ANALISIS Y MODELACION DE SISTEMAS BIOLOGICOS

2017771-01
Modelos bioquimicos:
Contexto general:

La Glucolisis:
La glucólisis (o glicólisis: , azúcar y , ruptura), es la vía metabólica
encargada de oxidar la glucosa para obtener energía para los diversos procesos de la
célula.
Globalmente la reacción se representa como:

Durante el proceso de la glucólisis se obtienen:

• 2ATP que pueden ser usados como fuente de energía para realizar trabajo
metabólico,
• 2NADH que pueden usarse como fuente de poder reductor en dos tipos de
reacciones anabólicas:
o respiración aeróbica: si hay oxígeno rindiendo 5 ATP (2.5 por cada NADH);
o fermentación: si no hay oxígeno, se consume para reducir el piruvato a
lactato (fermentación láctica), o a CO2 y etanol (fermentación alcohólica), sin
obtención adicional de energía.

Reacción de equilibrio:
En un punto del proceso de la glicólisis la fructosa 1,6 difosfato se rompe en
gliceraldehido-3 fosfato (G3P) y fosfato de dihidroxiacetona (DHAP)
G3P y DHAP pueden interconvertirse mediante una catálisis enzimática con la triosa
fosfato isomerasa (TPI). Tan solo G3P sigue hacia otros pasos de la vía metabólica
hacia el piruvato.

Concentraciones en el equilibrio:

En la reacción aislada G3PDHAP en estado de equilibrio las tasas directa e

inversa son iguales: el número de moles de G3P que se transforman en DHAP es igual
al que hacen el paso inverso.
Las concentraciones no son necesariamente iguales ya que dependen de la estabilidad
relativa de cada una.
La estabilidad se relaciona directamente con la probabilidades de reacción. Si ambas
tienen la misma estabilidad las probabilidades de reacción son iguales y las
concentraciones en equilibrio también lo serán.
 G3P es menos estable que DAHP, a 25°C y concentración 1M, G3P tiene 21
veces más probabilidad de convertirse en DAHP que viceversa. Las
concentraciones en equilibrio serán [DHAP]>[G3P].
 Si x moleculas se transforman por segundo en el equilibrio, como DAHP es más
estable tiene menos probabilidad de transformarse y se requieren más moléculas
de este para pasar a G3P. Lo contrario ocurrirá con G3P.
 En equilibrio la razón será de 21 moleculas de G3P a DAHP.

Modelamiento de la reacción con ecuaciones de diferencia:

Por cada ms (milisegundo) hay una probabilidad de 0.1 que G3P forme una molécula de
DAHP y una probabilidad de 0.00475 de la reacción inversa (relación 1:21).

Las tasas de cambio serán:

dG3P=0.00475*DHAP-0.1*G3P
dDHAP= 0.1*G3P-0.00475*DHAP

en una reacción aislada las concentraciones se ajustarán hasta cuando dG3P=dDHAP.

El modelo de dinámica de sistemas es:

 G3P DHAP
dG3P

dDHAP

Antes de correr la primera simulación responder a dos preguntas básicas:

o Cual molécula será más abundante en equilibrio? G3P___ o DHAP ___.
o Cómo será la forma de las curvas de una gráfica de concentración vs. tiempo?

 Manipulando los valores de las concentraciones iniciales , que comportamiento

se observa al realizar las simulaciones?
 Qué determina las concentraciones relativas en equilibrio?
 Cómo se afecta esto por las concentraciones iniciales?

El efecto de la temperatura:
Abrir el modelo glicolisis 2 y revisar su estructura en cuanto a componentes, flujos e
interacciones; para esto usar las herramientas de análisis “causes tree”, “uses tree” y
“loops” que se encuentran en el borde izquierdo del espacio de trabajo del modelo:

Responder estos interrogantes, antes de efectuar las simulaciones, indicadas más

adelante.
En este modelo la temperatura influye sobre las concentraciones relativas en equilibrio?
SI__, NO_x_.
Qué influencia la temperatura en este sistema? Por qué?
La temperatura influencia la taza de conversión de la enzima, entonces puede llegar a
afectar las concentraciones de equilibrio (alcanzar el punto de equilibrio).

La estabilidad relativa de los reactantes detremina el punto de equilibrio de la reacción;

el momento en que se llega a las concentraciones de equilibrio [ Teq ] está determinado
por la actividad de la enzima [ae] que a su vez depende en gran medida de la
temperatura [ T ].

Mediante una diagrama de bucles de intercacción, representar la anterior afirmación:

Actividad de
la enzima.
Temp.

Punto de
equilibrio
.

Dentro de cierto rango la mayor parte de las reacciones enzimáticas tienden a duplicar
sus tasas de reaccion por cada 10°C de incremento de temperatura. Esto es el Q10=2.

Se asume que 25°C es una temperatura standard para muchas reacciones bioquímicas.
T  25 / 10
El efecto de la temperatura se modela como: Q10  2
Posteriormente realizar simulaciones con valores diferentes de temperatura entre 0 y
40°C.
Este sistema se modela con VENSIM de la siguiente manera (archivo glicolisis2.mdl):

GaD=G3P*b*2((T-25)/10)
DAHP*a*2((T-25)/10)
Responder estos interrogantes, luego de efectuar las simulaciones.

En este modelo la temperatura influye sobre las concentraciones relativas en equilibrio?

SI_x_, NO__.
Qué influencia la temperatura en este sistema? Por qué?
Tiene influencia sobre la GaD, que es la tasa de actividad enzimática

Energía libre de Gibbs.

La magnitud de las tasas de reacción directa e inversa está determinada por la energía
libre Gibbs (G kcal/mol) que incluye la energía liberada y absorbida en la reacción y el
cambio en la cantidad de orden (entropía) de los reactantes.
El paso de glucosa a CO2 + H2O en un célula tieneG negativo pues la glucosa es una
molécula más compleja (más átomos, más enlaces de alta energía) que el CO2 y agua
resultantes.
Estas reacciones son exergónicas pues liberan energía. En el sentido opuesto cuando
una planta usa energía, CO2 y H2O para sintetizar glucosa, la reacción absorbe energía
para transformar moléculas simples y de baja energía en otras más complejas y mucha
mayor energía en sus enlaces. En este caso G es positivo. La reacción es endergónica
pues absorbe energía.
La relación está definida de manera general, así:

(G>=0,1,EXP(-G /(0.00199*(273+Temperatura))))

La razón entre las tasas de reacción directa e inversa se expresa como una
función condicional:

if then else(G>=0,EXP( G /(0.00199*(273+Temperatura))),1)

if then else(G>=0,EXP( -G /(0.00199*(273+Temperatura))),1)

∆𝐺 0⁄
(0.00199×(273+𝑇))
𝑟=𝑒

G Reacción Reaccion Tipo

directa inversa
negativa <<<<<<<<< Espontánea
>>>>>
Positiva <<<<<<< No espontánea: oxidación
>>>>>>> de glucosa en el aire a
temperatura ambiente
(25°C).

El modelo de vensim (archivo glicolisis3.mdl) muestra la siguiente Visualización:

en el modo de simulación SyntheSim

realizar diferentes combinaciones de simulaciones cambiando la temperatura [T] del

sistema.

Diseñar un panel de gráficas para mostrar los comportamientos de las variables de

estado G3P y DAHP.

Referencias:
David L. Nelson. Lehninger: Principios De Bioquimica (5ª Edicion), Omega, 2007.
ISBN 9788428214865
Las presentaciones (en formato ppt) de las graficas del libro se pueden consultar en :
http://laguna.fmedic.unam.mx/lenpres/