
yang beraneka ragam secara genetik yang dapat dengan cepat beradaptasi dengan kehidupan di banyak
ceruk danau.

Dilaporkan pekan lalu pada pertemuan Origins of Adaptive Radiation di sini, pekerjaan ini adalah "tur de
force, dengan banyak jalur bukti," kata Marguerite Butler, seorang ahli morfologi fungsional di
University of Hawaii di Honolulu. Ini bergabung dengan penelitian lain yang menunjukkan bahwa
hibridisasi adalah kekuatan yang kuat dalam evolusi. "Apa yang hibridisasi lakukan adalah
memungkinkan barang-barang bagus untuk dikemas bersama-sama," kata Butler.

Beberapa tanaman cichlid cichlid di Danau Victoria; yang lain memakan invertebrata; makan besar pada
ikan lain; pecinta bawah danau mengkonsumsi detritus. Spesies bervariasi panjangnya dari beberapa
sentimeter hingga sekitar 30 sentimeter; datang dalam berbagai bentuk, warna, dan pola; dan tinggal di
berbagai bagian danau. Mutasi biasanya tidak terjadi cukup cepat untuk menghasilkan varietas
sedemikian cepat. "Sangat sulit untuk mencari tahu apa yang terjadi," kata Rosemary Gillespie, seorang
ahli biologi evolusi di University of California, Berkeley.

Ole Seehausen, seorang ahli biologi evolusi di Universitas Bern yang telah mempelajari cichlids selama
lebih dari 25 tahun, bertanya-tanya apakah hibridisasi bisa menghasilkan bahan mentah genetik. Dalam
penelitian sebelumnya, timnya mengumpulkan cichlid dari sungai dan danau di sekitar Danau Victoria
dan sebagian mengurutkan DNA masing-masing spesies untuk membangun pohon keluarga. Pola
percabangannya menunjukkan bahwa cichlid Danau Victoria terkait erat dengan spesies dari Sungai
Kongo dan satu dari DAS Sungai Hulu, kelompok itu melaporkan tahun lalu di Nature Communications.
Melihat dari dekat semua genom mereka menyarankan kedua spesies sungai itu berbaur satu sama lain
sejak lama. Seehausen mengusulkan bahwa selama musim hangat sekitar 130.000 tahun yang lalu, air
dari anak-anak sungai Malagarasi, yang merupakan anak sungai Kongo, mengalir sementara ke Danau
Victoria, membawa ikan Kongo bersentuhan dengan ikan-ikan Upper Nile.
Untuk mengeksplorasi sejarah genetik cichlids secara lebih terperinci, Seehausen dan postdocs Matt
McGee, Joana Meier, dan David Marques kini telah merangkai 450 genom cichlid utuh, mewakili banyak
varietas dari 150 spesies dari danau di daerah itu, dan dari Kongo, Upper Nile, dan daerah aliran sungai
terdekat lainnya. Petunjuk dalam genom menunjukkan beberapa episode pencampuran terjadi. Periode
pengeringan telah berulang kali menyebabkan Danau Victoria menghilang, dan Seehausen dan timnya
mengusulkan agar ikan di perairan yang tersisa berevolusi secara mandiri sampai periode basah
menyatukan kembali mereka. Proses "fisi-fusi-fisi" ini memulihkan keragaman genetik setiap kali.

Sekitar 15.000 tahun yang lalu, tiga kelompok ikan, sendiri produk hibridisasi kuno, berkumpul di Danau
Victoria saat diisi lagi. Nenek moyang mereka menyediakan "standing variation" yang dapat dipilih oleh
seleksi alam untuk membantu ikan beradaptasi dengan berbagai macam ceruk, menghasilkan karunia
cichlid yang terlihat hari ini. "Hibridisasi mungkin menjadi mesin paling kuat dari spesies baru dan
adaptasi baru," kata Seehausen.

"Ini luar biasa," kata Dolph Schluter, seorang ahli biologi evolusi di Universitas British Columbia di
Vancouver, Kanada. "Semua variasi yang diperlukan untuk spesiasi sudah ada" dalam hibrida.
Studi spesies lain juga menyarankan variasi berdiri dapat mempercepat evolusi. Para ahli biologi yang
mencoba memahami bagaimana punggung laut beradaptasi dengan sangat cepat untuk hidup di air
tawar telah menemukan bahwa varian gen yang penting sudah ada — dalam persentase yang rendah —
dalam nenek moyang laut ikan. Pada pertemuan tersebut, para peneliti menawarkan cerita yang mirip
tentang variasi berdiri, mulai dari mulai diversifikasi, misalnya memungkinkan kumbang sayap panjang
berevolusi menjadi kumbang pendek di Kepulauan Galápagos. "Saya belum pernah melihat begitu
banyak pembicaraan di mana Anda memiliki bukti bahwa gen dipinjam dari variasi lama dan evolusi
lebih lanjut entah bagaimana difasilitasi oleh itu," kata Schluter.

Andrew Hendry, seorang ahli biologi evolusi di McGill University di Montreal, Kanada, memperingatkan
rekan-rekan untuk tidak sepenuhnya mengabaikan mutasi baru dalam diversifikasi spesies cepat: "Apa
yang tidak jelas bagi saya adalah apakah [peran hibridisasi kuno] adalah fenomena umum," katanya. .
Apapun, "Implikasi untuk konservasi membahana," kata Oliver Ryder, yang mengepalai upaya konservasi
genetika di Kebun Binatang San Diego di California. Spesies yang terancam punah saat ini dikelola
sebagai unit yang diisolasi secara reproduktif, dan para konservasionis enggan untuk meningkatkan
populasi dengan membiakkan hewan yang terancam dengan spesies atau populasi terkait. Delapan
tahun yang lalu, bagaimanapun, program kontroversial yang dikawinkan Florida panthers dengan Texas
Cougars membantu menyelamatkan mantan dari kepunahan. Studi seperti Seehausen, kata Ryder,
menunjukkan bahwa dalam jangka panjang, hibridisasi penting untuk melestarikan potensi evolusi
spesies.