Passo-a-Passo de instalação dos Softwares em Linux

- Testado em Xubuntu (pendrive bootavel) e Lubuntu (máquina virtual, virtualbox).

- Linux instalado em Notebooks, x32 bits.

1- Avogadro

1.1 Comandos para instalação no terminal:

$ sudo apt-get install avogadro-data

$ sudo apt-get install avogadro

1.2 Comando de execução do programa

$ avogadro

2- VMD - x32bits

2.1 Download no site do VMD:

https://www.ks.uiuc.edu/Development/Download/download.cgi?PackageName=VMD

2.2 Clicar no link > Registro de usuário > download

LINUX OpenGL, CUDA (Linux (RHEL 4.6 and later) Intel/AMD x86 w/ SSE, with
CUDA)

Version 1.9.2 (2014-12-29)

2.3 Descompactar a pasta e abrir um terminal dentro dela

2.4 Comandos para instalação no terminal

$ ./configure

$ cd src

$ sudo make install

2.5 Comando de execução do programa

$ vmd

3- Playmol - x32bits (Recomendações do Prof. Iuri Segtovich)

3.1 Abrir um terminal > verificar se tem "git" instalado, se não houver:
$ sudo apt-get install git

3.2 Comando para download do playmol

$ git clone https://github.com/atoms-ufrj/playmol

3.3 Abrir um terminal dentro da pasta playmol

3.4 Comando para editar makefile

$ gedit Makefile

3.5 Delete "-M64" em "BASIC_F_OPTS = ...."

3.6 Salve e feche o gedit

3.7 Limpar pré-compilação

$ make clean-all

3.8 Re-compilar e instalar

$ make

$ sudo make install

3.8 testar o playmol com um arquivo input.mol

$ playmol -in input.mol

ou

$ playmol input.mol

4- Lammps

4.1 Método 1: Versão Antiga, via terminal, pré-compilado

4.1.1 Instalação via terminal

$ sudo apt-get install lammps

4.2 Método 2: Versão daily, via terminal, pré-compilado

4.2.1Comandos para Instalação via terminal

$ sudo add-apt-repository ppa:gladky-anton/lammps

$ sudo apt-get update

$ sudo apt-get install lammps-daily

4.3 Método 3: Download do Pacote Lammps e compilação

4.3.1Download por meio do site

https://lammps.sandia.gov/download.html

4.3.2 Marcar a opção abaixo e clicar "Download Now"

"LAMMPS --- Stable version (7 Aug 2019) - Recent C++ version source + doc tarball,
GPL license, ~141 Mb. Includes all bug fixes and new features described on this page,
up to the date of the most recent stable release."

4.3.3 Descompactar o arquivo baixado .tar

4.3.4 Abrir terminal dentro da pasta descompactada

4.3.5 Comandos para compilação

$ cd src

#instalação serial

$ make serial

#instalação de pacotes

$ make yes-all

4.4 Alterar variável PATH, para executar o LAMMPS de qualquer pasta

4.4.1 Abrir pasta raiz (file system) > abrir pasta etc

4.4.2 Abrir um terminal dentro de etc

4.4.3 Editar arquivo bash.bashrc (necessita permissão de adm, sudo)

$ sudo gedit bash.bashrc

4.4.4 Incluir no final do arquivo:

#lubuntu

export PATH=$PATH:/diretorio/da/pasta/lammps/src

por exemplo: export PATH=$PATH:/home/rafaelcs/Downloads/lammps-7Aug19/src

#xubuntu

export PATH=$PATH:/diretorio/da/pasta/lammps/src/lmp_serial
por exemplo: export PATH=$PATH:/home/rafaelcs/Downloads/lammps-
7Aug19/src/lmp_serial

4.4.5 Salvar e fechar o arquivo

4.5 Comandos para testar o Lammps no terminal

#deve aparecer no terminal "LAMMPS (07 Aug 2019)" por exemplo

$ lammps

ou

$ lmp_serial

4.6 Comandos para rodar o LAMMPS

#método 1 e 3

$ lmp_serial < input.lmp

ou

$ lmp_serial < inpul.lj

#método 2

$ lmp_daily -in input.lmp

5- Cassandra - Monte Carlo

5.1 Download em:

https://cassandra.nd.edu/index.php/download

5.2 Extrair o arquivo e abrir o terminal dentro da pasta

5.3 Comandos para instalação

$ cd Src

$ make -f Makefile.gfortran