Acides nucléiques Z.

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L’ADN contient l’ensemble de l’information génétique nécessaire à la structure et au

fonctionnement de la cellule et de l’organisme.
Les ARN sont des molécules, qui transfèreront cette information génétique et participeront à
la machinerie cellulaire pour la fabrication de toutes les protéines.

I. L’ADN
1. Les constituants de l’ADN
L’ADN est formé de deux chaines de nucléotides associées entre elles de façon linéaire.
Chaque nucléotide est constitué de l’enchainement de trois éléments :
Une base (purique ou pyrimidique), un désoxyribose et un acide phosphorique.

P Base

Pentose

Enchainement des trois éléments constituant un nucléotide

a. Les bases : sont des composés cycliques azotés, dérivées de la purine et la pyrimidine.
Bases pyrimidiques
Formées d’un cycle hexagonal à 4 carbones et 2 azotes. Les bases pyrimidiques sont : la
thymine (T) et cytosine (C). Dans l’ADN, on ne trouve jamais d’uracile (U).
Bases puriques
Formées de l’accolement d’un cycle hexagonal (4 carbones et 2 azotes) et d’un cycle
pentagonal (3 carbones et 2 azotes). Les bases puriques sont : adénine (A) et guanine (G).
Cytosine Thymine

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b. Désoxyribose : est un ribose dans le quel il manque un groupement hydroxyle (OH) en

2’. Cet OH est remplacé par un H.

La liaison qui unit le désoxyribose et la base est une liaison β-osidique (élimination d’une
molécule d’eau entre l’OH semi-aldéhydique en C’1 de l’ose et un H de la base pyrimidique
(H en 1) ou purique (H en 9)).

Base + sucre = nucléoside

c. Acide phosphorique : est un tri-acide. Ce groupement phosphate rend donc le nucléotide

chargé négativement. La liaison entre le pentose et l’acide phosphorique est une liaison
ester (élimination d’une molécule d’eau entre OH du H3PO4 et H de la fonction alcool en 5’
du désoxyribose).

Pentose + base + phosphate = nucléotide

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Dans un ADN, les nucléotides sont assemblés entre eux par des liaisons phosphodiester.

Base Abréviation Nucléoside nucléotide Abréviation

Adénine A Désoxyadénosine Désoxyadénylate dAMP

Guanine G Désoxyguanosine Désoxyguanylate dGMP

Cytosine C Désoxycytidine Désoxycytidylate dCMP

Uracile U désoxythymidine Désoxythymidylate dTMP

Nomenclature des différents nucléotides

2. La double hélice (Watson et Crick, 1953)

Une molécule d’ADN est habituellement formée de deux chaines (deux brins) de nucléotides
(excepté certains virus). Ces deux brins d’ADN ont trois caractéristiques essentielles. Elles
sont :
- Antiparallèles
Les deux brins de nucléotides sont parallèles mais dans des directions opposées.
L’extrémité qui contient le groupement phosphate avec deux fonctions acides libres, on
l’appelle « extrémité 5’ P ».
L’autre avec un OH libre en 3’, sur l’ose, on l’appelle « extrémité 3’ OH ». Par convention, on
lira toujours une chaine d’acide nucléique dans le sens 5’ P vers 3’ OH.
- Complémentaires

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Les brins d’ADN sont complémentaires car chaque nucléotide d’un brin établi des liaisons
chimiques avec un nucléotide correspondant de l’autre brin. Cette liaison chimique
correspond à des liaisons hydrogènes H entre bases (deux liaisons H entre A et T ; trois
liaisons H entre G et C). En face d’une base A, on a toujours T et en face d’une C, on a
toujours G.

Règles de Chargaff
A + G = C + T ou (A+G) / (C+T) = 1
A/T = 1
G/C = 1
(A+T) / (C+G) varie beaucoup : il est caractéristique de l’espèce. Ce coefficient est appelé
coefficient de Chargaff.
- Hélicoïdales
Les deux chaines d’ADN présentent dans l’espace une structure hélicoïdale. Elles
s’enroulent autour d’un axe central imaginaire en formant une double hélice. La plus
classique de ces doubles hélices est une hélice droite, correspondant à de l’ADN dit B. C’est
la forme biologiquement la plus importante.
Dans l’ADN-B, on trouve 10 paires de bases (bp) par tour de spire. La distance entre deux
spires correspondant au pas de l’hélice (soit 10 pb) est de 3.4 nm. Le diamètre de l’hélice est
de 2.4 nm.

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3. Topoisomères de l’ADN

On appelle « topoisomères » : deux molécules d’ADN, ayant exactement la même séquence

de bases, peuvent cependant différer entre elles par ce que l’on appelle le nombre
d’enlacements, c'est-à-dire le nombre de tours que fait l’un des brins autour de l’autre brin.

3.1. Etat relâché

La contrainte (ou la tension) est minimale. C'est la configuration la plus stable de la double
hélice et c'est celle qui est adoptée le plus souvent par l'ADN dans la cellule. Elle s'observe
pour 10 pb par tour.
a. Forme relâchée ; b. Forme surenroulée négativement : c. Forme surenroulée positivement

3.2. Etat surenroulé

Il existe deux possibilités de surenroulement :
Surenroulement positif: le nombre d'enlacement a augmenté, l'enroulement de la double
hélice s'effectue dans le même sens.
Surenroulement négatif : le nombre d'enlacement a diminué, l'axe de l'hélice s'enroule dans
le sens opposé à celui de la double hélice, selon une superhélice «négative», gauche =
désenroulement.

4. Les différents variants structuraux de l’ADN

Il existe plusieurs formes d’ADN à double hélice, ADN-A, ADN-B, ADN-Z, etc. cette
classification est fondée sur des critères physico-chimiques.

Les hélices droites

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En solution dépourvue d’eau, il a été obtenu une autre double hélice droite d’ADN appelée
ADN-A, qui présente une forme plus condensée : 11bp par tours d’hélice, un pas de 2.3 nm
et un diamètre plus grand que l’ADN-B.

Les hélices gauches

L’ADN-Z forme une hélice plus svelte et moins torsadée que l’ADN-B (Le squelette sucre-
phosphate est en zigzag). Il comporte 12 bp par tours de spire. Le pas de l’hélice est de 4.6
nm et le diamètre de 1.8 nm.

5. Organisation de l’ADN dans les cellules

5.1. La chromatine
L’ADN d’une cellule est empaqueté dans le noyau sous la forme de chromatine. Celle-ci se
compose de nucléosomes formés par un octamère de protéines appelées histones autour
duquel s’enroule l’ADN.
Dans la cellule, la chromatine forme deux structures différentes : L’hétérochromatine très
condensée associée à la répression transcriptionnelle et l’euchromatine moins condensée où
sont situés la majorité des gènes transcrits.

Procaryotes : exemple E. coli

Pas de compartiment nucléaire individualisé
Pas de chromatine ni de chromosomes
L’ADN nu porte le message héréditaire

Eucaryotes
L’ADN est empaqueté en un complexe nucléo-protéique appelé « chromatine » localisé dans
le noyau.

5.2. Structure de la chromatine

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L’unité de base de la chromatine est le nucléosome (de 11 à 14 kD), constitué par

l’enroulement de 147 paires de bases d’ADN autour d’un octamère d’histones H3, H4 H2A et
H2B. Chaque octamère est composé de deux dimères H3-H4 agencés en tétramère stable
au centre du nucléosome encadré par un dimère H2A-H2B de chaque côté.

L’enchaînement des nucléosomes constitue la fibre de 11 nm, structure dite en « collier de

perles », qui va ensuite s’enrouler sur elle même pour former une fibre de 30 nm de
diamètre. La compaction de la chromatine atteint un niveau maximum en mitose (700nm),
avec la formation des chromosomes métaphasiques (1400nm).

5.3. Régulation de la structure chromatienne

A. Méthylation de l’ADN
La méthylation de l’ADN (sur les cytosines) mise en place par les DNA méthyltransférases
(DNMTs), empêche la liaison de certains facteurs de transcription afin d’inhiber l’initiation de
la transcription.

B. Acétylation des histones

L’acétylation des histones a lieu sur des résidus lysine, principalement sur de nombreux
résidus de H3 et de H4, mais également sur les queues N-terminales de H2A et H2B. Les
histones acétyl transférases (HAT ou KAT) contrairement aux histones déacétylases

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(HDAC), permettent la décompaction de la chromatine (diminution de la force d’interaction

histone-ADN).

C. Méthylation des histones

La méthylation des histones peut avoir lieu sur des lysines (K) ou des arginines (R) grâce à
l’activité des histones lysines méthyltransférases (KMT) pour condensation de la chromatine
et enlevée par des histones lysines déméthylases.

6. Caractéristiques physico-chimiques de l’ADN

6.1. Instabilité chimique d’ADN

 La séparation ou la dénaturation des deux brins de l’ADN, maintenus uniquement par
des liaisons H (forces non covalentes), peut être provoquée par des agents
chimiques, physiques ou par la chaleur.
 La base C est la plus sensible aux réactions de désamination. Elle est convertie en
U.
 La désamination des A et G est 50 fois moins rapide que celle de C. Elles sont
transformées en hypo-xanthine et xanthine respectivement.

6.2. Spectre des ultra-violets (UV)

 Les zones d’absorption des quatre bases ADN s’étalent de (240 à 280) nm de sorte
que les acides nucléiques formés de ces types de nucléotides ont un maximum
d’absorption à 260 nm.

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6.3. Température de fusion

Le chauffage de l’ADN natif de 10 à 15 mn à une température 90° à 95°C conduit à la
séparation des deux brins les deux brins (rupture des liaisons H).
La Tm (melting temperature) est la température ou 50% de l’ADN est déroulé, il y a perte de
la structure secondaire.

L’augmentation de proportion en GC dans l’ADN, augmente la Tm puisqu’il y a 3 liaisons H

entre les bases G et C contre 2 liaisons entre A et T (mammifères : GC (39 à 40)%, Tm =
87°C, E. coli : GC = 50%, Tm = 92°C).

6.4. La composition du milieu

L’augmentation de la concentration en cations monovalents tel que le Nacl joue sur la Tm. Le
NaCl masque les charges négatives des phosphates et ainsi diminue les forces de répulsion
entre les deux brins.

II. Les ARN

1. Structure et caractéristiques des ARN

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Les ARN (acides ribonucléiques) sont caractérisés essentiellement par :

L’ose est le ribose ; les bases sont A, C, G et U à la place de T ; constitué d’une seule chaine
de nucléotides beaucoup plus courte que les chaines d’ADN. Les cellules contiennent
essentiellement deux types d’ARN :

1.1. ARN codants

L’ARN messager issu de la transcription des gènes codants, contient toute l’information
nécessaire à la production d’une protéine. La durée de vie des ARNm est très courte, de
quelques minutes chez les bactéries à quelques jours chez les eucaryotes.
1.2. ARN non codants
Des ARN transcrits à partir de l'ADN génomique, non traduits en une protéine mais ont une
fonction dans la cellule.
ARNnc sont classés en deux catégories majeures : les ARNnc structurels et les ARNnc
régulateurs.

1.2.1. Les ARNnc structurels : sont ubiquitaires (exprimés de manière constitutive dans
tous les types cellulaires). Ils comprennent entre autres les ARN de transfert (ARNt), les ARN
ribosomaux (ARNr), les petits ARN nucléaires (snRNA) et les petits ARN nucléolaires
(snoRNAs).

 Les ARN ribosomiques

Les ARN ribosomiques sont un des constituants des ribosomes, organites cellulaires
impliqués dans la traduction des protéines. On distingue différents types d'ARN ribosomiques
en fonction de leur coefficient de sédimentation (S). Les ARN ribosomiques sont les ARN les
plus représentés dans les cellules (80% des ARN cellulaires totaux).

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Structure des ribosomes

 Les ARN de transfert (ARNt)
Les ARNt sont ainsi appelés car ils vont transférer, véhiculer les acides aminés qui se
trouvent dans le cytoplasme jusqu’au ribosome, lieu de la synthèse protéique.

Structure d’un ARNt

La chaine d’ARNt (100aine de n), se replie pour donner un aspect général en forme de trèfle.
L’ARNt s’associe à l’ARNm de façon antiparallèle et donc s’écrit dans le sens 3’-5’.
Un anticodon est un groupe de trois nucléotides (un triplet de nucléotides) situé sur une
boucle de l’ARNt. Il reconnaitra le codon (trois nucléotides situé sur l’ARNm). L’extrémité
3’OH de tous les ARNt se termine par les trois nucléotides CCA, c’est à cette extrémité que
sera fixé l’acide aminé à transporter.

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Structure secondaire en feuille de trèfle d'une molécule d'ARN de transfert.

 ARNsn
Les ARNsn (petit ARN nucléaire) en association à des protéines, assurent l’épissage des
introns, qui suit la transcription d’un gène. Ainsi l’information génétique discontinue dans le
gène deviendra continue dans l’ARNm. Ces ARNsn sont situés dans le noyau des cellules.

 ARNsno
La fonction des ARNsn (petit ARN nucléolaire) consiste en la modification post-
transcriptionnelle d’autres ARNnc, comme les ARN ribosomiques ou les petits ARN
nucléaires.

1.2.2. Les ARNnc régulateurs : leur expression est activée à des moments précis du
développement où dans des types cellulaires spécialisés. Ils sont impliqués dans plusieurs
mécanismes de régulation de l’expression des gènes (modifications épigénétiques de la
chromatine, l’activité transcriptionnelle, l’épissage alternatif, la dégradation de l’ARNm ou la
régulation de la traduction des ARNm).
Les ARNnc régulateurs sont groupés par leur taille: long ARN non-codants (>200 nt) et petits
ARNnc (<200 nt)

 miARN

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Les micro-ARN (miARN) sont des opérateurs post-transcriptionnels qui régulent l’expression
génique. Les miARN (22 n) sont maturés à partir de long précurseurs d’ARN, Chez l'homme,
environ 30% des gènes sont régulés par des miRNA.
Si les miARN ont une complémentarité parfaite avec la séquence de l'ARNm cible : ils
induisent une inhibition (répression) de la transcription ou ils induisent le clivage de l'ARN
messager cible.
Si la complémentarité est imparfaite : ils induisent une inhibition (répression) de
la traduction de l'ARNm cible.

 siARN
Les petits ARN interférents (siARN) peuvent être générés à partir de petits ARN introduits
artificiellement dans la cellule, mais peuvent également être produits de manière endogène,
comme à partir d’ARN messagers transcrits de manière convergente.
Ils ont une complémentarité parfaite avec la séquence de l'ARNm cible : ils induisent une
inhibition (répression) de la transcription par modification de la chromatine ou ils induisent le
clivage de l'ARNm cible.

 piARN
Les piwi-ARN (piARN) sont des petits ARN non-codants d’une taille de 23-30 nucléotides. Ils
font partie d’un système spécialisé dans la régulation des transposons et éléments répétés,
en particulier dans la lignée germinale. Les piARN s’associent aux protéines de la famille
Piwi pour accomplir leurs fonctions d’extinction des transposons.

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